SAXSdb — 3f3f

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nucleoporin SEH1

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–349 链 B； UniProt 1–349 链 E； UniProt 1–349 链 F； UniProt 1–349	未记录	Nucleoporin NUP85 × 4 （P46673）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；298 K；PEG 10000, MES buffer, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.90 Å R-free 0.265

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3F3F	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3EWE Crystal Structure of the Nup85/Seh1 Complex 提交 2008-10-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–349（349 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；289 K；18% PEG 3350, 0.1M Bis Tris propane, 0.2M Sodium Citrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 3.50 Å R-free 0.369
3EWE Crystal Structure of the Nup85/Seh1 Complex 提交 2008-10-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–349（349 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；289 K；18% PEG 3350, 0.1M Bis Tris propane, 0.2M Sodium Citrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 3.50 Å R-free 0.369
3EWE Crystal Structure of the Nup85/Seh1 Complex 提交 2008-10-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–349（349 aa）链 C 1–349（349 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；289 K；18% PEG 3350, 0.1M Bis Tris propane, 0.2M Sodium Citrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 3.50 Å R-free 0.369
3F3G Crystal structure of the nucleoporin pair Nup85-Seh1, space group P212121 提交 2008-10-30	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–349（349 aa）链 B 1–349（349 aa）链 E 1–349（349 aa）链 F 1–349（349 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；Sodium citrate, Sodium chloride, Tris-HCl buffer, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.75 Å R-free 0.272
3F3P Crystal structure of the nucleoporin pair Nup85-Seh1, space group P21212 提交 2008-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–349（349 aa）链 B 1–349（349 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG 3350, Tacsimate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.20 Å R-free 0.281
3F3P Crystal structure of the nucleoporin pair Nup85-Seh1, space group P21212 提交 2008-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–349（349 aa）链 F 1–349（349 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG 3350, Tacsimate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.20 Å R-free 0.281
3F3P Crystal structure of the nucleoporin pair Nup85-Seh1, space group P21212 提交 2008-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 I 1–349（349 aa）链 J 1–349（349 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG 3350, Tacsimate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.20 Å R-free 0.281
4XMM Structure of the yeast coat nucleoporin complex, space group C2 提交 2015-01-14	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 C 1–349（349 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；PEG 20000, ethanol, MES	分辨率 7.38 Å R-free 0.353
6X08 Nup85-Seh1 from S. cerevisiae bound by VHH-SAN2 提交 2020-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–349（349 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；1M ammonium sulfate, di-sodium succinate pH 5.5, and the addition of 4% 1-propanol	分辨率 4.19 Å R-free 0.346
7N84 Double nuclear outer ring from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 136 PDB 声明：136-meric	链 e 1–349（349 aa）链 p 1–349（349 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 11.60 Å
7N84 Double nuclear outer ring from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：heptadecameric	链 e 1–349（349 aa）链 p 1–349（349 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 11.60 Å
7N84 Double nuclear outer ring from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：heptadecameric	链 e 1–349（349 aa）链 p 1–349（349 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 11.60 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 448 PDB 声明：448-meric	链 e 1–349（349 aa）链 l 1–349（349 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)	分辨率 37.00 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric	链 e 1–349（349 aa）链 l 1–349（349 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)	分辨率 37.00 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric	链 e 1–349（349 aa）链 l 1–349（349 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)	分辨率 37.00 Å
8ADL Cryo-EM structure of the SEA complex 提交 2022-07-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：22-meric	链 D 1–349（349 aa）链 E 1–349（349 aa）链 F 1–349（349 aa）链 L 1–349（349 aa）链 M 1–349（349 aa）链 N 1–349（349 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 28	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.95 Å
9H5K Cryo-EM structure of the SEAC-EGOC supercomplex 提交 2024-10-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 D 1–349（349 aa）链 E 1–349（349 aa）链 F 1–349（349 aa）链 L 1–349（349 aa）链 M 1–349（349 aa）链 N 1–349（349 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 28 MG MAGNESIUM ION × 2 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å

共 9 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SEH1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–351； UniProt 1–349 作者链 B； PDB构建体 3–351； UniProt 1–349 作者链 E； PDB构建体 3–351； UniProt 1–349 作者链 F； PDB构建体 3–351； UniProt 1–349

Nucleoporin NUP85

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P46673

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–570 链 D； UniProt 1–570 链 G； UniProt 1–570 链 H； UniProt 1–570	片段：UNP residues 1-570	Nucleoporin SEH1 × 4 （P53011）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；298 K；PEG 10000, MES buffer, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.90 Å R-free 0.265

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3F3F	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3EWE Crystal Structure of the Nup85/Seh1 Complex 提交 2008-10-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–564（564 aa）片段：UNP residues 1-564	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；289 K；18% PEG 3350, 0.1M Bis Tris propane, 0.2M Sodium Citrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 3.50 Å R-free 0.369
3EWE Crystal Structure of the Nup85/Seh1 Complex 提交 2008-10-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–564（564 aa）片段：UNP residues 1-564	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；289 K；18% PEG 3350, 0.1M Bis Tris propane, 0.2M Sodium Citrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 3.50 Å R-free 0.369
3EWE Crystal Structure of the Nup85/Seh1 Complex 提交 2008-10-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–564（564 aa）片段：UNP residues 1-564 链 D 1–564（564 aa）片段：UNP residues 1-564	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；289 K；18% PEG 3350, 0.1M Bis Tris propane, 0.2M Sodium Citrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 3.50 Å R-free 0.369
3F3G Crystal structure of the nucleoporin pair Nup85-Seh1, space group P212121 提交 2008-10-30	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 C 1–570（570 aa）片段：UNP residues 1-570 链 D 1–570（570 aa）片段：UNP residues 1-570 链 G 1–570（570 aa）片段：UNP residues 1-570 链 H 1–570（570 aa）片段：UNP residues 1-570	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；Sodium citrate, Sodium chloride, Tris-HCl buffer, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.75 Å R-free 0.272
3F3P Crystal structure of the nucleoporin pair Nup85-Seh1, space group P21212 提交 2008-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–570（570 aa）片段：UNP residues 1-570 链 D 1–570（570 aa）片段：UNP residues 1-570	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG 3350, Tacsimate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.20 Å R-free 0.281
3F3P Crystal structure of the nucleoporin pair Nup85-Seh1, space group P21212 提交 2008-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 G 1–570（570 aa）片段：UNP residues 1-570 链 H 1–570（570 aa）片段：UNP residues 1-570	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG 3350, Tacsimate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.20 Å R-free 0.281
3F3P Crystal structure of the nucleoporin pair Nup85-Seh1, space group P21212 提交 2008-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 K 1–570（570 aa）片段：UNP residues 1-570 链 L 1–570（570 aa）片段：UNP residues 1-570	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG 3350, Tacsimate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.20 Å R-free 0.281
4XMM Structure of the yeast coat nucleoporin complex, space group C2 提交 2015-01-14	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 D 44–744（701 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；PEG 20000, ethanol, MES	分辨率 7.38 Å R-free 0.353
4XMN Structure of the yeast coat nucleoporin complex, space group P212121 提交 2015-01-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 D 73–743（671 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；PEG 20000, ethanol, MES	分辨率 7.60 Å R-free 0.347
6X08 Nup85-Seh1 from S. cerevisiae bound by VHH-SAN2 提交 2020-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–564（564 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；1M ammonium sulfate, di-sodium succinate pH 5.5, and the addition of 4% 1-propanol	分辨率 4.19 Å R-free 0.346
7N84 Double nuclear outer ring from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 136 PDB 声明：136-meric	链 b 1–744（744 aa）链 m 1–744（744 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 11.60 Å
7N84 Double nuclear outer ring from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：heptadecameric	链 b 1–744（744 aa）链 m 1–744（744 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 11.60 Å
7N84 Double nuclear outer ring from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：heptadecameric	链 b 1–744（744 aa）链 m 1–744（744 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 11.60 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 448 PDB 声明：448-meric	链 b 1–744（744 aa）链 i 1–744（744 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)	分辨率 37.00 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric	链 b 1–744（744 aa）链 i 1–744（744 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)	分辨率 37.00 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric	链 b 1–744（744 aa）链 i 1–744（744 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)	分辨率 37.00 Å
8TIE Double nuclear outer ring of Nup84-complexes from the yeast NPC 提交 2023-07-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 b 1–744（744 aa）链 m 1–744（744 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20mM HEPES,50mM Potassium acetate,20mM NaCl,2mM MgCl2,1mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.10 Å

共 9 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NUP85_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–570； UniProt 1–570 作者链 D； PDB构建体 1–570； UniProt 1–570 作者链 G； PDB构建体 1–570； UniProt 1–570 作者链 H； PDB构建体 1–570； UniProt 1–570

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3f3f
沉积日期 deposition_date	2008-10-30
结构标题 title	Crystal structure of the nucleoporin pair Nup85-Seh1, space group P21
关键词 keywords	;Structural Protein, Protein Complex, Nucleoporin, Nucleoporin Complex, Nuclear Pore Complex, Macromolecular Assembly, Membrane Coat, Nucleocytoplasmic Transport, beta-propeller, solenoid domain, mRNA transport, Nucleus, Protein transport, Translocation, WD repeat ;; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	78.68 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	80.08 Å
零角强度 I(0) i0	1752730000.00
分子量 molecular_weight	358350.0 kDa
排除体积 excluded_volume	449730 Å³
包络体积 envelope_volume	681550 Å³
水化壳体积 shell_volume	77662 Å³
包络直径 envelope_diameter	277.1 Å
壳层 Rg shell_rg	62.30 Å
包络 Rg envelope_rg	79.20 Å
形状 Rg shape_rg	80.08 Å
总 Rg total_rg	79.78 Å
总原子数 total_atoms	25239
残基数 n_residues	3154
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	224.3 Å
Rg (实空间) rg_real	76.71 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.67 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7240e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.7010e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	74.01 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1731000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.4868
解质量评级 solution_quality	SUSPICIOUS a SUSPICIOUS solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	44.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.465
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.868
角度范围 angular_range	— – 0.1000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0603
最高正则化参数 α highest_alpha	38570000.0000
实空间数据点数 n_real_points	21
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.523; Stabil: 0.974; Sysdev: 0.002; Positv: 1.000; Valcen: 0.587; Smooth: 0.044

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Nucleoporin SEH1
分子量 formula_weight	39406.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,E,F
原子数 atom_count	25239

PHMQPFDSGHDDLVHDVVYDFYGRHVATCSSDQHIKVFKLDKDTSNWELSDSWRAHDSSIVAIDWASPEYGRIIASASYDKTVKLWEEDPDQEECSGRRWNKLCTLNDSKGSLYSVKFAPAHLGLKLACLGNDGILRLYDALEPSDLRSWTLTSEMKVLSIPPANHLQSDFCLSWCPSRFSPEKLAVSALEQAIIYQRGKDGKLHVAAKLPGHKSLIRSISWAPSIGRWYQLIATGCKDGRIRIFKITEKLSPLASEESLTNSNMFDNSADVDMDAQGRSDSNTEEKAELQSNLQVELLSEHDDHNGEVWSVSWNLTGTILSSAGDDGKVRLWKATYSNEFKCMSVITAQQ

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Nucleoporin NUP85
分子量 formula_weight	64929.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,G,H

MTIDDSNRLLMDVDQFDFLDDGTAQLSNNKTDEEEQLYKRDPVSGAILVPMTVNDQPIEKNGDKMPLKFKLGPLSYQNMAFITAKDKYKLYPVRIPRLDTSKEFSAYVSGLFEIYRDLGDDRVFNVPTIGVVNSNFAKEHNATVNLAMEAILNELEVFIGRVKDQDGRVNRFYELEESLTVLNCLRTMYFILDGQDVEENRSEFIESLLNWINRSDGEPDEEYIEQVFSVKDSTAGKKVFETQYFWKLLNQLVLRGLLSQAIGCIERSDLLPYLSDTCAVSFDAVSDSIELLKQYPKDSSSTFREWKNLVLKLSQAFGSSATDISGELRDYIEDFLLVIGGNQRKILQYSRTWYESFCGFLLYYIPSLELSAEYLQMSLEANVVDITNDWEQPCVDIISGKIHSILPVMESLDSCTAAFTAMICEAKGLIENIFEGEKNSDDYSNEDNEMLEDLFSYRNGMASYMLNSFAFELCSLGDKELWPVAIGLIALSATGTRSAKKMVIAELLPHYPFVTNDDIEWMLSICVEWRLPEIAKEIYTTLGNQMLSAHNIIESIANFSRAGKYELVKS

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

CATH v4.4 (7 domains)

结构域编号 domain_id	3f3fA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	3f3fB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	3f3fC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	25 — N-terminal domain of TfIIb
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	500 —

结构域编号 domain_id	3f3fD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	25 — N-terminal domain of TfIIb
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	500 —

结构域编号 domain_id	3f3fE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	3f3fF01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	3f3fH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	25 — N-terminal domain of TfIIb
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	500 —

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	79.840 Å
晶胞边长 b length_b	166.187 Å
晶胞边长 c length_c	188.904 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.02 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2460
R_work r_work	0.2460
R_free r_free	0.2650

fit	/app/data/saxs_computation/f3/3f3f/3f3f.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f3/3f3f/3f3f.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f3/3f3f/3f3f.dat

Crystal structure of the nucleoporin pair Nup85-Seh1, space group P21

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nucleoporin SEH1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Nucleoporin NUP85

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

CATH v4.4 (7 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)