2z4e

Crystal Structure of D-Dimer from Human Fibrin Complexed with Gly-His-Arg-Pro-Tyr-amide

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fibrinogen alpha chain

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 10 其他聚合物 1	Fibrinogen beta chain × 2 （P02675） Fibrinogen, gamma polypeptide × 2 （Q53Y18） Fibrin B knob (tetrapeptide) × 2 Fibrin B knob (pentapeptide) × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CALCIUM ION × 8 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	与蛋白数一致
2	其他组合	异源复合物	蛋白 5 其他聚合物 1	Fibrinogen beta chain × 1 （P02675） Fibrinogen, gamma polypeptide × 1 （Q53Y18） Fibrin B knob (tetrapeptide) × 1 Fibrin B knob (pentapeptide) × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CALCIUM ION × 4	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Fibrinogen beta chain × 1 （P02675） Fibrinogen, gamma polypeptide × 1 （Q53Y18） Fibrin B knob (tetrapeptide) × 1 Fibrin B knob (pentapeptide) × 1 CALCIUM ION × 4 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FIBA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–87； UniProt 130–216 作者链 D； PDB构建体 1–87； UniProt 130–216

Fibrinogen beta chain

物种未注明

UniProt P02675

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 10 其他聚合物 1	Fibrinogen alpha chain × 2 （P02671） Fibrinogen, gamma polypeptide × 2 （Q53Y18） Fibrin B knob (tetrapeptide) × 2 Fibrin B knob (pentapeptide) × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CALCIUM ION × 8 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	与蛋白数一致
2	其他组合	异源复合物	蛋白 5 其他聚合物 1	Fibrinogen alpha chain × 1 （P02671） Fibrinogen, gamma polypeptide × 1 （Q53Y18） Fibrin B knob (tetrapeptide) × 1 Fibrin B knob (pentapeptide) × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CALCIUM ION × 4	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Fibrinogen alpha chain × 1 （P02671） Fibrinogen, gamma polypeptide × 1 （Q53Y18） Fibrin B knob (tetrapeptide) × 1 Fibrin B knob (pentapeptide) × 1 CALCIUM ION × 4 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FIBB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–326； UniProt 164–489 作者链 E； PDB构建体 1–326； UniProt 164–489

Fibrinogen, gamma polypeptide

物种未注明

UniProt Q53Y18

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 10 其他聚合物 1	Fibrinogen alpha chain × 2 （P02671） Fibrinogen beta chain × 2 （P02675） Fibrin B knob (tetrapeptide) × 2 Fibrin B knob (pentapeptide) × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CALCIUM ION × 8 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	与蛋白数一致
2	其他组合	异源复合物	蛋白 5 其他聚合物 1	Fibrinogen alpha chain × 1 （P02671） Fibrinogen beta chain × 1 （P02675） Fibrin B knob (tetrapeptide) × 1 Fibrin B knob (pentapeptide) × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CALCIUM ION × 4	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Fibrinogen alpha chain × 1 （P02671） Fibrinogen beta chain × 1 （P02675） Fibrin B knob (tetrapeptide) × 1 Fibrin B knob (pentapeptide) × 1 CALCIUM ION × 4 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q53Y18_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–324； UniProt 114–437 作者链 F； PDB构建体 1–324； UniProt 114–437

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2z4e
沉积日期 deposition_date	2007-06-16
结构标题 title	Crystal Structure of D-Dimer from Human Fibrin Complexed with Gly-His-Arg-Pro-Tyr-amide
关键词 keywords	fibrin clots, B-knobs, beta-holes, BLOOD CLOTTING; BLOOD CLOTTING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2z4e__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2z4e__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2z4e__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	54.06 Å
Rg（电子密度）	55.59 Å
总 Rg	55.52 Å
原子数	10646
残基数	1315
排除体积	187070 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2z4e__assembly_1__model_1`	decameric （10）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2z4e__assembly_2__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2z4e__assembly_3__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Fibrinogen alpha chain
分子量 formula_weight	10245.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	10646

VSEDLRSRIEVLKRKVIEKVQHIQLLQKNVRAQLVDMKRLEVDIDIKIRSCRGSCSRALAREVDLKDYEDQQKQLEQVIAKDLLPSR

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Fibrinogen beta chain
分子量 formula_weight	37435.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

DNENVVNEYSSELEKHQLYIDETVNSNIPTNLRVLRSILENLRSKIQKLESDVSAQMEYCRTPCTVSCNIPVVSGKECEEIIRKGGETSEMYLIQPDSSVKPYRVYCDMNTENGGWTVIQNRQDGSVDFGRKWDPYKQGFGNVATNTDGKNYCGLPGEYWLGNDKISQLTRMGPTELLIEMEDWKGDKVKAHYGGFTVQNEANKYQISVNKYRGTAGNALMDGASQLMGENRTMTIHNGMFFSTYDRDNDGWLTSDPRKQCSKEDGGGWWYNRCHAANPNGRYYWGGQYTWDMAKHGTDDGVVWMNWKGSWYSMRKMSMKIRPFFP

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Fibrinogen, gamma polypeptide
分子量 formula_weight	36693.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

KMLEEIMKYEASILTHDSSIRYLQEIYNSNNQKIVNLKEKVAQLEAQCQEPCKDTVQIHDITGKDCQDIANKGAKQSGLYFIKPLKANQQFLVYCEIDGSGNGWTVFQKRLDGSVDFKKNWIQYKEGFGHLSPTGTTEFWLGNEKIHLISTQSAIPYALRVELEDWNGRTSTADYAMFKVGPEADKYRLTYAYFAGGDAGDAFDGFDFGDDPSDKFFTSHNGMQFSTWDNDNDKFEGNCAEQDGSGWWMNKCHAGHLNGVYYQGGTYSKASTPNGYDNGIIWATWKTRWYSMKKTTMKIIPFNRLTIGEGQQHHLGGAKQAGDV

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Fibrin B knob (tetrapeptide)
分子量 formula_weight	467.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S,T

GHRP

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Fibrin B knob (pentapeptide)
分子量 formula_weight	630.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J

GHRPY

实体 6 Entity 6 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	2z4eA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	2z4eB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	215 — Gamma Fibrinogen; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Gamma Fibrinogen, chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	2z4eB02
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	530 — Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment, domain 2

结构域编号 domain_id	2z4eC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	215 — Gamma Fibrinogen; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Gamma Fibrinogen, chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	2z4eC02
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	530 — Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment, domain 2

结构域编号 domain_id	2z4eD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	2z4eE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	215 — Gamma Fibrinogen; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Gamma Fibrinogen, chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	2z4eE02
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	530 — Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment, domain 2

结构域编号 domain_id	2z4eF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	215 — Gamma Fibrinogen; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Gamma Fibrinogen, chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	2z4eF02
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	530 — Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment, domain 2

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晶胞边长 a length_a	54.630 Å
晶胞边长 b length_b	148.690 Å
晶胞边长 c length_c	232.680 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2177
R_work r_work	0.2160
R_free r_free	0.2750

Crystal Structure of D-Dimer from Human Fibrin Complexed with Gly-His-Arg-Pro-Tyr-amide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fibrinogen alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Fibrinogen beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Fibrinogen, gamma polypeptide

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2z4e__assembly_1__model_1

2z4e__assembly_1__model_1 | I(q)

2z4e__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 branched

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of D-Dimer from Human Fibrin Complexed with Gly-His-Arg-Pro-Tyr-amide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fibrinogen alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Fibrinogen beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Fibrinogen, gamma polypeptide

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2z4e__assembly_1__model_1

2z4e__assembly_1__model_1 | I(q)

2z4e__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 branched

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (1)