8qpc

18mer DNA mimic Foldamer with an Aromatic linker in complex with Sac7d V26A/M29A protein

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 51.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-binding protein 7b

Sulfolobus acidocaldarius

UniProt P13123

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:monomeric(1) 计数不一致,待复核 链 AA; UniProt 1–66 突变:V26A/M29A N-[2-(2-methyl-1,3-dioxolan-2-yl)phenyl]-2-{[5-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]amino}pyridine-4-carboxamide × 1 N-[2-(2-methyl-1,3-dioxolan-2-yl)phenyl]-2-{[5-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]amino}pyridine-4-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;293.15 K;10 % PEG 400, 0.1 M MES pH 6.0 分辨率 3.24 Å R-free 0.348

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 23 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DN7D_SULAC
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 AA; PDB构建体 1–66; UniProt 1–66

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8qpc

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8qpc
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8qpc
沉积日期 deposition_date2023-10-01
结构标题 title18mer DNA mimic Foldamer with an Aromatic linker in complex with Sac7d V26A/M29A protein
关键词 keywordsFoldamer, DNA mimic foldamer, DNA mimicry, Sac7d, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier15.32
回转半径 Rg (电子) rg_electron14.34
零角强度 I(0) i03624000.00
分子量 molecular_weight11688.0 kDa
排除体积 excluded_volume13673 ų
包络体积 envelope_volume16000 ų
水化壳体积 shell_volume10217 ų
包络直径 envelope_diameter50.3
壳层 Rg shell_rg18.96
包络 Rg envelope_rg14.61
形状 Rg shape_rg14.25
总 Rg total_rg15.40
总原子数 total_atoms812
残基数 n_residues63
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax51.3
Rg (实空间) rg_real15.33
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.34
I(0) (实空间) i0_real3.6240e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.2200e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal15.33
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3624000.0000
解质量估计 total_estimate0.8693
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary16.2
偏度 Skewness skewness0.376
峰度 Kurtosis kurtosis-0.252
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha584400.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.800; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.963; Smooth: 0.933

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (3)

9. 文件与曲线 (10)