3bhr

E. coli TS complexed with 5-NO2dUMP and tetrahydrofolate at 1.9 A resolution (space group 152)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 60.0 Å Quality: EXCELLENT

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thymidylate synthase

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–264	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PO4 PHOSPHATE ION × 4 THG (6S)-5,6,7,8-TETRAHYDROFOLATE × 2 NDU 2'-DEOXY-5-NITROURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；2.5 M ammonium sulfate, 20 mM KH2PO4, 4MM DTT, 4MM 5-NO2dUMP, 4MM MTF, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.201

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3BHR	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AIQ CRYSTAL STRUCTURE OF THYMIDYLATE SYNTHASE R126E MUTANT 提交 1997-04-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–264（263 aa）链 B 2–264（263 aa）	突变：R126E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：R126E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 CB3 10-PROPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；2.4M AMMONIUM SULFATE, 20MM, pH 8.0	分辨率 2.20 Å
1AJM CRYSTAL STRUCTURE OF THYMIDYLATE SYNTHASE R126E MUTANT 提交 1997-05-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–264（263 aa）	突变：R126E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.40 Å
1AN5 E. COLI THYMIDYLATE SYNTHASE IN COMPLEX WITH CB3717 提交 1997-06-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）链 B 1–264（264 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PO4 PHOSPHATE ION × 2 CB3 10-PROPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；CRYSTALLIZATION WAS CONDUCTED IN HANGING DROPS CONTAINING 4.2 MG/ML E. COLI TS, 3.8 MM DTT, 1.0 MM CB3717 AND 1.2 M (NH4)2SO4, PH 7.8 (20 MM KPO4) OVER A WELL SOLUTION CONTAINING 2.4 M (NH4)2SO4 AND 1.0 MM DTT., vapor diffusion - hanging drop	分辨率 2.60 Å R-free 0.266
1AOB E. COLI THYMIDYLATE SYNTHASE COMPLEXED WITH DDURD 提交 1997-06-30	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2 DDU 2'-5'DIDEOXYURIDINE × 2 FMT FORMIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；CRYSTALLIZATION EXPERIMENTS WERE CONDUCTED IN HANGING DROPS CONTAINING 4.2 MG/ML E. COLI TS, 0.38 MM DDURD, 3.8 MM DTT, AND 1.2 M (NH4)2SO4, AT PH 7.8 (20 MM KPO4) SUSPENDED OVER A WELL SOLUTION CONTAINING 2.4 M (NH4)2SO4 AND 1.0 MM DTT., vapor diffusion - hanging drop	分辨率 2.10 Å R-free 0.243
1AXW E. COLI THYMIDYLATE SYNTHASE IN COMPLEX WITH METHOTREXATE (MTX) AND 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE (DUMP) 提交 1997-10-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）链 B 1–264（264 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 MTX METHOTREXATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.8；4.2 MG/ML E.COLI TS, 0.38 MM DUMP, 3.8 MM DTT, 1.0 MM MTX AND 1.2 M (NH4)2SO4, PH 7.8 (20 MM KPO4) OVER 2.4 M (NH4)2SO4 AND 1.0 MM DTT	分辨率 1.70 Å R-free 0.265
1BID E. COLI THYMIDYLATE SYNTHASE COMPLEXED WITH DUMP 提交 1997-06-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；CRYSTALLIZATION EXPERIMENTS WERE CONDUCTED IN HANGING DROPS CONTAINING 4.2 MG/ML E. COLI TS, 0.38 MM DUMP, 3.8 MM DTT, AND 1.2 M (NH4)2SO4, AT PH 7.8 (20 MM KPO4) SUSPENDED OVER A WELL SOLUTION CONTAINING 2.4 M (NH4)2SO4 AND 1.0 MM DTT., vapor diffusion - hanging drop	分辨率 2.20 Å R-free 0.217
1BJG D221(169)N MUTANT DOES NOT PROMOTE OPENING OF THE COFACTOR IMIDAZOLIDINE RING 提交 1998-06-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–264（263 aa）	突变：D169N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UFP 5-FLUORO-2'-DEOXYURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 2 TMF 5,10-METHYLENE-6-HYDROFOLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.7；pH 7.7	分辨率 2.30 Å R-free 0.234
1BQ1 E. COLI THYMIDYLATE SYNTHASE MUTANT N177A IN COMPLEX WITH CB3717 AND 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE (DUMP) 提交 1998-08-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–264（263 aa）链 B 2–264（263 aa）	突变：N177A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：N177A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 CB3 10-PROPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7	分辨率 2.50 Å R-free 0.240
1BQ2 E. COLI THYMIDYLATE SYNTHASE MUTANT N177A 提交 1998-08-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）	突变：N177A	PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.8；pH 7.8	分辨率 2.20 Å R-free 0.217
1DDU E. COLI THYMIDYLATE SYNTHASE IN COMPLEX WITH CB3717 AND 2',5'-DIDEOXYURIDINE (DDURD) 提交 1997-06-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）链 B 1–264（264 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PO4 PHOSPHATE ION × 2 DDU 2'-5'DIDEOXYURIDINE × 2 CB3 10-PROPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；CRYSTALLIZATION WAS CONDUCTED IN HANGING DROPS CONTAINING 4.2 MG/ML E. COLI TS, 0.38 MM DURD, 3.8 MM DTT, 1.0 MM CB3717 AND 1.2 M (NH4)2SO4, PH 7.8 (20 MM KPO4) OVER A WELL SOLUTION CONTAINING 2.4 M (NH4)2SO4 AND 1.0 MM DTT., vapor diffusion - hanging drop	分辨率 2.10 Å R-free 0.272
1DNA D221(169)N MUTANT DOES NOT PROMOTE OPENING OF THE COFACTOR IMIDAZOLIDINE RING 提交 1998-06-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–264（263 aa）链 B 2–264（263 aa）	突变：D169N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D169N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 CB3 10-PROPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.7；pH 7.7	分辨率 2.20 Å R-free 0.226
1EV5 CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF ALA167 MUTANT OF ESCHERICHIA COLI 提交 2000-04-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）	突变：S167A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；38% saturated ammonium sulfate, 100 mM Tris HCl, 40 mM sodium phosphate, 20 mM 2-mercaptoethanol, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 18K	分辨率 1.70 Å R-free 0.219
1EV8 CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF CYS167 MUTANT OF ESCHERICHIA COLI 提交 2000-04-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）	突变：S167C 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；68% saturated ammonium sulfate, 100 mM sodium phosphate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 18K	分辨率 2.60 Å R-free 0.264
1EVF CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF CYS167 MUTANT OF ESCHERICHIA COLI 提交 2000-04-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）	突变：S167T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；48% saturated ammonium sulfate, 100 mM Tris HCl, 20 mM 2-mercaptoethanol, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 18K	分辨率 1.70 Å R-free 0.212
1EVG CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF CYS167 MUTANT OF ESCHERICHIA COLI WITH UNMODIFIED CATALYTIC CYSTEINE 提交 2000-04-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）	突变：S167T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；48% saturated ammonium sulfate, 100 mM Tris HCl, 20 mM 2-mercaptoethanol , pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 18K	分辨率 2.00 Å R-free 0.225
1F4B CRYSTAL STRUCTURE OF ESCHERICHIA COLI THYMIDYLATE SYNTHASE 提交 2000-06-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2.0 M ammonium sulphate, 20 mM potassium phosphate, 0.2 M EDTA, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.75 Å R-free 0.244
1F4C CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI THYMIDYLATE SYNTHASE COVALENTLY MODIFIED AT C146 WITH N-[TOSYL-D-PROLINYL]AMINO-ETHANETHIOL 提交 2000-06-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）链 B 1–264（264 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 5 TP2 N-[TOSYL-D-PROLINYL]AMINO-ETHANETHIOL × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2.0 M ammonium sulphate, 20 mM potassium phosphate, 0.2 M EDTA, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20.0K	分辨率 2.00 Å R-free 0.268
1F4D CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI THYMIDYLATE SYNTHASE C146S, L143C COVALENTLY MODIFIED AT C143 WITH N-[TOSYL-D-PROLINYL]AMINO-ETHANETHIOL 提交 2000-06-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）链 B 1–264（264 aa）	突变：L143C,C146S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：L143C,C146S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 4 TP2 N-[TOSYL-D-PROLINYL]AMINO-ETHANETHIOL × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2.0 M ammonium sulphate, 20 mM potassium phosphate, 0.2 M EDTA, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20.0K	分辨率 2.15 Å R-free 0.267
1F4E CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI THYMIDYLATE SYNTHASE COMPLEXED WITH TOSYL-D-PROLINE 提交 2000-06-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 8 TPR TOSYL-D-PROLINE × 4 GOL GLYCEROL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2.0 M ammonium sulphate, 20 mM potassium phosphate, 0.2 M EDTA, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20.0K	分辨率 1.90 Å R-free 0.238
1F4F CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI THYMIDYLATE SYNTHASE COMPLEXED WITH SP-722 提交 2000-06-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）链 B 1–264（264 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 5 TP3 4-[[GLUTAMIC ACID]-CARBONYL]-BENZENE-SULFONYL-D-PROLINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2.0 M ammonium sulphate, 20 mM potassium phosphate, 0.2 M EDTA, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20.0K	分辨率 2.00 Å R-free 0.251
1F4G CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI THYMIDYLATE SYNTHASE COMPLEXED WITH SP-876 提交 2000-06-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）链 B 1–264（264 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 4 TP4 N-[4-[[GLUTAMIC ACID]-CARBONYL]-BENZENE-SULFONYL-D-PROLINYL]-3-AMINO-PROPANOIC ACID × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2.0 M ammonium sulphate, 20 mM potassium phosphate, 0.2 M EDTA, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20.0K	分辨率 1.75 Å R-free 0.214
1FFL CRYSTAL STRUCTURE OF THE APO-THYMIDYLATE SYNTHASE R166Q MUTANT 提交 2000-07-25	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）	突变：R166Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；Ammonium sulfate, potassium phosphate, EDTA, DTT, pH 8.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.94 Å R-free 0.220
1FWM Crystal structure of the thymidylate synthase R166Q mutant 提交 2000-09-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）链 B 1–264（264 aa）	突变：R166Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：R166Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2 CB3 10-PROPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；Ammonium sulfate, potassium sulfate, EDTA, DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.225
1JG0 Crystal structure of Escherichia coli thymidylate synthase complexed with 2'-deoxyuridine-5'-monophosphate and N,O-didansyl-L-tyrosine 提交 2001-06-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）链 B 1–264（264 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 DDT N,O-DIDANSYL-L-TYROSINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；18-20% PEG 4000, 0.2 M sodium acetate, 0.1 M Tris, 5 mM dithiothreitol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.250
1JTQ E. coli TS Complex with dUMP and the Pyrrolo(2,3-d)pyrimidine-based Antifolate LY341770 提交 2001-08-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）链 B 1–264（264 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 LY3 2-{4-[2-(2-AMINO-4-OXO-4,7-DIHYDRO-3H-PYRROLO[2,3-D]PYRIMIDIN-5-YL)-ETHYL]-BENZOYLAMINO}-4-(2H-TETRAZOL-5-YL)-BUTYRIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；296.16 K；potassium phosphate, MgCl2, DTT, EDTA, ammonium sulfate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296.16K	分辨率 2.50 Å R-free 0.219
1JTU E. coli Thymidylate Synthase in a Complex with dUMP and LY338913, A Polyglutamylated Pyrrolo(2,3-d)pyrimidine-based Antifolate 提交 2001-08-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）链 B 1–264（264 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 LYB 2-{4-[4-(4-{4-[2-(2-AMINO-4-OXO-4,7-DIHYDRO-3H-PYRROLO[2,3-D]PYRIMIDIN-5-YL)-ETHYL]-BENZOYLAMINO}-4-CARBOXY-BUTYRYLAMIN O)-4-CARBOXY-BUTYRYLAMINO}-PENTANEDIOIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；296 K；potassium phosphate, MgCl2, ammonium sulfate, DTT, EDTA, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 2.20 Å R-free 0.241
1JUT E. coli Thymidylate Synthase Bound to dUMP and LY338529, A Pyrrolo(2,3-d)pyrimidine-based Antifolate 提交 2001-08-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）链 B 1–264（264 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 LYD 2-{4-[2-(2-AMINO-4-OXO-4,7-DIHYDRO-3H-PYRROLO[2,3-D]PYRIMIDIN-5-YL)-ETHYL]-BENZOYLAMINO}-3-METHYL-BUTYRIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；296 K；KPO4, MgCl2, DTT, EDTA, ammonium sulphate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 2.70 Å R-free 0.250
1KCE E. COLI THYMIDYLATE SYNTHASE MUTANT E58Q IN COMPLEX WITH CB3717 AND 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE (DUMP) 提交 1996-10-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–264（263 aa）链 B 2–264（263 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 CB3 10-PROPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.222
1KZI Crystal Structure of EcTS/dUMP/THF Complex 提交 2002-02-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）链 B 1–264（264 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CO3 CARBONATE ION × 3 UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 THG (6S)-5,6,7,8-TETRAHYDROFOLATE × 2 DTU (2R,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL × 1 GOL GLYCEROL × 1 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.6；298 K；100 mM TAPS, 2.6 M ammonium sulfate, 10 mM DTT, pH 8.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.75 Å R-free 0.221
1KZJ Crystal Structure of EcTS W80G/dUMP/CB3717 Complex 提交 2002-02-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）链 B 1–264（264 aa）	突变：W80G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：W80G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 CB3 10-PROPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；0.1 M Tris, 22-26% PEG 4000, 0.2 M sodium acetate, 10 mM DTT, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.258
1KZJ Crystal Structure of EcTS W80G/dUMP/CB3717 Complex 提交 2002-02-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–264（264 aa）链 D 1–264（264 aa）	突变：W80G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：W80G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 CB3 10-PROPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；0.1 M Tris, 22-26% PEG 4000, 0.2 M sodium acetate, 10 mM DTT, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.258
1KZJ Crystal Structure of EcTS W80G/dUMP/CB3717 Complex 提交 2002-02-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–264（264 aa）链 F 1–264（264 aa）	突变：W80G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：W80G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 CB3 10-PROPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；0.1 M Tris, 22-26% PEG 4000, 0.2 M sodium acetate, 10 mM DTT, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.258
1NCE Crystal structure of a ternary complex of E. coli thymidylate synthase D169C with dUMP and the antifolate CB3717 提交 2002-12-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）链 B 1–264（264 aa）	突变：D169C 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D169C 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 CB3 10-PROPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.1；298 K；potassium phosphate, EDTA, ammonium sulfate, DTT, pH 9.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.40 Å R-free 0.246
1QQQ CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF SER254 MUTANT OF ESCHERICHIA COLI THYMIDYLATE SYNTHASE 提交 1999-06-07	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–264（264 aa）	突变：P254S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.8；298 K；58% SATURATED AMMONIUM SULFATE, 20 MM 2-MERCAPTOETHANOL, 100 MM TRIS HCL, pH 8.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.50 Å R-free 0.238
1QQQ CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF SER254 MUTANT OF ESCHERICHIA COLI THYMIDYLATE SYNTHASE 提交 1999-06-07	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）	突变：P254S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.8；298 K；58% SATURATED AMMONIUM SULFATE, 20 MM 2-MERCAPTOETHANOL, 100 MM TRIS HCL, pH 8.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.50 Å R-free 0.238
1SYN E. COLI THYMIDYLATE SYNTHASE IN COMPLEX WITH BW1843U89 AND 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE (DUMP) 提交 1995-09-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）链 B 1–264（264 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 F89 S)-2-(5(((1,2-DIHYDRO-3-METHYL-1-OXOBENZO(F)QUINAZOLIN-9-YL)METHYL)AMINO)1-OXO-2-ISOINDOLINYL)GLUTARIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.258
1TDU E. COLI THYMIDYLATE SYNTHASE IN COMPLEX WITH CB3717 AND 2'-DEOXYURIDINE (DURD) 提交 1997-06-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）链 B 1–264（264 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PO4 PHOSPHATE ION × 2 DUR 2'-DEOXYURIDINE × 2 CB3 10-PROPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；CRYSTALLIZATION WAS CONDUCTED IN HANGING DROPS CONTAINING 4.2 MG/ML E. COLI TS, 0.38 MM DURD, 3.8 MM DTT, 1.0 MM CB3717 AND 1.2 M (NH4)2SO4, PH 7.8 (20 MM KPO4) OVER A WELL SOLUTION CONTAINING 2.4 M (NH4)2SO4 AND 1.0 MM DTT., vapor diffusion - hanging drop	分辨率 2.10 Å R-free 0.246
1TRG E. COLI THYMIDYLATE SYNTHASE IN SYMMETRIC COMPLEX WITH CB3717 AND 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE (DUMP) 提交 1998-05-21	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 CB3 10-PROPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 1.90 Å R-free 0.230
1ZPR E. COLI THYMIDYLATE SYNTHASE MUTANT E58Q IN COMPLEX WITH CB3717 AND 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE (DUMP) 提交 1996-10-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–264（263 aa）链 B 2–264（263 aa）	突变：E58Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：E58Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 CB3 10-PROPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å R-free 0.240
2A9W E. coli TS complexed with dUMP and inhibitor GA9 提交 2005-07-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）链 B 1–264（264 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PO4 PHOSPHATE ION × 6 UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 GA9 3,3-BIS(3-BROMO-4-HYDROXYPHENYL)-7-CHLORO-1H,3H-BENZO[DE]ISOCHROMEN-1-ONE × 2 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 2 GOL GLYCEROL × 6 2BR 2-BROMOPHENOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；potassium phosphate, DTT, EDTA, ammonium sulfate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293 K	分辨率 1.65 Å R-free 0.226
2A9W E. coli TS complexed with dUMP and inhibitor GA9 提交 2005-07-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–264（264 aa）链 D 1–264（264 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PO4 PHOSPHATE ION × 6 UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 GA9 3,3-BIS(3-BROMO-4-HYDROXYPHENYL)-7-CHLORO-1H,3H-BENZO[DE]ISOCHROMEN-1-ONE × 2 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 2 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；potassium phosphate, DTT, EDTA, ammonium sulfate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293 K	分辨率 1.65 Å R-free 0.226
2BBQ STRUCTURAL BASIS FOR RECOGNITION OF POLYGLUTAMYL FOLATES BY THYMIDYLATE SYNTHASE 提交 1992-09-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）链 B 1–264（264 aa）	未记录	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 PFG 10-PARPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLATE-4-GLUTAMIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
2FTN E. coli thymidylate synthase Y94F mutant 提交 2006-01-24	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）	突变：Y94F 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.5 M ammonium sulfate, 20 mM KH2PO4, 4 mM DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.204
2FTO Y94F mutant of thymidylate synthase bound to thymidine-5'-phosphate and 10-propargyl-5,8-dideazafolid acid 提交 2006-01-24	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 X 1–264（264 aa）	突变：Y94F 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PO4 PHOSPHATE ION × 4 TMP THYMIDINE-5'-PHOSPHATE × 2 CB3 10-PROPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.5 M ammonium sulfate, 20 mM KH2PO4, 4 mM DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.179
2FTQ E. coli thymidylate synthase at 1.8 A resolution 提交 2006-01-24	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PO4 PHOSPHATE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.5 M ammonium sulfate, 20 mM KH2PO4, 4 mM DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.81 Å R-free 0.226
2G8X Escherichia coli Y209W apoprotein 提交 2006-03-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）链 B 1–264（264 aa）	突变：Y209W, N-terminus is carbamylated 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：Y209W, N-terminus is carbamylated 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CO3 CARBONATE ION × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 2 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；7.8mg/ml protein, 25mM KPO4, pH 7.5, and 5mM DTT equilibrated against a well buffer containing 28% PEG 4K, 100 mM Tris-Cl, pH 8.9, 200mM sodium acetate and 5mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.83 Å R-free 0.202
2KCE BINDING OF THE ANTICANCER DRUG ZD1694 TO E. COLI THYMIDYLATE SYNTHASE: ASSESSING SPECIFICITY AND AFFINITY 提交 1997-06-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）链 B 1–264（264 aa）	未记录	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 D16 TOMUDEX × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 2.20 Å
2TSC STRUCTURE, MULTIPLE SITE BINDING, AND SEGMENTAL ACCOMODATION IN THYMIDYLATE SYNTHASE ON BINDING D/UMP AND AN ANTI-FOLATE 提交 1991-07-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）链 B 1–264（264 aa）	未记录	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 CB3 10-PROPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.97 Å
2VET CRYSTAL STRUCTURE OF THE THYMIDYLATE SYNTHASE K48Q COMPLEXED WITH DUMP 提交 2007-10-26	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；20 MM POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER, 4 MM DTT AND INCREMENTS IN AMMONIUM SULFATE FROM 2.05 TO 2.6 M, PH 7.5 TO 8	分辨率 2.20 Å R-free 0.205
2VF0 CRYSTAL STRUCTURE OF THE THYMIDYLATE SYNTHASE K48Q COMPLEXED WITH 5NO2DUMP AND BW1843U89 提交 2007-10-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）链 B 1–264（264 aa）	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NDU 2'-DEOXY-5-NITROURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 F89 S)-2-(5(((1,2-DIHYDRO-3-METHYL-1-OXOBENZO(F)QUINAZOLIN-9-YL)METHYL)AMINO)1-OXO-2-ISOINDOLINYL)GLUTARIC ACID × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；20 MM POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER, 4 MM DTT AND INCREMENTS IN AMMONIUM SULFATE FROM 2.05 TO 2.6 M, PH 7.5 TO 8	分辨率 3.00 Å R-free 0.239
3B5B Crystal structure of the thymidylate synthase k48q 提交 2007-10-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）链 B 1–264（264 aa）	突变：Q48K 突变：Q48K	NDU 2'-DEOXY-5-NITROURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 1 FMT FORMIC ACID × 2 NDN 2'-DEOXY-5-NITROURIDINE 5'-(DIHYDROGEN PHOSPHATE) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；20 mM potassium phosphate buffer, 4 mM DTT and increments in ammonium sulfate from 2.05 to 2.6 M, pH 7.5 to 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.234
3B9H E. coli thymidylate synthase complexed with 5-NITRO-2'-DEOXY URIDINE 提交 2007-11-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PO4 PHOSPHATE ION × 4 NDU 2'-DEOXY-5-NITROURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；2.1 M ammonium sulfate, 20 mM KH2PO4, 4 mM DTT, 4 mM 5-nitro-dump, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.49 Å R-free 0.233
3BFI E. Coli Thymidylate Synthase Y209M mutant complexed with 5-nitro-dUMP 提交 2007-11-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）	突变：Y209M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2 NDU 2'-DEOXY-5-NITROURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；2.5 M AMMONIUM SULFATE, 20 MM REMARK 280 KH2PO4, 4 MM DTT, 4 MM 5-NO2-dUMP, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.218
3BGX E. coli Thymidylate Synthase C146S mutant complexed with dTMP and MTF 提交 2007-11-27	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）	突变：C146S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 4 TMP THYMIDINE-5'-PHOSPHATE × 2 MEF N-({4-[(6aR)-3-amino-1-oxo-1,2,5,6,6a,7-hexahydroimidazo[1,5-f]pteridin-8(9H)-yl]phenyl}carbonyl)-L-glutamic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；2.5 M ammonium sulfate, 20 mM KH2PO4, 4MM DTT, 4MM dTMP, 4MM methylene tetrahydrofolate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.93 Å R-free 0.230
3BHL E.coli thymidylate synthase complexes with 5-NO2dUMP and tetrahydrofolate at 1.4 A resolution 提交 2007-11-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）链 B 1–264（264 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NDU 2'-DEOXY-5-NITROURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 THG (6S)-5,6,7,8-TETRAHYDROFOLATE × 2 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；2.5 M ammonium sulfate, 20 mm KH2PO4, 4mm DTT, 4 mM 5-NO2dump, 4MM methylenetetrahydrofolate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.40 Å R-free 0.203
3TMS PLASTIC ADAPTATION TOWARD MUTATIONS IN PROTEINS: STRUCTURAL COMPARISON OF THYMIDYLATE SYNTHASES 提交 1991-09-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å
4GEV E. coli thymidylate synthase Y209W variant in complex with substrate and a cofactor analog 提交 2012-08-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）链 B 1–264（264 aa）	突变：Y209W 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：Y209W 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UMC 2'-deoxy-5'-uridylic acid × 2 CB3 10-PROPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；295 K；vapor diffusion against 1.44 M Sodium citrate, HEPES from 5.2 mg/ml protein solution containing 17mM kPO4, DTT, 3.3 mM dUMP, 3.3 mM CB3717 and either 0.5% ethylacetate or 4% N-propanol, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.30 Å R-free 0.151
4ISK Crystal structure of E.coli thymidylate synthase with dUMP and the BGC 945 inhibitor 提交 2013-01-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–264（263 aa）片段：Transferase 链 E 2–264（263 aa）片段：Transferase	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 1JY N-(4-{[(6S)-2-(hydroxymethyl)-4-oxo-4,6,7,8-tetrahydro-1H-cyclopenta[g]quinazolin-6-yl](prop-2-yn-1-yl)amino}benzoyl)-L-gamma-glutamyl-D-glutamic acid × 2 UMC 2'-deoxy-5'-uridylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.9；298 K；20-21% PEG 8000, 0.1 M TRIS, 0.2 M MgCl2, 5 mM DDT, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, temperature 298.0K	分辨率 1.75 Å R-free 0.233
4ISK Crystal structure of E.coli thymidylate synthase with dUMP and the BGC 945 inhibitor 提交 2013-01-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–264（263 aa）片段：Transferase 链 D 2–264（263 aa）片段：Transferase	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 2 1JY N-(4-{[(6S)-2-(hydroxymethyl)-4-oxo-4,6,7,8-tetrahydro-1H-cyclopenta[g]quinazolin-6-yl](prop-2-yn-1-yl)amino}benzoyl)-L-gamma-glutamyl-D-glutamic acid × 2 UMC 2'-deoxy-5'-uridylic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.9；298 K；20-21% PEG 8000, 0.1 M TRIS, 0.2 M MgCl2, 5 mM DDT, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, temperature 298.0K	分辨率 1.75 Å R-free 0.233
4ISK Crystal structure of E.coli thymidylate synthase with dUMP and the BGC 945 inhibitor 提交 2013-01-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–264（263 aa）片段：Transferase 链 F 2–264（263 aa）片段：Transferase	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 1JY N-(4-{[(6S)-2-(hydroxymethyl)-4-oxo-4,6,7,8-tetrahydro-1H-cyclopenta[g]quinazolin-6-yl](prop-2-yn-1-yl)amino}benzoyl)-L-gamma-glutamyl-D-glutamic acid × 2 UMC 2'-deoxy-5'-uridylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.9；298 K；20-21% PEG 8000, 0.1 M TRIS, 0.2 M MgCl2, 5 mM DDT, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, temperature 298.0K	分辨率 1.75 Å R-free 0.233
4ISK Crystal structure of E.coli thymidylate synthase with dUMP and the BGC 945 inhibitor 提交 2013-01-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 2–264（263 aa）片段：Transferase 链 H 2–264（263 aa）片段：Transferase	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 1JY N-(4-{[(6S)-2-(hydroxymethyl)-4-oxo-4,6,7,8-tetrahydro-1H-cyclopenta[g]quinazolin-6-yl](prop-2-yn-1-yl)amino}benzoyl)-L-gamma-glutamyl-D-glutamic acid × 2 UMC 2'-deoxy-5'-uridylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.9；298 K；20-21% PEG 8000, 0.1 M TRIS, 0.2 M MgCl2, 5 mM DDT, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, temperature 298.0K	分辨率 1.75 Å R-free 0.233
6CDZ E. coli thymidylate synthase mutant I264Am 提交 2018-02-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–263（263 aa）片段：residues 1-263 链 B 1–263（263 aa）片段：residues 1-263	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CB3 10-PROPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLIC ACID × 2 UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 1 UMC 2'-deoxy-5'-uridylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；100 mM HEPES, 200 mM NH4Ac, 5mM DTT, 32% PEG 4000 (W/V)	分辨率 2.40 Å R-free 0.229
6NNR high-resolution structure of wild-type E. coli thymidylate synthase 提交 2019-01-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）链 B 1–264（264 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UMC 2'-deoxy-5'-uridylic acid × 2 CB3 10-PROPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLIC ACID × 2 NA SODIUM ION × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；295 K；5.2 mg/ml protein, 17 mM KPO4, 3.3 mM dUMP, 3.3 mM CB3717, 3.3 mM DTT, against 1.44 M Na Citrate	分辨率 1.05 Å R-free 0.132

共 56 个其他 PDB 条目、63 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TYSY_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–264； UniProt 1–264

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3bhr
沉积日期 deposition_date	2007-11-28
结构标题 title	E. coli TS complexed with 5-NO2dUMP and tetrahydrofolate at 1.9 A resolution (space group 152)
关键词 keywords	methyltransferase, Nucleotide biosynthesis, Repressor, RNA-binding, Translation regulation, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.55 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.07 Å
零角强度 I(0) i0	18095800.00
分子量 molecular_weight	31505.0 kDa
排除体积 excluded_volume	39040 Å³
包络体积 envelope_volume	44584 Å³
水化壳体积 shell_volume	20187 Å³
包络直径 envelope_diameter	60.6 Å
壳层 Rg shell_rg	24.87 Å
包络 Rg envelope_rg	18.34 Å
形状 Rg shape_rg	18.06 Å
总 Rg total_rg	19.05 Å
总原子数 total_atoms	2218
残基数 n_residues	263
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	60.0 Å
Rg (实空间) rg_real	19.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.26 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8100e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9080e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.42 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	18100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9010
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.086
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.469
角度范围 angular_range	— – 0.4050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3626000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.911; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.988

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Thymidylate synthase
分子量 formula_weight	30559.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.45
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2331

MKQYLELMQKVLDEGTQKNDRTGTGTLSIFGHQMRFNLQDGFPLVTTKRCHLRSIIHELLWFLQGDTNIAYLHENNVTIWDEWADENGDLGPVYGKQWRAWPTPDGRHIDQITTVLNQLKNDPDSRRIIVSAWNVGELDKMALAPCHAFFQFYVADGKLSCQLYQRSCDVFLGLPFNIASYALLVHMMAQQCDLEVGDFVWTGGDTHLYSNHMDQTHLQLSREPRPLPKLIIKRKPESIFDYRFEDFEIEGYDPHPGIKAPVAI

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	(6S)-5,6,7,8-TETRAHYDROFOLATE
分子量 formula_weight	445.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	;2'-DEOXY-5-NITROURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE ;
分子量 formula_weight	355.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	100

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d3bhra_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.117 — Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase
超家族 Superfamily superfamily	d.117.1 — Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase
家族 Family family	d.117.1.1 — Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	3bhrA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	572 — Thymidylate Synthase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	71.950 Å
晶胞边长 b length_b	71.950 Å
晶胞边长 c length_c	115.470 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	0.1684
R_work r_work	0.1666
R_free r_free	0.2013

fit	/app/data/saxs_computation/bh/3bhr/3bhr.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bh/3bhr/3bhr.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bh/3bhr/3bhr.dat