← 返回搜索
3a6p

Crystal structure of Exportin-5:RanGTP:pre-miRNA complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 197.0 Å Quality: GOOD
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Exportin-5

Homo sapiens

UniProt Q9HAV4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 3 RNA 2 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物数一致 链 A； UniProt 1–1204 未记录 13-mer peptide × 1 GTP-binding nuclear protein Ran × 1 （P62825） pre-microRNA × 1 pre-microRNA × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.92 Å R-free 0.312
2 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 3 RNA 2 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物数一致 链 F； UniProt 1–1204 未记录 13-mer peptide × 1 GTP-binding nuclear protein Ran × 1 （P62825） pre-microRNA × 1 pre-microRNA × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.92 Å R-free 0.312

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3A6P Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5YU6 CRYSTAL STRUCTURE OF EXPORTIN-5:RANGTP COMPLEX 提交 2017-11-20 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1204（1204 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG3350, DTT, MgCl2, spermine tetrahydrochloride
分辨率 3.00 Å R-free 0.269
5YU6 CRYSTAL STRUCTURE OF EXPORTIN-5:RANGTP COMPLEX 提交 2017-11-20 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–1204（1204 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG3350, DTT, MgCl2, spermine tetrahydrochloride
分辨率 3.00 Å R-free 0.269
5YU7 CRYSTAL STRUCTURE OF EXPORTIN-5 提交 2017-11-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–1204（1204 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；283 K；PEG3350, Tacsimate, MPD, MgCl2, DTT
分辨率 3.30 Å R-free 0.229

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 XPO5_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–1204； UniProt 1–1204 作者链 F； PDB构建体 1–1204； UniProt 1–1204

GTP-binding nuclear protein Ran

Canis lupus familiaris

UniProt P62825

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 3 RNA 2 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物数一致 链 C； UniProt 1–216 未记录 Exportin-5 × 1 （Q9HAV4） 13-mer peptide × 1 pre-microRNA × 1 pre-microRNA × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.92 Å R-free 0.312
2 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 3 RNA 2 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物数一致 链 H； UniProt 1–216 未记录 Exportin-5 × 1 （Q9HAV4） 13-mer peptide × 1 pre-microRNA × 1 pre-microRNA × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.92 Å R-free 0.312

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3A6P Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BYU CANINE GDP-RAN 提交 1998-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–216（216 aa） 片段：ALL
链 B 1–216（216 aa） 片段：ALL
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.2；SEE PUBLICATION, pH 7.2
分辨率 2.15 Å R-free 0.243
1QG2 CANINE GDP-RAN R76E MUTANT 提交 1999-04-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–216（216 aa） 片段：ALL
突变：R76E MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.2；SEE PUBLICATION, pH 7.20
分辨率 2.50 Å R-free 0.237
1QG4 CANINE GDP-RAN F72Y MUTANT 提交 1999-04-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–216（216 aa） 片段：ALL
突变：F72Y MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.2；pH 7.20
分辨率 2.50 Å R-free 0.237
1QG4 CANINE GDP-RAN F72Y MUTANT 提交 1999-04-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–216（216 aa） 片段：ALL
突变：F72Y MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.2；pH 7.20
分辨率 2.50 Å R-free 0.237
1WA5 Structure of the Cse1:Imp-alpha:RanGTP complex 提交 2004-10-23 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–176（176 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；291 K；50mM TrisHCl, 200mM NaCl, 5mM Mg(OAc)2, .1mM GTP, 22% PEG3350 and 2% PEG400.
分辨率 2.00 Å R-free 0.216
2BKU Kap95p:RanGTP complex 提交 2005-02-21 构建体不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–177（177 aa） 片段：RESIDUES 1-177
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.70 Å R-free 0.279
2BKU Kap95p:RanGTP complex 提交 2005-02-21 构建体不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–177（177 aa） 片段：RESIDUES 1-177
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.70 Å R-free 0.279
3RAN CANINE GDP-RAN Q69L MUTANT 提交 1998-10-19 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–216（216 aa）
突变：Q69L MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.2；SEE PUBLICATION, pH 7.2
分辨率 2.15 Å R-free 0.243
3RAN CANINE GDP-RAN Q69L MUTANT 提交 1998-10-19 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–216（216 aa）
突变：Q69L MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.2；SEE PUBLICATION, pH 7.2
分辨率 2.15 Å R-free 0.243
3RAN CANINE GDP-RAN Q69L MUTANT 提交 1998-10-19 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–216（216 aa）
突变：Q69L MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.2；SEE PUBLICATION, pH 7.2
分辨率 2.15 Å R-free 0.243
3RAN CANINE GDP-RAN Q69L MUTANT 提交 1998-10-19 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 1–216（216 aa）
突变：Q69L MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.2；SEE PUBLICATION, pH 7.2
分辨率 2.15 Å R-free 0.243
3W3Z Crystal structure of Kap121p bound to RanGTP 提交 2012-12-28 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–176（176 aa） 片段：UNP residues 1-176
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MES, 0.2M CaCl2, 10% PEG 20000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.70 Å R-free 0.298
5BXQ Structure of the NTF2:RanGDP complex 提交 2015-06-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 C 1–216（216 aa）
链 D 1–216（216 aa）
链 E 1–216（216 aa）
未记录 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M Li2SO4, 50 mM Na Citrate pH5.6, 15% PEG4000
分辨率 2.50 Å R-free 0.225
5YU6 CRYSTAL STRUCTURE OF EXPORTIN-5:RANGTP COMPLEX 提交 2017-11-20 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–216（216 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG3350, DTT, MgCl2, spermine tetrahydrochloride
分辨率 3.00 Å R-free 0.269
5YU6 CRYSTAL STRUCTURE OF EXPORTIN-5:RANGTP COMPLEX 提交 2017-11-20 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–216（216 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG3350, DTT, MgCl2, spermine tetrahydrochloride
分辨率 3.00 Å R-free 0.269

共 9 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RAN_CANFA
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–216； UniProt 1–216 作者链 H； PDB构建体 1–216； UniProt 1–216

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3a6p

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3a6p
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3a6p
沉积日期 deposition_date2009-09-07
结构标题 titleCrystal structure of Exportin-5:RanGTP:pre-miRNA complex
关键词 keywords;EXPORTIN-5, PRE-MICRORNA, RANGTP, NUCLEAREXPORT, IMPORTIN-BETA FAMILY, Nucleus, Phosphoprotein, Protein transport, RNA-binding, RNA-mediated gene silencing, Transport, tRNA-binding, Cell cycle, Cell division, GTP-binding, Isopeptide bond, Mitosis, Nucleotide-binding, PROTEIN TRANSPORT-NUCLEAR PROTEIN-RNA COMPLEX ;; PROTEIN TRANSPORT/NUCLEAR PROTEIN/RNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier59.23 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron60.32 Å
零角强度 I(0) i01570550000.00
分子量 molecular_weight316110.0 kDa
排除体积 excluded_volume389070 ų
包络体积 envelope_volume570540 ų
水化壳体积 shell_volume83830 ų
包络直径 envelope_diameter224.6 Å
壳层 Rg shell_rg54.94 Å
包络 Rg envelope_rg59.85 Å
形状 Rg shape_rg60.31 Å
总 Rg total_rg60.22 Å
总原子数 total_atoms22052
残基数 n_residues2602
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax197.0 Å
Rg (实空间) rg_real59.92 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.04 Å
I(0) (实空间) i0_real1.5700e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.4270e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal58.59 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1567000000.0000
解质量估计 total_estimate0.7584
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary43.8 Å
偏度 Skewness skewness0.546
峰度 Kurtosis kurtosis-0.479
角度范围 angular_range— – 0.1350 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha242600000.0000
实空间数据点数 n_real_points28
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.652; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.754; Smooth: 0.147
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd3a6pc_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.8 — G proteins
结构域编号 domain_idd3a6ph_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.8 — G proteins

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id3a6pA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine-rich Repeat Variant
结构域编号 domain_id3a6pC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id3a6pF00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine-rich Repeat Variant
结构域编号 domain_id3a6pH00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
▶

8. 引用文献 (1)

▶

9. 文件与曲线 (10)