3ebz

High Resolution HIV-2 Protease Structure in Complex with Clinical Drug Darunavir

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 61.0 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protease

Human immunodeficiency virus type 2 (ISOLATE ROD)

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 514–612 链 B； UniProt 514–612	未记录	IMD IMIDAZOLE × 6 ZN ZINC ION × 9 CL CHLORIDE ION × 8 NA SODIUM ION × 1 017 (3R,3AS,6AR)-HEXAHYDROFURO[2,3-B]FURAN-3-YL(1S,2R)-3-[[(4-AMINOPHENYL)SULFONYL](ISOBUTYL)AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXYPROPYLCARBAMATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.75；293 K；0.6-0.7M imidazole, 0.12-0.14M Zn(OAc)2 buffer, 1.25-2M NaCl, pH 5.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.20 Å R-free 0.181

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3EBZ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1E0E N-terminal zinc-binding HHCC domain of HIV-2 integrase 提交 2000-03-25	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 744–798（55 aa）片段：N-TERMINAL HHCC DOMAIN 链 B 744–798（55 aa）片段：N-TERMINAL HHCC DOMAIN	未记录	ZN ZINC ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；300 K NMR样品组成 D2O AND 5% D2O/95% H2O	分辨率未提供
1HII COMPARATIVE ANALYSIS OF THE X-RAY STRUCTURES OF HIV-1 AND HIV-2 PROTEASES IN COMPLEX WITH CGP 53820, A NOVEL PSEUDOSYMMETRIC INHIBITOR 提交 1995-03-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 86–184（99 aa）链 B 86–184（99 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 C20 ACETYL-NH-VAL-CYCLOHEXYL-CH2[NCH2CHOH]CH2-BENZYL-VAL-NH-ACETYL × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1HSH CRYSTAL STRUCTURE AT 1.9 ANGSTROMS RESOLUTION OF HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS (HIV) II PROTEASE COMPLEXED WITH L-735,524, AN ORALLY BIOAVAILABLE INHIBITOR OF THE HIV PROTEASES 提交 1995-03-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 86–184（99 aa）链 B 86–184（99 aa）	未记录	MK1 N-[2(R)-HYDROXY-1(S)-INDANYL]-5-[(2(S)-TERTIARY BUTYLAMINOCARBONYL)-4(3-PYRIDYLMETHYL)PIPERAZINO]-4(S)-HYDROXY-2(R)-PHENYLMETHYLPENTANAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
1HSH CRYSTAL STRUCTURE AT 1.9 ANGSTROMS RESOLUTION OF HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS (HIV) II PROTEASE COMPLEXED WITH L-735,524, AN ORALLY BIOAVAILABLE INHIBITOR OF THE HIV PROTEASES 提交 1995-03-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 86–184（99 aa）链 D 86–184（99 aa）	未记录	MK1 N-[2(R)-HYDROXY-1(S)-INDANYL]-5-[(2(S)-TERTIARY BUTYLAMINOCARBONYL)-4(3-PYRIDYLMETHYL)PIPERAZINO]-4(S)-HYDROXY-2(R)-PHENYLMETHYLPENTANAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
1HSI CRYSTAL STRUCTURE AT 1.9 ANGSTROMS RESOLUTION OF HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS (HIV) II PROTEASE COMPLEXED WITH L-735,524, AN ORALLY BIOAVAILABLE INHIBITOR OF THE HIV PROTEASES 提交 1995-03-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 86–184（99 aa）链 B 86–184（99 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1IDA CRYSTAL STRUCTURES OF HIV-2 PROTEASE IN COMPLEX WITH INHIBITORS CONTAINING THE HYDROXYETHYLAMINE DIPEPTIDE ISOSTERE 提交 1994-10-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 514–612（99 aa）片段：rsidues 514-622 链 B 514–612（99 aa）片段：rsidues 514-622	未记录	0PO N-[(1R)-1-{[(1S,2S)-1-benzyl-3-{(2R,4S)-2-(tert-butylcarbamoyl)-4-[(pyridin-3-ylmethyl)sulfanyl]piperidin-1-yl}-2-hydroxypropyl]carbamoyl}-2-methylpropyl]quinoline-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.70 Å
1IVP THE CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF THE PROTEASE FROM HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 2 WITH TWO SYNTHETIC PEPTIDIC TRANSITION STATE ANALOG INHIBITORS 提交 1993-03-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 86–184（99 aa）链 B 86–184（99 aa）	未记录	1ZK 4-[(2R)-3-{[(1S,2S,3R,4S)-1-(cyclohexylmethyl)-2,3-dihydroxy-5-methyl-4-({(1S,2R)-2-methyl-1-[(pyridin-2-ylmethyl)carba moyl]butyl}carbamoyl)hexyl]amino}-2-{[(naphthalen-1-yloxy)acetyl]amino}-3-oxopropyl]-1H-imidazol-3-ium × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1IVQ THE CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF THE PROTEASE FROM HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 2 WITH TWO SYNTHETIC PEPTIDIC TRANSITION STATE ANALOG INHIBITORS 提交 1993-03-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 86–184（99 aa）链 B 86–184（99 aa）	未记录	0PX N~1~-{(1S,2S,4S)-1-(cyclohexylmethyl)-4-[(2,2-dimethylpropyl)carbamoyl]-2-hydroxy-5-methylhexyl}-N~2~-(quinolin-2-ylcar bonyl)-L-aspartamide × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.60 Å
1MU2 CRYSTAL STRUCTURE OF HIV-2 REVERSE TRANSCRIPTASE 提交 2002-09-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 185–739（555 aa）链 B 190–615（426 aa）片段：residues 6-431	突变：R286S 突变：R286S	SO4 SULFATE ION × 22 GOL GLYCEROL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；(NH4)2SO4, TRIS, DMSO, GLYCEROL, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K	分辨率 2.35 Å R-free 0.240
2HPE COMPARISON OF THE STRUCTURES OF HIV-2 PROTEASE COMPLEXES IN THREE CRYSTAL SPACE GROUPS WITH AN HIV-1 PROTEASE COMPLEX STRUCTURE 提交 1994-09-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 86–184（99 aa）链 B 86–184（99 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
2HPF COMPARISON OF THE STRUCTURES OF HIV-2 PROTEASE COMPLEXES IN THREE CRYSTAL SPACE GROUPS WITH AN HIV-1 PROTEASE COMPLEX STRUCTURE 提交 1994-09-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 86–184（99 aa）链 B 86–184（99 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å
2K4E Solution structure of the HIV-2 UNMYRISTOYLATED MATRIX PROTEIN 提交 2008-06-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–135（134 aa）片段：UNP residues 2 to 135	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.3；308 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient NMR样品组成 0.8 mM [U-15N] HIV-2 unmyristoylated matrix protein, 20 mM potassium phosphate, 10 mM DTT, 50 mM Glutamate, 50 mM Aspartate, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.8 mM HIV-2 unmyristoylated matrix protein, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 0.8 mM [U-13C; U-15N] HIV-2 unmyristoylated matrix protein, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2K4H Solution structure of the HIV-2 myristoylated Matrix protein 提交 2008-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–135（134 aa）片段：UNP residues 2 to 135	未记录	MYR MYRISTIC ACID × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.3；308 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient NMR样品组成 0.8 mM [U-15N] HIV-2 myristoylated matrix protein, 20 mM potassium phosphate, 10 mM DTT, 50 mM Glutamate, 50 mM Aspartate, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.8 mM HIV-2 myristoylated matrix protein, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 0.8 mM [U-13C; U-15N] HIV-2 myristoylated matrix protein, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2K4I Solution structure of HIV-2 myrMA bound to di-C4-PI(4,5)P2 提交 2008-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–135（134 aa）片段：UNP residues 2 to 135	未记录	MYR MYRISTIC ACID × 1 PBU (2R)-3-{[(R)-HYDROXY{[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-TRIHYDROXY-4,5-BIS(PHOSPHONOOXY)CYCLOHEXYL]OXY}PHOSPHORYL]OXY}PROPANE-1 ,2-DIYL DIBUTANOATE × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.3；308 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient NMR样品组成 0.8 mM [U-15N] HIV-2 myristoylated matrix protein, 20 mM potassium phosphate, 10 mM DTT, 50 mM Glutamate, 50 mM Aspartate, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.8 mM HIV-2 myristoylated matrix protein, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 0.8 mM [U-13C; U-15N] HIV-2 myristoylated matrix protein, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2MIP CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS (HIV) TYPE 2 PROTEASE IN COMPLEX WITH A REDUCED AMIDE INHIBITOR AND COMPARISON WITH HIV-1 PROTEASE STRUCTURES 提交 1993-06-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 86–184（99 aa）链 B 86–184（99 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
2MIP CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS (HIV) TYPE 2 PROTEASE IN COMPLEX WITH A REDUCED AMIDE INHIBITOR AND COMPARISON WITH HIV-1 PROTEASE STRUCTURES 提交 1993-06-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 86–184（99 aa）链 D 86–184（99 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
3EC0 High Resolution HIV-2 Protease Structure in Complex with Antiviral Inhibitor GRL-06579A 提交 2008-08-28	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 514–612（99 aa）链 B 514–612（99 aa）	未记录	GRL (3AS,5R,6AR)-HEXAHYDRO-2H-CYCLOPENTA[B]FURAN-5-YL (2S,3S)-3-HYDROXY-4-(4-(HYDROXYMETHYL)-N-ISOBUTYLPHENYLSULFONAMIDO)-1-PHENYLBUTAN-2-YLCARBAMATE × 1 IMD IMIDAZOLE × 6 ZN ZINC ION × 10 CL CHLORIDE ION × 8 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.75；293 K；0.6-0.7M imidazole, 0.12-0.14M Zn(OAc)2 buffer, 1.25-2M NaCl, pH 5.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.18 Å R-free 0.206
3ECG High Resolution HIV-2 Protease Structure in Complex with Antiviral Inhibitor GRL-98065 提交 2008-08-29	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 514–612（99 aa）链 B 514–612（99 aa）	未记录	065 (3R,3AS,6AR)-HEXAHYDROFURO[2,3-B]FURAN-3-YL(2S,3R)-3-HYDROXY-4-(N-ISOBUTYLBENZO[D][1,3]DIOXOLE-5-SULFONAMIDO)-1-PHENYLBUTAN-2-YLCARBAMATE × 1 IMD IMIDAZOLE × 6 ZN ZINC ION × 11 CL CHLORIDE ION × 9 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.75；293 K；0.6-0.7M imidazole, 0.12-0.14M Zn(OAc)2 buffer, 1.25-2M NaCl, pH 5.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.18 Å R-free 0.188
3F9K Two domain fragment of HIV-2 integrase in complex with LEDGF IBD 提交 2008-11-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1173–1380（208 aa）片段：N-terminal and catalytic domains, UNP residues 1173-1380 链 B 1173–1380（208 aa）片段：N-terminal and catalytic domains, UNP residues 1173-1380	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.6M sodium acetate, 10mM MgCl2, 0.1M Bis-Tris Propane-HCl, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.234
3F9K Two domain fragment of HIV-2 integrase in complex with LEDGF IBD 提交 2008-11-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 10 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 k 1173–1380（208 aa）片段：N-terminal and catalytic domains, UNP residues 1173-1380 链 l 1173–1380（208 aa）片段：N-terminal and catalytic domains, UNP residues 1173-1380	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.6M sodium acetate, 10mM MgCl2, 0.1M Bis-Tris Propane-HCl, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.234
3F9K Two domain fragment of HIV-2 integrase in complex with LEDGF IBD 提交 2008-11-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 11 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 o 1173–1380（208 aa）片段：N-terminal and catalytic domains, UNP residues 1173-1380 链 p 1173–1380（208 aa）片段：N-terminal and catalytic domains, UNP residues 1173-1380	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.6M sodium acetate, 10mM MgCl2, 0.1M Bis-Tris Propane-HCl, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.234
3F9K Two domain fragment of HIV-2 integrase in complex with LEDGF IBD 提交 2008-11-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 12 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 s 1173–1380（208 aa）片段：N-terminal and catalytic domains, UNP residues 1173-1380 链 t 1173–1380（208 aa）片段：N-terminal and catalytic domains, UNP residues 1173-1380	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.6M sodium acetate, 10mM MgCl2, 0.1M Bis-Tris Propane-HCl, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.234
3F9K Two domain fragment of HIV-2 integrase in complex with LEDGF IBD 提交 2008-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 13 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 E 1173–1380（208 aa）片段：N-terminal and catalytic domains, UNP residues 1173-1380 链 F 1173–1380（208 aa）片段：N-terminal and catalytic domains, UNP residues 1173-1380 链 U 1173–1380（208 aa）片段：N-terminal and catalytic domains, UNP residues 1173-1380 链 V 1173–1380（208 aa）片段：N-terminal and catalytic domains, UNP residues 1173-1380 链 g 1173–1380（208 aa）片段：N-terminal and catalytic domains, UNP residues 1173-1380 链 h 1173–1380（208 aa）片段：N-terminal and catalytic domains, UNP residues 1173-1380	未记录	ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.6M sodium acetate, 10mM MgCl2, 0.1M Bis-Tris Propane-HCl, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.234
3F9K Two domain fragment of HIV-2 integrase in complex with LEDGF IBD 提交 2008-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 14 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1173–1380（208 aa）片段：N-terminal and catalytic domains, UNP residues 1173-1380 链 B 1173–1380（208 aa）片段：N-terminal and catalytic domains, UNP residues 1173-1380 链 I 1173–1380（208 aa）片段：N-terminal and catalytic domains, UNP residues 1173-1380 链 J 1173–1380（208 aa）片段：N-terminal and catalytic domains, UNP residues 1173-1380 链 Y 1173–1380（208 aa）片段：N-terminal and catalytic domains, UNP residues 1173-1380 链 Z 1173–1380（208 aa）片段：N-terminal and catalytic domains, UNP residues 1173-1380	未记录	ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.6M sodium acetate, 10mM MgCl2, 0.1M Bis-Tris Propane-HCl, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.234
3F9K Two domain fragment of HIV-2 integrase in complex with LEDGF IBD 提交 2008-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 15 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 k 1173–1380（208 aa）片段：N-terminal and catalytic domains, UNP residues 1173-1380 链 l 1173–1380（208 aa）片段：N-terminal and catalytic domains, UNP residues 1173-1380 链 o 1173–1380（208 aa）片段：N-terminal and catalytic domains, UNP residues 1173-1380 链 p 1173–1380（208 aa）片段：N-terminal and catalytic domains, UNP residues 1173-1380 链 s 1173–1380（208 aa）片段：N-terminal and catalytic domains, UNP residues 1173-1380 链 t 1173–1380（208 aa）片段：N-terminal and catalytic domains, UNP residues 1173-1380	未记录	ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.6M sodium acetate, 10mM MgCl2, 0.1M Bis-Tris Propane-HCl, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.234
3F9K Two domain fragment of HIV-2 integrase in complex with LEDGF IBD 提交 2008-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 16 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 M 1173–1380（208 aa）片段：N-terminal and catalytic domains, UNP residues 1173-1380 链 N 1173–1380（208 aa）片段：N-terminal and catalytic domains, UNP residues 1173-1380 链 Q 1173–1380（208 aa）片段：N-terminal and catalytic domains, UNP residues 1173-1380 链 R 1173–1380（208 aa）片段：N-terminal and catalytic domains, UNP residues 1173-1380 链 c 1173–1380（208 aa）片段：N-terminal and catalytic domains, UNP residues 1173-1380 链 d 1173–1380（208 aa）片段：N-terminal and catalytic domains, UNP residues 1173-1380	未记录	ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.6M sodium acetate, 10mM MgCl2, 0.1M Bis-Tris Propane-HCl, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.234
3F9K Two domain fragment of HIV-2 integrase in complex with LEDGF IBD 提交 2008-11-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 1173–1380（208 aa）片段：N-terminal and catalytic domains, UNP residues 1173-1380 链 F 1173–1380（208 aa）片段：N-terminal and catalytic domains, UNP residues 1173-1380	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.6M sodium acetate, 10mM MgCl2, 0.1M Bis-Tris Propane-HCl, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.234
3F9K Two domain fragment of HIV-2 integrase in complex with LEDGF IBD 提交 2008-11-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 1173–1380（208 aa）片段：N-terminal and catalytic domains, UNP residues 1173-1380 链 J 1173–1380（208 aa）片段：N-terminal and catalytic domains, UNP residues 1173-1380	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.6M sodium acetate, 10mM MgCl2, 0.1M Bis-Tris Propane-HCl, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.234
3F9K Two domain fragment of HIV-2 integrase in complex with LEDGF IBD 提交 2008-11-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 M 1173–1380（208 aa）片段：N-terminal and catalytic domains, UNP residues 1173-1380 链 N 1173–1380（208 aa）片段：N-terminal and catalytic domains, UNP residues 1173-1380	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.6M sodium acetate, 10mM MgCl2, 0.1M Bis-Tris Propane-HCl, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.234
3F9K Two domain fragment of HIV-2 integrase in complex with LEDGF IBD 提交 2008-11-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 Q 1173–1380（208 aa）片段：N-terminal and catalytic domains, UNP residues 1173-1380 链 R 1173–1380（208 aa）片段：N-terminal and catalytic domains, UNP residues 1173-1380	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.6M sodium acetate, 10mM MgCl2, 0.1M Bis-Tris Propane-HCl, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.234
3F9K Two domain fragment of HIV-2 integrase in complex with LEDGF IBD 提交 2008-11-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 U 1173–1380（208 aa）片段：N-terminal and catalytic domains, UNP residues 1173-1380 链 V 1173–1380（208 aa）片段：N-terminal and catalytic domains, UNP residues 1173-1380	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.6M sodium acetate, 10mM MgCl2, 0.1M Bis-Tris Propane-HCl, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.234
3F9K Two domain fragment of HIV-2 integrase in complex with LEDGF IBD 提交 2008-11-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 Y 1173–1380（208 aa）片段：N-terminal and catalytic domains, UNP residues 1173-1380 链 Z 1173–1380（208 aa）片段：N-terminal and catalytic domains, UNP residues 1173-1380	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.6M sodium acetate, 10mM MgCl2, 0.1M Bis-Tris Propane-HCl, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.234
3F9K Two domain fragment of HIV-2 integrase in complex with LEDGF IBD 提交 2008-11-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 c 1173–1380（208 aa）片段：N-terminal and catalytic domains, UNP residues 1173-1380 链 d 1173–1380（208 aa）片段：N-terminal and catalytic domains, UNP residues 1173-1380	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.6M sodium acetate, 10mM MgCl2, 0.1M Bis-Tris Propane-HCl, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.234
3F9K Two domain fragment of HIV-2 integrase in complex with LEDGF IBD 提交 2008-11-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 9 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 g 1173–1380（208 aa）片段：N-terminal and catalytic domains, UNP residues 1173-1380 链 h 1173–1380（208 aa）片段：N-terminal and catalytic domains, UNP residues 1173-1380	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.6M sodium acetate, 10mM MgCl2, 0.1M Bis-Tris Propane-HCl, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.234
3UPJ HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 2 PROTEASE MUTANT WITH LYS 57 REPLACED BY LEU (K57L) COMPLEX WITH U096333 [4-HYDROXY-3-[1-(PHENYL)PROPYL]-7-METHOXYCOUMARIN] 提交 1996-03-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 86–184（99 aa）链 B 86–184（99 aa）	突变：K57L 突变：K57L	U03 4-HYDROXY-7-METHOXY-3-(1-PHENYL-PROPYL)-CHROMEN-2-ONE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.2；pH 7.2	分辨率 2.50 Å
4UPJ HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 2 PROTEASE MUTANT WITH LYS 57 REPLACED BY LEU (K57L) COMPLEX WITH U097410 [4-HYDROXY-3-[1-[3-[[[[(TERT-BUTYLOXYCARBONYL) AMINOMETHYL]CARBONYL]AMINO]PHENYL]PROPYL]COUMARIN 提交 1996-03-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 86–184（99 aa）链 B 86–184（99 aa）	突变：K57L 突变：K57L	U04 ({3-[1-(4-HYDROXY-2-OXO-2H-CHROMEN-3-YL)-PROPYL]-PHENYLCARBAMOYL}-METHYL)-CARBAMIC ACID TERT-BUTYL ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；pH 5.0	分辨率 1.90 Å
5UPJ HIV-2 PROTEASE/U99283 COMPLEX 提交 1996-12-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 86–184（99 aa）链 B 86–184（99 aa）	突变：K57L 突变：K57L	UIN 5,6,7,8,9,10-HEXAHYDRO-4-HYDROXY-3-(1-PHENYLPROPYL)CYCLOOCTA[B]PYRAN-2-ONE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；CRYSTALS WERE GROWN AT ROOM TEMPERATURE IN 4-7 UL HANGING DROPS OF EQUAL VOLUMES OF PROTEIN AT 8-10 MG/L AND WELL SOLUTION OF 30-35%(W/V) PEG 4000 IN 0.1 M HEPES AND PH RANGE 6.8 - 7.6., pH 7.1, vapor diffusion - hanging drop	分辨率 2.30 Å
6UPJ HIV-2 PROTEASE/U99294 COMPLEX 提交 1996-12-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 86–184（99 aa）链 B 86–184（99 aa）	突变：K57L 突变：K57L	NIU 6,7,8,9-TETRAHYDRO-4-HYDROXY-3-(1-PHENYLPROPYL)CYCLOHEPTA[B]PYRAN-2-ONE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；CRYSTALS WERE GROWN AT ROOM TEMPERATURE IN 4-7 UL HANGING DROPS OF EQUAL VOLUMES OF PROTEIN AT 8-10 MG/L AND WELL SOLUTION OF 30-35%(W/V) PEG 4000 IN 0.1 M HEPES AND PH RANGE 6.8 - 7.6., pH 7.0, vapor diffusion - hanging drop	分辨率 2.34 Å

共 21 个其他 PDB 条目、38 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POL_HV2RO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–99； UniProt 514–612 作者链 B； PDB构建体 1–99； UniProt 514–612

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3ebz
沉积日期 deposition_date	2008-08-28
结构标题 title	High Resolution HIV-2 Protease Structure in Complex with Clinical Drug Darunavir
关键词 keywords	HIV-2, aspartic protease, inhibitor, protease-drug complex, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.20 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.38 Å
零角强度 I(0) i0	18479000.00
分子量 molecular_weight	21654.0 kDa
排除体积 excluded_volume	20743 Å³
包络体积 envelope_volume	32969 Å³
水化壳体积 shell_volume	16188 Å³
包络直径 envelope_diameter	61.3 Å
壳层 Rg shell_rg	23.09 Å
包络 Rg envelope_rg	17.73 Å
形状 Rg shape_rg	17.31 Å
总 Rg total_rg	18.17 Å
总原子数 total_atoms	1596
残基数 n_residues	198
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	61.0 Å
Rg (实空间) rg_real	18.18 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.36 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8480e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1520e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.18 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	18480000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7197
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.366
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.230
角度范围 angular_range	— – 0.4350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4535000.0000
实空间数据点数 n_real_points	75
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.805; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.330; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.953

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protease
分子量 formula_weight	10728.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.23.47
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1861

PQFSLWKRPVVTAYIEGQPVEVLLDTGADDSIVAGIELGNNYSPKIVGGIGGFINTKEYKNVEIEVLNKKVRATIMTGDTPINIFGRNILTALGMSLNL

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus type 2 (ISOLATE ROD)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11720
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	IMIDAZOLE
分子量 formula_weight	69.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	(3R,3AS,6AR)-HEXAHYDROFURO[2,3-B]FURAN-3-YL(1S,2R)-3-[[(4-AMINOPHENYL)SULFONYL](ISOBUTYL)AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXYPROPYLCARBAMATE
分子量 formula_weight	547.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	210

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3ebza_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.50 — Acid proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.50.1 — Acid proteases
家族 Family family	b.50.1.1 — Retroviral protease (retropepsin)

结构域编号 domain_id	d3ebzb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.50 — Acid proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.50.1 — Acid proteases
家族 Family family	b.50.1.1 — Retroviral protease (retropepsin)

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3ebzA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acid Proteases

结构域编号 domain_id	3ebzB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acid Proteases

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	105.408 Å
晶胞边长 b length_b	30.827 Å
晶胞边长 c length_c	55.768 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.41 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.200 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	0.1359
R_work r_work	0.1245
R_free r_free	0.1812

fit	/app/data/saxs_computation/eb/3ebz/3ebz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/eb/3ebz/3ebz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/eb/3ebz/3ebz.dat