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3ay9

Crystal structure of human Hsp70 NBD in the ADP-, Mg ion-, and K ion-bound state

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 70.8 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Heat shock 70 kDa protein 1A/1B

Homo sapiens

UniProt P08107

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–388 片段：nucleotide-binding domain (UNP RESIDUES 1-388) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.7；293 K；0.05M calcium chloride, 0.1M bis-tris (pH6.5), 30% PEG MME 550, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 1.75 Å R-free 0.213

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3AY9 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1HJO ATPase domain of human heat shock 70kDa protein 1 提交 1998-10-13 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 3–382（380 aa） 片段：42KD ATPASE N-TERMINAL FRAGMENT
未记录 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；8% PEG-8000 25 MM IMIDAZOLE, PH 7.0 20MM CACL2 1MM GAMMA-S-ATP
分辨率 2.30 Å R-free 0.253
1S3X The crystal structure of the human Hsp70 ATPase domain 提交 2004-01-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–382（382 aa） 片段：ATPASE DOMAIN
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；imidazole buffer, PEG 8000, CaCl2, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.84 Å R-free 0.219
1XQS Crystal structure of the HspBP1 core domain complexed with the fragment of Hsp70 ATPase domain 提交 2004-10-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 184–371（188 aa） 片段：LOBE II OF ATPASE DOMAIN (184-371)
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG8000, Potassium chloride, Magnesium chloride, AMP-PNP, DTT, HEPES KOH, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.90 Å R-free 0.296
1XQS Crystal structure of the HspBP1 core domain complexed with the fragment of Hsp70 ATPase domain 提交 2004-10-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 184–371（188 aa） 片段：LOBE II OF ATPASE DOMAIN (184-371)
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG8000, Potassium chloride, Magnesium chloride, AMP-PNP, DTT, HEPES KOH, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.90 Å R-free 0.296
2LMG Solution Structure of The C-terminal Domain (537-610) of Human Heat Shock Protein 70 提交 2011-12-01 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 537–610（74 aa） 片段：UNP residues 537-610
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] protein-1, 20 mM sodium phosphate-2, 50 mM sodium chloride-3, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein-4, 20 mM sodium phosphate-5, 50 mM sodium chloride-6, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein-7, 20 mM sodium phosphate-8, 50 mM sodium chloride-9, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
3A8Y Crystal structure of the complex between the BAG5 BD5 and Hsp70 NBD 提交 2009-10-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–388（388 aa） 片段：Nucleotide-binding domain, UNP residues 1-388
未记录 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M Tris-HCL, 0.25M Trimethylamine n-oxide, 20% PEG MME 2000, 3% Hexanediol , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.30 Å R-free 0.281
3A8Y Crystal structure of the complex between the BAG5 BD5 and Hsp70 NBD 提交 2009-10-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–388（388 aa） 片段：Nucleotide-binding domain, UNP residues 1-388
未记录 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M Tris-HCL, 0.25M Trimethylamine n-oxide, 20% PEG MME 2000, 3% Hexanediol , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.30 Å R-free 0.281
3ATU Crystal structure of human Hsp70 NBD in the ADP- and Mg ion-bound state 提交 2011-01-13 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–388（388 aa） 片段：Nucleotide-binding domain (UNP RESIDUES 1-388)
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PG0 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.1M HEPES-NaOH (pH 7.0), 0.15M MgCl2, 30 % PEG MME 500, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.65 Å R-free 0.218
3ATV Crystal structure of human Hsp70 NBD in the ADP-bound and Mg ion-free state 提交 2011-01-13 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–388（388 aa） 片段：Nucleotide-binding domain (UNP RESIDUES 1-388)
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 K POTASSIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1M Bis-Tris (pH 5.5), 0.25M KNO3, 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.58 Å R-free 0.208
3D2E Crystal structure of a complex of Sse1p and Hsp70, Selenomethionine-labeled crystals 提交 2008-05-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–382（382 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；277 K；17 % (w/v) polyethyleneglycol-6000, 50 mM KCl, 100 mM HEPES-KOH pH 7.5, vapor diffusion, temperature 277K
分辨率 2.35 Å R-free 0.262
3D2E Crystal structure of a complex of Sse1p and Hsp70, Selenomethionine-labeled crystals 提交 2008-05-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–382（382 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；277 K；17 % (w/v) polyethyleneglycol-6000, 50 mM KCl, 100 mM HEPES-KOH pH 7.5, vapor diffusion, temperature 277K
分辨率 2.35 Å R-free 0.262
3D2F Crystal structure of a complex of Sse1p and Hsp70 提交 2008-05-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–382（382 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 K POTASSIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；15 % (w/v) polyethyleneglycol-6000, 100 mM Tris-HCl pH 8.0, 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
分辨率 2.30 Å R-free 0.244
3D2F Crystal structure of a complex of Sse1p and Hsp70 提交 2008-05-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–382（382 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 K POTASSIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；15 % (w/v) polyethyleneglycol-6000, 100 mM Tris-HCl pH 8.0, 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
分辨率 2.30 Å R-free 0.244
3JXU Crystal structure of the human 70kDa heat shock protein 1A (Hsp70-1) ATPase domain in complex with ADP and inorganic phosphate 提交 2009-09-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–387（387 aa） 片段：ATPase domain, UNP resiudes 1-387
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；0.2M magnesium chloride hexahydrate, 0.1M bis-tris, 25% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.14 Å R-free 0.262
3LOF C-terminal domain of human heat shock 70kDa protein 1B. 提交 2010-02-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 534–641（108 aa） 片段：C-terminal domain
链 B 534–641（108 aa） 片段：C-terminal domain
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；294 K；2.4 M sodium malonate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 2.40 Å R-free 0.235
3LOF C-terminal domain of human heat shock 70kDa protein 1B. 提交 2010-02-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 534–641（108 aa） 片段：C-terminal domain
链 D 534–641（108 aa） 片段：C-terminal domain
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；294 K；2.4 M sodium malonate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 2.40 Å R-free 0.235
3LOF C-terminal domain of human heat shock 70kDa protein 1B. 提交 2010-02-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 534–641（108 aa） 片段：C-terminal domain
链 F 534–641（108 aa） 片段：C-terminal domain
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；294 K；2.4 M sodium malonate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 2.40 Å R-free 0.235
4J8F Crystal structure of a fusion protein containing the NBD of Hsp70 and the middle domain of Hip 提交 2013-02-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–382（382 aa） 片段：P08107 residues 1-382, P50503 residues 77-247
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 IOD IODIDE ION × 34 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；291 K；17 % PEG-3350 and 0.2 M NH4I, pH 7.4, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K
分辨率 2.70 Å R-free 0.261
4J8F Crystal structure of a fusion protein containing the NBD of Hsp70 and the middle domain of Hip 提交 2013-02-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–382（382 aa） 片段：P08107 residues 1-382, P50503 residues 77-247
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 IOD IODIDE ION × 17 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；291 K；17 % PEG-3350 and 0.2 M NH4I, pH 7.4, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K
分辨率 2.70 Å R-free 0.261
4PO2 Crystal Structure of the Stress-Inducible Human Heat Shock Protein HSP70 Substrate-Binding Domain in Complex with Peptide Substrate 提交 2014-02-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 386–613（228 aa） 片段：C-TERMINAL SUBSTRATE-BINDING DOMAIN
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1M Bis-Tris (pH 5.5), 0.2M Li2SO4, 28~30% PEG3350 in the reservoir and 0.1M Bis-Tris (pH 5.5), 0.2M Li2SO4, 22~25% PEG3350 in the crystallization drop, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
分辨率 2.00 Å R-free 0.222
4PO2 Crystal Structure of the Stress-Inducible Human Heat Shock Protein HSP70 Substrate-Binding Domain in Complex with Peptide Substrate 提交 2014-02-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 386–613（228 aa） 片段：C-TERMINAL SUBSTRATE-BINDING DOMAIN
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1M Bis-Tris (pH 5.5), 0.2M Li2SO4, 28~30% PEG3350 in the reservoir and 0.1M Bis-Tris (pH 5.5), 0.2M Li2SO4, 22~25% PEG3350 in the crystallization drop, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
分辨率 2.00 Å R-free 0.222
4PO2 Crystal Structure of the Stress-Inducible Human Heat Shock Protein HSP70 Substrate-Binding Domain in Complex with Peptide Substrate 提交 2014-02-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 386–613（228 aa） 片段：C-TERMINAL SUBSTRATE-BINDING DOMAIN
链 B 386–613（228 aa） 片段：C-TERMINAL SUBSTRATE-BINDING DOMAIN
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1M Bis-Tris (pH 5.5), 0.2M Li2SO4, 28~30% PEG3350 in the reservoir and 0.1M Bis-Tris (pH 5.5), 0.2M Li2SO4, 22~25% PEG3350 in the crystallization drop, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
分辨率 2.00 Å R-free 0.222
4WV5 HEAT SHOCK PROTEIN 70 SUBSTRATE BINDING DOMAIN 提交 2014-11-04 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 395–543（149 aa） 片段：unp residues 395-543
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；294 K；11 mg/ml protein in 25mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP was mixed 1:1 with reservior solution containing 0.1 M Sodium Acetate, pH 4.5, 2M Ammonium Sulfate
分辨率 2.04 Å R-free 0.224
4WV5 HEAT SHOCK PROTEIN 70 SUBSTRATE BINDING DOMAIN 提交 2014-11-04 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 395–543（149 aa） 片段：unp residues 395-543
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；294 K；11 mg/ml protein in 25mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP was mixed 1:1 with reservior solution containing 0.1 M Sodium Acetate, pH 4.5, 2M Ammonium Sulfate
分辨率 2.04 Å R-free 0.224
4WV7 HEAT SHOCK PROTEIN 70 SUBSTRATE BINDING DOMAIN WITH COVALENTLY LINKED NOVOLACTONE 提交 2014-11-04 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 395–543（149 aa） 片段：unp residues 395-543
未记录 3UM (5beta,6alpha,8alpha,14alpha)-13-ethenyl-5,6-dihydroxy-14-methylpodocarp-12-en-15-oic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；294 K；10 mg/ml covalently modified protein in 25 mM Tris-HCl, 50 mM NaCl, 1 mM TCEP was mixed 1:1 with reservior solution containing 0.1 M HEPES, pH 7.0, 70% 2-methyl-2,4-pentanediol
分辨率 2.42 Å R-free 0.272
4WV7 HEAT SHOCK PROTEIN 70 SUBSTRATE BINDING DOMAIN WITH COVALENTLY LINKED NOVOLACTONE 提交 2014-11-04 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 395–543（149 aa） 片段：unp residues 395-543
未记录 3UM (5beta,6alpha,8alpha,14alpha)-13-ethenyl-5,6-dihydroxy-14-methylpodocarp-12-en-15-oic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；294 K；10 mg/ml covalently modified protein in 25 mM Tris-HCl, 50 mM NaCl, 1 mM TCEP was mixed 1:1 with reservior solution containing 0.1 M HEPES, pH 7.0, 70% 2-methyl-2,4-pentanediol
分辨率 2.42 Å R-free 0.272

共 15 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HSP71_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 5–392； UniProt 1–388

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3ay9

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3ay9
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3ay9
沉积日期 deposition_date2011-05-03
结构标题 titleCrystal structure of human Hsp70 NBD in the ADP-, Mg ion-, and K ion-bound state
关键词 keywordsStructural Genomics, RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative, RSGI, ATPase, ADP binding, CHAPERONE; CHAPERONE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.95 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.03 Å
零角强度 I(0) i031265500.00
分子量 molecular_weight42341.0 kDa
排除体积 excluded_volume52788 ų
包络体积 envelope_volume61863 ų
水化壳体积 shell_volume24232 ų
包络直径 envelope_diameter73.8 Å
壳层 Rg shell_rg28.09 Å
包络 Rg envelope_rg21.27 Å
形状 Rg shape_rg21.05 Å
总 Rg total_rg21.85 Å
总原子数 total_atoms2974
残基数 n_residues379
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax70.8 Å
Rg (实空间) rg_real21.83 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.35 Å
I(0) (实空间) i0_real3.1270e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.5800e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.85 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal31270000.0000
解质量估计 total_estimate0.8929
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary26.4 Å
偏度 Skewness skewness0.218
峰度 Kurtosis kurtosis-0.392
角度范围 angular_range— – 0.3600 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha9189000.0000
实空间数据点数 n_real_points68
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.870; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.993
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd3ay9a1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.1 — Actin/HSP70
结构域编号 domain_idd3ay9a2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.1 — Actin/HSP70

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id3ay9A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id3ay9A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Defensin A-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 —
结构域编号 domain_id3ay9A03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id3ay9A04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)