3d2f

Crystal structure of a complex of Sse1p and Hsp70

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 198.0 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Heat shock protein homolog SSE1

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–502 链 A； UniProt 525–693	未记录	Heat shock 70 kDa protein 1 × 1 （P08107） MG MAGNESIUM ION × 3 K POTASSIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；15 % (w/v) polyethyleneglycol-6000, 100 mM Tris-HCl pH 8.0, 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.244
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–502 链 C； UniProt 525–693	未记录	Heat shock 70 kDa protein 1 × 1 （P08107） MG MAGNESIUM ION × 3 K POTASSIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；15 % (w/v) polyethyleneglycol-6000, 100 mM Tris-HCl pH 8.0, 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.244

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3D2F	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2QXL Crystal Structure Analysis of Sse1, a yeast Hsp110 提交 2007-08-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–659（658 aa）片段：residues 2 to 659 链 B 2–659（658 aa）片段：residues 2 to 659	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；10% PEG 6000, 0.1M cacodylate, pH 6.5, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.41 Å R-free 0.235
3C7N Structure of the Hsp110:Hsc70 Nucleotide Exchange Complex 提交 2008-02-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–666（666 aa）片段：residues 1-666	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 4 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；LiSO4, PEG 400, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 3.12 Å R-free 0.283
3D2E Crystal structure of a complex of Sse1p and Hsp70, Selenomethionine-labeled crystals 提交 2008-05-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–502（502 aa）链 A 525–693（169 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；277 K；17 % (w/v) polyethyleneglycol-6000, 50 mM KCl, 100 mM HEPES-KOH pH 7.5, vapor diffusion, temperature 277K	分辨率 2.35 Å R-free 0.262
3D2E Crystal structure of a complex of Sse1p and Hsp70, Selenomethionine-labeled crystals 提交 2008-05-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–502（502 aa）链 C 525–693（169 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；277 K；17 % (w/v) polyethyleneglycol-6000, 50 mM KCl, 100 mM HEPES-KOH pH 7.5, vapor diffusion, temperature 277K	分辨率 2.35 Å R-free 0.262

共 3 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HSP7F_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–502； UniProt 1–502 作者链 A； PDB构建体 507–675； UniProt 525–693 作者链 C； PDB构建体 1–502； UniProt 1–502 作者链 C； PDB构建体 507–675； UniProt 525–693

Heat shock 70 kDa protein 1

Homo sapiens

UniProt P08107

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–382	未记录	Heat shock protein homolog SSE1 × 1 （P32589） MG MAGNESIUM ION × 3 K POTASSIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；15 % (w/v) polyethyleneglycol-6000, 100 mM Tris-HCl pH 8.0, 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.244
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–382	未记录	Heat shock protein homolog SSE1 × 1 （P32589） MG MAGNESIUM ION × 3 K POTASSIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；15 % (w/v) polyethyleneglycol-6000, 100 mM Tris-HCl pH 8.0, 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.244

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 3D2F	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1HJO ATPase domain of human heat shock 70kDa protein 1 提交 1998-10-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–382（380 aa）片段：42KD ATPASE N-TERMINAL FRAGMENT	未记录	CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；8% PEG-8000 25 MM IMIDAZOLE, PH 7.0 20MM CACL2 1MM GAMMA-S-ATP	分辨率 2.30 Å R-free 0.253
1S3X The crystal structure of the human Hsp70 ATPase domain 提交 2004-01-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–382（382 aa）片段：ATPASE DOMAIN	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；imidazole buffer, PEG 8000, CaCl2, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.84 Å R-free 0.219
1XQS Crystal structure of the HspBP1 core domain complexed with the fragment of Hsp70 ATPase domain 提交 2004-10-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 184–371（188 aa）片段：LOBE II OF ATPASE DOMAIN (184-371)	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG8000, Potassium chloride, Magnesium chloride, AMP-PNP, DTT, HEPES KOH, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.90 Å R-free 0.296
1XQS Crystal structure of the HspBP1 core domain complexed with the fragment of Hsp70 ATPase domain 提交 2004-10-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 184–371（188 aa）片段：LOBE II OF ATPASE DOMAIN (184-371)	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG8000, Potassium chloride, Magnesium chloride, AMP-PNP, DTT, HEPES KOH, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.90 Å R-free 0.296
2LMG Solution Structure of The C-terminal Domain (537-610) of Human Heat Shock Protein 70 提交 2011-12-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 537–610（74 aa）片段：UNP residues 537-610	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；压力 ambient NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] protein-1, 20 mM sodium phosphate-2, 50 mM sodium chloride-3, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein-4, 20 mM sodium phosphate-5, 50 mM sodium chloride-6, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein-7, 20 mM sodium phosphate-8, 50 mM sodium chloride-9, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
3A8Y Crystal structure of the complex between the BAG5 BD5 and Hsp70 NBD 提交 2009-10-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–388（388 aa）片段：Nucleotide-binding domain, UNP residues 1-388	未记录	TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M Tris-HCL, 0.25M Trimethylamine n-oxide, 20% PEG MME 2000, 3% Hexanediol , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.281
3A8Y Crystal structure of the complex between the BAG5 BD5 and Hsp70 NBD 提交 2009-10-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–388（388 aa）片段：Nucleotide-binding domain, UNP residues 1-388	未记录	TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M Tris-HCL, 0.25M Trimethylamine n-oxide, 20% PEG MME 2000, 3% Hexanediol , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.281
3ATU Crystal structure of human Hsp70 NBD in the ADP- and Mg ion-bound state 提交 2011-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–388（388 aa）片段：Nucleotide-binding domain (UNP RESIDUES 1-388)	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PG0 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.1M HEPES-NaOH (pH 7.0), 0.15M MgCl2, 30 % PEG MME 500, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.65 Å R-free 0.218
3ATV Crystal structure of human Hsp70 NBD in the ADP-bound and Mg ion-free state 提交 2011-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–388（388 aa）片段：Nucleotide-binding domain (UNP RESIDUES 1-388)	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 K POTASSIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1M Bis-Tris (pH 5.5), 0.25M KNO3, 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.58 Å R-free 0.208
3AY9 Crystal structure of human Hsp70 NBD in the ADP-, Mg ion-, and K ion-bound state 提交 2011-05-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–388（388 aa）片段：nucleotide-binding domain (UNP RESIDUES 1-388)	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.7；293 K；0.05M calcium chloride, 0.1M bis-tris (pH6.5), 30% PEG MME 550, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.75 Å R-free 0.213
3D2E Crystal structure of a complex of Sse1p and Hsp70, Selenomethionine-labeled crystals 提交 2008-05-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–382（382 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；277 K；17 % (w/v) polyethyleneglycol-6000, 50 mM KCl, 100 mM HEPES-KOH pH 7.5, vapor diffusion, temperature 277K	分辨率 2.35 Å R-free 0.262
3D2E Crystal structure of a complex of Sse1p and Hsp70, Selenomethionine-labeled crystals 提交 2008-05-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–382（382 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；277 K；17 % (w/v) polyethyleneglycol-6000, 50 mM KCl, 100 mM HEPES-KOH pH 7.5, vapor diffusion, temperature 277K	分辨率 2.35 Å R-free 0.262
3JXU Crystal structure of the human 70kDa heat shock protein 1A (Hsp70-1) ATPase domain in complex with ADP and inorganic phosphate 提交 2009-09-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–387（387 aa）片段：ATPase domain, UNP resiudes 1-387	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；0.2M magnesium chloride hexahydrate, 0.1M bis-tris, 25% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.14 Å R-free 0.262
3LOF C-terminal domain of human heat shock 70kDa protein 1B. 提交 2010-02-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 534–641（108 aa）片段：C-terminal domain 链 B 534–641（108 aa）片段：C-terminal domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；294 K；2.4 M sodium malonate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.40 Å R-free 0.235
3LOF C-terminal domain of human heat shock 70kDa protein 1B. 提交 2010-02-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 534–641（108 aa）片段：C-terminal domain 链 D 534–641（108 aa）片段：C-terminal domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；294 K；2.4 M sodium malonate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.40 Å R-free 0.235
3LOF C-terminal domain of human heat shock 70kDa protein 1B. 提交 2010-02-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 534–641（108 aa）片段：C-terminal domain 链 F 534–641（108 aa）片段：C-terminal domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；294 K；2.4 M sodium malonate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.40 Å R-free 0.235
4J8F Crystal structure of a fusion protein containing the NBD of Hsp70 and the middle domain of Hip 提交 2013-02-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–382（382 aa）片段：P08107 residues 1-382, P50503 residues 77-247	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 IOD IODIDE ION × 34	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；291 K；17 % PEG-3350 and 0.2 M NH4I, pH 7.4, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K	分辨率 2.70 Å R-free 0.261
4J8F Crystal structure of a fusion protein containing the NBD of Hsp70 and the middle domain of Hip 提交 2013-02-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–382（382 aa）片段：P08107 residues 1-382, P50503 residues 77-247	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 IOD IODIDE ION × 17	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；291 K；17 % PEG-3350 and 0.2 M NH4I, pH 7.4, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K	分辨率 2.70 Å R-free 0.261
4PO2 Crystal Structure of the Stress-Inducible Human Heat Shock Protein HSP70 Substrate-Binding Domain in Complex with Peptide Substrate 提交 2014-02-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 386–613（228 aa）片段：C-TERMINAL SUBSTRATE-BINDING DOMAIN	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1M Bis-Tris (pH 5.5), 0.2M Li2SO4, 28~30% PEG3350 in the reservoir and 0.1M Bis-Tris (pH 5.5), 0.2M Li2SO4, 22~25% PEG3350 in the crystallization drop, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 2.00 Å R-free 0.222
4PO2 Crystal Structure of the Stress-Inducible Human Heat Shock Protein HSP70 Substrate-Binding Domain in Complex with Peptide Substrate 提交 2014-02-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 386–613（228 aa）片段：C-TERMINAL SUBSTRATE-BINDING DOMAIN	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1M Bis-Tris (pH 5.5), 0.2M Li2SO4, 28~30% PEG3350 in the reservoir and 0.1M Bis-Tris (pH 5.5), 0.2M Li2SO4, 22~25% PEG3350 in the crystallization drop, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 2.00 Å R-free 0.222
4PO2 Crystal Structure of the Stress-Inducible Human Heat Shock Protein HSP70 Substrate-Binding Domain in Complex with Peptide Substrate 提交 2014-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 386–613（228 aa）片段：C-TERMINAL SUBSTRATE-BINDING DOMAIN 链 B 386–613（228 aa）片段：C-TERMINAL SUBSTRATE-BINDING DOMAIN	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1M Bis-Tris (pH 5.5), 0.2M Li2SO4, 28~30% PEG3350 in the reservoir and 0.1M Bis-Tris (pH 5.5), 0.2M Li2SO4, 22~25% PEG3350 in the crystallization drop, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 2.00 Å R-free 0.222
4WV5 HEAT SHOCK PROTEIN 70 SUBSTRATE BINDING DOMAIN 提交 2014-11-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 395–543（149 aa）片段：unp residues 395-543	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；294 K；11 mg/ml protein in 25mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP was mixed 1:1 with reservior solution containing 0.1 M Sodium Acetate, pH 4.5, 2M Ammonium Sulfate	分辨率 2.04 Å R-free 0.224
4WV5 HEAT SHOCK PROTEIN 70 SUBSTRATE BINDING DOMAIN 提交 2014-11-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 395–543（149 aa）片段：unp residues 395-543	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；294 K；11 mg/ml protein in 25mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP was mixed 1:1 with reservior solution containing 0.1 M Sodium Acetate, pH 4.5, 2M Ammonium Sulfate	分辨率 2.04 Å R-free 0.224
4WV7 HEAT SHOCK PROTEIN 70 SUBSTRATE BINDING DOMAIN WITH COVALENTLY LINKED NOVOLACTONE 提交 2014-11-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 395–543（149 aa）片段：unp residues 395-543	未记录	3UM (5beta,6alpha,8alpha,14alpha)-13-ethenyl-5,6-dihydroxy-14-methylpodocarp-12-en-15-oic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；294 K；10 mg/ml covalently modified protein in 25 mM Tris-HCl, 50 mM NaCl, 1 mM TCEP was mixed 1:1 with reservior solution containing 0.1 M HEPES, pH 7.0, 70% 2-methyl-2,4-pentanediol	分辨率 2.42 Å R-free 0.272
4WV7 HEAT SHOCK PROTEIN 70 SUBSTRATE BINDING DOMAIN WITH COVALENTLY LINKED NOVOLACTONE 提交 2014-11-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 395–543（149 aa）片段：unp residues 395-543	未记录	3UM (5beta,6alpha,8alpha,14alpha)-13-ethenyl-5,6-dihydroxy-14-methylpodocarp-12-en-15-oic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；294 K；10 mg/ml covalently modified protein in 25 mM Tris-HCl, 50 mM NaCl, 1 mM TCEP was mixed 1:1 with reservior solution containing 0.1 M HEPES, pH 7.0, 70% 2-methyl-2,4-pentanediol	分辨率 2.42 Å R-free 0.272

共 15 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HSP71_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–382； UniProt 1–382 作者链 D； PDB构建体 1–382； UniProt 1–382

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3d2f
沉积日期 deposition_date	2008-05-08
结构标题 title	Crystal structure of a complex of Sse1p and Hsp70
关键词 keywords	;nucleotide exchange factor, protein folding, ATP-binding, Calmodulin-binding, Chaperone, Nucleotide-binding, Phosphoprotein, Stress response ;; CHAPERONE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	50.61 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	50.88 Å
零角强度 I(0) i0	709168000.00
分子量 molecular_weight	219530.0 kDa
排除体积 excluded_volume	274180 Å³
包络体积 envelope_volume	391410 Å³
水化壳体积 shell_volume	67778 Å³
包络直径 envelope_diameter	216.0 Å
壳层 Rg shell_rg	50.71 Å
包络 Rg envelope_rg	50.37 Å
形状 Rg shape_rg	50.89 Å
总 Rg total_rg	50.82 Å
总原子数 total_atoms	15467
残基数 n_residues	2014
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	198.0 Å
Rg (实空间) rg_real	50.99 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.80 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.0920e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3850e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	50.29 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	708500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7529
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	44.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.586
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.135
角度范围 angular_range	— – 0.1550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	117300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	32
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.462; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.430; Smooth: 0.967

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Heat shock protein homolog SSE1
分子量 formula_weight	75305.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	16199

MSTPFGLDLGNNNSVLAVARNRGIDIVVNEVSNRSTPSVVGFGPKNRYLGETGKNKQTSNIKNTVANLKRIIGLDYHHPDFEQESKHFTSKLVELDDKKTGAEVRFAGEKHVFSATQLAAMFIDKVKDTVKQDTKANITDVCIAVPPWYTEEQRYNIADAARIAGLNPVRIVNDVTAAGVSYGIFKTDLPEGEEKPRIVAFVDIGHSSYTCSIMAFKKGQLKVLGTACDKHFGGRDFDLAITEHFADEFKTKYKIDIRENPKAYNRILTAAEKLKKVLSANTNAPFSVESVMNDVDVSSQLSREELEELVKPLLERVTEPVTKALAQAKLSAEEVDFVEIIGGTTRIPTLKQSISEAFGKPLSTTLNQDEAIAKGAAFICAIHSPTLRVRPFKFEDIHPYSVSYSWDKQVEDEDHMEVFPAGSSFPSTKLITLNRTGDFSMAASYTDITQLPPNTPEQIANWEITGVQLPEGQDSVPVKLKLRCDPSGLHTIEEAYTIEDIEAGSDTKTVKKDDLTIVAHTFGLDAKKLNELIEKENEMLAQDKLVAETEDRKNTLEEYIYTLRGKLEEEYAPFASDAEKTKLQGMLNKAEEWLYDEGFDSIKAKYIAKYEELASLGNIIRGRYLAKEEEKKQAIRSKQEASQMAAMAEKLAAQRKAEAEKKEEKKDTEGDVDMD

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast,lager beer yeast,yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Heat shock 70 kDa protein 1
分子量 formula_weight	42084.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MAKAAAIGIDLGTTYSCVGVFQHGKVEIIANDQGNRTTPSYVAFTDTERLIGDAAKNQVALNPQNTVFDAKRLIGRKFGDPVVQSDMKHWPFQVINDGDKPKVQVSYKGETKAFYPEEISSMVLTKMKEIAEAYLGYPVTNAVITVPAYFNDSQRQATKDAGVIAGLNVLRIINEPTAAAIAYGLDRTGKGERNVLIFDLGGGTFDVSILTIDDGIFEVKATAGDTHLGGEDFDNRLVNHFVEEFKRKHKKDISQNKRAVRRLRTACERAKRTLSSSTQASLEIDSLFEGIDFYTSITRARFEELCSDLFRSTLEPVEKALRDAKLDKAQIHDLVLVGGSTRIPKVQKLLQDFFNGRDLNKSINPDEAVAYGAAVQAAILMG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	661

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d3d2fb1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family family	c.55.1.1 — Actin/HSP70

结构域编号 domain_id	d3d2fb2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family family	c.55.1.1 — Actin/HSP70

结构域编号 domain_id	d3d2fd1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family family	c.55.1.1 — Actin/HSP70

结构域编号 domain_id	d3d2fd2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family family	c.55.1.1 — Actin/HSP70

CATH v4.4 (20 domains)

结构域编号 domain_id	3d2fA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	3d2fA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Defensin A-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	3d2fA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	3d2fA04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4

结构域编号 domain_id	3d2fA05
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	34 — Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	3d2fA06
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1270 — Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	3d2fB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	3d2fB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Defensin A-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	3d2fB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	3d2fB04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4

结构域编号 domain_id	3d2fC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	3d2fC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Defensin A-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	3d2fC03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	3d2fC04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4

结构域编号 domain_id	3d2fC05
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	34 — Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	3d2fC06
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1270 — Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	3d2fD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	3d2fD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Defensin A-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	3d2fD03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	3d2fD04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	129.500 Å
晶胞边长 b length_b	141.902 Å
晶胞边长 c length_c	151.680 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2000
R_work r_work	0.1970
R_free r_free	0.2440

fit	/app/data/saxs_computation/d2/3d2f/3d2f.fit
pddf	/app/data/pr_computation/d2/3d2f/3d2f.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/d2/3d2f/3d2f.dat

Crystal structure of a complex of Sse1p and Hsp70

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Heat shock protein homolog SSE1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Heat shock 70 kDa protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (20 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)