SAXSdb — 3bts

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Galactose/lactose metabolism regulatory protein GAL80

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–435 链 B； UniProt 1–435	突变：G301R	Regulatory protein GAL4 × 2 （P04386） NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；290 K；20% PEG 3350, 0.15M Sodium fluoride, followed by soaking in NAD to a final concentration of 5mM, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.70 Å R-free 0.232

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3BTS	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3BTU Crystal structure of the super-repressor mutant of Gal80p from Saccharomyces cerevisiae; Gal80(S2) [E351K] 提交 2007-12-30	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–435（435 aa）链 B 1–435（435 aa）	突变：E351K 突变：E351K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.5；290 K；0.1M CAPS, 0.2M NaCl, 20% PEG 8000, 50mM DTT, 4% Gamma-butyrolactone, 0.2M Sodium formate, 9% Sucrose, pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.85 Å R-free 0.278
3BTU Crystal structure of the super-repressor mutant of Gal80p from Saccharomyces cerevisiae; Gal80(S2) [E351K] 提交 2007-12-30	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–435（435 aa）链 D 1–435（435 aa）	突变：E351K 突变：E351K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.5；290 K；0.1M CAPS, 0.2M NaCl, 20% PEG 8000, 50mM DTT, 4% Gamma-butyrolactone, 0.2M Sodium formate, 9% Sucrose, pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.85 Å R-free 0.278
3BTU Crystal structure of the super-repressor mutant of Gal80p from Saccharomyces cerevisiae; Gal80(S2) [E351K] 提交 2007-12-30	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–435（435 aa）链 F 1–435（435 aa）	突变：E351K 突变：E351K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.5；290 K；0.1M CAPS, 0.2M NaCl, 20% PEG 8000, 50mM DTT, 4% Gamma-butyrolactone, 0.2M Sodium formate, 9% Sucrose, pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.85 Å R-free 0.278
3BTV Crystal structure of the super-repressor mutant of Gal80p from Saccharomyces cerevisiae; Gal80(S0)-[G301R] 提交 2007-12-31	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–435（435 aa）链 B 1–435（435 aa）	突变：G301R 突变：G301R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；290 K；20% PEG 3350, 0.15M Sodium Fluoride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.10 Å R-free 0.257
3V2U Crystal structure of the yeast GAL regulon complex of the repressor, Gal80p, and the transducer, Gal3p, with galactose and ATP 提交 2011-12-12	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–435（435 aa）链 B 1–435（435 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 GLA alpha-D-galactopyranose × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；290 K；10% PEG 3350, 0.1M di-sodium succinate, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.10 Å R-free 0.197

共 3 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GAL80_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–438； UniProt 1–435 作者链 B； PDB构建体 4–438； UniProt 1–435

Regulatory protein GAL4

物种未注明

UniProt P04386

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 854–874 链 F； UniProt 854–874	片段：S. cerevisiae Gal4p peptide; UNP residues 854-874	Galactose/lactose metabolism regulatory protein GAL80 × 2 （P04387） NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；290 K；20% PEG 3350, 0.15M Sodium fluoride, followed by soaking in NAD to a final concentration of 5mM, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.70 Å R-free 0.232

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3BTS	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AW6 GAL4 (CD), NMR, 24 STRUCTURES 提交 1997-10-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–43（43 aa）片段：DNA-BINDING DOMAIN	未记录	CD CADMIUM ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.2；298 K	分辨率未提供
1D66 DNA RECOGNITION BY GAL4: STRUCTURE OF A PROTEIN/DNA COMPLEX 提交 1992-03-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–65（65 aa）链 B 1–65（65 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；pH 6.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.70 Å
1HBW Solution nmr structure of the dimerization domain of the yeast transcriptional activator Gal4 (residues 50-106) 提交 2001-04-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 50–106（57 aa）片段：DIMERIZATION DOMAIN RESIDUES 50-106 链 B 50–106（57 aa）片段：DIMERIZATION DOMAIN RESIDUES 50-106	突变：YES 突变：YES	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；308 K；离子强度（mmCIF原始值）50 MM SODIUM PHOSPHATE	分辨率未提供
3COQ Structural Basis for Dimerization in DNA Recognition by Gal4 提交 2008-03-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 8–96（89 aa）片段：DNA binding domain with complete dimerization domain 链 B 8–96（89 aa）片段：DNA binding domain with complete dimerization domain	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；298 K；40mM Mg(OAc)2, 25mM sodium phosphate, 5% PEG400, 5% MPD, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.269
7UIK Mediator-PIC Early (Tail A + Upstream DNA & Activator) 提交 2022-03-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 T 1–147（147 aa）链 U 1–147（147 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.70 Å
7UIO Mediator-PIC Early (Composite Model) 提交 2022-03-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：80-meric	链 GA 1–147（147 aa）链 GB 1–147（147 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 THR THREONINE × 1 ALA ALANINE × 1 ASP ASPARTIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GAL4_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–21； UniProt 854–874 作者链 F； PDB构建体 1–21； UniProt 854–874

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3bts
沉积日期 deposition_date	2007-12-30
结构标题 title	Crystal structure of a ternary complex of the transcriptional repressor Gal80p (Gal80S0 [G301R]) and the acidic activation domain of Gal4p (aa 854-874) from Saccharomyces cerevisiae with NAD
关键词 keywords	;Eukaryotic transcription complex, NAD, Rossmann fold, Acetylation, Carbohydrate metabolism, DNA-binding, Galactose metabolism, Repressor, Transcription regulation, Activator, Metal-binding, Nucleus, Phosphoprotein, Zinc, TRANSCRIPTION ;; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.75 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.56 Å
零角强度 I(0) i0	118958000.00
分子量 molecular_weight	88679.0 kDa
排除体积 excluded_volume	111700 Å³
包络体积 envelope_volume	138060 Å³
水化壳体积 shell_volume	37928 Å³
包络直径 envelope_diameter	108.8 Å
壳层 Rg shell_rg	37.06 Å
包络 Rg envelope_rg	31.56 Å
形状 Rg shape_rg	31.56 Å
总 Rg total_rg	32.02 Å
总原子数 total_atoms	6253
残基数 n_residues	788
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	104.0 Å
Rg (实空间) rg_real	32.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.88 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1900e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9720e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.90 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	118900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8231
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	101.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.584
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.084
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	38050000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.807; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.973; Smooth: 0.305

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Galactose/lactose metabolism regulatory protein GAL80
分子量 formula_weight	48754.4 kDa
突变 mutation	G301R
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6432

GSHMDYNKRSSVSTVPNAAPIRVGFVGLNAAKGWAIKTHYPAILQLSSQFQITALYSPKIETSIATIQRLKLSNATAFPTLESFASSSTIDMIVIAIQVASHYEVVMPLLEFSKNNPNLKYLFVEWALACSLDQAESIYKAAAERGVQTIISLQGRKSPYILRAKELISQGYIGDINSIEIAGNGGWYGYERPVKSPKYIYEIGNGVDLVTTTFGHTIDILQYMTSSYFSRINAMVFNNIPEQELIDERGNRLGQRVPKTVPDHLLFQGTLLNGNVPVSCSFKGGKPTKKFTKNLVIDIHGTKRDLKLEGDAGFAEISNLVLYYSGTRANDFPLANGQQAPLDPGYDAGKEIMEVYHLRNYNAIVGNIHRLYQSISDFHFNTKKIPELPSQFVMQGFDFEGFPTLMDALILHRLIESVYKSNMMGSTLNVSNISHYSL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Regulatory protein GAL4
分子量 formula_weight	2507.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

GMFNTTTMDDVYNYLFDDEDT

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	663.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	127

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3btsA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	3btsA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	360 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2

结构域编号 domain_id	3btsB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	3btsB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	360 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2

▶

8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	88.071 Å
晶胞边长 b length_b	103.431 Å
晶胞边长 c length_c	106.880 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	46.570 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1750
R_free r_free	0.2320

fit	/app/data/saxs_computation/bt/3bts/3bts.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bt/3bts/3bts.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bt/3bts/3bts.dat

Crystal structure of a ternary complex of the transcriptional repressor Gal80p (Gal80S0 [G301R]) and the acidic activation domain of Gal4p (aa 854-874) from Saccharomyces cerevisiae with NAD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Galactose/lactose metabolism regulatory protein GAL80

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Regulatory protein GAL4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)