3f00

Crystal Structure of Synaptotagmin I C2A domain with Cu(II)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 66.5 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Synaptotagmin-1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 141–266	片段：UNP residues 141-266 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CU COPPER (II) ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.0M Li2SO4, 100mM HEPES, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298.0K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.36 Å R-free 0.244

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3F00	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2K45 C2A domain of synaptototagmin I solution structure in the FGF-1-C2A binary complex: key component in the fibroblast growthfactor non-classical pathway 提交 2008-05-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 141–268（128 aa）片段：UNP residues 141-268	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM (NH4)2SO4；压力 ambient NMR样品组成 1.0mM [U-100% 13C; U-100% 15N] C2A, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2K4A FGF-1-C2A binary complex structure: a key component in the fibroblast growthfactor non-classical pathway 提交 2008-06-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 141–268（128 aa）片段：C2 domain, UNP residues 141-268	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM (NH4)2SO4；压力 ambient NMR样品组成 1.2mM FGF-1-C2A; 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2KI6 The FGF1-S100A13-C2A hetero-hexameric complex structure: A component in the non-classical pathway for FGF1 secretion 提交 2009-04-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 141–268（128 aa）片段：C2A domain 链 F 141–268（128 aa）片段：C2A domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient NMR样品组成 1.0mM [U-100% 13C; U-100% 15N] C2A domain of Syt1-1, 1.0mM FGF1-2, 1.0mM S100A13-3, S100A13-4, 25mM sodium phosphate-5, 100mM sodium chloride-6, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2LHA Solution structure of C2B with IP6 提交 2011-08-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 271–422（152 aa）片段：C2B domain, UNP residues 272-422	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15；压力 ambient NMR样品组成 1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein-1, 1.1 mM INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE-2, 150 mM sodium chloride-3, 20 mM MES-4, 2 mM DTT-5, 2 mM Calcium Chloride-6, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2N1T Dynamic binding mode of a synaptotagmin-1-SNARE complex in solution 提交 2015-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 E 272–419（148 aa）片段：C2B domain (UNP residues 272-419)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；298 K；压力 ambient NMR样品组成 30 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 25 mM Tris-HCl, 125 mM KSCN, 1 mM CaCl2, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2R83 Crystal structure analysis of human synaptotagmin 1 C2A-C2B 提交 2007-09-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 141–422（282 aa）片段：C2A-C2B 链 B 141–422（282 aa）片段：C2A-C2B	未记录	CL CHLORIDE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；3M NACL, 75 MM SODIUM ACETATE, PH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 293K, pH 4.50	分辨率 2.70 Å R-free 0.253
3F01 Crystal Structure of Synaptotagmin I C2A domain with Cu(II) 提交 2008-10-24	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 141–266（126 aa）片段：UNP residues 141-266	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 CU COPPER (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.0M Li2SO4, 100mM HEPES, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298.0K	分辨率 1.70 Å R-free 0.229
3F04 Crystal Structure of Synaptotagmin I C2A domain 提交 2008-10-24	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 141–266（126 aa）片段：UNP residues 141-266	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.0M Li2SO4, 100mM Tris, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298.0K	分辨率 1.35 Å R-free 0.224
3F05 Crystal Structure of Synaptotagmin I C2A domain with Mn(II) 提交 2008-10-24	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 141–266（126 aa）片段：UNP residues 141-266	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.0M Li2SO4, 100mM Tris, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298.0K	分辨率 1.40 Å R-free 0.228
4ISQ Binding domain of Botulinum neurotoxin DC in complex with human synaptotagmin I 提交 2013-01-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 33–53（21 aa）片段：toxin binding site (unp residues 33-53)	未记录	SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.0 M NaSO4, 0.1 M Na-cacodylate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.65 Å R-free 0.220
4ISQ Binding domain of Botulinum neurotoxin DC in complex with human synaptotagmin I 提交 2013-01-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 33–53（21 aa）片段：toxin binding site (unp residues 33-53)	未记录	SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.0 M NaSO4, 0.1 M Na-cacodylate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.65 Å R-free 0.220
4ISQ Binding domain of Botulinum neurotoxin DC in complex with human synaptotagmin I 提交 2013-01-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 33–53（21 aa）片段：toxin binding site (unp residues 33-53)	未记录	SO4 SULFATE ION × 8 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.0 M NaSO4, 0.1 M Na-cacodylate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.65 Å R-free 0.220
4V11 Structure of Synaptotagmin-1 with SV2A peptide phosphorylated at Thr84 提交 2014-09-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 273–422（150 aa）片段：C2B DOMAIN, UNP RESIDUES 273-422	未记录	CA CALCIUM ION × 3 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；0.1 M HEPES PH 7.5, 18 % PEG 3350, 0.05 M CACL2	分辨率 1.95 Å R-free 0.196
6G5F Crystal structure of an engineered Botulinum Neurotoxin type B mutant E1191M/S1199Y in complex with human synaptotagmin 1 提交 2018-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 P 33–53（21 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 3 MLI MALONATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；294 K；1.1 M sodium malonate dibasic monohydrate, HEPES pH 7.0, 0.5% v/v Jeffamine ED-2003	分辨率 2.50 Å R-free 0.232
6G5K Crystal structure of the binding domain of Botulinum Neurotoxin type B in complex with human synaptotagmin 1 提交 2018-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 33–53（21 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；0.1 M Amino acids 0.1 M Buffer System 2 7.5 50 % v/v Precipitant Mix 1	分辨率 2.00 Å R-free 0.235
6G5K Crystal structure of the binding domain of Botulinum Neurotoxin type B in complex with human synaptotagmin 1 提交 2018-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 33 33–53（21 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；0.1 M Amino acids 0.1 M Buffer System 2 7.5 50 % v/v Precipitant Mix 1	分辨率 2.00 Å R-free 0.235
6QNS Crystal structure of the binding domain of Botulinum Neurotoxin type B mutant I1248W/V1249W in complex with human synaptotagmin 1 and GD1a receptors 提交 2019-02-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 S 33–53（21 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294.15 K；20% v/v PEG6000, 0.1 M MES pH 6.0, 0.2 M sodium chloride	分辨率 2.40 Å R-free 0.229
6TZ3 Crystal Structure of Human Synaptotagmin 1 C2B without Ca2+ 提交 2019-08-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 272–422（151 aa）片段：C2B domain, residues 272-422	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2M Ammonium Sulfate, 30% PEG3350	分辨率 1.17 Å R-free 0.175
6U41 1.7 angstrom structure of a pathogenic human Syt 1 C2B (D304G) 提交 2019-08-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 272–422（151 aa）	突变：D304G	SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；2.0 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Sodium Acetate	分辨率 1.70 Å R-free 0.178
6U4U 1.3 A structure of a pathogenic human Syt 1 C2B (I368T) 提交 2019-08-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 272–422（151 aa）	突变：I368T	SO4 SULFATE ION × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；1.5 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Sodium Acetate	分辨率 1.30 Å R-free 0.169
6U4W 1.4 A structure of a pathogenic human Syt 1 C2B (D366E) 提交 2019-08-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 272–422（151 aa）	突变：D366E	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；1.6 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Citrate	分辨率 1.40 Å R-free 0.211
6ZVN Botulinum neurotoxin B2 binding domain in complex with human synaptotagmin I 提交 2020-07-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 BBB 33–53（21 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；294 K；0.1 M imidazole pH 8.0, 10% (w/v) PEG 8000	分辨率 2.50 Å R-free 0.283
7U4Q Human Synaptotagmin-1 C2A Y181F Ca2+ bound 提交 2022-02-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 141–267（127 aa）片段：C2A domain 链 B 141–267（127 aa）片段：C2A domain	突变：Y181F 突变：Y181F	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；298 K；100 mM HEPES, 2.3 M malonate	分辨率 1.56 Å R-free 0.189
8B8I Nanobody (NbLumSyt1) bound to human Syt1 提交 2022-10-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 1–60（60 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；1.6 M DL-malic acid	分辨率 2.75 Å R-free 0.298
8B8I Nanobody (NbLumSyt1) bound to human Syt1 提交 2022-10-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 J 1–60（60 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；1.6 M DL-malic acid	分辨率 2.75 Å R-free 0.298
8B8I Nanobody (NbLumSyt1) bound to human Syt1 提交 2022-10-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 K 1–60（60 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；1.6 M DL-malic acid	分辨率 2.75 Å R-free 0.298
8B8I Nanobody (NbLumSyt1) bound to human Syt1 提交 2022-10-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 1–60（60 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；1.6 M DL-malic acid	分辨率 2.75 Å R-free 0.298
8B8I Nanobody (NbLumSyt1) bound to human Syt1 提交 2022-10-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 M 1–60（60 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；1.6 M DL-malic acid	分辨率 2.75 Å R-free 0.298
8B8I Nanobody (NbLumSyt1) bound to human Syt1 提交 2022-10-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 N 1–60（60 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；1.6 M DL-malic acid	分辨率 2.75 Å R-free 0.298
8B8I Nanobody (NbLumSyt1) bound to human Syt1 提交 2022-10-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 O 1–60（60 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；1.6 M DL-malic acid	分辨率 2.75 Å R-free 0.298
8B8I Nanobody (NbLumSyt1) bound to human Syt1 提交 2022-10-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 1–60（60 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；1.6 M DL-malic acid	分辨率 2.75 Å R-free 0.298

共 21 个其他 PDB 条目、31 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SYT1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 18–143； UniProt 141–266

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3f00
沉积日期 deposition_date	2008-10-24
结构标题 title	Crystal Structure of Synaptotagmin I C2A domain with Cu(II)
关键词 keywords	Synaptotagmin I, C2A, copper, METAL BINDING PROTEIN; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.71 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.38 Å
零角强度 I(0) i0	5044720.00
分子量 molecular_weight	16235.0 kDa
排除体积 excluded_volume	20327 Å³
包络体积 envelope_volume	25615 Å³
水化壳体积 shell_volume	13273 Å³
包络直径 envelope_diameter	71.0 Å
壳层 Rg shell_rg	22.52 Å
包络 Rg envelope_rg	18.69 Å
形状 Rg shape_rg	17.28 Å
总 Rg total_rg	18.62 Å
总原子数 total_atoms	1136
残基数 n_residues	142
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	66.5 Å
Rg (实空间) rg_real	18.79 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.64 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.0450e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.9170e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5045000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7577
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	19.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.475
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.161
角度范围 angular_range	— – 0.4250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	983400.0000
实空间数据点数 n_real_points	74
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.664; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.863; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Synaptotagmin-1
分子量 formula_weight	15954.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1422

GSPGIGGGGGGILDSMVEKLGKLQYSLDYDFQNNQLLVGIIQAAELPALDMGGTSDPYVKVFLLPDKKKKFETKVHRKTLNPVFNEQFTFKVPYSELGGKTLVMAVYDFDRFSKHDIIGEFKVPMNTVDFGHVTEEWRDLQSA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	COPPER (II) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	244

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3f00a1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.7 — C2 domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.7.1 — C2 domain (Calcium/lipid-binding domain, CaLB)
家族 Family family	b.7.1.2 — Synaptotagmin-like (S variant)

结构域编号 domain_id	d3f00a2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	3f00A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — C2 domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	41.647 Å
晶胞边长 b length_b	38.363 Å
晶胞边长 c length_c	44.016 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.37 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.360 Å
最低分辨率 resolution_low	20.600 Å
R 因子 r_factor	0.2030
R_work r_work	0.2010
R_free r_free	0.2440

fit	/app/data/saxs_computation/f0/3f00/3f00.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f0/3f00/3f00.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f0/3f00/3f00.dat