SAXSdb — 3d70

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BMR promoter DNA

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–278	未记录	Multidrug-efflux transporter 1 regulator × 2 IMD IMIDAZOLE × 12 GOL GLYCEROL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；SODIUM CITRATE, IMIDAZOLE, TRIFLUOROETHANOL, pH 8.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.273

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3D70	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BOW MULTIDRUG-BINDING DOMAIN OF TRANSCRIPTION ACTIVATOR BMRR (APO FORM) 提交 1998-08-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 121–279（159 aa）片段：MULTIDRUG-BINDING DOMAIN	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5	分辨率 2.70 Å R-free 0.270
1EXI CRYSTAL STRUCTURE OF TRANSCRIPTION ACTIVATOR BMRR, FROM B. SUBTILIS, BOUND TO 21 BASE PAIR BMR OPERATOR AND TPSB 提交 2000-05-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–278（278 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 118 TETRAPHENYLANTIMONIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；1 M imidazole, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 3.12 Å R-free 0.317
1EXJ CRYSTAL STRUCTURE OF TRANSCRIPTION ACTIVATOR BMRR, FROM B. SUBTILIS, BOUND TO 21 BASE PAIR BMR OPERATOR AND TPP 提交 2000-05-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–278（278 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 P4P TETRAPHENYLPHOSPHONIUM × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1 M imidazole, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 3.00 Å R-free 0.315
1R8E Crystal Structure of BmrR Bound to DNA at 2.4A Resolution 提交 2003-10-23	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–278（278 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 10 P4P TETRAPHENYLPHOSPHONIUM × 2 IMD IMIDAZOLE × 22	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；273 K；Imidazole, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K	分辨率 2.40 Å R-free 0.267
2BOW MULTIDRUG-BINDING DOMAIN OF TRANSCRIPTION ACTIVATOR BMRR IN COMPLEX WITH A LIGAND, TETRAPHENYLPHOSPHONIUM 提交 1998-08-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 121–279（159 aa）片段：MULTIDRUG-BINDING DOMAIN	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2 P4P TETRAPHENYLPHOSPHONIUM × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.320
2BOW MULTIDRUG-BINDING DOMAIN OF TRANSCRIPTION ACTIVATOR BMRR IN COMPLEX WITH A LIGAND, TETRAPHENYLPHOSPHONIUM 提交 1998-08-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 121–279（159 aa）片段：MULTIDRUG-BINDING DOMAIN	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2 P4P TETRAPHENYLPHOSPHONIUM × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.320
3D6Y Crystal structure of R275E mutant of BMRR bound to DNA and berberine 提交 2008-05-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–278（278 aa）片段：residues 1-278	突变：R275E, A277L, E278D	BER BERBERINE × 2 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；1.0 M Sodium Malonate, 0.05% Jeffamine-M600, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.259
3D6Z Crystal structure of R275E mutant of BMRR bound to DNA and rhodamine 提交 2008-05-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–278（278 aa）片段：residues 1-278	突变：R275E, A277L, E278D	GOL GLYCEROL × 8 RHQ RHODAMINE 6G × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；SODIUM MALONATE, JEFFAMINE-M600, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.263
3D71 Crystal structure of E253Q BMRR bound to 22 base pair promoter site 提交 2008-05-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–278（278 aa）片段：residues 1-278	突变：E253Q, A277L, E278D	ZN ZINC ION × 2 FLC CITRATE ANION × 2 PGO S-1,2-PROPANEDIOL × 6 ETF TRIFLUOROETHANOL × 2 IMD IMIDAZOLE × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；SODIUM CITRATE, IMIDAZOLE, TRIFLUOROETHANOL, pH 8.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.248
3IAO Conformational plasticity of the coiled coil domain of BmrR is required for bmr promoter binding-the unliganded structure of BmrR 提交 2009-07-14	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–278（278 aa）	突变：R275E, E253Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；30% PEG 4000, 0.2 M Lithium Sulfate, 0.1M Tris HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.275
3Q1M Crystal Structure of BmrR Dimer bound to DNA and the ligand 4-amino-quinaldine 提交 2010-12-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–276（276 aa）	未记录	M4A 2-methylquinolin-4-amine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；1.0 M Sodium Malonate, 0.05% Jeffamine-M600, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.272
3Q2Y Crystal Structure of BmrR bound to ethidium 提交 2010-12-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–278（278 aa）	未记录	ET ETHIDIUM × 2 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；1.0 M Sodium Malonate, 0.05% jeffamine pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.95 Å R-free 0.246
3Q3D Crystal structure of BmrR bound to puromycin 提交 2010-12-21	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–278（278 aa）	未记录	PUY PUROMYCIN × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；291 K；1.0 M Sodium Malonate ) 0.05% jeffamine-M600 pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.79 Å R-free 0.262
3Q5P Crystal structure of BmrR bound to Tetracycline 提交 2010-12-29	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–278（278 aa）	未记录	TAC TETRACYCLINE × 2 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；1.0 M Sodium Malonate 0.05% jeffamine pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.94 Å R-free 0.262
3Q5R Crystal structure of BmrR bound to Kanamycin 提交 2010-12-29	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–278（278 aa）	未记录	KAN KANAMYCIN A × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；1.0 M Sodium Malonate pH 7.0, 0.05% jeffamine M600, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.05 Å R-free 0.247
3Q5S Crystal structure of BmrR bound to Acetylcholine 提交 2010-12-29	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–278（278 aa）	未记录	ACH ACETYLCHOLINE × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；291 K；1.0 M Sodium Malonate ph 7.0 0.05% Jeffamine M600, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.10 Å R-free 0.276
7CKQ The cryo-EM structure of B. subtilis BmrR transcription activation complex 提交 2020-07-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 G 1–278（278 aa）链 I 1–278（278 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 P4P TETRAPHENYLPHOSPHONIUM × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å

共 16 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BMRR_BACSU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–278； UniProt 1–278

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3d70
沉积日期 deposition_date	2008-05-20
结构标题 title	Crystal structure of E253A mutant of BMRR bound to 22-bp oligonucleotide
关键词 keywords	MULTIDRUG RESISTANCE, TRANSCRIPTION REGULATION, PROTEIN-DNA COMPLEX, Activator, DNA-binding, TRANSCRIPTION REGULATOR-DNA COMPLEX; TRANSCRIPTION REGULATOR/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.22 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.95 Å
零角强度 I(0) i0	30812600.00
分子量 molecular_weight	39995.0 kDa
排除体积 excluded_volume	48605 Å³
包络体积 envelope_volume	73320 Å³
水化壳体积 shell_volume	20841 Å³
包络直径 envelope_diameter	110.0 Å
壳层 Rg shell_rg	35.82 Å
包络 Rg envelope_rg	30.65 Å
形状 Rg shape_rg	31.97 Å
总 Rg total_rg	32.27 Å
总原子数 total_atoms	2791
残基数 n_residues	299
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	106.4 Å
Rg (实空间) rg_real	32.44 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.01 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.0810e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.1760e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.35 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	30810000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8668
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	26.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.319
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.681
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2041000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.890; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.752; Smooth: 0.841

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	BMR promoter DNA
分子量 formula_weight	33420.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2840

MKESYYSIGEVSKLANVSIKALRYYDKIDLFKPAYVDPDTSYRYYTDSQLIHLDLIKSLKYIGTPLEEMKKAQDLEMEELFAFYTEQERQIREKLDFLSALEQTISLVKKRMKRQMEYPALGEVFVLDEEEIRIIQTEAEGIGPENVLNASYSKLKKFIESADGFTNNSYGATFSFQPYTSIDEMTYRHIFTPVLTNKQISSITPDMEITTIPKGRYACIAYNFSPEHYFLNLQKLIKYIADRQLTVVSDVYALIIPIHYSPKKQEEYRVEMKIRILDHHHHHH

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Multidrug-efflux transporter 1 regulator
分子量 formula_weight	7362.7 kDa
突变 mutation	E253A, A277L, E278D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B

TGACCCTCCCCTTAGGGGAGGGTC

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus subtilis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1423
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	IMIDAZOLE
分子量 formula_weight	69.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	49

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d3d70a1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.6 — Putative DNA-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.6.1 — Putative DNA-binding domain
家族 Family family	a.6.1.3 — DNA-binding N-terminal domain of transcription activators

结构域编号 domain_id	d3d70a2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.60 — Probable bacterial effector-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	d.60.1 — Probable bacterial effector-binding domain
家族 Family family	d.60.1.1 — Multidrug-binding domain of transcription activator BmrR

结构域编号 domain_id	d3d70a3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	3d70A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1660 — Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	3d70A02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	490 — Single helix bin

结构域编号 domain_id	3d70A03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	80 — Multidrug-efflux Transporter 1 Regulator Bmrr; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Regulatory factor, effector binding domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	106.170 Å
晶胞边长 b length_b	106.170 Å
晶胞边长 c length_c	146.880 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43 2 2
空间群编号 int_tables_number	95
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	52.500 Å
R 因子 r_factor	0.2340
R_work r_work	0.2340
R_free r_free	0.2730

fit	/app/data/saxs_computation/d7/3d70/3d70.fit
pddf	/app/data/pr_computation/d7/3d70/3d70.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/d7/3d70/3d70.dat

Crystal structure of E253A mutant of BMRR bound to 22-bp oligonucleotide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BMR promoter DNA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)