8qpc

18mer DNA mimic Foldamer with an Aromatic linker in complex with Sac7d V26A/M29A protein

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 51.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8qpc
沉积日期 deposition_date	2023-10-01
结构标题 title	18mer DNA mimic Foldamer with an Aromatic linker in complex with Sac7d V26A/M29A protein
关键词 keywords	Foldamer, DNA mimic foldamer, DNA mimicry, Sac7d, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.32 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.34 Å
零角强度 I(0) i0	3624000.00
分子量 molecular_weight	11688.0 kDa
排除体积 excluded_volume	13673 Å³
包络体积 envelope_volume	16000 Å³
水化壳体积 shell_volume	10217 Å³
包络直径 envelope_diameter	50.3 Å
壳层 Rg shell_rg	18.96 Å
包络 Rg envelope_rg	14.61 Å
形状 Rg shape_rg	14.25 Å
总 Rg total_rg	15.40 Å
总原子数 total_atoms	812
残基数 n_residues	63
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	51.3 Å
Rg (实空间) rg_real	15.33 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.34 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.6240e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.2200e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.33 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3624000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8693
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	16.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.376
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.252
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	584400.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.800; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.963; Smooth: 0.933

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	DNA-binding protein 7b
分子量 formula_weight	7538.7 kDa
突变 mutation	V26A/M29A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AA
原子数 atom_count	812

MVKVKFKYKGEEKEVDTSKIKKVWRAGKAVSFTYDDNGKTGRGAVSEKDAPKELLDMLARAEREKK

来源 Source

来源生物 organism	Sulfolobus acidocaldarius
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2285
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	N-[2-(2-methyl-1,3-dioxolan-2-yl)phenyl]-2-{[5-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]amino}pyridine-4-carboxamide
分子量 formula_weight	2561.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

TXXXXXXXXX

Entity 3 polymer

描述 description	N-[2-(2-methyl-1,3-dioxolan-2-yl)phenyl]-2-{[5-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]amino}pyridine-4-carboxamide
分子量 formula_weight	2563.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

XXXXXXXXXX

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7. 引用文献 (3)

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晶胞边长 a length_a	70.907 Å
晶胞边长 b length_b	70.907 Å
晶胞边长 c length_c	121.997 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 64 2 2
空间群编号 int_tables_number	181
晶系 crystal_system	hexagonal

分辨率 resolution	3.240 Å
最低分辨率 resolution_low	61.410 Å
R 因子 r_factor	0.3362
R_work r_work	0.3356
R_free r_free	0.3481

fit	/app/data/saxs_computation/qp/8qpc/8qpc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qp/8qpc/8qpc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qp/8qpc/8qpc.dat

18mer DNA mimic Foldamer with an Aromatic linker in complex with Sac7d V26A/M29A protein

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (3)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)