2zhx

Crystal structure of Uracil-DNA Glycosylase from Mycobacterium tuberculosis in complex with a proteinaceous inhibitor

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Uracil-DNA glycosylase

Mycobacterium tuberculosis H37Rv

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Uracil-DNA glycosylase inhibitor × 1 （P14739） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Uracil-DNA glycosylase inhibitor × 1 （P14739） water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Uracil-DNA glycosylase inhibitor × 1 （P14739） water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Uracil-DNA glycosylase inhibitor × 1 （P14739） water × 2	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Uracil-DNA glycosylase inhibitor × 1 （P14739） water × 2	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Uracil-DNA glycosylase inhibitor × 1 （P14739） water × 2	与蛋白数一致
7	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Uracil-DNA glycosylase inhibitor × 1 （P14739） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UNG_MYCTU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 12–238； UniProt 1–227 作者链 C； PDB构建体 12–238； UniProt 1–227 作者链 E； PDB构建体 12–238； UniProt 1–227 作者链 G； PDB构建体 12–238； UniProt 1–227 作者链 I； PDB构建体 12–238； UniProt 1–227 作者链 K； PDB构建体 12–238； UniProt 1–227 作者链 M； PDB构建体 12–238； UniProt 1–227

Uracil-DNA glycosylase inhibitor

Bacillus phage PBS2

UniProt P14739

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Uracil-DNA glycosylase × 1 （P67071） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Uracil-DNA glycosylase × 1 （P67071） water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Uracil-DNA glycosylase × 1 （P67071） water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Uracil-DNA glycosylase × 1 （P67071） water × 2	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Uracil-DNA glycosylase × 1 （P67071） water × 2	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Uracil-DNA glycosylase × 1 （P67071） water × 2	与蛋白数一致
7	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Uracil-DNA glycosylase × 1 （P67071） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UNGI_BPPB2
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–84； UniProt 1–84 作者链 D； PDB构建体 1–84； UniProt 1–84 作者链 F； PDB构建体 1–84； UniProt 1–84 作者链 H； PDB构建体 1–84； UniProt 1–84 作者链 J； PDB构建体 1–84； UniProt 1–84 作者链 L； PDB构建体 1–84； UniProt 1–84 作者链 N； PDB构建体 1–84； UniProt 1–84

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2zhx
沉积日期 deposition_date	2008-02-11
结构标题 title	Crystal structure of Uracil-DNA Glycosylase from Mycobacterium tuberculosis in complex with a proteinaceous inhibitor
关键词 keywords	DNA repair, Ung-Ugi complex, Ung-DNA interactions, DNA damage, Glycosidase, Hydrolase, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2zhx__assembly_5__model_1

Assembly 5 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2zhx__assembly_5__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2zhx__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	20.02 Å
Rg（电子密度）	18.72 Å
总 Rg	19.68 Å
原子数	2323
残基数	307
排除体积	41297 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2zhx__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2zhx__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2zhx__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`2zhx__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`2zhx__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`2zhx__assembly_6__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`2zhx__assembly_7__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Uracil-DNA glycosylase
分子量 formula_weight	25813.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.2.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	7

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,I,K,M
原子数 atom_count	16840

MHHHHHHGMASMTARPLSELVERGWAAALEPVADQVAHMGQFLRAEIAAGRRYLPAGSNVLRAFTFPFDNVRVLIVGQDPYPTPGHAVGLSFSVAPDVRPWPRSLANIFDEYTADLGYPLPSNGDLTPWAQRGVLLLNRVLTVRPSNPASHRGKGWEAVTECAIRALAARAAPLVAILWGRDASTLKPMLAAGNCVAIESPHPSPLSASRGFFGSRPFSRANELLVGMGAEPIDWRLP

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis H37Rv
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83332
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Uracil-DNA glycosylase inhibitor
分子量 formula_weight	9482.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	7

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H,J,L,N

MTNLSDIIEKETGKQLVIQESILMLPEEVEEVIGNKPESDILVHTAYDESTDENVMLLTSDAPEYKPWALVIQDSNGENKIKML

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus phage PBS2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10684
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	519

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (14 domains)

结构域编号 domain_id	d2zhxa_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.18 — Uracil-DNA glycosylase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.18.1 — Uracil-DNA glycosylase-like
家族 Family family	c.18.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2zhxb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.17.5 — Uracil-DNA glycosylase inhibitor protein
家族 Family family	d.17.5.1 — Uracil-DNA glycosylase inhibitor protein

结构域编号 domain_id	d2zhxc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.18 — Uracil-DNA glycosylase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.18.1 — Uracil-DNA glycosylase-like
家族 Family family	c.18.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2zhxd_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.17.5 — Uracil-DNA glycosylase inhibitor protein
家族 Family family	d.17.5.1 — Uracil-DNA glycosylase inhibitor protein

结构域编号 domain_id	d2zhxe_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.18 — Uracil-DNA glycosylase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.18.1 — Uracil-DNA glycosylase-like
家族 Family family	c.18.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2zhxf_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.17.5 — Uracil-DNA glycosylase inhibitor protein
家族 Family family	d.17.5.1 — Uracil-DNA glycosylase inhibitor protein

结构域编号 domain_id	d2zhxg_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.18 — Uracil-DNA glycosylase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.18.1 — Uracil-DNA glycosylase-like
家族 Family family	c.18.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2zhxh_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.17.5 — Uracil-DNA glycosylase inhibitor protein
家族 Family family	d.17.5.1 — Uracil-DNA glycosylase inhibitor protein

结构域编号 domain_id	d2zhxi_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.18 — Uracil-DNA glycosylase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.18.1 — Uracil-DNA glycosylase-like
家族 Family family	c.18.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2zhxj_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.17.5 — Uracil-DNA glycosylase inhibitor protein
家族 Family family	d.17.5.1 — Uracil-DNA glycosylase inhibitor protein

结构域编号 domain_id	d2zhxk_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.18 — Uracil-DNA glycosylase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.18.1 — Uracil-DNA glycosylase-like
家族 Family family	c.18.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2zhxl_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.17.5 — Uracil-DNA glycosylase inhibitor protein
家族 Family family	d.17.5.1 — Uracil-DNA glycosylase inhibitor protein

结构域编号 domain_id	d2zhxm_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.18 — Uracil-DNA glycosylase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.18.1 — Uracil-DNA glycosylase-like
家族 Family family	c.18.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2zhxn_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.17.5 — Uracil-DNA glycosylase inhibitor protein
家族 Family family	d.17.5.1 — Uracil-DNA glycosylase inhibitor protein

CATH v4.4 (14 domains)

结构域编号 domain_id	2zhxA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	470 — Uracil-DNA Glycosylase, subunit E
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Uracil-DNA glycosylase-like domain

结构域编号 domain_id	2zhxB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Bacteriophage PBS2, uracil-glycosylase inhibitor

结构域编号 domain_id	2zhxC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	470 — Uracil-DNA Glycosylase, subunit E
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Uracil-DNA glycosylase-like domain

结构域编号 domain_id	2zhxD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Bacteriophage PBS2, uracil-glycosylase inhibitor

结构域编号 domain_id	2zhxE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	470 — Uracil-DNA Glycosylase, subunit E
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Uracil-DNA glycosylase-like domain

结构域编号 domain_id	2zhxF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Bacteriophage PBS2, uracil-glycosylase inhibitor

结构域编号 domain_id	2zhxG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	470 — Uracil-DNA Glycosylase, subunit E
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Uracil-DNA glycosylase-like domain

结构域编号 domain_id	2zhxH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Bacteriophage PBS2, uracil-glycosylase inhibitor

结构域编号 domain_id	2zhxI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	470 — Uracil-DNA Glycosylase, subunit E
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Uracil-DNA glycosylase-like domain

结构域编号 domain_id	2zhxJ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Bacteriophage PBS2, uracil-glycosylase inhibitor

结构域编号 domain_id	2zhxK00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	470 — Uracil-DNA Glycosylase, subunit E
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Uracil-DNA glycosylase-like domain

结构域编号 domain_id	2zhxL00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Bacteriophage PBS2, uracil-glycosylase inhibitor

结构域编号 domain_id	2zhxM00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	470 — Uracil-DNA Glycosylase, subunit E
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Uracil-DNA glycosylase-like domain

结构域编号 domain_id	2zhxN00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Bacteriophage PBS2, uracil-glycosylase inhibitor

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晶胞边长 a length_a	201.143 Å
晶胞边长 b length_b	64.274 Å
晶胞边长 c length_c	203.677 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	109.72 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	28

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2358
R_work r_work	0.2337
R_free r_free	0.2764

Crystal structure of Uracil-DNA Glycosylase from Mycobacterium tuberculosis in complex with a proteinaceous inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Uracil-DNA glycosylase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Uracil-DNA glycosylase inhibitor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2zhx__assembly_5__model_1

2zhx__assembly_5__model_1 | I(q)

2zhx__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (14 domains)

CATH v4.4 (14 domains)

7. 引用文献 (3)

Crystal structure of Uracil-DNA Glycosylase from Mycobacterium tuberculosis in complex with a proteinaceous inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Uracil-DNA glycosylase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Uracil-DNA glycosylase inhibitor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2zhx__assembly_5__model_1

2zhx__assembly_5__model_1 | I(q)

2zhx__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (14 domains)

CATH v4.4 (14 domains)

7. 引用文献 (3)