3evs

Crystal structure of the GDF-5:BMP receptor IB complex.

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Growth/differentiation factor 5

Homo sapiens

UniProt P43026

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Bone morphogenetic protein receptor type-1B × 2 (P36898) water × 4 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GDF5_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 3–117; UniProt 387–501

Bone morphogenetic protein receptor type-1B

Mus musculus

UniProt P36898

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Growth/differentiation factor 5 × 2 (P43026) water × 4 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BMR1B_MOUSE
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 7–119; UniProt 14–126

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3evs
沉积日期 deposition_date2008-10-13
结构标题 titleCrystal structure of the GDF-5:BMP receptor IB complex.
关键词 keywords;ligand-receptor complex, cystin-knot ligand; three-finger toxn fold (receptor), Cleavage on pair of basic residues, Cytokine, Disease mutation, Dwarfism, Glycoprotein, Growth factor, Secreted, ATP-binding, Kinase, Magnesium, Manganese, Membrane, Metal-binding, Nucleotide-binding, Receptor, Serine/threonine-protein kinase, Transferase, Transmembrane, CYTOKINE-Transferase Receptor COMPLEX ;; CYTOKINE/Transferase Receptor
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3evs__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3evs__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

3evs__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)24.30 Å
Rg(电子密度)23.86 Å
总 Rg24.51 Å
原子数2966
残基数378
排除体积52076 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 3evs__assembly_1__model_1 tetrameric (4) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd3evsb_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.17 — Cystine-knot cytokines
超家族 Superfamily superfamilyg.17.1 — Cystine-knot cytokines
家族 Family familyg.17.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3evsc_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.7 — Snake toxin-like
超家族 Superfamily superfamilyg.7.1 — Snake toxin-like
家族 Family familyg.7.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3evsB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology90 — Cystine Knot Cytokines, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cystine-knot cytokines
结构域编号 domain_id3evsC00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology60 — CD59
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — CD59
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7. 引用文献 (1)