3ecb

Crystal structure of mouse H-2Dd in complex with peptide P18-I10 derived from human immunodeficiency virus envelope glycoprotein 120

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 72.2 Å Quality: EXCELLENT

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain

Mus musculus

UniProt P01900

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 26–301	片段：UNP residues 26 to 298	Beta-2 microglobulin × 1 （Q91XJ8） Peptide P18-I10 from HIV gp160 × 1 （P19551） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；16% PEG 3350, 0.2M Magnesium formate, , pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.70 Å R-free 0.227

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3ECB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BII THE CRYSTAL STRUCTURE OF H-2DD MHC CLASS I IN COMPLEX WITH THE HIV-1 DERIVED PEPTIDE P18-110 提交 1998-06-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–365（365 aa）片段：HEAVY CHAIN, EXTRACELLULAR DOMAINS	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.40 Å R-free 0.323
1DDH MHC CLASS I H-2DD HEAVY CHAIN COMPLEXED WITH BETA-2 MICROGLOBULIN AND AN IMMUNODOMINANT PEPTIDE P18-I10 FROM THE HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS ENVELOPE GLYCOPROTEIN 120 提交 1998-06-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 26–298（273 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAINS	突变：G1M	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 3.10 Å R-free 0.337
1QO3 Complex between NK cell receptor Ly49A and its MHC class I ligand H-2Dd 提交 1999-11-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 26–301（276 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 2.30 Å R-free 0.238
1QO3 Complex between NK cell receptor Ly49A and its MHC class I ligand H-2Dd 提交 1999-11-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 26–301（276 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 2.30 Å R-free 0.238
3DMM Crystal structure of the CD8 alpha beta/H-2Dd complex 提交 2008-07-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 26–299（274 aa）片段：Alpha-1,2,3 regions: Residues 26-299	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；291 K；12% PEG 3000, 0.05M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.60 Å R-free 0.292
3E6F MHC CLASS I H-2Dd Heavy chain complexed with Beta-2 Microglobulin and a variant peptide, PA9, from the Human immunodeficiency virus (BaL) envelope glycoprotein 120 提交 2008-08-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 26–298（273 aa）片段：UNP residues 26 to 298	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；291 K；12% PEG 20000, 0.1M MES, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.41 Å R-free 0.271
3E6H MHC CLASS I H-2Dd heavy chain complexed with Beta-2 Microglobulin and a variant peptide, PI10, from the human immunodeficiency virus (BaL) envelope glycoprotein 120 提交 2008-08-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 26–299（274 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAINS	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；291 K；11% PEG20000,0.1M MES, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.10 Å R-free 0.250
5IVX Crystal Structure of B4.2.3 T-Cell Receptor and H2-Dd P18-I10 Complex 提交 2016-03-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 26–301（276 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；291 K；15% PEG 3350, 0.1M HEPES, 0.15M Magnesium Chloride	分辨率 2.10 Å R-free 0.220
5KD4 Crystal Structure of Murine MHC-I H-2Dd in complex with Murine Beta2-Microglobulin and a Variant of Peptide (PVI10) of HIV gp120 MN Isolate (IGPGRAFYVI) 提交 2016-06-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 26–301（276 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；15% PEG 20000, 0.1M Sodium Cacodylate	分辨率 3.05 Å R-free 0.224
5KD4 Crystal Structure of Murine MHC-I H-2Dd in complex with Murine Beta2-Microglobulin and a Variant of Peptide (PVI10) of HIV gp120 MN Isolate (IGPGRAFYVI) 提交 2016-06-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 26–301（276 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；15% PEG 20000, 0.1M Sodium Cacodylate	分辨率 3.05 Å R-free 0.224
5KD7 Crystal Structure of Murine MHC-I H-2Dd in complex with Murine Beta2-Microglobulin and a Variant of Peptide (PV9) of HIV gp120 MN Isolate (IGPGRAFYV) 提交 2016-06-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 26–300（275 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；12% PEG 20000, 0.1M MES buffer	分辨率 2.35 Å R-free 0.249
5KD7 Crystal Structure of Murine MHC-I H-2Dd in complex with Murine Beta2-Microglobulin and a Variant of Peptide (PV9) of HIV gp120 MN Isolate (IGPGRAFYV) 提交 2016-06-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 26–300（275 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；12% PEG 20000, 0.1M MES buffer	分辨率 2.35 Å R-free 0.249
5KD7 Crystal Structure of Murine MHC-I H-2Dd in complex with Murine Beta2-Microglobulin and a Variant of Peptide (PV9) of HIV gp120 MN Isolate (IGPGRAFYV) 提交 2016-06-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 26–300（275 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；12% PEG 20000, 0.1M MES buffer	分辨率 2.35 Å R-free 0.249
5KD7 Crystal Structure of Murine MHC-I H-2Dd in complex with Murine Beta2-Microglobulin and a Variant of Peptide (PV9) of HIV gp120 MN Isolate (IGPGRAFYV) 提交 2016-06-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 26–300（275 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；12% PEG 20000, 0.1M MES buffer	分辨率 2.35 Å R-free 0.249
5T7G Crystal Structure of Murine MHC-I H-2Dd in complex with Murine Beta2-Microglobulin and a Variant of Peptide (PT9) of HIV gp120 MN Isolate (IGPGRAFYT) 提交 2016-09-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 26–300（275 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；12% PEG 10000, 0.1M MES buffer	分辨率 1.96 Å R-free 0.238
5T7G Crystal Structure of Murine MHC-I H-2Dd in complex with Murine Beta2-Microglobulin and a Variant of Peptide (PT9) of HIV gp120 MN Isolate (IGPGRAFYT) 提交 2016-09-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 26–300（275 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；12% PEG 10000, 0.1M MES buffer	分辨率 1.96 Å R-free 0.238
5WER Crystal Structure of TAPBPR and H2-Dd complex 提交 2017-07-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 26–301（276 aa）片段：residues 26-301	突变：S73C	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.8；291 K；1.0 M ammonium sulfate, 0.1 M TRIS pH 8.8, 0.2 M NaCl, 0.15-0.20 M sodium citrate, 2%-5% PEG 400	分辨率 3.41 Å R-free 0.269
5WER Crystal Structure of TAPBPR and H2-Dd complex 提交 2017-07-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 26–301（276 aa）片段：residues 26-301	突变：S73C	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.8；291 K；1.0 M ammonium sulfate, 0.1 M TRIS pH 8.8, 0.2 M NaCl, 0.15-0.20 M sodium citrate, 2%-5% PEG 400	分辨率 3.41 Å R-free 0.269
5WER Crystal Structure of TAPBPR and H2-Dd complex 提交 2017-07-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 26–301（276 aa）片段：residues 26-301	突变：S73C	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.8；291 K；1.0 M ammonium sulfate, 0.1 M TRIS pH 8.8, 0.2 M NaCl, 0.15-0.20 M sodium citrate, 2%-5% PEG 400	分辨率 3.41 Å R-free 0.269
5WER Crystal Structure of TAPBPR and H2-Dd complex 提交 2017-07-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 26–301（276 aa）片段：residues 26-301	突变：S73C	GOL GLYCEROL × 1 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.8；291 K；1.0 M ammonium sulfate, 0.1 M TRIS pH 8.8, 0.2 M NaCl, 0.15-0.20 M sodium citrate, 2%-5% PEG 400	分辨率 3.41 Å R-free 0.269
5WES Crystal Structure H2-Dd with disulfide-linked 5mer peptide 提交 2017-07-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 26–301（276 aa）片段：residues 26-301	突变：S73C	GLY GLYCINE × 1 LEU LEUCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；10-15% PEG 20000, 0.1M MES	分辨率 2.71 Å R-free 0.246
5WET Crystal Structure of H2-Dd with disulfide-linked 6mer peptide 提交 2017-07-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 26–301（276 aa）片段：residues 26-301	突变：S73C	GLY GLYCINE × 1 LEU LEUCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；10-15% PEG 20000, 0.1M MES	分辨率 2.64 Å R-free 0.243
5WEU Crystal Structure of H2-Dd with disulfide-linked 10mer peptide 提交 2017-07-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 26–301（276 aa）片段：residues 26-301	突变：S73C	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；10% PEG 10K, 0.1M Cacodylate	分辨率 1.58 Å R-free 0.216
6NPR Crystal structure of H-2Dd with C84-C139 disulfide in complex with gp120 derived peptide P18-I10 提交 2019-01-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 26–301（276 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2M Ammonium acetate, 0.1M Bis-Tris (5.5) and 25%PEG 3350	分辨率 2.37 Å R-free 0.251
6NPR Crystal structure of H-2Dd with C84-C139 disulfide in complex with gp120 derived peptide P18-I10 提交 2019-01-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 26–301（276 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2M Ammonium acetate, 0.1M Bis-Tris (5.5) and 25%PEG 3350	分辨率 2.37 Å R-free 0.251
8D5E The complex of Gtf2b Peptide TGAASFDEF Presented by H2-Dd 提交 2022-06-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 26–299（274 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；309.15 K；15% w/v PEG1500	分辨率 2.46 Å R-free 0.242
8D5F The complex of Gtf2b neoantigen TGAARFDEF Presented by H2-Dd 提交 2022-06-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 26–299（274 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；309.15 K；20% PEG3350, 200 nM sodium tartrate dibasic dihydrate	分辨率 2.31 Å R-free 0.199
8FHL Structure of pyruvate dehydrogenase phosphatase regulatory subunit neoepitope presented by H2-Dd 提交 2022-12-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 26–301（276 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.2 M sodium isothiocyanate, 20% PEG4000	分辨率 2.19 Å R-free 0.248
8FHU Structure of Pyruvate dehydrogenase phosphatase regulatory subunit epitope presented by H2-Dd 提交 2022-12-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 26–301（276 aa）	未记录	K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298.15 K；0.2M Potassium thiocyanate and 20% PEG 3350	分辨率 1.80 Å R-free 0.249
8FHU Structure of Pyruvate dehydrogenase phosphatase regulatory subunit epitope presented by H2-Dd 提交 2022-12-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 26–301（276 aa）	未记录	K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298.15 K；0.2M Potassium thiocyanate and 20% PEG 3350	分辨率 1.80 Å R-free 0.249
8TQ4 Crystal structure of Fab M142 in complex with MHC-I (H2-Dd) 提交 2023-08-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 26–298（273 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；10% PEG4000, 0.2 M sodium acetate, 0.1 M sodium citrate, pH 5.5	分辨率 3.59 Å R-free 0.270
8TQ4 Crystal structure of Fab M142 in complex with MHC-I (H2-Dd) 提交 2023-08-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 E 26–298（273 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；10% PEG4000, 0.2 M sodium acetate, 0.1 M sodium citrate, pH 5.5	分辨率 3.59 Å R-free 0.270
8TQ7 Crystal structure of Fab.34.2.12 in complex with MHC-I (H2-Dd) 提交 2023-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 26–298（273 aa）链 C 26–298（273 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；12% PEG8000, 0.1 M MES, pH 6.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.271
8TQ8 Crystal structure of Fab.34.5.8 in complex with MHC-I (H2-Dd) 提交 2023-08-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 26–298（273 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；18% PEG4000, 0.1 M MES, pH 6.0, 0.12 M calcium acetate	分辨率 2.69 Å R-free 0.242
8TQ8 Crystal structure of Fab.34.5.8 in complex with MHC-I (H2-Dd) 提交 2023-08-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 26–298（273 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；18% PEG4000, 0.1 M MES, pH 6.0, 0.12 M calcium acetate	分辨率 2.69 Å R-free 0.242
8TQ9 Crystal structure of Fab.S19.8 in complex with MHC-I (H2-Dd) 提交 2023-08-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 26–298（273 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；0.5 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate, pH 5.6, 1.0 M lithium sulfate	分辨率 2.90 Å R-free 0.240
9D72 CryoEM structure of anti-MHC-I Fab M1/42 complex with H2-Dd 提交 2024-08-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 26–298（273 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.67 Å

共 24 个其他 PDB 条目、37 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HA12_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–277； UniProt 26–301

Beta-2 microglobulin

Mus musculus

UniProt Q91XJ8

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 21–119	片段：UNP residues 21 to 119	H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain × 1 （P01900） Peptide P18-I10 from HIV gp160 × 1 （P19551） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；16% PEG 3350, 0.2M Magnesium formate, , pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.70 Å R-free 0.227

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 3ECB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2QRI Crystal structure of a single chain trimer composed of the MHC I heavy chain H-2Kb WT, beta-2microglobulin, and ovalbumin-derived peptide. 提交 2007-07-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–119（99 aa）片段：;Fusion protein of ovalbumin-derived peptide, linker, Beta-2 microglobulin, linker, and H-2 class I histocompatibility antigen K-B alpha chain extracellular domain ;	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；298 K；13% PEG 10000, 100 mM MES, pH 6.2, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.253
2QRI Crystal structure of a single chain trimer composed of the MHC I heavy chain H-2Kb WT, beta-2microglobulin, and ovalbumin-derived peptide. 提交 2007-07-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 21–119（99 aa）片段：;Fusion protein of ovalbumin-derived peptide, linker, Beta-2 microglobulin, linker, and H-2 class I histocompatibility antigen K-B alpha chain extracellular domain ;	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；298 K；13% PEG 10000, 100 mM MES, pH 6.2, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.253
2QRS Crystal Structure of a single chain trimer composed of the MHC I heavy chain H-2Kb Y84A, beta-2microglobulin, and ovalbumin-derived peptide. 提交 2007-07-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–119（99 aa）片段：;Fusion protein of ovalbumin-derived peptide, linker, Beta-2 microglobulin, linker, and H-2 class I histocompatibility antigen K-B alpha chain extracellular domain ;	突变：Y105A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；298 K；14% PEG 6000, 100 mM MES, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.252
2QRS Crystal Structure of a single chain trimer composed of the MHC I heavy chain H-2Kb Y84A, beta-2microglobulin, and ovalbumin-derived peptide. 提交 2007-07-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 21–119（99 aa）片段：;Fusion protein of ovalbumin-derived peptide, linker, Beta-2 microglobulin, linker, and H-2 class I histocompatibility antigen K-B alpha chain extracellular domain ;	突变：Y105A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；298 K；14% PEG 6000, 100 mM MES, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.252
2QRT Crystal Structure of a disulfide trapped single chain trimer composed of the MHC I heavy chain H-2Kb Y84C, beta-2microglobulin, and ovalbumin-derived peptide. 提交 2007-07-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–119（99 aa）片段：;Fusion protein of ovalbumin-derived peptide, linker, Beta-2 microglobulin, linker, and H-2 class I histocompatibility antigen K-B alpha chain extracellular domain ;	突变：Y105C	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；298 K；13% PEG 6000, 100 mM MES, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.239
2QRT Crystal Structure of a disulfide trapped single chain trimer composed of the MHC I heavy chain H-2Kb Y84C, beta-2microglobulin, and ovalbumin-derived peptide. 提交 2007-07-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 21–119（99 aa）片段：;Fusion protein of ovalbumin-derived peptide, linker, Beta-2 microglobulin, linker, and H-2 class I histocompatibility antigen K-B alpha chain extracellular domain ;	突变：Y105C	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；298 K；13% PEG 6000, 100 mM MES, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.239
3C8K The crystal structure of Ly49C bound to H-2Kb 提交 2008-02-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 21–119（99 aa）片段：UNP residues 21-119	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；277 K；2.0 M ammonium sulfate, 2% (volume/volume) PEG 400 and 0.1 M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.90 Å R-free 0.263
3DMM Crystal structure of the CD8 alpha beta/H-2Dd complex 提交 2008-07-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 21–119（99 aa）片段：Residues 21-119	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；291 K；12% PEG 3000, 0.05M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.60 Å R-free 0.292
3E6F MHC CLASS I H-2Dd Heavy chain complexed with Beta-2 Microglobulin and a variant peptide, PA9, from the Human immunodeficiency virus (BaL) envelope glycoprotein 120 提交 2008-08-15	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 21–119（99 aa）片段：UNP residues 21 to 119	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；291 K；12% PEG 20000, 0.1M MES, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.41 Å R-free 0.271
3E6H MHC CLASS I H-2Dd heavy chain complexed with Beta-2 Microglobulin and a variant peptide, PI10, from the human immunodeficiency virus (BaL) envelope glycoprotein 120 提交 2008-08-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 21–119（99 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；291 K；11% PEG20000,0.1M MES, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.10 Å R-free 0.250
3G08 Crystal structure of the alpha-galactosylceramide analog OCH in complex with mouse CD1d 提交 2009-01-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 20–118（99 aa）片段：UNP residues 21-119	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 FEE N-{(1S,2S,3R)-1-[(alpha-D-galactopyranosyloxy)methyl]-2,3-dihydroxyoctyl}tetracosanamide × 1 PLM PALMITIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；16% polyethylene glycol 3350, 100mM Tris pH8.5, 2% tacsimate pH8.0 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.60 Å R-free 0.226
3GML Structure of mouse CD1d in complex with C6Ph 提交 2009-03-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 21–119（99 aa）片段：UNP residues 21-119	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 C6Q N-{(1S,2S,3R)-1-[(alpha-D-galactopyranosyloxy)methyl]-2,3-dihydroxyheptadecyl}-6-phenylhexanamide × 1 PLM PALMITIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；295 K；0.2 M Malonate pH 4.5, 20%(v/v) PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.70 Å R-free 0.216
3GMM Structure of mouse CD1d in complex with C8Ph 提交 2009-03-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 21–119（99 aa）片段：UNP residues 21-119	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 C8P N-{(1S,2S,3R)-1-[(alpha-D-galactopyranosyloxy)methyl]-2,3-dihydroxyheptadecyl}-8-phenyloctanamide × 1 PLM PALMITIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；295 K；0.2 M Malonate pH 4.5, 20%(v/v) PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.80 Å R-free 0.219
3GMN Structure of mouse CD1d in complex with C10Ph 提交 2009-03-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 21–119（99 aa）片段：UNP residues 21-119	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 C1Q N-{(1S,2S,3R)-1-[(alpha-D-galactopyranosyloxy)methyl]-2,3-dihydroxyheptadecyl}-10-phenyldecanamide × 1 PLM PALMITIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；295 K；0.2 M Malonate pH 4.5, 20%(v/v) PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.70 Å R-free 0.218
3GMO Structure of mouse CD1d in complex with C8PhF 提交 2009-03-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 21–119（99 aa）片段：UNP residues 21-119	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 C8F 8-(4-fluorophenyl)-N-{(1S,2S,3R)-1-[(alpha-D-galactopyranosyloxy)methyl]-2,3-dihydroxyheptadecyl}octanamide × 1 PLM PALMITIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；295 K；0.2 M Malonate pH 4.5, 20%(v/v) PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.60 Å R-free 0.216
3GMP Structure of mouse CD1d in complex with PBS-25 提交 2009-03-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 21–119（99 aa）片段：UNP residues 21-119	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PBS (2S,3S,4R)-N-OCTANOYL-1-[(ALPHA-D-GALACTOPYRANOSYL)OXY]-2-AMINO-OCTADECANE-3,4-DIOL × 1 PLM PALMITIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；295 K；0.2 M Malonate pH 4.5, 20%(v/v) PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.70 Å R-free 0.216
3GMQ Structure of mouse CD1d expressed in SF9 cells, no ligand added 提交 2009-03-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 21–119（99 aa）片段：UNP residues 21-119	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PLM PALMITIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；295 K；0.2 M Malonate pH 4.5, 20%(v/v) PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.80 Å R-free 0.231
3GMR Structure of mouse CD1d in complex with C8Ph, different space group 提交 2009-03-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 21–119（99 aa）片段：UNP residues 21-119	未记录	C8P N-{(1S,2S,3R)-1-[(alpha-D-galactopyranosyloxy)methyl]-2,3-dihydroxyheptadecyl}-8-phenyloctanamide × 1 PLM PALMITIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；295 K；0.2 M Malonate pH 4.5, 20%(v/v) PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.90 Å R-free 0.230
3ILP Structure of mCD1d with bound glycolipid BbGL-2f from Borrelia burgdorferi 提交 2009-08-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 21–119（99 aa）片段：UNP residues 21-119	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 1L2 (2S)-3-(alpha-D-galactopyranosyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl (9Z,12Z)-octadeca-9,12-dienoate × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；295 K；20% polyethylene glycol 4000, 100mM sodium citrate, 10% n-propanol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.85 Å R-free 0.233
3ILQ Structure of mCD1d with bound glycolipid BbGL-2c from Borrelia burgdorferi 提交 2009-08-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 21–119（99 aa）片段：UNP residues 21-119	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 1O2 (2S)-3-(alpha-D-galactopyranosyloxy)-2-(hexadecanoyloxy)propyl (9Z)-octadec-9-enoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；295 K；17% polyethylene glycol 3350, 150mM di-ammonium hydrogen citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.05 Å R-free 0.251
3MA7 Crystal structure of Cardiolipin bound to mouse CD1D 提交 2010-03-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 21–119（99 aa）片段：UNP RESIDUES 21-119	未记录	CD4 (2R,5R,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-2,14-bis(tetradecanoyloxy)-4,6,10,12,16-pentaoxa-5,11-diphosphatriacont-1-yl tetradecanoate × 1 PLM PALMITIC ACID × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 20% POLYETHYLENE GLYCOL 4000, 300MM CALCIUM ACETATE, 6% ETHYLENE GLYCOL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 295K	分辨率 2.29 Å R-free 0.273
3MA7 Crystal structure of Cardiolipin bound to mouse CD1D 提交 2010-03-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 21–119（99 aa）片段：UNP RESIDUES 21-119	未记录	CD4 (2R,5R,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-2,14-bis(tetradecanoyloxy)-4,6,10,12,16-pentaoxa-5,11-diphosphatriacont-1-yl tetradecanoate × 1 PLM PALMITIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 20% POLYETHYLENE GLYCOL 4000, 300MM CALCIUM ACETATE, 6% ETHYLENE GLYCOL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 295K	分辨率 2.29 Å R-free 0.273
3NWM Crystal structure of a single chain construct composed of MHC class I H-2Kd, beta-2microglobulin and a peptide which is an autoantigen for type 1 diabetes 提交 2010-07-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–119（99 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；20% PEG 8K, TrisHCl pH 8.5, Vapor diffusion, Sitting drop, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.284
3QUX Structure of the mouse CD1d-alpha-C-GalCer-iNKT TCR complex 提交 2011-02-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 21–119（99 aa）片段：UNP residues 21-119	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 QUX N-[(3S,4S,5R)-4,5-dihydroxy-1-[(2R,3R,4R,5R,6R)-3,4,5-trihydroxy-6-(hydroxymethyl)oxan-2-yl]nonadecan-3-yl]hexacosanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；20% polyethylene glycol 3350, 8% tacsimate, pH 6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.91 Å R-free 0.252
3QUY Structure of the mouse CD1d-BnNH-GSL-1'-iNKT TCR complex 提交 2011-02-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 21–119（99 aa）片段：UNP residues 21-119	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 QUY (2S,3R,4S,5R,6S)-6-[(2S,3S,4R)-2-(hexacosanoylamino)-3,4-dihydroxy-octadecoxy]-3,4,5-trihydroxy-N-(phenylmethyl)oxane-2-carboxamide × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；295 K；17% polyethylene glycol 4000, 0.1 M citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.25 Å R-free 0.231
3QUZ Structure of the mouse CD1d-NU-alpha-GalCer-iNKT TCR complex 提交 2011-02-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 21–119（99 aa）片段：UNP residues 21-119	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 QUV N-[(2S,3S,4R)-1-({6-deoxy-6-[(naphthalen-1-ylcarbamoyl)amino]-alpha-D-galactopyranosyl}oxy)-3,4-dihydroxyoctadecan-2-yl]hexacosanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；20% polyethylene glycole, 0.2 M ammonium citrate dibasic, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.30 Å R-free 0.233
3TN0 Structure of mouse Va14Vb8.2NKT TCR-mouse CD1d-a-C-Galactosylceramide complex 提交 2011-09-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 21–119（99 aa）片段：UNP residues 21-119	未记录	QUX N-[(3S,4S,5R)-4,5-dihydroxy-1-[(2R,3R,4R,5R,6R)-3,4,5-trihydroxy-6-(hydroxymethyl)oxan-2-yl]nonadecan-3-yl]hexacosanamide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；295 K；15-17% PEG 10K, 0.1M ammonium acetat, 0.1M BisTris pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 3.20 Å R-free 0.289
3TO4 Structure of mouse Valpha14Vbeta2-mouseCD1d-alpha-Galactosylceramide 提交 2011-09-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 21–119（99 aa）片段：UNP residues 21-119	未记录	AGH N-{(1S,2R,3S)-1-[(ALPHA-D-GALACTOPYRANOSYLOXY)METHYL]-2,3-DIHYDROXYHEPTADECYL}HEXACOSANAMIDE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；295 K；17% PEG 10K, 0.1M ammonium acetate, 0.1M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 3.10 Å R-free 0.268
4ELM Crystal structure of the mouse CD1d-lysosulfatide-Hy19.3 TCR complex 提交 2012-04-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 21–119（99 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 SGF (2S,3R,4E)-2-amino-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl 3-O-sulfo-beta-D-galactopyranoside × 1 PLM PALMITIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；11% PEG4000, 4% tacsimate, pH 6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 3.48 Å R-free 0.265
4ELM Crystal structure of the mouse CD1d-lysosulfatide-Hy19.3 TCR complex 提交 2012-04-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 21–119（99 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 SGF (2S,3R,4E)-2-amino-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl 3-O-sulfo-beta-D-galactopyranoside × 1 PLM PALMITIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；11% PEG4000, 4% tacsimate, pH 6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 3.48 Å R-free 0.265

共 25 个其他 PDB 条目、30 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称	Q91XJ8_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–100； UniProt 21–119

Peptide P18-I10 from HIV gp160

物种未注明

UniProt P19551

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 P； UniProt 309–318	片段：UNP residues 309 to 318	H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain × 1 （P01900） Beta-2 microglobulin × 1 （Q91XJ8） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；16% PEG 3350, 0.2M Magnesium formate, , pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.70 Å R-free 0.227

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 3ECB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2PJV solution structure of hiv-1 gp41 fusion domain bound to DPC micelle 提交 2007-04-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 510–532（23 aa）片段：23 N-terminal residues	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；303 K；压力 ambient NMR样品组成 1 MM N15-PEPTIDE IN THE PRESENCE OF 200 MM D38-DPC IN 0.05% NAN3, 5 MM DTT, 20 MM D4-ACETIC ACID, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 2 MM PEPTIDE IN THE PRESENCE OF 400 MM D38-DPC IN 0.05% NAN3, 5 MM DTT, 20 MM D4-ACETIC ACID, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
9HS7 Anti-HIV-1 chimeric miniprotein mimicking the N-terminal half of gp41 NHR with an extended region targeting the MPER 提交 2024-12-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 527–565（39 aa）链 A 528–570（43 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.1M sodium phosphate monobasic monohydrate, 0.1M potassium phosphate monobasic, 2M NaCl	分辨率 1.70 Å R-free 0.239

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ENV_HV1MF
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–10； UniProt 309–318

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3ecb
沉积日期 deposition_date	2008-08-29
结构标题 title	Crystal structure of mouse H-2Dd in complex with peptide P18-I10 derived from human immunodeficiency virus envelope glycoprotein 120
关键词 keywords	;class I major histompatibility complex, MHC-I, H-2Dd, Glycoprotein, Immune response, Membrane, MHC I, Phosphoprotein, Transmembrane, Immunoglobulin domain, Secreted, AIDS, Apoptosis, Cell membrane, Cleavage on pair of basic residues, Coiled coil, Envelope protein, Fusion protein, Host-virus interaction, Lipoprotein, Palmitate, Viral immunoevasion, Virion, IMMUNE SYSTEM ;; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.53 Å
零角强度 I(0) i0	35702300.00
分子量 molecular_weight	44835.0 kDa
排除体积 excluded_volume	55533 Å³
包络体积 envelope_volume	66842 Å³
水化壳体积 shell_volume	24725 Å³
包络直径 envelope_diameter	74.5 Å
壳层 Rg shell_rg	29.44 Å
包络 Rg envelope_rg	22.60 Å
形状 Rg shape_rg	22.51 Å
总 Rg total_rg	23.40 Å
总原子数 total_atoms	3161
残基数 n_residues	382
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	72.2 Å
Rg (实空间) rg_real	23.41 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.32 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.5700e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.7190e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.44 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	35700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9109
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.222
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.466
角度范围 angular_range	— – 0.3400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9097000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.953; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.978

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain
分子量 formula_weight	32265.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3476

MSHSLRYFVTAVSRPGFGEPRYMEVGYVDNTEFVRFDSDAENPRYEPRARWIEQEGPEYWERETRRAKGNEQSFRVDLRTALRYYNQSAGGSHTLQWMAGCDVESDGRLLRGYWQFAYDGCDYIALNEDLKTWTAADMAAQITRRKWEQAGAAERDRAYLEGECVEWLRRYLKNGNATLLRTDPPKAHVTHHRRPEGDVTLRCWALGFYPADITLTWQLNGEELTQEMELVETRPAGDGTFQKWASVVVPLGKEQKYTCHVEHEGLPEPLTLRWGKE

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Beta-2 microglobulin
分子量 formula_weight	11791.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MIQKTPQIQVYSRHPPENGKPNILNCYVTQFHPPHIEIQMLKNGKKIPKVEMSDMSFSKDWSFYILAHTEFTPTETDTYACRVKHASMAEPKTVYWDRDM

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Peptide P18-I10 from HIV gp160
分子量 formula_weight	1075.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

RGPGRAFVTI

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	315

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d3ecbb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	3ecbA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MHC class I-like antigen recognition-like

结构域编号 domain_id	3ecbA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3ecbB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	46.727 Å
晶胞边长 b length_b	89.452 Å
晶胞边长 c length_c	109.705 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.698 Å
最低分辨率 resolution_low	28.798 Å
R 因子 r_factor	0.1839
R_work r_work	0.1816
R_free r_free	0.2273

fit	/app/data/saxs_computation/ec/3ecb/3ecb.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ec/3ecb/3ecb.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ec/3ecb/3ecb.dat

Crystal structure of mouse H-2Dd in complex with peptide P18-I10 derived from human immunodeficiency virus envelope glycoprotein 120

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Beta-2 microglobulin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Peptide P18-I10 from HIV gp160

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)