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2z4e

Crystal Structure of D-Dimer from Human Fibrin Complexed with Gly-His-Arg-Pro-Tyr-amide

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 210.1 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fibrinogen alpha chain

物种未注明

UniProt P02671

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 10 其他聚合物 1 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 130–216 链 D； UniProt 130–216 片段：residues in database 130-218 Fibrinogen beta chain × 2 （P02675） Fibrinogen, gamma polypeptide × 2 （Q53Y18） Fibrin B knob (tetrapeptide) × 2 Fibrin B knob (pentapeptide) × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 8 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of (a) 9 mg/ml D-dimer, 2mM Gly-His-Arg-Pro-amide, 0.05M Tris, pH 7.0, 5mM CaCl2; (b) 10% PEG, 5mM CaCl2, 0.05M Tris, pH 8.0, 2mM sodium azide; The crystal was subsequently soaked in 0.5mM Gly-His-Arg-Pro-Tyr-amide in solution of came constitution., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.0K 分辨率 2.70 Å R-free 0.275
2 其他组合 异源复合物 蛋白 × 5 其他聚合物 1 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 130–216 片段：residues in database 130-218 Fibrinogen beta chain × 1 （P02675） Fibrinogen, gamma polypeptide × 1 （Q53Y18） Fibrin B knob (tetrapeptide) × 1 Fibrin B knob (pentapeptide) × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of (a) 9 mg/ml D-dimer, 2mM Gly-His-Arg-Pro-amide, 0.05M Tris, pH 7.0, 5mM CaCl2; (b) 10% PEG, 5mM CaCl2, 0.05M Tris, pH 8.0, 2mM sodium azide; The crystal was subsequently soaked in 0.5mM Gly-His-Arg-Pro-Tyr-amide in solution of came constitution., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.0K 分辨率 2.70 Å R-free 0.275
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 130–216 片段：residues in database 130-218 Fibrinogen beta chain × 1 （P02675） Fibrinogen, gamma polypeptide × 1 （Q53Y18） Fibrin B knob (tetrapeptide) × 1 Fibrin B knob (pentapeptide) × 1 CA CALCIUM ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of (a) 9 mg/ml D-dimer, 2mM Gly-His-Arg-Pro-amide, 0.05M Tris, pH 7.0, 5mM CaCl2; (b) 10% PEG, 5mM CaCl2, 0.05M Tris, pH 8.0, 2mM sodium azide; The crystal was subsequently soaked in 0.5mM Gly-His-Arg-Pro-Tyr-amide in solution of came constitution., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.0K 分辨率 2.70 Å R-free 0.275

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2Z4E Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BBR THE STRUCTURE OF RESIDUES 7-16 OF THE A ALPHA CHAIN OF HUMAN FIBRINOGEN BOUND TO BOVINE THROMBIN AT 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1992-04-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 F 26–35（10 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.30 Å
1BBR THE STRUCTURE OF RESIDUES 7-16 OF THE A ALPHA CHAIN OF HUMAN FIBRINOGEN BOUND TO BOVINE THROMBIN AT 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1992-04-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 26–35（10 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.30 Å
1BBR THE STRUCTURE OF RESIDUES 7-16 OF THE A ALPHA CHAIN OF HUMAN FIBRINOGEN BOUND TO BOVINE THROMBIN AT 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1992-04-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 I 26–35（10 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.30 Å
1BBR THE STRUCTURE OF RESIDUES 7-16 OF THE A ALPHA CHAIN OF HUMAN FIBRINOGEN BOUND TO BOVINE THROMBIN AT 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1992-04-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 G 26–35（10 aa）
链 I 26–35（10 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.30 Å
1FZA CRYSTAL STRUCTURE OF FIBRINOGEN FRAGMENT D 提交 1997-08-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 130–216（87 aa） 片段：FRAGMENT D
链 D 130–216（87 aa） 片段：FRAGMENT D
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 SYMMETRY OPERATIONS FOR NON-STANDARD SETTING: X, Y, Z -X, Y+1/2, -Z
分辨率 2.90 Å R-free 0.363
1FZB CRYSTAL STRUCTURE OF CROSSLINKED FRAGMENT D 提交 1997-08-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 130–216（87 aa） 片段：DOUBLE FRAGMENT D
链 D 130–216（87 aa） 片段：DOUBLE FRAGMENT D
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；13-14% PEG 3350, 50 MM TRIS PH 7.0, 10 MM CALCIUM CHLORIDE 1MM SODIUM AZIDE 5MM GLY-PRO-ARG-PRO-AMIDE
分辨率 2.90 Å R-free 0.318
1FZC CRYSTAL STRUCTURE OF FRAGMENT DOUBLE-D FROM HUMAN FIBRIN WITH TWO DIFFERENT BOUND LIGANDS 提交 1998-05-19 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 A 130–216（87 aa） 片段：DOUBLE-D
链 D 130–216（87 aa） 片段：DOUBLE-D
未记录 MAN alpha-D-mannopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；12% PEG 3350, 50 MM TRIS PH 7.0, 5 MM CALCIUM CHLORIDE, 1MM SODIUM AZIDE, 5MM GLY-PRO-ARG-PRO-AMIDE, 5MM GLY-HIS-ARG-PRO-AMIDE
分辨率 2.30 Å R-free 0.290
1FZD STRUCTURE OF RECOMBINANT ALPHAEC DOMAIN FROM HUMAN FIBRINOGEN-420 提交 1998-06-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 666–866（201 aa） 片段：ALPHA-EC DOMAIN
链 B 666–866（201 aa） 片段：ALPHA-EC DOMAIN
链 C 666–866（201 aa） 片段：ALPHA-EC DOMAIN
链 D 666–866（201 aa） 片段：ALPHA-EC DOMAIN
未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY SITTING DROP VAPOUR DIFFUSION FROM 20% PEG 3350, 0.15 M CACL2, 0.1M IMIDAZOLE- ACETATE PH 5.5 0.002 M SODIUM AZIDE, vapor diffusion - sitting drop
分辨率 2.10 Å R-free 0.255
1FZD STRUCTURE OF RECOMBINANT ALPHAEC DOMAIN FROM HUMAN FIBRINOGEN-420 提交 1998-06-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 666–866（201 aa） 片段：ALPHA-EC DOMAIN
链 F 666–866（201 aa） 片段：ALPHA-EC DOMAIN
链 G 666–866（201 aa） 片段：ALPHA-EC DOMAIN
链 H 666–866（201 aa） 片段：ALPHA-EC DOMAIN
未记录 CA CALCIUM ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY SITTING DROP VAPOUR DIFFUSION FROM 20% PEG 3350, 0.15 M CACL2, 0.1M IMIDAZOLE- ACETATE PH 5.5 0.002 M SODIUM AZIDE, vapor diffusion - sitting drop
分辨率 2.10 Å R-free 0.255
1FZE CRYSTAL STRUCTURE OF FRAGMENT DOUBLE-D FROM HUMAN FIBRIN 提交 1998-12-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 130–216（87 aa） 片段：FRAGMENT D
链 D 130–216（87 aa） 片段：FRAGMENT D
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0
分辨率 3.00 Å R-free 0.318
1FZE CRYSTAL STRUCTURE OF FRAGMENT DOUBLE-D FROM HUMAN FIBRIN 提交 1998-12-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 130–216（87 aa） 片段：FRAGMENT D
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0
分辨率 3.00 Å R-free 0.318
1FZE CRYSTAL STRUCTURE OF FRAGMENT DOUBLE-D FROM HUMAN FIBRIN 提交 1998-12-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 130–216（87 aa） 片段：FRAGMENT D
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0
分辨率 3.00 Å R-free 0.318
1FZF CRYSTAL STRUCTURE OF FRAGMENT DOUBLE-D FROM HUMAN FIBRIN WITH THE PEPTIDE LIGAND GLY-HIS-ARG-PRO-AMIDE 提交 1998-12-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 A 130–216（87 aa） 片段：FRAGMENT DOUBLE-D
链 D 130–216（87 aa） 片段：FRAGMENT DOUBLE-D
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.8；pH 7.8
分辨率 2.70 Å R-free 0.302
1FZG CRYSTAL STRUCTURE OF FRAGMENT D FROM HUMAN FIBRINOGEN WITH THE PEPTIDE LIGAND GLY-HIS-ARG-PRO-AMIDE 提交 1999-01-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 A 130–216（87 aa） 片段：FRAGMENT DOUBLE-D
链 D 130–216（87 aa） 片段：FRAGMENT DOUBLE-D
未记录 CA CALCIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.8；pH 7.8
分辨率 2.50 Å R-free 0.302
1LT9 Crystal Structure of Recombinant Human Fibrinogen Fragment D 提交 2002-05-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 145–210（66 aa） 片段：Fragment D (residues 126-191)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9% PEG 3350, 70mM Calcium Chloride, 2mM Sodium Azide, 50mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.271
1LT9 Crystal Structure of Recombinant Human Fibrinogen Fragment D 提交 2002-05-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 145–210（66 aa） 片段：Fragment D (residues 126-191)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9% PEG 3350, 70mM Calcium Chloride, 2mM Sodium Azide, 50mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.271
1LTJ Crystal Structure of Recombinant Human Fibrinogen Fragment D with the Peptide Ligands Gly-Pro-Arg-Pro-Amide and Gly-His-Arg-Pro-Amide 提交 2002-05-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 145–210（66 aa） 片段：Fragment D (residues 126-191)
未记录 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；7% PEG 3350, 12.5mM Calcium Chloride, 2mM Sodium Azide, 50mM Tris pH 8.5, 2mM GHRP-amide, 2mM GPRP-amide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.270
1LTJ Crystal Structure of Recombinant Human Fibrinogen Fragment D with the Peptide Ligands Gly-Pro-Arg-Pro-Amide and Gly-His-Arg-Pro-Amide 提交 2002-05-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 D 145–210（66 aa） 片段：Fragment D (residues 126-191)
未记录 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；7% PEG 3350, 12.5mM Calcium Chloride, 2mM Sodium Azide, 50mM Tris pH 8.5, 2mM GHRP-amide, 2mM GPRP-amide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.270
1N86 Crystal structure of human D-dimer from cross-linked fibrin complexed with GPR and GHRPLDK peptide ligands. 提交 2002-11-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 A 130–216（87 aa） 片段：DOUBLE-D ALPHA CHAIN
链 D 130–216（87 aa） 片段：DOUBLE-D ALPHA CHAIN
链 G 36–38（3 aa） 片段：sequence database residues 36-38
链 H 36–38（3 aa） 片段：sequence database residues 36-38
未记录 NDG 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 4 MAN alpha-D-mannopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；PEG 3350, Tris buffer. 10 mM CaCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 3.20 Å R-free 0.289
1N8E Fragment Double-D from Human Fibrin 提交 2002-11-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 130–218（89 aa） 片段：double-D alpha chain
链 D 130–218（89 aa） 片段：double-D alpha chain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；PEG-3350, 50 mM Tris, 7.5 mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 4.50 Å R-free 0.416
1RE3 Crystal Structure of Fragment D of BbetaD398A Fibrinogen with the Peptide Ligand Gly-His-Arg-Pro-Amide 提交 2003-11-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 145–210（66 aa） 片段：Fragment D of fibrinogen alpha chain
未记录 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9% PEG 3350, 12.5 mM calcium chloride, 2 mM sodium azide, 50 mM Tris pH 8.5, , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.45 Å R-free 0.263
1RE3 Crystal Structure of Fragment D of BbetaD398A Fibrinogen with the Peptide Ligand Gly-His-Arg-Pro-Amide 提交 2003-11-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 145–210（66 aa） 片段：Fragment D of fibrinogen alpha chain
未记录 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9% PEG 3350, 12.5 mM calcium chloride, 2 mM sodium azide, 50 mM Tris pH 8.5, , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.45 Å R-free 0.263
1RE4 Crystal Structure of Fragment D of BbetaD398A Fibrinogen 提交 2003-11-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 145–210（66 aa） 片段：Fragment D of fibrinogen alpha chain
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；14-15% PEG 3350, 70 mM calcium chloride, 2 mM sodium azide, 50 mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.70 Å R-free 0.271
1RE4 Crystal Structure of Fragment D of BbetaD398A Fibrinogen 提交 2003-11-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 145–210（66 aa） 片段：Fragment D of fibrinogen alpha chain
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；14-15% PEG 3350, 70 mM calcium chloride, 2 mM sodium azide, 50 mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.70 Å R-free 0.271
1RF0 Crystal Structure of Fragment D of gammaE132A Fibrinogen 提交 2003-11-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 145–210（66 aa） 片段：Fibrinogen alpha/alpha-E Chain
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；14-15% PEG 3350, 70 mM calcium chloride, 2 mM sodium azide, 50 mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.81 Å R-free 0.286
1RF0 Crystal Structure of Fragment D of gammaE132A Fibrinogen 提交 2003-11-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 145–210（66 aa） 片段：Fibrinogen alpha/alpha-E Chain
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；14-15% PEG 3350, 70 mM calcium chloride, 2 mM sodium azide, 50 mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.81 Å R-free 0.286
1RF1 Crystal Structure of Fragment D of gammaE132A Fibrinogen with the Peptide Ligand Gly-His-Arg-Pro-amide 提交 2003-11-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 145–210（66 aa） 片段：Fibrinogen alpha/alpha-E Chain
未记录 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9-10% PEG 3350, 12.5 mM calcium chloride, 2 mM sodium azide, 50 mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.53 Å R-free 0.281
1RF1 Crystal Structure of Fragment D of gammaE132A Fibrinogen with the Peptide Ligand Gly-His-Arg-Pro-amide 提交 2003-11-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 D 145–210（66 aa） 片段：Fibrinogen alpha/alpha-E Chain
未记录 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9-10% PEG 3350, 12.5 mM calcium chloride, 2 mM sodium azide, 50 mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.53 Å R-free 0.281
1YCP THE CRYSTAL STRUCTURE OF FIBRINOGEN-AA PEPTIDE 1-23 (F8Y) BOUND TO BOVINE THROMBIN EXPLAINS WHY THE MUTATION OF PHE-8 TO TYROSINE STRONGLY INHIBITS NORMAL CLEAVAGE AT ARGININE-16 提交 1997-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 20–42（23 aa） 片段：RESIDUES 1 - 23
突变：F308Y 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；2.0M AMMONIUM SULFATE 0.1M HEPES, PH 7.5 2.0% POLYETHYLENE GLYCOL 400
分辨率 2.50 Å R-free 0.245
1YCP THE CRYSTAL STRUCTURE OF FIBRINOGEN-AA PEPTIDE 1-23 (F8Y) BOUND TO BOVINE THROMBIN EXPLAINS WHY THE MUTATION OF PHE-8 TO TYROSINE STRONGLY INHIBITS NORMAL CLEAVAGE AT ARGININE-16 提交 1997-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 N 20–42（23 aa） 片段：RESIDUES 1 - 23
突变：F308Y 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；2.0M AMMONIUM SULFATE 0.1M HEPES, PH 7.5 2.0% POLYETHYLENE GLYCOL 400
分辨率 2.50 Å R-free 0.245
2A45 Crystal structure of the complex between thrombin and the central "E" region of fibrin 提交 2005-06-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 G 36–92（57 aa） 片段：UNP P02671, residues 36-92
链 J 36–92（57 aa） 片段：UNP P02671, residues 36-92
未记录 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.9；298 K；PEG 3500, AMMONIUM PHOSPHATE, TRIS, pH 7.90, MICRODIALYSIS, temperature 298K
分辨率 3.65 Å R-free 0.290
2FFD Fibrinogen Fragment D with "A" knob peptide mimic GPRVVE 提交 2005-12-19 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 145–210（66 aa） 片段：residues 145-210
未记录 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；10% PEG3350, 12.5 mM CaCl2, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.89 Å R-free 0.268
2FFD Fibrinogen Fragment D with "A" knob peptide mimic GPRVVE 提交 2005-12-19 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 D 145–210（66 aa） 片段：residues 145-210
未记录 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；10% PEG3350, 12.5 mM CaCl2, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.89 Å R-free 0.268
2H43 Crystal Structure of Human Fragment D Complexed with Ala-His-Arg-Pro-amide 提交 2006-05-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 130–216（87 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；fragment D, 5 mg/mil, 4mM AHRPam, 50mM Tris, pH 7.5, 7.5% PEG, 7.5mM CaCl2, 1mM sodium azide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.70 Å R-free 0.307
2H43 Crystal Structure of Human Fragment D Complexed with Ala-His-Arg-Pro-amide 提交 2006-05-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 130–216（87 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；fragment D, 5 mg/mil, 4mM AHRPam, 50mM Tris, pH 7.5, 7.5% PEG, 7.5mM CaCl2, 1mM sodium azide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.70 Å R-free 0.307
2HLO Crystal Structure of Fragment D-dimer from Human Fibrin Complexed with Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide 提交 2006-07-08 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 130–216（87 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；10mg/ml fibrinogen, 2mM Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide, 7.5mM CaCl2, 10% PEG, 50mM Tris, 2mM sodium azide, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.60 Å R-free 0.268
2HLO Crystal Structure of Fragment D-dimer from Human Fibrin Complexed with Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide 提交 2006-07-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 130–216（87 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；10mg/ml fibrinogen, 2mM Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide, 7.5mM CaCl2, 10% PEG, 50mM Tris, 2mM sodium azide, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.60 Å R-free 0.268
2HOD Crystal Structure of Fragment D from Human Fibrinogen Complexed with Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide 提交 2006-07-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 130–216（87 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of 10 mg/ml fragment D, 5 mM Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide, 50 mM Tris, pH 7.0 and 16% PEG 3350, 50 mM Tris pH 8.0 mM 20 mM CaCl2, 2 mM sodium azide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.90 Å R-free 0.347
2HOD Crystal Structure of Fragment D from Human Fibrinogen Complexed with Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide 提交 2006-07-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 D 130–216（87 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of 10 mg/ml fragment D, 5 mM Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide, 50 mM Tris, pH 7.0 and 16% PEG 3350, 50 mM Tris pH 8.0 mM 20 mM CaCl2, 2 mM sodium azide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.90 Å R-free 0.347
2HOD Crystal Structure of Fragment D from Human Fibrinogen Complexed with Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide 提交 2006-07-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 G 130–216（87 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of 10 mg/ml fragment D, 5 mM Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide, 50 mM Tris, pH 7.0 and 16% PEG 3350, 50 mM Tris pH 8.0 mM 20 mM CaCl2, 2 mM sodium azide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.90 Å R-free 0.347
2HOD Crystal Structure of Fragment D from Human Fibrinogen Complexed with Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide 提交 2006-07-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 J 130–216（87 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of 10 mg/ml fragment D, 5 mM Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide, 50 mM Tris, pH 7.0 and 16% PEG 3350, 50 mM Tris pH 8.0 mM 20 mM CaCl2, 2 mM sodium azide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.90 Å R-free 0.347
2HPC Crystal structure of fragment D from Human Fibrinogen Complexed with Gly-Pro-Arg-Pro-amide. 提交 2006-07-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 130–216（87 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of 10 mg/ml fragment D, 5 mM Gly-Pro-Arg-Pro-amide, 50 mM Tris, pH 7.0 and 16% PEG 3350, 50 mM Tris pH 8.0, 20 mM CaCl2, 2 mM sodium azide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.90 Å R-free 0.360
2HPC Crystal structure of fragment D from Human Fibrinogen Complexed with Gly-Pro-Arg-Pro-amide. 提交 2006-07-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 D 130–216（87 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of 10 mg/ml fragment D, 5 mM Gly-Pro-Arg-Pro-amide, 50 mM Tris, pH 7.0 and 16% PEG 3350, 50 mM Tris pH 8.0, 20 mM CaCl2, 2 mM sodium azide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.90 Å R-free 0.360
2HPC Crystal structure of fragment D from Human Fibrinogen Complexed with Gly-Pro-Arg-Pro-amide. 提交 2006-07-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 G 130–216（87 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of 10 mg/ml fragment D, 5 mM Gly-Pro-Arg-Pro-amide, 50 mM Tris, pH 7.0 and 16% PEG 3350, 50 mM Tris pH 8.0, 20 mM CaCl2, 2 mM sodium azide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.90 Å R-free 0.360
2HPC Crystal structure of fragment D from Human Fibrinogen Complexed with Gly-Pro-Arg-Pro-amide. 提交 2006-07-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 J 130–216（87 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of 10 mg/ml fragment D, 5 mM Gly-Pro-Arg-Pro-amide, 50 mM Tris, pH 7.0 and 16% PEG 3350, 50 mM Tris pH 8.0, 20 mM CaCl2, 2 mM sodium azide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.90 Å R-free 0.360
2OYH Crystal Structure of Fragment D of gammaD298,301A Fibrinogen with the Peptide Ligand Gly-His-Arg-Pro-Amide 提交 2007-02-22 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 145–210（66 aa） 片段：Residues 145-210
未记录 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；5 microL of 10 mg/mL protein in HBS with 3 mM GHRP were mixed with an identical volume of well solution containing 50 mM Tris, pH 8.5, 2 mM NaN3, 12.5 mM CaCl2, and 11% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.40 Å R-free 0.259
2OYH Crystal Structure of Fragment D of gammaD298,301A Fibrinogen with the Peptide Ligand Gly-His-Arg-Pro-Amide 提交 2007-02-22 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 D 145–210（66 aa） 片段：Residues 145-210
未记录 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；5 microL of 10 mg/mL protein in HBS with 3 mM GHRP were mixed with an identical volume of well solution containing 50 mM Tris, pH 8.5, 2 mM NaN3, 12.5 mM CaCl2, and 11% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.40 Å R-free 0.259
2OYI Crystal Structure of Fragment D of gammaD298,301A Fibrinogen with the Peptide Ligand Gly-Pro-Arg-Pro-Amide 提交 2007-02-22 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 145–210（66 aa） 片段：Residues 126-191
未记录 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；5 microL of 10 mg/mL protein in HBS with 3 mM GPRP were mixed with an identical volume of well solution containing 50 mM Tris, pH 8.5, 2 mM NaN3, 12.5 mM CaCl2, and 11% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.70 Å R-free 0.256
2OYI Crystal Structure of Fragment D of gammaD298,301A Fibrinogen with the Peptide Ligand Gly-Pro-Arg-Pro-Amide 提交 2007-02-22 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 D 145–210（66 aa） 片段：Residues 126-191
未记录 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；5 microL of 10 mg/mL protein in HBS with 3 mM GPRP were mixed with an identical volume of well solution containing 50 mM Tris, pH 8.5, 2 mM NaN3, 12.5 mM CaCl2, and 11% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.70 Å R-free 0.256
2Q9I Crystal Structure of D-Dimer from Human Fibrin Complexed with Met-His-Arg-Pro-Tyr-amide. 提交 2007-06-12 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 130–216（87 aa） 片段：UNP residues 130-216
未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of (a) 9 mg/ml D-dimer, 2 mM Gly-His-Arg-Pro-amide, 0.05 M Tris, pH 7.0, 5 mM CaCl2 and (b) 10% PEG, 5 mM CaCl2, 0.05M Tris, pH 8.0, 2 mM sodium azide. Crystals were subsequently soaked in same solution containing 0.6 mM Met-His-Arg-Pro-Tyr-amide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.0K
分辨率 2.80 Å R-free 0.276
2Q9I Crystal Structure of D-Dimer from Human Fibrin Complexed with Met-His-Arg-Pro-Tyr-amide. 提交 2007-06-12 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 D 130–216（87 aa） 片段：UNP residues 130-216
未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of (a) 9 mg/ml D-dimer, 2 mM Gly-His-Arg-Pro-amide, 0.05 M Tris, pH 7.0, 5 mM CaCl2 and (b) 10% PEG, 5 mM CaCl2, 0.05M Tris, pH 8.0, 2 mM sodium azide. Crystals were subsequently soaked in same solution containing 0.6 mM Met-His-Arg-Pro-Tyr-amide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.0K
分辨率 2.80 Å R-free 0.276
2XNX BC1 fragment of streptococcal M1 protein in complex with human fibrinogen 提交 2010-08-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric
链 A 130–216（87 aa） 片段：FRAGMENT D, RESIDUES 130-216
链 D 130–216（87 aa） 片段：FRAGMENT D, RESIDUES 130-216
链 G 130–216（87 aa） 片段：FRAGMENT D, RESIDUES 130-216
链 J 130–216（87 aa） 片段：FRAGMENT D, RESIDUES 130-216
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 16% PEG 3350, 0.2 M SODIUM TARTRATE WITH SEEDS GROWN IN 0.6 M K2/NA2 PO4, 0.12 M (NH4)2SO4, 0.1 M HEPES, PH 7.5
分辨率 3.30 Å R-free 0.325
2XNY A fragment of streptococcal M1 protein in complex with human fibrinogen 提交 2010-08-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 130–216（87 aa） 片段：FRAGMENT D, RESIDUES 130-216
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 1.3 M AMMONIUM TARTRATE, 0.1 M MES, PH 6.25.
分辨率 7.50 Å R-free 0.408
2XNY A fragment of streptococcal M1 protein in complex with human fibrinogen 提交 2010-08-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 130–216（87 aa） 片段：FRAGMENT D, RESIDUES 130-216
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 1.3 M AMMONIUM TARTRATE, 0.1 M MES, PH 6.25.
分辨率 7.50 Å R-free 0.408
3AT0 Structural and biochemical characterization of ClfB:ligand interactions 提交 2010-12-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 332–347（16 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；298 K；0.9M sodium citrate, 90mM imidazole pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.50 Å R-free 0.207
3BVH Crystal Structure of Recombinant gammaD364A Fibrinogen Fragment D with the Peptide Ligand Gly-Pro-Arg-Pro-Amide 提交 2008-01-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 148–209（62 aa） 片段：residues 148-209
未记录 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9 % PEG 3350, 50 mM Tris-HCl pH 8.5, 2 mM sodium azide, 12.5 mM sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.60 Å R-free 0.260
3BVH Crystal Structure of Recombinant gammaD364A Fibrinogen Fragment D with the Peptide Ligand Gly-Pro-Arg-Pro-Amide 提交 2008-01-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 D 148–209（62 aa） 片段：residues 148-209
未记录 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9 % PEG 3350, 50 mM Tris-HCl pH 8.5, 2 mM sodium azide, 12.5 mM sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.60 Å R-free 0.260
3E1I Crystal Structure of BbetaD432A Variant Fibrinogen Fragment D with the Peptide Ligand Gly-His-Arg-Pro-amide 提交 2008-08-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 130–216（87 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；50 mM Tris, 12.5 mM calcium chloride, 12% PEG 3350, 2 mM sodium azide, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.30 Å R-free 0.242
3E1I Crystal Structure of BbetaD432A Variant Fibrinogen Fragment D with the Peptide Ligand Gly-His-Arg-Pro-amide 提交 2008-08-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 130–216（87 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；50 mM Tris, 12.5 mM calcium chloride, 12% PEG 3350, 2 mM sodium azide, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.30 Å R-free 0.242
3GHG Crystal Structure of Human Fibrinogen 提交 2009-03-03 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 A 20–581（562 aa） 片段：mature chain
链 D 20–581（562 aa） 片段：mature chain
未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；2% PEG 3350, 0.2 M TMAO, 75 mM NaCl, 50 mM Tris, 1 mM CaCl2, 1 mM HPRPam, 1 mM GHRPam, 1 mM sodium azide, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.90 Å R-free 0.309
3GHG Crystal Structure of Human Fibrinogen 提交 2009-03-03 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 G 20–581（562 aa） 片段：mature chain
链 J 20–581（562 aa） 片段：mature chain
未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；2% PEG 3350, 0.2 M TMAO, 75 mM NaCl, 50 mM Tris, 1 mM CaCl2, 1 mM HPRPam, 1 mM GHRPam, 1 mM sodium azide, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.90 Å R-free 0.309
3H32 Crystal structure of D-dimer from human fibrin complexed with Gly-His-Arg-Pro-Tyr-amide 提交 2009-04-15 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 20–216（197 aa） 片段：UNP residues 20-216
链 D 20–216（197 aa） 片段：UNP residues 20-216
未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；Equal volumes of (a) 5 mg/mL D-dimer, 0.5 mM GHRPYam, 0.3 mM GPRPam, 0.05 M Tris-HCl pH 8.0 and (b) 1% PEG 3350, 1 mM Iodoacetamide, 1 mM CaCl2, 2mM Sodium azide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 3.60 Å R-free 0.320
3HUS Crystal structure of recombinant gamma N308K fibrinogen fragment D with the peptide ligand Gly-Pro-Arg-Pro-amide 提交 2009-06-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 145–210（66 aa） 片段：Fragment D: UNP residues 145-210
未记录 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9% PEG 3350, 50 mM Tris-HCl pH 8.5, 2 mM Sodium azide, 12.5 mM Calcium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 3.04 Å R-free 0.288
3HUS Crystal structure of recombinant gamma N308K fibrinogen fragment D with the peptide ligand Gly-Pro-Arg-Pro-amide 提交 2009-06-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 D 145–210（66 aa） 片段：Fragment D: UNP residues 145-210
未记录 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9% PEG 3350, 50 mM Tris-HCl pH 8.5, 2 mM Sodium azide, 12.5 mM Calcium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 3.04 Å R-free 0.288
4F27 Crystal structures reveal the multi-ligand binding mechanism of the Staphylococcus aureus ClfB 提交 2012-05-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 Q 336–347（12 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；0.1M sodium citrate tribasic dehydrate, 20% 2-propanol, 20% PEG 4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.92 Å R-free 0.226
5CFA Crystal structures of Bbp from Staphylococcus aureus with peptide ligand 提交 2015-07-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 580–594（15 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；peptide was added into the concentrated protein samples at 10:1 ratio and the protein-peptide complex crystals are grown in 0.2 M lithium sulfate, 0.1M Tris-HCl pH8.2, 30% PEG4000 protein concentration was 30mg/ml
分辨率 1.45 Å R-free 0.212
5CFA Crystal structures of Bbp from Staphylococcus aureus with peptide ligand 提交 2015-07-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 580–594（15 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；peptide was added into the concentrated protein samples at 10:1 ratio and the protein-peptide complex crystals are grown in 0.2 M lithium sulfate, 0.1M Tris-HCl pH8.2, 30% PEG4000 protein concentration was 30mg/ml
分辨率 1.45 Å R-free 0.212

共 36 个其他 PDB 条目、67 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 FIBA_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–87； UniProt 130–216 作者链 D； PDB构建体 1–87； UniProt 130–216

Fibrinogen beta chain

物种未注明

UniProt P02675

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 10 其他聚合物 1 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 164–489 链 E； UniProt 164–489 片段：residues in database 164-491 Fibrinogen alpha chain × 2 （P02671） Fibrinogen, gamma polypeptide × 2 （Q53Y18） Fibrin B knob (tetrapeptide) × 2 Fibrin B knob (pentapeptide) × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 8 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of (a) 9 mg/ml D-dimer, 2mM Gly-His-Arg-Pro-amide, 0.05M Tris, pH 7.0, 5mM CaCl2; (b) 10% PEG, 5mM CaCl2, 0.05M Tris, pH 8.0, 2mM sodium azide; The crystal was subsequently soaked in 0.5mM Gly-His-Arg-Pro-Tyr-amide in solution of came constitution., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.0K 分辨率 2.70 Å R-free 0.275
2 其他组合 异源复合物 蛋白 × 5 其他聚合物 1 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 164–489 片段：residues in database 164-491 Fibrinogen alpha chain × 1 （P02671） Fibrinogen, gamma polypeptide × 1 （Q53Y18） Fibrin B knob (tetrapeptide) × 1 Fibrin B knob (pentapeptide) × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of (a) 9 mg/ml D-dimer, 2mM Gly-His-Arg-Pro-amide, 0.05M Tris, pH 7.0, 5mM CaCl2; (b) 10% PEG, 5mM CaCl2, 0.05M Tris, pH 8.0, 2mM sodium azide; The crystal was subsequently soaked in 0.5mM Gly-His-Arg-Pro-Tyr-amide in solution of came constitution., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.0K 分辨率 2.70 Å R-free 0.275
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白拷贝数一致 链 E； UniProt 164–489 片段：residues in database 164-491 Fibrinogen alpha chain × 1 （P02671） Fibrinogen, gamma polypeptide × 1 （Q53Y18） Fibrin B knob (tetrapeptide) × 1 Fibrin B knob (pentapeptide) × 1 CA CALCIUM ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of (a) 9 mg/ml D-dimer, 2mM Gly-His-Arg-Pro-amide, 0.05M Tris, pH 7.0, 5mM CaCl2; (b) 10% PEG, 5mM CaCl2, 0.05M Tris, pH 8.0, 2mM sodium azide; The crystal was subsequently soaked in 0.5mM Gly-His-Arg-Pro-Tyr-amide in solution of came constitution., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.0K 分辨率 2.70 Å R-free 0.275

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2Z4E Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1FZA CRYSTAL STRUCTURE OF FIBRINOGEN FRAGMENT D 提交 1997-08-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 164–491（328 aa） 片段：FRAGMENT D
链 E 164–491（328 aa） 片段：FRAGMENT D
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 SYMMETRY OPERATIONS FOR NON-STANDARD SETTING: X, Y, Z -X, Y+1/2, -Z
分辨率 2.90 Å R-free 0.363
1FZB CRYSTAL STRUCTURE OF CROSSLINKED FRAGMENT D 提交 1997-08-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 B 164–491（328 aa） 片段：DOUBLE FRAGMENT D
链 E 164–491（328 aa） 片段：DOUBLE FRAGMENT D
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；13-14% PEG 3350, 50 MM TRIS PH 7.0, 10 MM CALCIUM CHLORIDE 1MM SODIUM AZIDE 5MM GLY-PRO-ARG-PRO-AMIDE
分辨率 2.90 Å R-free 0.318
1FZC CRYSTAL STRUCTURE OF FRAGMENT DOUBLE-D FROM HUMAN FIBRIN WITH TWO DIFFERENT BOUND LIGANDS 提交 1998-05-19 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 B 164–491（328 aa） 片段：DOUBLE-D
链 E 164–491（328 aa） 片段：DOUBLE-D
未记录 MAN alpha-D-mannopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；12% PEG 3350, 50 MM TRIS PH 7.0, 5 MM CALCIUM CHLORIDE, 1MM SODIUM AZIDE, 5MM GLY-PRO-ARG-PRO-AMIDE, 5MM GLY-HIS-ARG-PRO-AMIDE
分辨率 2.30 Å R-free 0.290
1FZE CRYSTAL STRUCTURE OF FRAGMENT DOUBLE-D FROM HUMAN FIBRIN 提交 1998-12-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 164–491（328 aa） 片段：FRAGMENT D
链 E 164–491（328 aa） 片段：FRAGMENT D
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0
分辨率 3.00 Å R-free 0.318
1FZE CRYSTAL STRUCTURE OF FRAGMENT DOUBLE-D FROM HUMAN FIBRIN 提交 1998-12-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 164–491（328 aa） 片段：FRAGMENT D
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0
分辨率 3.00 Å R-free 0.318
1FZE CRYSTAL STRUCTURE OF FRAGMENT DOUBLE-D FROM HUMAN FIBRIN 提交 1998-12-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 164–491（328 aa） 片段：FRAGMENT D
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0
分辨率 3.00 Å R-free 0.318
1FZF CRYSTAL STRUCTURE OF FRAGMENT DOUBLE-D FROM HUMAN FIBRIN WITH THE PEPTIDE LIGAND GLY-HIS-ARG-PRO-AMIDE 提交 1998-12-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 B 164–491（328 aa） 片段：FRAGMENT DOUBLE-D
链 E 164–491（328 aa） 片段：FRAGMENT DOUBLE-D
链 M 45–48（4 aa） 片段：FRAGMENT DOUBLE-D
链 N 45–48（4 aa） 片段：FRAGMENT DOUBLE-D
链 S 45–48（4 aa） 片段：FRAGMENT DOUBLE-D
链 T 45–48（4 aa） 片段：FRAGMENT DOUBLE-D
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.8；pH 7.8
分辨率 2.70 Å R-free 0.302
1FZG CRYSTAL STRUCTURE OF FRAGMENT D FROM HUMAN FIBRINOGEN WITH THE PEPTIDE LIGAND GLY-HIS-ARG-PRO-AMIDE 提交 1999-01-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 B 164–491（328 aa） 片段：FRAGMENT DOUBLE-D
链 E 164–491（328 aa） 片段：FRAGMENT DOUBLE-D
未记录 CA CALCIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.8；pH 7.8
分辨率 2.50 Å R-free 0.302
1LT9 Crystal Structure of Recombinant Human Fibrinogen Fragment D 提交 2002-05-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 179–491（313 aa） 片段：Fragment D (residues 149-461)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9% PEG 3350, 70mM Calcium Chloride, 2mM Sodium Azide, 50mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.271
1LT9 Crystal Structure of Recombinant Human Fibrinogen Fragment D 提交 2002-05-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 179–491（313 aa） 片段：Fragment D (residues 149-461)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9% PEG 3350, 70mM Calcium Chloride, 2mM Sodium Azide, 50mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.271
1LTJ Crystal Structure of Recombinant Human Fibrinogen Fragment D with the Peptide Ligands Gly-Pro-Arg-Pro-Amide and Gly-His-Arg-Pro-Amide 提交 2002-05-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 179–491（313 aa） 片段：Fragment D (residues 149-461)
未记录 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；7% PEG 3350, 12.5mM Calcium Chloride, 2mM Sodium Azide, 50mM Tris pH 8.5, 2mM GHRP-amide, 2mM GPRP-amide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.270
1LTJ Crystal Structure of Recombinant Human Fibrinogen Fragment D with the Peptide Ligands Gly-Pro-Arg-Pro-Amide and Gly-His-Arg-Pro-Amide 提交 2002-05-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 E 179–491（313 aa） 片段：Fragment D (residues 149-461)
未记录 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；7% PEG 3350, 12.5mM Calcium Chloride, 2mM Sodium Azide, 50mM Tris pH 8.5, 2mM GHRP-amide, 2mM GPRP-amide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.270
1N86 Crystal structure of human D-dimer from cross-linked fibrin complexed with GPR and GHRPLDK peptide ligands. 提交 2002-11-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 B 164–491（328 aa） 片段：DOUBLE-D BETA CHAIN
链 E 164–491（328 aa） 片段：DOUBLE-D BETA CHAIN
链 I 45–51（7 aa） 片段：sequence database residues 45-51
链 J 45–51（7 aa） 片段：sequence database residues 45-51
未记录 NDG 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 4 MAN alpha-D-mannopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；PEG 3350, Tris buffer. 10 mM CaCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 3.20 Å R-free 0.289
1N8E Fragment Double-D from Human Fibrin 提交 2002-11-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 164–491（328 aa） 片段：double-D beta chain
链 E 164–491（328 aa） 片段：double-D beta chain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；PEG-3350, 50 mM Tris, 7.5 mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 4.50 Å R-free 0.416
1RE3 Crystal Structure of Fragment D of BbetaD398A Fibrinogen with the Peptide Ligand Gly-His-Arg-Pro-Amide 提交 2003-11-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 179–491（313 aa） 片段：Fragment D of BbetaD398A fibrinogen beta chain
突变：D398A CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9% PEG 3350, 12.5 mM calcium chloride, 2 mM sodium azide, 50 mM Tris pH 8.5, , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.45 Å R-free 0.263
1RE3 Crystal Structure of Fragment D of BbetaD398A Fibrinogen with the Peptide Ligand Gly-His-Arg-Pro-Amide 提交 2003-11-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 179–491（313 aa） 片段：Fragment D of BbetaD398A fibrinogen beta chain
突变：D398A CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9% PEG 3350, 12.5 mM calcium chloride, 2 mM sodium azide, 50 mM Tris pH 8.5, , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.45 Å R-free 0.263
1RE4 Crystal Structure of Fragment D of BbetaD398A Fibrinogen 提交 2003-11-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 179–491（313 aa） 片段：Fragment D of BbetaD398A fibrinogen beta chain
突变：D398A NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；14-15% PEG 3350, 70 mM calcium chloride, 2 mM sodium azide, 50 mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.70 Å R-free 0.271
1RE4 Crystal Structure of Fragment D of BbetaD398A Fibrinogen 提交 2003-11-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 179–491（313 aa） 片段：Fragment D of BbetaD398A fibrinogen beta chain
突变：D398A NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；14-15% PEG 3350, 70 mM calcium chloride, 2 mM sodium azide, 50 mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.70 Å R-free 0.271
1RF0 Crystal Structure of Fragment D of gammaE132A Fibrinogen 提交 2003-11-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 179–491（313 aa） 片段：Fibrinogen Bbeta Chain
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；14-15% PEG 3350, 70 mM calcium chloride, 2 mM sodium azide, 50 mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.81 Å R-free 0.286
1RF0 Crystal Structure of Fragment D of gammaE132A Fibrinogen 提交 2003-11-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 179–491（313 aa） 片段：Fibrinogen Bbeta Chain
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；14-15% PEG 3350, 70 mM calcium chloride, 2 mM sodium azide, 50 mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.81 Å R-free 0.286
1RF1 Crystal Structure of Fragment D of gammaE132A Fibrinogen with the Peptide Ligand Gly-His-Arg-Pro-amide 提交 2003-11-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 179–491（313 aa） 片段：Fibrinogen Bbeta Chain
未记录 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9-10% PEG 3350, 12.5 mM calcium chloride, 2 mM sodium azide, 50 mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.53 Å R-free 0.281
1RF1 Crystal Structure of Fragment D of gammaE132A Fibrinogen with the Peptide Ligand Gly-His-Arg-Pro-amide 提交 2003-11-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 E 179–491（313 aa） 片段：Fibrinogen Bbeta Chain
未记录 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9-10% PEG 3350, 12.5 mM calcium chloride, 2 mM sodium azide, 50 mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.53 Å R-free 0.281
2A45 Crystal structure of the complex between thrombin and the central "E" region of fibrin 提交 2005-06-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 H 45–135（91 aa）
链 K 45–135（91 aa）
未记录 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.9；298 K；PEG 3500, AMMONIUM PHOSPHATE, TRIS, pH 7.90, MICRODIALYSIS, temperature 298K
分辨率 3.65 Å R-free 0.290
2FFD Fibrinogen Fragment D with "A" knob peptide mimic GPRVVE 提交 2005-12-19 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 187–499（313 aa） 片段：residues 179-491
未记录 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；10% PEG3350, 12.5 mM CaCl2, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.89 Å R-free 0.268
2FFD Fibrinogen Fragment D with "A" knob peptide mimic GPRVVE 提交 2005-12-19 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 E 187–499（313 aa） 片段：residues 179-491
未记录 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；10% PEG3350, 12.5 mM CaCl2, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.89 Å R-free 0.268
2H43 Crystal Structure of Human Fragment D Complexed with Ala-His-Arg-Pro-amide 提交 2006-05-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 164–491（328 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；fragment D, 5 mg/mil, 4mM AHRPam, 50mM Tris, pH 7.5, 7.5% PEG, 7.5mM CaCl2, 1mM sodium azide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.70 Å R-free 0.307
2H43 Crystal Structure of Human Fragment D Complexed with Ala-His-Arg-Pro-amide 提交 2006-05-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 164–491（328 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；fragment D, 5 mg/mil, 4mM AHRPam, 50mM Tris, pH 7.5, 7.5% PEG, 7.5mM CaCl2, 1mM sodium azide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.70 Å R-free 0.307
2HLO Crystal Structure of Fragment D-dimer from Human Fibrin Complexed with Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide 提交 2006-07-08 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 164–491（328 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；10mg/ml fibrinogen, 2mM Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide, 7.5mM CaCl2, 10% PEG, 50mM Tris, 2mM sodium azide, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.60 Å R-free 0.268
2HLO Crystal Structure of Fragment D-dimer from Human Fibrin Complexed with Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide 提交 2006-07-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 164–491（328 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；10mg/ml fibrinogen, 2mM Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide, 7.5mM CaCl2, 10% PEG, 50mM Tris, 2mM sodium azide, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.60 Å R-free 0.268
2HOD Crystal Structure of Fragment D from Human Fibrinogen Complexed with Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide 提交 2006-07-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 164–491（328 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of 10 mg/ml fragment D, 5 mM Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide, 50 mM Tris, pH 7.0 and 16% PEG 3350, 50 mM Tris pH 8.0 mM 20 mM CaCl2, 2 mM sodium azide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.90 Å R-free 0.347
2HOD Crystal Structure of Fragment D from Human Fibrinogen Complexed with Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide 提交 2006-07-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 E 164–491（328 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of 10 mg/ml fragment D, 5 mM Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide, 50 mM Tris, pH 7.0 and 16% PEG 3350, 50 mM Tris pH 8.0 mM 20 mM CaCl2, 2 mM sodium azide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.90 Å R-free 0.347
2HOD Crystal Structure of Fragment D from Human Fibrinogen Complexed with Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide 提交 2006-07-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 H 164–491（328 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of 10 mg/ml fragment D, 5 mM Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide, 50 mM Tris, pH 7.0 and 16% PEG 3350, 50 mM Tris pH 8.0 mM 20 mM CaCl2, 2 mM sodium azide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.90 Å R-free 0.347
2HOD Crystal Structure of Fragment D from Human Fibrinogen Complexed with Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide 提交 2006-07-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 K 164–491（328 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of 10 mg/ml fragment D, 5 mM Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide, 50 mM Tris, pH 7.0 and 16% PEG 3350, 50 mM Tris pH 8.0 mM 20 mM CaCl2, 2 mM sodium azide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.90 Å R-free 0.347
2HPC Crystal structure of fragment D from Human Fibrinogen Complexed with Gly-Pro-Arg-Pro-amide. 提交 2006-07-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 164–491（328 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of 10 mg/ml fragment D, 5 mM Gly-Pro-Arg-Pro-amide, 50 mM Tris, pH 7.0 and 16% PEG 3350, 50 mM Tris pH 8.0, 20 mM CaCl2, 2 mM sodium azide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.90 Å R-free 0.360
2HPC Crystal structure of fragment D from Human Fibrinogen Complexed with Gly-Pro-Arg-Pro-amide. 提交 2006-07-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 E 164–491（328 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of 10 mg/ml fragment D, 5 mM Gly-Pro-Arg-Pro-amide, 50 mM Tris, pH 7.0 and 16% PEG 3350, 50 mM Tris pH 8.0, 20 mM CaCl2, 2 mM sodium azide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.90 Å R-free 0.360
2HPC Crystal structure of fragment D from Human Fibrinogen Complexed with Gly-Pro-Arg-Pro-amide. 提交 2006-07-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 H 164–491（328 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of 10 mg/ml fragment D, 5 mM Gly-Pro-Arg-Pro-amide, 50 mM Tris, pH 7.0 and 16% PEG 3350, 50 mM Tris pH 8.0, 20 mM CaCl2, 2 mM sodium azide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.90 Å R-free 0.360
2HPC Crystal structure of fragment D from Human Fibrinogen Complexed with Gly-Pro-Arg-Pro-amide. 提交 2006-07-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 K 164–491（328 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of 10 mg/ml fragment D, 5 mM Gly-Pro-Arg-Pro-amide, 50 mM Tris, pH 7.0 and 16% PEG 3350, 50 mM Tris pH 8.0, 20 mM CaCl2, 2 mM sodium azide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.90 Å R-free 0.360
2OYH Crystal Structure of Fragment D of gammaD298,301A Fibrinogen with the Peptide Ligand Gly-His-Arg-Pro-Amide 提交 2007-02-22 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 179–491（313 aa） 片段：Residues 179-491
未记录 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；5 microL of 10 mg/mL protein in HBS with 3 mM GHRP were mixed with an identical volume of well solution containing 50 mM Tris, pH 8.5, 2 mM NaN3, 12.5 mM CaCl2, and 11% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.40 Å R-free 0.259
2OYH Crystal Structure of Fragment D of gammaD298,301A Fibrinogen with the Peptide Ligand Gly-His-Arg-Pro-Amide 提交 2007-02-22 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 E 179–491（313 aa） 片段：Residues 179-491
未记录 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；5 microL of 10 mg/mL protein in HBS with 3 mM GHRP were mixed with an identical volume of well solution containing 50 mM Tris, pH 8.5, 2 mM NaN3, 12.5 mM CaCl2, and 11% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.40 Å R-free 0.259
2OYI Crystal Structure of Fragment D of gammaD298,301A Fibrinogen with the Peptide Ligand Gly-Pro-Arg-Pro-Amide 提交 2007-02-22 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 179–491（313 aa） 片段：Residues 149-461
未记录 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；5 microL of 10 mg/mL protein in HBS with 3 mM GPRP were mixed with an identical volume of well solution containing 50 mM Tris, pH 8.5, 2 mM NaN3, 12.5 mM CaCl2, and 11% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.70 Å R-free 0.256
2OYI Crystal Structure of Fragment D of gammaD298,301A Fibrinogen with the Peptide Ligand Gly-Pro-Arg-Pro-Amide 提交 2007-02-22 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 E 179–491（313 aa） 片段：Residues 149-461
未记录 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；5 microL of 10 mg/mL protein in HBS with 3 mM GPRP were mixed with an identical volume of well solution containing 50 mM Tris, pH 8.5, 2 mM NaN3, 12.5 mM CaCl2, and 11% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.70 Å R-free 0.256
2Q9I Crystal Structure of D-Dimer from Human Fibrin Complexed with Met-His-Arg-Pro-Tyr-amide. 提交 2007-06-12 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 164–491（328 aa） 片段：UNP residues 164-491
未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of (a) 9 mg/ml D-dimer, 2 mM Gly-His-Arg-Pro-amide, 0.05 M Tris, pH 7.0, 5 mM CaCl2 and (b) 10% PEG, 5 mM CaCl2, 0.05M Tris, pH 8.0, 2 mM sodium azide. Crystals were subsequently soaked in same solution containing 0.6 mM Met-His-Arg-Pro-Tyr-amide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.0K
分辨率 2.80 Å R-free 0.276
2Q9I Crystal Structure of D-Dimer from Human Fibrin Complexed with Met-His-Arg-Pro-Tyr-amide. 提交 2007-06-12 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 E 164–491（328 aa） 片段：UNP residues 164-491
未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of (a) 9 mg/ml D-dimer, 2 mM Gly-His-Arg-Pro-amide, 0.05 M Tris, pH 7.0, 5 mM CaCl2 and (b) 10% PEG, 5 mM CaCl2, 0.05M Tris, pH 8.0, 2 mM sodium azide. Crystals were subsequently soaked in same solution containing 0.6 mM Met-His-Arg-Pro-Tyr-amide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.0K
分辨率 2.80 Å R-free 0.276
2XNX BC1 fragment of streptococcal M1 protein in complex with human fibrinogen 提交 2010-08-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric
链 B 164–491（328 aa） 片段：FRAGMENT D, RESIDUES 164-491
链 E 164–491（328 aa） 片段：FRAGMENT D, RESIDUES 164-491
链 H 164–491（328 aa） 片段：FRAGMENT D, RESIDUES 164-491
链 K 164–491（328 aa） 片段：FRAGMENT D, RESIDUES 164-491
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 16% PEG 3350, 0.2 M SODIUM TARTRATE WITH SEEDS GROWN IN 0.6 M K2/NA2 PO4, 0.12 M (NH4)2SO4, 0.1 M HEPES, PH 7.5
分辨率 3.30 Å R-free 0.325
2XNY A fragment of streptococcal M1 protein in complex with human fibrinogen 提交 2010-08-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 164–491（328 aa） 片段：FRAGMENT D, RESIDUES 164-491
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 1.3 M AMMONIUM TARTRATE, 0.1 M MES, PH 6.25.
分辨率 7.50 Å R-free 0.408
2XNY A fragment of streptococcal M1 protein in complex with human fibrinogen 提交 2010-08-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 164–491（328 aa） 片段：FRAGMENT D, RESIDUES 164-491
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 1.3 M AMMONIUM TARTRATE, 0.1 M MES, PH 6.25.
分辨率 7.50 Å R-free 0.408
3BVH Crystal Structure of Recombinant gammaD364A Fibrinogen Fragment D with the Peptide Ligand Gly-Pro-Arg-Pro-Amide 提交 2008-01-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 191–488（298 aa） 片段：residues 191-488
未记录 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9 % PEG 3350, 50 mM Tris-HCl pH 8.5, 2 mM sodium azide, 12.5 mM sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.60 Å R-free 0.260
3BVH Crystal Structure of Recombinant gammaD364A Fibrinogen Fragment D with the Peptide Ligand Gly-Pro-Arg-Pro-Amide 提交 2008-01-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 E 191–488（298 aa） 片段：residues 191-488
未记录 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9 % PEG 3350, 50 mM Tris-HCl pH 8.5, 2 mM sodium azide, 12.5 mM sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.60 Å R-free 0.260
3E1I Crystal Structure of BbetaD432A Variant Fibrinogen Fragment D with the Peptide Ligand Gly-His-Arg-Pro-amide 提交 2008-08-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 164–491（328 aa）
突变：D432A NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；50 mM Tris, 12.5 mM calcium chloride, 12% PEG 3350, 2 mM sodium azide, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.30 Å R-free 0.242
3E1I Crystal Structure of BbetaD432A Variant Fibrinogen Fragment D with the Peptide Ligand Gly-His-Arg-Pro-amide 提交 2008-08-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 164–491（328 aa）
突变：D432A NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；50 mM Tris, 12.5 mM calcium chloride, 12% PEG 3350, 2 mM sodium azide, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.30 Å R-free 0.242
3GHG Crystal Structure of Human Fibrinogen 提交 2009-03-03 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 B 31–491（461 aa） 片段：mature chain
链 E 31–491（461 aa） 片段：mature chain
未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；2% PEG 3350, 0.2 M TMAO, 75 mM NaCl, 50 mM Tris, 1 mM CaCl2, 1 mM HPRPam, 1 mM GHRPam, 1 mM sodium azide, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.90 Å R-free 0.309
3GHG Crystal Structure of Human Fibrinogen 提交 2009-03-03 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 H 31–491（461 aa） 片段：mature chain
链 K 31–491（461 aa） 片段：mature chain
未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；2% PEG 3350, 0.2 M TMAO, 75 mM NaCl, 50 mM Tris, 1 mM CaCl2, 1 mM HPRPam, 1 mM GHRPam, 1 mM sodium azide, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.90 Å R-free 0.309
3H32 Crystal structure of D-dimer from human fibrin complexed with Gly-His-Arg-Pro-Tyr-amide 提交 2009-04-15 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 B 31–488（458 aa） 片段：UNP residues 31-488
链 E 31–488（458 aa） 片段：UNP residues 31-488
未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；Equal volumes of (a) 5 mg/mL D-dimer, 0.5 mM GHRPYam, 0.3 mM GPRPam, 0.05 M Tris-HCl pH 8.0 and (b) 1% PEG 3350, 1 mM Iodoacetamide, 1 mM CaCl2, 2mM Sodium azide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 3.60 Å R-free 0.320
3HUS Crystal structure of recombinant gamma N308K fibrinogen fragment D with the peptide ligand Gly-Pro-Arg-Pro-amide 提交 2009-06-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 179–491（313 aa） 片段：Fragment D: UNP residues 179-491
未记录 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9% PEG 3350, 50 mM Tris-HCl pH 8.5, 2 mM Sodium azide, 12.5 mM Calcium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 3.04 Å R-free 0.288
3HUS Crystal structure of recombinant gamma N308K fibrinogen fragment D with the peptide ligand Gly-Pro-Arg-Pro-amide 提交 2009-06-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 E 179–491（313 aa） 片段：Fragment D: UNP residues 179-491
未记录 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9% PEG 3350, 50 mM Tris-HCl pH 8.5, 2 mM Sodium azide, 12.5 mM Calcium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 3.04 Å R-free 0.288

共 30 个其他 PDB 条目、55 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FIBB_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–326； UniProt 164–489 作者链 E； PDB构建体 1–326； UniProt 164–489

Fibrinogen, gamma polypeptide

物种未注明

UniProt Q53Y18

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 10 其他聚合物 1 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 114–437 链 F； UniProt 114–437 片段：residues in database 114-437 Fibrinogen alpha chain × 2 （P02671） Fibrinogen beta chain × 2 （P02675） Fibrin B knob (tetrapeptide) × 2 Fibrin B knob (pentapeptide) × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 8 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of (a) 9 mg/ml D-dimer, 2mM Gly-His-Arg-Pro-amide, 0.05M Tris, pH 7.0, 5mM CaCl2; (b) 10% PEG, 5mM CaCl2, 0.05M Tris, pH 8.0, 2mM sodium azide; The crystal was subsequently soaked in 0.5mM Gly-His-Arg-Pro-Tyr-amide in solution of came constitution., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.0K 分辨率 2.70 Å R-free 0.275
2 其他组合 异源复合物 蛋白 × 5 其他聚合物 1 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 114–437 片段：residues in database 114-437 Fibrinogen alpha chain × 1 （P02671） Fibrinogen beta chain × 1 （P02675） Fibrin B knob (tetrapeptide) × 1 Fibrin B knob (pentapeptide) × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of (a) 9 mg/ml D-dimer, 2mM Gly-His-Arg-Pro-amide, 0.05M Tris, pH 7.0, 5mM CaCl2; (b) 10% PEG, 5mM CaCl2, 0.05M Tris, pH 8.0, 2mM sodium azide; The crystal was subsequently soaked in 0.5mM Gly-His-Arg-Pro-Tyr-amide in solution of came constitution., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.0K 分辨率 2.70 Å R-free 0.275
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白拷贝数一致 链 F； UniProt 114–437 片段：residues in database 114-437 Fibrinogen alpha chain × 1 （P02671） Fibrinogen beta chain × 1 （P02675） Fibrin B knob (tetrapeptide) × 1 Fibrin B knob (pentapeptide) × 1 CA CALCIUM ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of (a) 9 mg/ml D-dimer, 2mM Gly-His-Arg-Pro-amide, 0.05M Tris, pH 7.0, 5mM CaCl2; (b) 10% PEG, 5mM CaCl2, 0.05M Tris, pH 8.0, 2mM sodium azide; The crystal was subsequently soaked in 0.5mM Gly-His-Arg-Pro-Tyr-amide in solution of came constitution., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.0K 分辨率 2.70 Å R-free 0.275

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2Z4E Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2HOD Crystal Structure of Fragment D from Human Fibrinogen Complexed with Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide 提交 2006-07-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 C 115–437（323 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of 10 mg/ml fragment D, 5 mM Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide, 50 mM Tris, pH 7.0 and 16% PEG 3350, 50 mM Tris pH 8.0 mM 20 mM CaCl2, 2 mM sodium azide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.90 Å R-free 0.347
2HOD Crystal Structure of Fragment D from Human Fibrinogen Complexed with Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide 提交 2006-07-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 F 115–437（323 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of 10 mg/ml fragment D, 5 mM Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide, 50 mM Tris, pH 7.0 and 16% PEG 3350, 50 mM Tris pH 8.0 mM 20 mM CaCl2, 2 mM sodium azide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.90 Å R-free 0.347
2HOD Crystal Structure of Fragment D from Human Fibrinogen Complexed with Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide 提交 2006-07-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 I 115–437（323 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of 10 mg/ml fragment D, 5 mM Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide, 50 mM Tris, pH 7.0 and 16% PEG 3350, 50 mM Tris pH 8.0 mM 20 mM CaCl2, 2 mM sodium azide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.90 Å R-free 0.347
2HOD Crystal Structure of Fragment D from Human Fibrinogen Complexed with Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide 提交 2006-07-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 L 115–437（323 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of 10 mg/ml fragment D, 5 mM Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide, 50 mM Tris, pH 7.0 and 16% PEG 3350, 50 mM Tris pH 8.0 mM 20 mM CaCl2, 2 mM sodium azide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.90 Å R-free 0.347
2HPC Crystal structure of fragment D from Human Fibrinogen Complexed with Gly-Pro-Arg-Pro-amide. 提交 2006-07-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 C 115–437（323 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of 10 mg/ml fragment D, 5 mM Gly-Pro-Arg-Pro-amide, 50 mM Tris, pH 7.0 and 16% PEG 3350, 50 mM Tris pH 8.0, 20 mM CaCl2, 2 mM sodium azide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.90 Å R-free 0.360
2HPC Crystal structure of fragment D from Human Fibrinogen Complexed with Gly-Pro-Arg-Pro-amide. 提交 2006-07-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 F 115–437（323 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of 10 mg/ml fragment D, 5 mM Gly-Pro-Arg-Pro-amide, 50 mM Tris, pH 7.0 and 16% PEG 3350, 50 mM Tris pH 8.0, 20 mM CaCl2, 2 mM sodium azide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.90 Å R-free 0.360
2HPC Crystal structure of fragment D from Human Fibrinogen Complexed with Gly-Pro-Arg-Pro-amide. 提交 2006-07-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 I 115–437（323 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of 10 mg/ml fragment D, 5 mM Gly-Pro-Arg-Pro-amide, 50 mM Tris, pH 7.0 and 16% PEG 3350, 50 mM Tris pH 8.0, 20 mM CaCl2, 2 mM sodium azide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.90 Å R-free 0.360
2HPC Crystal structure of fragment D from Human Fibrinogen Complexed with Gly-Pro-Arg-Pro-amide. 提交 2006-07-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 L 115–437（323 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of 10 mg/ml fragment D, 5 mM Gly-Pro-Arg-Pro-amide, 50 mM Tris, pH 7.0 and 16% PEG 3350, 50 mM Tris pH 8.0, 20 mM CaCl2, 2 mM sodium azide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.90 Å R-free 0.360
2Q9I Crystal Structure of D-Dimer from Human Fibrin Complexed with Met-His-Arg-Pro-Tyr-amide. 提交 2007-06-12 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 C 114–437（324 aa） 片段：UNP residues 114-437
未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of (a) 9 mg/ml D-dimer, 2 mM Gly-His-Arg-Pro-amide, 0.05 M Tris, pH 7.0, 5 mM CaCl2 and (b) 10% PEG, 5 mM CaCl2, 0.05M Tris, pH 8.0, 2 mM sodium azide. Crystals were subsequently soaked in same solution containing 0.6 mM Met-His-Arg-Pro-Tyr-amide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.0K
分辨率 2.80 Å R-free 0.276
2Q9I Crystal Structure of D-Dimer from Human Fibrin Complexed with Met-His-Arg-Pro-Tyr-amide. 提交 2007-06-12 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 F 114–437（324 aa） 片段：UNP residues 114-437
未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of (a) 9 mg/ml D-dimer, 2 mM Gly-His-Arg-Pro-amide, 0.05 M Tris, pH 7.0, 5 mM CaCl2 and (b) 10% PEG, 5 mM CaCl2, 0.05M Tris, pH 8.0, 2 mM sodium azide. Crystals were subsequently soaked in same solution containing 0.6 mM Met-His-Arg-Pro-Tyr-amide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.0K
分辨率 2.80 Å R-free 0.276
2VDO Integrin AlphaIIbBeta3 Headpiece Bound to Fibrinogen Gamma chain peptide, HHLGGAKQAGDV 提交 2007-10-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 C 426–437（12 aa） 片段：GAMMA CHAIN C-TERMINAL PEPTIDE, RESIDUES 426-437
未记录 GOL GLYCEROL × 2 CA CALCIUM ION × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；11% PEG 3350, 0.7 M MAGNESIUM ACETATE, 0.1 M SODIUM CACODYLATE, PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 277K
分辨率 2.51 Å R-free 0.190
2VDP Integrin AlphaIIbBeta3 Headpiece Bound to Fibrinogen Gamma chain peptide,LGGAKQAGDV 提交 2007-10-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 C 428–437（10 aa） 片段：GAMMA CHAIN C-TERMINAL PEPTIDE, RESIDUES 428-437
未记录 GOL GLYCEROL × 2 CA CALCIUM ION × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；11% PEG 3350, 0.7 M MAGNESIUM ACETATE, 0.1 M SODIUM CACODYLATE, PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.204
2VDQ Integrin AlphaIIbBeta3 Headpiece Bound to a Chimeric Fibrinogen Gamma chain peptide, HHLGGAKQRGDV 提交 2007-10-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 C 426–437（12 aa） 片段：GAMMA CHAIN C-TERMINAL PEPTIDE, RESIDUES 426-437
突变：YES GOL GLYCEROL × 2 CA CALCIUM ION × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；11% PEG 3350, 0.7 M MAGNESIUM ACETATE, 0.1 M SODIUM CACODYLATE, PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 277K
分辨率 2.59 Å R-free 0.190
2VDR Integrin AlphaIIbBeta3 Headpiece Bound to a chimeric Fibrinogen Gamma chain peptide, LGGAKQRGDV 提交 2007-10-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 C 428–437（10 aa） 片段：GAMMA CHAIN C-TERMINAL PEPTIDE, RESIDUES 428-437
突变：YES GOL GLYCEROL × 2 CA CALCIUM ION × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；11% PEG 3350, 0.7 M MAGNESIUM ACETATE, 0.1 M SODIUM CACODYLATE, PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 277K
分辨率 2.40 Å R-free 0.193

共 7 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q53Y18_HUMAN
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–324； UniProt 114–437 作者链 F； PDB构建体 1–324； UniProt 114–437

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2z4e

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2z4e
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2z4e
沉积日期 deposition_date2007-06-16
结构标题 titleCrystal Structure of D-Dimer from Human Fibrin Complexed with Gly-His-Arg-Pro-Tyr-amide
关键词 keywordsfibrin clots, B-knobs, beta-holes, BLOOD CLOTTING; BLOOD CLOTTING
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier54.06 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron55.59 Å
零角强度 I(0) i0363249000.00
分子量 molecular_weight151600.0 kDa
排除体积 excluded_volume187070 ų
包络体积 envelope_volume246520 ų
水化壳体积 shell_volume44829 ų
包络直径 envelope_diameter221.9 Å
壳层 Rg shell_rg43.52 Å
包络 Rg envelope_rg56.79 Å
形状 Rg shape_rg55.48 Å
总 Rg total_rg55.52 Å
总原子数 total_atoms10646
残基数 n_residues1315
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax210.1 Å
Rg (实空间) rg_real55.16 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error4.64 Å
I(0) (实空间) i0_real3.6320e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.0970e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal53.15 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal362200000.0000
解质量估计 total_estimate0.5884
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary29.0 Å
偏度 Skewness skewness0.716
峰度 Kurtosis kurtosis-0.210
角度范围 angular_range— – 0.1450 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha11670000.0000
实空间数据点数 n_real_points30
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.176; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.123; Smooth: 0.000
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id2z4eA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 —
结构域编号 domain_id2z4eB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology215 — Gamma Fibrinogen; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Gamma Fibrinogen, chain A, domain 1
结构域编号 domain_id2z4eB02
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology530 — Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment, domain 2
结构域编号 domain_id2z4eC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology215 — Gamma Fibrinogen; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Gamma Fibrinogen, chain A, domain 1
结构域编号 domain_id2z4eC02
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology530 — Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment, domain 2
结构域编号 domain_id2z4eD00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 —
结构域编号 domain_id2z4eE01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology215 — Gamma Fibrinogen; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Gamma Fibrinogen, chain A, domain 1
结构域编号 domain_id2z4eE02
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology530 — Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment, domain 2
结构域编号 domain_id2z4eF01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology215 — Gamma Fibrinogen; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Gamma Fibrinogen, chain A, domain 1
结构域编号 domain_id2z4eF02
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology530 — Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment, domain 2
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)