SAXSdb — 3a98

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dedicator of cytokinesis protein 2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–177	片段：N-terminal domains, SH3 domain, residues 1-177 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Engulfment and cell motility protein 1 × 1 （Q92556）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；12% PEG 3350, 0.1M di-ammonium hydrogen citrate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.268
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–177	片段：N-terminal domains, SH3 domain, residues 1-177 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Engulfment and cell motility protein 1 × 1 （Q92556）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；12% PEG 3350, 0.1M di-ammonium hydrogen citrate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.268

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3A98	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2RQR The solution structure of human DOCK2 SH3 domain - ELMO1 peptide chimera complex 提交 2009-10-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 8–70（63 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；296 K；离子强度（mmCIF原始值）120；压力 ambient NMR样品组成 1mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 20mM [U-2H] TRIS-2, 100mM sodium chloride-3, 0.02% sodium azide-4, 1mM [U-2H] DTT-5, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2YIN STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN Dock2 AND Rac1. 提交 2011-05-16	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1192–1622（431 aa）片段：DHR2 DOMAIN, RESIDUES 1192-1622	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；293 K；0.1 M MES PH 6.5, 12% (W/V) PEG 3350, 10% (V/V) GLYCEROL AND 150 MM NACL. AT 20 C	分辨率 2.70 Å R-free 0.255
2YIN STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN Dock2 AND Rac1. 提交 2011-05-16	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1192–1622（431 aa）片段：DHR2 DOMAIN, RESIDUES 1192-1622	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；293 K；0.1 M MES PH 6.5, 12% (W/V) PEG 3350, 10% (V/V) GLYCEROL AND 150 MM NACL. AT 20 C	分辨率 2.70 Å R-free 0.255
3B13 Crystal structure of the DHR-2 domain of DOCK2 in complex with Rac1 (T17N mutant) 提交 2011-06-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1196–1622（427 aa）片段：DHR-2 domain (UNP RESIDUES 1196-1622) 链 C 1196–1622（427 aa）片段：DHR-2 domain (UNP RESIDUES 1196-1622)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；100mM sodium citrate, 15% PEG 6000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.01 Å R-free 0.234
6TGB CryoEM structure of the binary DOCK2-ELMO1 complex 提交 2019-11-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1830（1830 aa）链 D 1–1830（1830 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.50 Å
6TGC CryoEM structure of the ternary DOCK2-ELMO1-RAC1 complex. 提交 2019-11-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–1830（1830 aa）链 D 1–1830（1830 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å

共 5 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DOCK2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 8–184； UniProt 1–177 作者链 C； PDB构建体 8–184； UniProt 1–177

Engulfment and cell motility protein 1

Homo sapiens

UniProt Q92556

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 532–727	片段：C-terminal domains, PH domain, residues 532-727 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Dedicator of cytokinesis protein 2 × 1 （Q92608）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；12% PEG 3350, 0.1M di-ammonium hydrogen citrate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.268
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 532–727	片段：C-terminal domains, PH domain, residues 532-727 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Dedicator of cytokinesis protein 2 × 1 （Q92608）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；12% PEG 3350, 0.1M di-ammonium hydrogen citrate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.268

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3A98	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2RQR The solution structure of human DOCK2 SH3 domain - ELMO1 peptide chimera complex 提交 2009-10-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 697–722（26 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；296 K；离子强度（mmCIF原始值）120；压力 ambient NMR样品组成 1mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 20mM [U-2H] TRIS-2, 100mM sodium chloride-3, 0.02% sodium azide-4, 1mM [U-2H] DTT-5, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2VSZ Crystal Structure of the ELMO1 PH domain 提交 2008-05-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 532–675（144 aa）片段：PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN, RESIDUES 532-675 链 B 532–675（144 aa）片段：PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN, RESIDUES 532-675	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.75；2.1 M SODIUM MALONATE [PH 6.75]	分辨率 2.30 Å R-free 0.239
6JPP Solution structure of ELMO1 RBD 提交 2019-03-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–113（113 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 ambient NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Elmo1 RBD, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
6TGB CryoEM structure of the binary DOCK2-ELMO1 complex 提交 2019-11-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–727（727 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.50 Å
6TGC CryoEM structure of the ternary DOCK2-ELMO1-RAC1 complex. 提交 2019-11-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 1–727（727 aa）链 E 1–727（727 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
7DPA Cryo-EM structure of the human ELMO1-DOCK5-Rac1 complex 提交 2020-12-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 1–727（727 aa）链 F 1–727（727 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
7Y4A Crystal structure of human ELMO1 RBD-RhoG complex 提交 2022-06-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–82（82 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.91 M potassium phosphate dibasic and 0.49 M sodium phosphate monobasic monohydrate	分辨率 1.60 Å R-free 0.235
7Y4A Crystal structure of human ELMO1 RBD-RhoG complex 提交 2022-06-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–82（82 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.91 M potassium phosphate dibasic and 0.49 M sodium phosphate monobasic monohydrate	分辨率 1.60 Å R-free 0.235
7Y4A Crystal structure of human ELMO1 RBD-RhoG complex 提交 2022-06-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1–82（82 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.91 M potassium phosphate dibasic and 0.49 M sodium phosphate monobasic monohydrate	分辨率 1.60 Å R-free 0.235
7Y4A Crystal structure of human ELMO1 RBD-RhoG complex 提交 2022-06-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–82（82 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.91 M potassium phosphate dibasic and 0.49 M sodium phosphate monobasic monohydrate	分辨率 1.60 Å R-free 0.235
8JHK Cryo-EM structure of the DOCK5/ELMO1 complex, focused on one protomer 提交 2023-05-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–727（727 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.76 Å
8XM7 Cryo-EM structure of the RhoG/DOCK5/ELMO1/Rac1 complex: RhoG/DOCK5/ELMO1 focused map 提交 2023-12-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–727（727 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.91 Å
8ZJ2 Cryo-EM structure of the RhoG/DOCK5/ELMO1/Rac1 complex 提交 2024-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 1–727（727 aa）链 E 1–727（727 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.66 Å
8ZJI Structure of DOCK5/ELMO1/Rac1 core (RhoG/DOCK5/ELMO1/Rac1 dataset, class 1) 提交 2024-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–727（727 aa）链 D 1–727（727 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.23 Å
8ZJJ Structure of DOCK5/ELMO1/Rac1 core (RhoG/DOCK5/ELMO1/Rac1 dataset, class 2) 提交 2024-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–727（727 aa）链 D 1–727（727 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.23 Å
8ZJK Structure of DOCK5/ELMO1/Rac1 core (RhoG/DOCK5/ELMO1/Rac1 dataset, class 3) 提交 2024-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–727（727 aa）链 D 1–727（727 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.23 Å
8ZJL Structure of DOCK5/ELMO1/Rac1 core (RhoG/DOCK5/ELMO1/Rac1 dataset, class 4) 提交 2024-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–727（727 aa）链 D 1–727（727 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.31 Å
8ZJM Structure of DOCK5/ELMO1/Rac1 core (RhoG/DOCK5/ELMO1/Rac1 dataset, class 5) 提交 2024-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–727（727 aa）链 D 1–727（727 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.52 Å
9LX0 DOCK5/ELMO1 complex with RhoG and Rac1 on lipid membrane 提交 2025-02-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–727（727 aa）链 E 1–727（727 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.98 Å
9LXH DOCK5/ELMO1 complex with RhoG and Rac1 on lipid membrane 提交 2025-02-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–727（727 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.52 Å

共 17 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ELMO1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 8–203； UniProt 532–727 作者链 D； PDB构建体 8–203； UniProt 532–727

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3a98
沉积日期 deposition_date	2009-10-21
结构标题 title	Crystal structure of the complex of the interacting regions of DOCK2 and ELMO1
关键词 keywords	;protein-protein complex, DOCK2, ELMO1, SH3 domain, PH domain, helix bundle, proline-rich sequence, Cytoskeleton, Guanine-nucleotide releasing factor, Membrane, Phosphoprotein, Apoptosis, Cell membrane, Phagocytosis, SH3-binding, SIGNALING PROTEIN ;; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.61 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.73 Å
零角强度 I(0) i0	94496900.00
分子量 molecular_weight	77882.0 kDa
排除体积 excluded_volume	97592 Å³
包络体积 envelope_volume	131590 Å³
水化壳体积 shell_volume	35055 Å³
包络直径 envelope_diameter	115.1 Å
壳层 Rg shell_rg	38.12 Å
包络 Rg envelope_rg	31.57 Å
形状 Rg shape_rg	31.74 Å
总 Rg total_rg	32.24 Å
总原子数 total_atoms	5417
残基数 n_residues	648
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	109.3 Å
Rg (实空间) rg_real	32.56 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.07 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.4500e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6120e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.58 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	94500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8959
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	42.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.216
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.520
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11230000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.900; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.977; Smooth: 0.966

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Dedicator of cytokinesis protein 2
分子量 formula_weight	21402.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	5550

GSSGSSGMAPWRKADKERHGVAIYNFQGSGAPQLSLQIGDVVRIQETCGDWYRGYLIKHKMLQGIFPKSFIHIKEVTVEKRRNTENIIPAEIPLAQEVTTTLWEWGSIWKQLYVASKKERFLQVQSMMYDLMEWRSQLLSGTLPKDELKELKQKVTSKIDYGNKILELDLIVRDEDGNILDPDN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cell free protein synthesis

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Engulfment and cell motility protein 1
分子量 formula_weight	23408.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

GSSGSSGPILELKEKIQPEILELIKQQRLNRLVEGTCFRKLNARRRQDKFWYCRLSPNHKVLHYGDLEESPQGEVPHDSLQDKLPVADIKAVVTGKDCPHMKEKGALKQNKEVLELAFSILYDSNCQLNFIAPDKHEYCIWTDGLNALLGKDMMSDLTRNDLDTLLSMEIKLRLLDLENIQIPDAPPPIPKEPSNYDFVYDCN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cell free protein synthesis

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	133

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	3a98A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — SH3 Domains

结构域编号 domain_id	3a98A02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1270 — Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	350 — Dedicator of cytokinesis N-terminal subdomain

结构域编号 domain_id	3a98B01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	10 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 —

结构域编号 domain_id	3a98B02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

结构域编号 domain_id	3a98C01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — SH3 Domains

结构域编号 domain_id	3a98C02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1270 — Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	350 — Dedicator of cytokinesis N-terminal subdomain

结构域编号 domain_id	3a98D01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	10 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 —

结构域编号 domain_id	3a98D02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	63.837 Å
晶胞边长 b length_b	104.028 Å
晶胞边长 c length_c	124.731 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	49.870 Å
R 因子 r_factor	0.2260
R_work r_work	0.2260
R_free r_free	0.2680

fit	/app/data/saxs_computation/a9/3a98/3a98.fit
pddf	/app/data/pr_computation/a9/3a98/3a98.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/a9/3a98/3a98.dat

Crystal structure of the complex of the interacting regions of DOCK2 and ELMO1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dedicator of cytokinesis protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Engulfment and cell motility protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)