SAXSdb — 2zkg

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 404–613	片段：UNP residues 404-613	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1M Tris-HCl (pH8.0), 0.1M Sodium acetate, 12% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.77 Å R-free 0.217
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 404–613	片段：UNP residues 404-613	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1M Tris-HCl (pH8.0), 0.1M Sodium acetate, 12% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.77 Å R-free 0.217
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 404–613	片段：UNP residues 404-613	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1M Tris-HCl (pH8.0), 0.1M Sodium acetate, 12% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.77 Å R-free 0.217
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 404–613	片段：UNP residues 404-613	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1M Tris-HCl (pH8.0), 0.1M Sodium acetate, 12% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.77 Å R-free 0.217

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2ZKG	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
12DL Native structure of the cytoplasmic lattice (CPL) asymmetric unit from mouse MII eggs 提交 2026-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 BA 1–782（782 aa）链 BB 1–782（782 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 11 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
24MC Structure of oocyte cytoplasmic lattices 提交 2026-03-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 b 1–782（782 aa）链 d 1–782（782 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
2ZKD Crystal structure of the SRA domain of mouse Np95 in complex with hemi-methylated CpG DNA 提交 2008-03-19	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 404–613（210 aa）片段：UNP residues 404-613	未记录	ACT ACETATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；0.1M sodium citrate (pH5.6), 0.2M sodium acetate, 30% PEG4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.185
2ZKD Crystal structure of the SRA domain of mouse Np95 in complex with hemi-methylated CpG DNA 提交 2008-03-19	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 404–613（210 aa）片段：UNP residues 404-613	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；0.1M sodium citrate (pH5.6), 0.2M sodium acetate, 30% PEG4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.185
2ZKE Crystal structure of the SRA domain of mouse Np95 in complex with hemi-methylated CpG DNA 提交 2008-03-19	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 404–613（210 aa）片段：UNP residues 404-613	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M Bis-Tris-propane (pH7.5), 0.2M sodium fluoride, 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.275
2ZKF Crystal structure of the SRA domain of mouse Np95 in complex with hemi-methylated CpG DNA 提交 2008-03-19	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 404–613（210 aa）片段：UNP residues 404-613	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M Bis-Tris-propane (pH7.5), 0.2M sodium fluoride, 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.55 Å R-free 0.275
2ZO0 mouse NP95 SRA domain DNA specific complex 1 提交 2008-05-05	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 419–628（210 aa）片段：SRA domain, residues 419-628	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；20% (v/v) polyethylene glycol 3350, 0.4M NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.19 Å R-free 0.253
2ZO0 mouse NP95 SRA domain DNA specific complex 1 提交 2008-05-05	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 419–628（210 aa）片段：SRA domain, residues 419-628	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；20% (v/v) polyethylene glycol 3350, 0.4M NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.19 Å R-free 0.253
2ZO1 Mouse NP95 SRA domain DNA specific complex 2 提交 2008-05-05	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 419–628（210 aa）片段：SRA domain, residues 419-628	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；20% (v/v) polyethylene glycol 3350, 0.4M NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 1.96 Å R-free 0.246
2ZO1 Mouse NP95 SRA domain DNA specific complex 2 提交 2008-05-05	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 419–628（210 aa）片段：SRA domain, residues 419-628	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；20% (v/v) polyethylene glycol 3350, 0.4M NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 1.96 Å R-free 0.246
2ZO2 Mouse NP95 SRA domain non-specific DNA complex 提交 2008-05-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 419–628（210 aa）片段：SRA domain, residues 419-628	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；20% (v/v) polyethylene glycol 3350 or 10000, 0.2-0.4M NaCl, 0.1M MES(pH 5.8-6.2), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 3.09 Å R-free 0.291
2ZO2 Mouse NP95 SRA domain non-specific DNA complex 提交 2008-05-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 419–628（210 aa）片段：SRA domain, residues 419-628	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；20% (v/v) polyethylene glycol 3350 or 10000, 0.2-0.4M NaCl, 0.1M MES(pH 5.8-6.2), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 3.09 Å R-free 0.291
2ZO2 Mouse NP95 SRA domain non-specific DNA complex 提交 2008-05-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 B 419–628（210 aa）片段：SRA domain, residues 419-628	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；20% (v/v) polyethylene glycol 3350 or 10000, 0.2-0.4M NaCl, 0.1M MES(pH 5.8-6.2), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 3.09 Å R-free 0.291
3F8I Mouse UHRF1 SRA domain bound with hemi-methylated CpG, crystal structure in space group P21 提交 2008-11-12	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 418–628（211 aa）片段：YDG domain: UNP residues 419-628	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；277 K；20% PEG 3350, 0.4M NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.29 Å R-free 0.268
3F8I Mouse UHRF1 SRA domain bound with hemi-methylated CpG, crystal structure in space group P21 提交 2008-11-12	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 418–628（211 aa）片段：YDG domain: UNP residues 419-628	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；277 K；20% PEG 3350, 0.4M NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.29 Å R-free 0.268
3F8J Mouse UHRF1 SRA domain bound with hemi-methylated CpG, crystal structure in space group C222(1) 提交 2008-11-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 417–628（212 aa）片段：YDG domain: UNP residues 417-628	未记录	GOL GLYCEROL × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；277 K；20% PEG 3350, 0.4 M NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 1.99 Å R-free 0.232
3FDE Mouse UHRF1 SRA domain bound with hemi-methylated CpG DNA, crystal structure in space group C222(1) at 1.4 A resolution 提交 2008-11-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 419–628（210 aa）片段：YDG domain: UNP residues 419-628	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 11 NA SODIUM ION × 2 UNL UNKNOWN LIGAND × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；277 K；20% PEG 3350, 0.4M NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 1.41 Å R-free 0.186
3FDE Mouse UHRF1 SRA domain bound with hemi-methylated CpG DNA, crystal structure in space group C222(1) at 1.4 A resolution 提交 2008-11-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 419–628（210 aa）片段：YDG domain: UNP residues 419-628	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 11 NA SODIUM ION × 2 UNL UNKNOWN LIGAND × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；277 K；20% PEG 3350, 0.4M NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 1.41 Å R-free 0.186
6M2V Crystal structure of UHRF1 SRA complexed with fully-mCHG DNA. 提交 2020-03-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 417–628（212 aa）链 B 417–628（212 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；0.1M Bis-Tris, pH 8.0, 0.2M NaCl, 12% PEG 3,350	分辨率 3.00 Å R-free 0.276
6VEE Solution structure of the TTD and linker region of mouse UHRF1 (NP95) 提交 2019-12-31	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 122–305（184 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 1 NMR样品组成 250 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] TTD-linker, 50 mM sodium phosphate, 5 mM DTT, 5 mM TCEP, 2 mM beta-mercaptoethanol, 150 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
6VFO Solution structure of the PHD of mouse UHRF1 (NP95) 提交 2020-01-06	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 303–380（78 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；290 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 1 NMR样品组成 200 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] PHD, 5 mM DTT, 2 mM beta-mercaptoethanol, 5 mM TCEP, 150 mM sodium chloride, 50 mM sodium phosphate, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
7XGA NMR strucutre of chimeric protein for model of PHD-Stella complex 提交 2022-04-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 304–372（69 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；293 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1 NMR测量条件 pH 7；293 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1 NMR样品组成 0.66 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PHD_Stella, 10 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.66 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PHD_Stella, 10 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
9SFP Native cytoplasmic lattices from mouse oocytes 提交 2025-08-20	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：54-meric	链 d 1–782（782 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.20 Å
9W2M Cryo-EM structure of the Cytoplasmic lattice(CPL) from mouse oocyte 提交 2025-07-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric	链 P 1–782（782 aa）链 Q 1–782（782 aa）链 p 1–782（782 aa）链 q 1–782（782 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
9XRL Structure of mouse cytoplasmic lattice (CPL) repeating unit 提交 2025-11-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 73 PDB 声明：73-meric	链 AL 1–782（782 aa）链 AR 1–782（782 aa）链 x 1–782（782 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 13 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.74 Å

共 18 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UHRF1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–210； UniProt 404–613 作者链 B； PDB构建体 1–210； UniProt 404–613 作者链 C； PDB构建体 1–210； UniProt 404–613 作者链 D； PDB构建体 1–210； UniProt 404–613

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2zkg
沉积日期 deposition_date	2008-03-19
结构标题 title	Crystal structure of unliganded SRA domain of mouse Np95
关键词 keywords	;Protein-DNA interaction, Cell cycle, Developmental protein, DNA damage, DNA repair, DNA-binding, Ligase, Metal-binding, Nucleus, Phosphoprotein, Transcription, Transcription regulation, Ubl conjugation pathway, Zinc-finger ;; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.38 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.03 Å
零角强度 I(0) i0	122922000.00
分子量 molecular_weight	84042.0 kDa
排除体积 excluded_volume	103430 Å³
包络体积 envelope_volume	137680 Å³
水化壳体积 shell_volume	36305 Å³
包络直径 envelope_diameter	116.2 Å
壳层 Rg shell_rg	38.03 Å
包络 Rg envelope_rg	32.59 Å
形状 Rg shape_rg	33.05 Å
总 Rg total_rg	33.36 Å
总原子数 total_atoms	5933
残基数 n_residues	747
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	112.2 Å
Rg (实空间) rg_real	33.38 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.17 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2290e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9660e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.38 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	122900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8645
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	47.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.294
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.307
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	25940000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.829; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.939; Smooth: 0.809

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1
分子量 formula_weight	23407.1 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.2.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	6486

SGMACVGRTTECTIVPANHFGPIPGVPVGTMWRFRVQVSESGVHRPHVAGIHGRSNDGAYSLVLAGGYEDDVDNGNYFTYTGSGGRDLSGNKRTAGQSSDQKLTNNNRALALNCHSPINEKGAEAEDWRQGKPVRVVRNMKGGKHSKYAPAEGNRYDGIYKVVKYWPERGKSGFLVWRYLLRRDDTEPEPWTREGKDRTRQLGLTMQYPE

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	514

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2zkga_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.122 — PUA domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.122.1 — PUA domain-like
家族 Family family	b.122.1.12 — SRA domain-like

结构域编号 domain_id	d2zkgb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.122 — PUA domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.122.1 — PUA domain-like
家族 Family family	b.122.1.12 — SRA domain-like

结构域编号 domain_id	d2zkgc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.122 — PUA domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.122.1 — PUA domain-like
家族 Family family	b.122.1.12 — SRA domain-like

结构域编号 domain_id	d2zkgd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.122 — PUA domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.122.1 — PUA domain-like
家族 Family family	b.122.1.12 — SRA domain-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2zkgA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	280 — PUA domain-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SRA-YDG

结构域编号 domain_id	2zkgB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	280 — PUA domain-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SRA-YDG

结构域编号 domain_id	2zkgC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	280 — PUA domain-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SRA-YDG

结构域编号 domain_id	2zkgD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	280 — PUA domain-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SRA-YDG

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	64.334 Å
晶胞边长 b length_b	67.013 Å
晶胞边长 c length_c	69.572 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	91.11 °
晶胞夹角 β angle_beta	65.01 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	84.48 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.770 Å
最低分辨率 resolution_low	29.310 Å
R 因子 r_factor	0.1880
R_work r_work	0.1865
R_free r_free	0.2168

fit	/app/data/saxs_computation/zk/2zkg/2zkg.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zk/2zkg/2zkg.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zk/2zkg/2zkg.dat

Crystal structure of unliganded SRA domain of mouse Np95

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction