9hiz

Complex of the Nanofitin Sac7d-C3(C24A) with a human IgG1 Fc fragment

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 133.4 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9hiz
沉积日期 deposition_date	2024-11-27
最后修订 last_revision	2025-07-23
结构标题 title	Complex of the Nanofitin Sac7d-C3(C24A) with a human IgG1 Fc fragment
关键词 keywords	NANOFITIN, FC FRAGMENT, IGG1, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.92 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.62 Å
零角强度 I(0) i0	243676000.00
分子量 molecular_weight	126140.0 kDa
排除体积 excluded_volume	157930 Å³
包络体积 envelope_volume	225370 Å³
水化壳体积 shell_volume	50148 Å³
包络直径 envelope_diameter	141.5 Å
壳层 Rg shell_rg	42.91 Å
包络 Rg envelope_rg	38.16 Å
形状 Rg shape_rg	38.61 Å
总 Rg total_rg	38.95 Å
总原子数 total_atoms	8892
残基数 n_residues	1112
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	133.4 Å
Rg (实空间) rg_real	40.53 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.50 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4380e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.5030e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.96 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	243700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6759
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	45.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.498
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.139
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	2.0170
最高正则化参数 α highest_alpha	14530000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.854; Stabil: 0.882; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.627

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	Immunoglobulin heavy constant gamma 1
分子量 formula_weight	24781.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	8892

MKHHHHHHGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli B

Entity 2 polymer

描述 description	DNA-binding protein 7d
分子量 formula_weight	7887.9 kDa
突变 mutation	K7L,Y8L,K9N,K21R,K22D,W24A,V26Q,M29N,S31K,T33L,D35N,T40Y,R42A,A44N,S46D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R,S,T,U

DAEFVKVKFLLNGEEKEVDTSKIRDVARQGKNVKFLYNDNGKYGAGNVDEKDAPKELLDMLARAEREKK

来源 Source

来源生物 organism	Sulfolobus acidocaldarius DSM 639
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	330779
宿主生物 host_organism	Escherichia coli B

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	68.270 Å
晶胞边长 b length_b	136.840 Å
晶胞边长 c length_c	69.760 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.12 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	69.760 Å
R 因子 r_factor	0.2299
R_work r_work	0.2273
R_free r_free	0.2793

fit	/app/data/saxs_computation/hi/9hiz/9hiz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hi/9hiz/9hiz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hi/9hiz/9hiz.dat

Complex of the Nanofitin Sac7d-C3(C24A) with a human IgG1 Fc fragment

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)