3ave

Crystal Structure of the Fucosylated Fc Fragment from Human Immunoglobulin G1

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 78.4 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ig gamma-1 chain C region

Homo sapiens

UniProt P01857

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 同源多聚体 蛋白 × 2 其他聚合物 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 108–330 链 B; UniProt 108–330 片段:Fc fragment ;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:MICRODIALYSIS;pH 7;277 K;deionized water, 20% 2,3-butanediol, pH 7.0, MICRODIALYSIS, temperature 277K 分辨率 2.00 Å R-free 0.239

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 134 个其他 PDB 条目、162 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IGHG1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–223; UniProt 108–330 作者链 B; PDB构建体 1–223; UniProt 108–330

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3ave

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3ave
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3ave
沉积日期 deposition_date2011-03-04
结构标题 titleCrystal Structure of the Fucosylated Fc Fragment from Human Immunoglobulin G1
关键词 keywordsImmunoglobulin, IgG1, IMMUNE SYSTEM, Immunoglobulin-like beta-sandwich; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.60
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.29
零角强度 I(0) i042146000.00
分子量 molecular_weight50431.0 kDa
排除体积 excluded_volume63200 ų
包络体积 envelope_volume81953 ų
水化壳体积 shell_volume26773 ų
包络直径 envelope_diameter79.2
壳层 Rg shell_rg32.89
包络 Rg envelope_rg24.83
形状 Rg shape_rg25.27
总 Rg total_rg26.21
总原子数 total_atoms3547
残基数 n_residues419
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax78.4
Rg (实空间) rg_real26.44
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.62
I(0) (实空间) i0_real4.2150e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.1740e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.49
I(0) (倒空间) i0_reciprocal42150000.0000
解质量估计 total_estimate0.9173
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary37.9
偏度 Skewness skewness0.035
峰度 Kurtosis kurtosis-0.668
角度范围 angular_range— – 0.3000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5625000.0000
实空间数据点数 n_real_points61
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.980; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.989

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd3avea1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd3avea2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd3aveb1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd3aveb2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id3aveA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id3aveA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id3aveB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id3aveB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)