SAXSdb — 3dpr

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein VP1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 300	LDL-receptor class A 3 × 60 （P98155） LAURIC ACID × 60 CALCIUM ION × 60	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	LDL-receptor class A 3 × 1 （P98155） LAURIC ACID × 1 CALCIUM ION × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 25	LDL-receptor class A 3 × 5 （P98155） LAURIC ACID × 5 CALCIUM ION × 5	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 30	LDL-receptor class A 3 × 6 （P98155） LAURIC ACID × 6 CALCIUM ION × 6	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	LDL-receptor class A 3 × 1 （P98155） LAURIC ACID × 1 CALCIUM ION × 1	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 300	LDL-receptor class A 3 × 60 （P98155） LAURIC ACID × 60 CALCIUM ION × 60	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLG_HRV2
Isoform	—
PDB实体	1, 2, 3, 4
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–289； UniProt 568–856 作者链 B； PDB构建体 1–261； UniProt 70–330 作者链 C； PDB构建体 1–237； UniProt 331–567 作者链 D； PDB构建体 1–68； UniProt 2–69

LDL-receptor class A 3

Homo sapiens

UniProt P98155

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 300	Protein VP1 × 60 （P04936） Protein VP2 × 60 （P04936） Protein VP3 × 60 （P04936） Protein VP4 × 60 （P04936） LAURIC ACID × 60 CALCIUM ION × 60	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Protein VP1 × 1 （P04936） Protein VP2 × 1 （P04936） Protein VP3 × 1 （P04936） Protein VP4 × 1 （P04936） LAURIC ACID × 1 CALCIUM ION × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 25	Protein VP1 × 5 （P04936） Protein VP2 × 5 （P04936） Protein VP3 × 5 （P04936） Protein VP4 × 5 （P04936） LAURIC ACID × 5 CALCIUM ION × 5	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 30	Protein VP1 × 6 （P04936） Protein VP2 × 6 （P04936） Protein VP3 × 6 （P04936） Protein VP4 × 6 （P04936） LAURIC ACID × 6 CALCIUM ION × 6	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Protein VP1 × 1 （P04936） Protein VP2 × 1 （P04936） Protein VP3 × 1 （P04936） Protein VP4 × 1 （P04936） LAURIC ACID × 1 CALCIUM ION × 1	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 300	Protein VP1 × 60 （P04936） Protein VP2 × 60 （P04936） Protein VP3 × 60 （P04936） Protein VP4 × 60 （P04936） LAURIC ACID × 60 CALCIUM ION × 60	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VLDLR_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–39； UniProt 113–151

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3dpr
沉积日期 deposition_date	2008-07-09
结构标题 title	Human rhinovirus 2 bound to a concatamer of the VLDL receptor module V3
关键词 keywords	;HUMAN RHINOVIRUS, VLDL-RECEPTOR, VIRUS-PROTEIN COMPLEX, ICOSAHEDRAL VIRUS, ATP-binding, Capsid protein, Covalent protein-RNA linkage, Cytoplasmic vesicle, Helicase, Host-virus interaction, Hydrolase, Lipoprotein, Membrane, Myristate, Nucleotide-binding, Nucleotidyltransferase, Phosphoprotein, Protease, RNA replication, RNA-binding, RNA-directed RNA polymerase, Thiol protease, Transferase, Virion, Cholesterol metabolism, Coated pit, EGF-like domain, Endocytosis, Glycoprotein, Lipid metabolism, Lipid transport, Receptor, Steroid metabolism, Transmembrane, Transport, VLDL, VIRUS ;; VIRUS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3dpr__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3dpr__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3dpr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	133.70 Å
总 Rg	133.80 Å
原子数	387000
残基数	49200
排除体积	6843900 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3dpr__assembly_1__model_1`	300-MERIC （300）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3dpr__assembly_2__model_1`	pentameric （5）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`3dpr__assembly_3__model_1`	25-meric （25）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`3dpr__assembly_4__model_1`	30-meric （30）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`3dpr__assembly_5__model_1`	pentameric （5）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
6	1	`3dpr__assembly_6__model_1`	300-meric （300）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein VP1
分子量 formula_weight	32924.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6450

NPVENYIDEVLNEVLVVPNINSSNPTTSNSAPALDAAETGHTSSVQPEDVIETRYVQTSQTRDEMSLESFLGRSGCIHESKLEVTLANYNKENFTVWAINLQEMAQIRRKFELFTYTRFDSEITLVPCISALSQDIGHITMQYMYVPPGAPVPNSRDDYAWQSGTNASVFWQHGQAYPRFSLPFLSVASAYYMFYDGYDEQDQNYGTANTNNMGSLCSRIVTEKHIHKVHIMTRIYHKAKHVKAWCPRPPRALEYTRAHRTNFKIEDRSIQTAIVTRPIITTAGPSDMY

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Protein VP2
分子量 formula_weight	29009.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SPTVEACGYSDRIIQITRGDSTITSQDVANAIVAYGVWPHYLSSKDASAIDKPSQPDTSSNRFYTLRSVTWSSSSKGWWWKLPDALKDMGIFGENMFYHYLGRSGYTIHVQCNASKFHQGTLIVALIPEHQIASALHGNVNVGYNYTHPGETGREVKAETRLNPDLQPTEEYWLNFDGTLLGNITIFPHQFINLRSNNSATIIAPYVNAVPMDSMRSHNNWSLVIIPICPLETSSAINTIPITISISPMCAEFSGARAKRQ

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Protein VP3
分子量 formula_weight	26107.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GLPVFITPGSGQFLTTDDFQSPCALPWYHPTKEISIPGEVKNLVEICQVDSLVPINNTDTYINSENMYSVVLQSSINAPDKIFSIRTDVASQPLATTLIGEISSYFTHWTGSLRFSFMFCGTANTTVKLLLAYTPPGIAEPTTRKDAMLGTHVIWDVGLQSTISMVVPWISASHYRNTSPGRSTSGYITCWYQTRLVIPPQTPPTARLLCFVSGCKDFCLRMARDTNLHLQSGAIAQ

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Protein VP4
分子量 formula_weight	7357.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

GAQVSRQNVGTHSTQNSVSNGSSLNYFNINYFKDAASNGASKLEFTQDPSKFTDPVKDVLEKGIPTLQ

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	LDL-receptor class A 3
分子量 formula_weight	4274.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

CRIHEISCGAHSTQCIPVSWRCDGENDCDSGEDEENCGN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	LAURIC ACID
分子量 formula_weight	200.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	3dprA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	3dprB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	3dprC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

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晶胞边长 a length_a	498.117 Å
晶胞边长 b length_b	498.117 Å
晶胞边长 c length_c	658.425 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	480

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.500 Å
最低分辨率 resolution_low	15.000 Å
R 因子 r_factor	0.4260
R_work r_work	0.4250
R_free r_free	0.4410

Human rhinovirus 2 bound to a concatamer of the VLDL receptor module V3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein VP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

LDL-receptor class A 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3dpr__assembly_1__model_1

3dpr__assembly_1__model_1 | I(q)

3dpr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

Human rhinovirus 2 bound to a concatamer of the VLDL receptor module V3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein VP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

LDL-receptor class A 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3dpr__assembly_1__model_1

3dpr__assembly_1__model_1 | I(q)

3dpr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)