DNA-binding protein 7b
Sulfolobus acidocaldarius
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:monomeric(1) 计数不一致,待复核 | 链 AA; UniProt 1–66 | 突变:V26A/M29A | N-[2-(2-methyl-1,3-dioxolan-2-yl)phenyl]-2-{[5-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]amino}pyridine-4-carboxamide × 1 N-[2-(2-methyl-1,3-dioxolan-2-yl)phenyl]-2-{[5-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]amino}pyridine-4-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;293.15 K;10 % PEG 400, 0.1 M MES pH 6.0 | 分辨率 3.24 Å R-free 0.348 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 8QPC | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1AZP HYPERTHERMOPHILE CHROMOSOMAL PROTEIN SAC7D BOUND WITH KINKED DNA DUPLEX 提交 1997-11-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:trimeric |
链 A
1–65(65 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.252 |
| 1AZQ HYPERTHERMOPHILE CHROMOSOMAL PROTEIN SAC7D BOUND WITH KINKED DNA DUPLEX 提交 1997-11-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:trimeric |
链 A
1–65(65 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 1.94 Å R-free 0.238 |
| 1BF4 CHROMOSOMAL DNA-BINDING PROTEIN SSO7D/D(GCGAACGC) COMPLEX 提交 1998-05-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:trimeric |
链 A
1–63(63 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5;pH 6.5
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.288 |
| 1CA5 INTERCALATION SITE OF HYPERTHERMOPHILE CHROMOSOMAL PROTEIN SSO7D/SAC7D BOUND TO DNA 提交 1999-02-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:trimeric |
链 A
1–65(65 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.276 |
| 1CA6 INTERCALATION SITE OF HYPERTHERMOPHILE CHROMOSOMAL PROTEIN SSO7D/SAC7D BOUND TO DNA 提交 1999-02-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:trimeric |
链 A
1–65(65 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.257 |
| 1SAP HYPERTHERMOPHILE PROTEIN, RELAXATION MATRIX REFINEMENT STRUCTURE 提交 1995-04-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
1–65(65 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率未提供 |
| 1WD0 Crystal structures of the hyperthermophilic chromosomal protein Sac7d in complex with DNA decamers 提交 2004-05-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:trimeric |
链 A
0–65(66 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;298 K;Tris-HCl, PEG400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.257 |
| 1WD1 Crystal structures of the hyperthermophilic chromosomal protein Sac7d in complex with DNA decamers 提交 2004-05-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:trimeric |
链 A
0–65(66 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4;298 K;potassium phosphate, PEG8000, pH 4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.290 |
| 1WTO Hyperthermophile chromosomal protein SAC7D double mutant V26F/M29F in complex with DNA GCGATCGC 提交 2004-11-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:trimeric |
链 A
0–65(66 aa)
|
突变:V26F/M29F | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;298 K;PEG 400, Tris buffer, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.231 |
| 1WTP Hyperthermophile chromosomal protein SAC7D single mutant M29F in complex with DNA GCGA(UBr)CGC 提交 2004-11-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:hexameric |
链 A
0–65(66 aa)
链 B
0–65(66 aa)
|
突变:M29F 突变:M29F | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;298 K;PEG 400, Tris buffer, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.287 |
| 1WTQ Hyperthermophile chromosomal protein SAC7D single mutant M29F in complex with DNA GTAATTAC 提交 2004-11-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:trimeric |
链 A
0–65(66 aa)
|
突变:M29F | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;298 K;PEG 400, Tris buffer, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.225 |
| 1WTR Hyperthermophile chromosomal protein SAC7D single mutant M29A in complex with DNA GCGATCGC 提交 2004-11-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:trimeric |
链 A
0–65(66 aa)
|
突变:M29A | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;298 K;PEG 400, Tris buffer , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.274 |
| 1WTV Hyperthermophile chromosomal protein SAC7D single mutant M29A in complex with DNA GTAATTAC 提交 2004-11-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:trimeric |
链 A
0–65(66 aa)
|
突变:M29A | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;298 K;PEG 400, Tris buffer , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.238 |
| 1WTW Hyperthermophile chromosomal protein SAC7D single mutant V26A in complex with DNA GCGATCGC 提交 2004-11-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:trimeric |
链 A
0–65(66 aa)
|
突变:V26A | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;298 K;PEG 400, Tris buffer, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.286 |
| 1WTX Hyperthermophile chromosomal protein SAC7D single mutant V26A in complex with DNA GTAATTAC 提交 2004-11-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:trimeric |
链 A
0–65(66 aa)
|
突变:V26A | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;298 K;PEG 400, Tris buffer, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.253 |
| 1WVL Crystal Structure of Multimeric DNA-binding Protein Sac7d-GCN4 with DNA decamer 提交 2004-12-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体;蛋白 × 4 PDB 声明:octameric |
链 未唯一映射
参考区间未声明
链 A
0–65(66 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;298 K;1.6M Tri-Sodium Citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.269 |
| 1XX8 NMR Structure of the W24A Mutant of the Hyperthermophile Sac7d Protein 提交 2004-11-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
0–65(66 aa)
|
突变:W24A | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 4.5;303 K;压力 ambient
NMR样品组成
5 mM Sac7d, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 1XYI Hyperthermophile chromosomal protein Sac7d double mutant Val26Ala/Met29Ala in complex with DNA GCGATCGC 提交 2004-11-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:trimeric |
链 A
0–65(66 aa)
|
突变:V26A, M29A | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.4;298 K;Tris, PEG400, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.255 |
| 2XIW Crystal structure of the Sac7d-derived IgG1-binder C3-C24S 提交 2010-07-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 A
2–66(65 aa)
链 B
2–66(65 aa)
|
突变:YES 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 突变:YES 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) | SO4 SULFATE ION × 4 CL CHLORIDE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
3.5 M (NH4)2SO4
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.191 |
| 8CMN 18mer DNA mimic Foldamer with an aliphatic linker in complex with Sac7d wild protein 提交 2023-02-20 | 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:monomeric |
链 AA
1–66(66 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;293.15 K;10% PEG 400, 0.1 M MES pH 6.0
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.297 |
| 8Q2M 18mer DNA mimic Foldamer with an Aliphatic linker in complex with Sac7d V26A/M29A protein 提交 2023-08-02 | 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 AA
1–66(66 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;293 K;9 % PEG 400, 0.1 M MES pH 6.0
|
分辨率 3.21 Å R-free 0.335 |
| 9HIZ Complex of the Nanofitin Sac7d-C3(C24A) with a human IgG1 Fc fragment 提交 2024-11-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric |
链 R
2–66(65 aa)
链 S
2–66(65 aa)
链 T
2–66(65 aa)
链 U
2–66(65 aa)
|
突变:K7L,Y8L,K9N,K21R,K22D,W24A,V26Q,M29N,S31K,T33L,D35N,T40Y,R42A,A44N,S46D 突变:K7L,Y8L,K9N,K21R,K22D,W24A,V26Q,M29N,S31K,T33L,D35N,T40Y,R42A,A44N,S46D 突变:K7L,Y8L,K9N,K21R,K22D,W24A,V26Q,M29N,S31K,T33L,D35N,T40Y,R42A,A44N,S46D 突变:K7L,Y8L,K9N,K21R,K22D,W24A,V26Q,M29N,S31K,T33L,D35N,T40Y,R42A,A44N,S46D | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;293 K;24 % (w/v) PEG8000, 0.1 M Tris/HCl pH 8.5
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.279 |
| 9QT7 Crystal structure of affitin C10 fused to a coiled-coil domain in complex with a quinoline oligoamide foldamer 提交 2025-04-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物;蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric |
链 A
2–65(64 aa)
链 B
2–65(64 aa)
链 C
2–65(64 aa)
链 D
2–65(64 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;20% PEG 400
0.1M Sodium cacodylate pH 6.5
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.296 |
| 9QT7 Crystal structure of affitin C10 fused to a coiled-coil domain in complex with a quinoline oligoamide foldamer 提交 2025-04-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 信息不足 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
2–65(64 aa)
链 D
2–65(64 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;20% PEG 400
0.1M Sodium cacodylate pH 6.5
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.296 |
| 9QT7 Crystal structure of affitin C10 fused to a coiled-coil domain in complex with a quinoline oligoamide foldamer 提交 2025-04-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 信息不足 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 B
2–65(64 aa)
链 C
2–65(64 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;20% PEG 400
0.1M Sodium cacodylate pH 6.5
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.296 |
共 23 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态
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| UniProt名称 | DN7D_SULAC |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 AA; PDB构建体 1–66; UniProt 1–66 |