3dvk

Crystal Structure of Ca2+/CaM-CaV2.3 IQ domain complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 55.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Calmodulin

Homo sapiens

UniProt P62158

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–149 未记录 Voltage-dependent R-type calcium channel subunit alpha-1E × 1 (Q07652) CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;292 K;0.1 M Bis-Tris, 25-30 % PEG 2000 MME, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K 分辨率 2.30 Å R-free 0.291

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 105 个其他 PDB 条目、176 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CALM_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–148; UniProt 2–149

Voltage-dependent R-type calcium channel subunit alpha-1E

Rattus norvegicus

UniProt Q07652

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1818–1837 片段:UNP residues 1818-1837 Calmodulin × 1 (P62158) CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;292 K;0.1 M Bis-Tris, 25-30 % PEG 2000 MME, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K 分辨率 2.30 Å R-free 0.291

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CAC1E_RAT
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 4–23; UniProt 1818–1837

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3dvk

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3dvk
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3dvk
沉积日期 deposition_date2008-07-18
结构标题 titleCrystal Structure of Ca2+/CaM-CaV2.3 IQ domain complex
关键词 keywordscalmodulin, calcium channel, IQ domain, inactivation, facilitation, calcium-dependent, voltage-gated, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.32
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.07
零角强度 I(0) i06824890.00
分子量 molecular_weight17961.0 kDa
排除体积 excluded_volume21924 ų
包络体积 envelope_volume25921 ų
水化壳体积 shell_volume13974 ų
包络直径 envelope_diameter53.6
壳层 Rg shell_rg21.27
包络 Rg envelope_rg16.09
形状 Rg shape_rg16.10
总 Rg total_rg16.87
总原子数 total_atoms1249
残基数 n_residues166
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax55.0
Rg (实空间) rg_real17.25
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.27
I(0) (实空间) i0_real6.8250e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.8840e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.26
I(0) (倒空间) i0_reciprocal6825000.0000
解质量估计 total_estimate0.9000
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary20.3
偏度 Skewness skewness0.221
峰度 Kurtosis kurtosis-0.416
角度范围 angular_range— – 0.4600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha880900.0000
实空间数据点数 n_real_points77
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.900; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.996

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd3dvka_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamilya.39.1 — EF-hand
家族 Family familya.39.1.5 — Calmodulin-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id3dvkA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)