SAXSdb — 3di3

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Interleukin-7

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 2 其他聚合物 3 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 26–177	片段：UNP residues 26 to 177 突变：E106A	Interleukin-7 receptor subunit alpha × 1 （P16871） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.4；292 K；18% w/v PEG 3350, 0.1 M HEPES pH 7.4, 0.2 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.90 Å R-free 0.267

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3DI3	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3DI2 Crystal structure of the complex of human interleukin-7 with unglycosylated human interleukin-7 receptor alpha ectodomain 提交 2008-06-19	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–177（152 aa）片段：UNP residues 26 to 177	突变：E106A	1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；292 K；20% w/v PEG 8000, 0.1M MES, 0.2 M calcium acetate, pH 6.0, sitting drop, temperature 292K	分辨率 2.70 Å R-free 0.267
3DI2 Crystal structure of the complex of human interleukin-7 with unglycosylated human interleukin-7 receptor alpha ectodomain 提交 2008-06-19	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 26–177（152 aa）片段：UNP residues 26 to 177	突变：E106A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；292 K；20% w/v PEG 8000, 0.1M MES, 0.2 M calcium acetate, pH 6.0, sitting drop, temperature 292K	分辨率 2.70 Å R-free 0.267

共 1 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IL7_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–154； UniProt 26–177

Interleukin-7 receptor subunit alpha

Homo sapiens

UniProt P16871

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 2 其他聚合物 3 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 21–239	片段：UNP residues 21 to 239 (ligand binding ectodomain) 突变：I118V	Interleukin-7 × 1 （P13232） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.4；292 K；18% w/v PEG 3350, 0.1 M HEPES pH 7.4, 0.2 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.90 Å R-free 0.267

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3DI3	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3DI2 Crystal structure of the complex of human interleukin-7 with unglycosylated human interleukin-7 receptor alpha ectodomain 提交 2008-06-19	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 21–239（219 aa）片段：UNP residues 21 to 239 (ligand binding ectodomain)	突变：I118V	1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；292 K；20% w/v PEG 8000, 0.1M MES, 0.2 M calcium acetate, pH 6.0, sitting drop, temperature 292K	分辨率 2.70 Å R-free 0.267
3DI2 Crystal structure of the complex of human interleukin-7 with unglycosylated human interleukin-7 receptor alpha ectodomain 提交 2008-06-19	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 21–239（219 aa）片段：UNP residues 21 to 239 (ligand binding ectodomain)	突变：I118V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；292 K；20% w/v PEG 8000, 0.1M MES, 0.2 M calcium acetate, pH 6.0, sitting drop, temperature 292K	分辨率 2.70 Å R-free 0.267
3UP1 Crystal structure of the unliganded human interleukin-7 receptor extracellular domain 提交 2011-11-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 21–239（219 aa）链 B 21–239（219 aa）	未记录	FUC alpha-L-fucopyranose × 2 SO4 SULFATE ION × 5 GOL GLYCEROL × 4 NGA 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；292 K；1.26M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 0.2 M Li2SO4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.15 Å R-free 0.257
6P50 Crystal Structure of a Complex of human IL-7Ralpha with an anti-IL-7Ralpha Fab 4A10 提交 2019-05-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 21–239（219 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；25% PEG 3350, 0.2 M sodium malonate pH 6.0, 20% glycerol	分辨率 2.90 Å R-free 0.330
6P67 Crystal Structure of a Complex of human IL-7Ralpha with an anti-IL-7Ralpha 2B8 Fab 提交 2019-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 K 21–239（219 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；17% PEG 3350, 10% MPD, 0.2 lithium sulfate, 0.1 M imidazole pH 6.5, 20% glycerol	分辨率 2.90 Å R-free 0.266
6P67 Crystal Structure of a Complex of human IL-7Ralpha with an anti-IL-7Ralpha 2B8 Fab 提交 2019-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 21–239（219 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；17% PEG 3350, 10% MPD, 0.2 lithium sulfate, 0.1 M imidazole pH 6.5, 20% glycerol	分辨率 2.90 Å R-free 0.266
6P67 Crystal Structure of a Complex of human IL-7Ralpha with an anti-IL-7Ralpha 2B8 Fab 提交 2019-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 21–239（219 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；17% PEG 3350, 10% MPD, 0.2 lithium sulfate, 0.1 M imidazole pH 6.5, 20% glycerol	分辨率 2.90 Å R-free 0.266
6P67 Crystal Structure of a Complex of human IL-7Ralpha with an anti-IL-7Ralpha 2B8 Fab 提交 2019-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 21–239（219 aa）	未记录	FUC alpha-L-fucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；17% PEG 3350, 10% MPD, 0.2 lithium sulfate, 0.1 M imidazole pH 6.5, 20% glycerol	分辨率 2.90 Å R-free 0.266
7OPB IL7R in complex with an antagonist 提交 2021-05-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–231（196 aa）	未记录	PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293.15 K；0,1 M Phosphate/Citrate, 25% v/v PEG Smear Low Cryoprotected with 25% PEG-400	分辨率 2.14 Å R-free 0.211
7OPB IL7R in complex with an antagonist 提交 2021-05-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 36–231（196 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293.15 K；0,1 M Phosphate/Citrate, 25% v/v PEG Smear Low Cryoprotected with 25% PEG-400	分辨率 2.14 Å R-free 0.211
7OPB IL7R in complex with an antagonist 提交 2021-05-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 36–231（196 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293.15 K；0,1 M Phosphate/Citrate, 25% v/v PEG Smear Low Cryoprotected with 25% PEG-400	分辨率 2.14 Å R-free 0.211
9XEA Structure of the transmembrane domain dimer of human IL-7R V253G mutant 提交 2025-10-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 236–266（31 aa）链 B 236–266（31 aa）	突变：V253G 突变：V253G	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；306 K；离子强度（mmCIF原始值）25；压力 1 NMR样品组成 0.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-85% 2H] The transmembrane domain of the IL-7R-V253G dimer, 60 mM POPC, 150 mM DHPC, 25 mM MES, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.6 mM [U-13C; U-15N] Transmembrane domain of the IL-7R V253G mutant, 60 mM deuterated Deuterated POPC, 150 mM deuterated Deuterated DHPC, 25 mM MES, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.4 mM [U-15N; U-2H] Transmembrane domain of the IL-7R V253G mutant, 0.4 mM [U-13C] Transmembrane domain of the IL-7R V253G mutant, 60 mM deuterated Deuterated POPC, 150 mM deuterated Deuterated DHPC, 25 mM MES, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

共 6 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IL7RA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 5–223； UniProt 21–239

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3di3
沉积日期 deposition_date	2008-06-19
结构标题 title	Crystal structure of the complex of human interleukin-7 with glycosylated human interleukin-7 receptor alpha ectodomain
关键词 keywords	;interleukin, cytokine, cytokine receptor, ectodomain, Glycoprotein, Growth factor, Secreted, Disease mutation, Membrane, Phosphoprotein, Receptor, SCID, Transmembrane, CYTOKINE-CYTOKINE RECEPTOR COMPLEX ;; CYTOKINE/CYTOKINE RECEPTOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.28 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.42 Å
零角强度 I(0) i0	20545000.00
分子量 molecular_weight	35273.0 kDa
排除体积 excluded_volume	44484 Å³
包络体积 envelope_volume	56343 Å³
水化壳体积 shell_volume	20676 Å³
包络直径 envelope_diameter	83.7 Å
壳层 Rg shell_rg	29.78 Å
包络 Rg envelope_rg	24.84 Å
形状 Rg shape_rg	24.42 Å
总 Rg total_rg	25.13 Å
总原子数 total_atoms	2485
残基数 n_residues	311
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	80.8 Å
Rg (实空间) rg_real	25.35 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.64 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0540e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0790e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.33 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	20540000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8909
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.375
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.486
角度范围 angular_range	— – 0.3150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4898000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.932; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.885; Smooth: 0.897

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Interleukin-7
分子量 formula_weight	17545.5 kDa
突变 mutation	E106A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2500

MGDCDIEGKDGKQYESVLMVSIDQLLDSMKEIGSNCLNNEFNFFKRHICDANKEGMFLFRAARKLRQFLKMNSTGDFDLHLLKVSEGTTILLNCTGQVKGRKPAALGAAQPTKSLEENKSLKEQKKLNDLCFLKRLLQEIKTCWNKILMGTKEH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Interleukin-7 receptor subunit alpha
分子量 formula_weight	25691.0 kDa
突变 mutation	I118V
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GSHMESGYAQNGDLEDAELDDYSFSCYSQLEVNGSQHSLTCAFEDPDVNTTNLEFEICGALVEVKCLNFRKLQEIYFIETKKFLLIGKSNICVKVGEKSLTCKKIDLTTIVKPEAPFDLSVVYREGANDFVVTFNTSHLQKKYVKVLMHDVAYRQEKDENKWTHVNLSSTKLTLLQRKLQPAAMYEIKVRSIPDHYFKGFWSEWSPSYYFRTPEINNSSGEMD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	15

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	3di3A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1250 — Growth Hormone; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	3di3B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1870 —

结构域编号 domain_id	3di3B02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	55.573 Å
晶胞边长 b length_b	68.235 Å
晶胞边长 c length_c	112.273 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	15.000 Å
R 因子 r_factor	0.2290
R_work r_work	0.2290
R_free r_free	0.2670

fit	/app/data/saxs_computation/di/3di3/3di3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/di/3di3/3di3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/di/3di3/3di3.dat

Crystal structure of the complex of human interleukin-7 with glycosylated human interleukin-7 receptor alpha ectodomain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Interleukin-7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Interleukin-7 receptor subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)