3bwu

Crystal structure of the ternary complex of FimD (N-Terminal Domain, FimDN) with FimC and the N-terminally truncated pilus subunit FimF (FimFt)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 87.1 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chaperone protein fimC

Escherichia coli

UniProt P31697

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 37–241 未记录 Outer membrane usher protein FimD, N-terminal domain × 1 (P30130) Protein fimF × 1 (P08189) EDO 1,2-ETHANEDIOL × 13 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;277 K;20 mM Tris/HCl pH 8.0, 20% PEG 8000, 50 mM succinic acid pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K 分辨率 1.76 Å R-free 0.212

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 22 个其他 PDB 条目、56 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FIMC_ECOLI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–205; UniProt 37–241

Outer membrane usher protein FimD, N-terminal domain

Escherichia coli

UniProt P30130

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 46–170 片段:N-terminal domain, Residues 1-125 Chaperone protein fimC × 1 (P31697) Protein fimF × 1 (P08189) EDO 1,2-ETHANEDIOL × 13 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;277 K;20 mM Tris/HCl pH 8.0, 20% PEG 8000, 50 mM succinic acid pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K 分辨率 1.76 Å R-free 0.212

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 13 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FIMD_ECOLI
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–125; UniProt 46–170

Protein fimF

Escherichia coli

UniProt P08189

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 35–176 片段:N-terminal truncation construct of pilus subunit fimF, Residues 13-154 Chaperone protein fimC × 1 (P31697) Outer membrane usher protein FimD, N-terminal domain × 1 (P30130) EDO 1,2-ETHANEDIOL × 13 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;277 K;20 mM Tris/HCl pH 8.0, 20% PEG 8000, 50 mM succinic acid pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K 分辨率 1.76 Å R-free 0.212

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 13 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FIMF_ECOLI
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 1–142; UniProt 35–176

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3bwu

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3bwu
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3bwu
沉积日期 deposition_date2008-01-10
结构标题 titleCrystal structure of the ternary complex of FimD (N-Terminal Domain, FimDN) with FimC and the N-terminally truncated pilus subunit FimF (FimFt)
关键词 keywords;Usher, N-terminal domain, ternary complex with chaperone and pilus subunit, CHAPERONE, STRUCTURAL PROTEIN, MEBRANE PROTEIN, STRUCTURAL, MEMBRANE PROTEIN ;; CHAPERONE, STRUCTURAL, MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.38
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.50
零角强度 I(0) i040760600.00
分子量 molecular_weight49257.0 kDa
排除体积 excluded_volume61673 ų
包络体积 envelope_volume75670 ų
水化壳体积 shell_volume25964 ų
包络直径 envelope_diameter90.3
壳层 Rg shell_rg31.45
包络 Rg envelope_rg25.80
形状 Rg shape_rg25.45
总 Rg total_rg26.32
总原子数 total_atoms3456
残基数 n_residues449
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax87.1
Rg (实空间) rg_real26.42
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.71
I(0) (实空间) i0_real4.0760e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.9530e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.41
I(0) (倒空间) i0_reciprocal40760000.0000
解质量估计 total_estimate0.7253
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary29.1
偏度 Skewness skewness0.378
峰度 Kurtosis kurtosis-0.328
角度范围 angular_range— – 0.3000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha8491000.0000
实空间数据点数 n_real_points61
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.892; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.291; Positv: 1.000; Valcen: 0.954; Smooth: 0.923

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd3bwuc1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.11 — PapD-like
家族 Family familyb.1.11.1 — Pilus chaperone
结构域编号 domain_idd3bwuc2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.7 — C2 domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.7.2 — Periplasmic chaperone C-domain
家族 Family familyb.7.2.1 — Periplasmic chaperone C-domain
结构域编号 domain_idd3bwud_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.167 — FimD N-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.167.1 — FimD N-terminal domain-like
家族 Family familyb.167.1.1 — Usher N-domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id3bwuC01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id3bwuC02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id3bwuD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily410 — PapC, N-terminal domain
结构域编号 domain_id3bwuF00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1090 — Fimbrial-type adhesion domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)