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3f3p

Crystal structure of the nucleoporin pair Nup85-Seh1, space group P21212

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 306.7 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nucleoporin SEH1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P53011

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–349 链 B； UniProt 1–349 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） Nucleoporin NUP85 × 2 （P46673） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG 3350, Tacsimate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 3.20 Å R-free 0.281
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 E； UniProt 1–349 链 F； UniProt 1–349 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） Nucleoporin NUP85 × 2 （P46673） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG 3350, Tacsimate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 3.20 Å R-free 0.281
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 I； UniProt 1–349 链 J； UniProt 1–349 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） Nucleoporin NUP85 × 2 （P46673） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG 3350, Tacsimate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 3.20 Å R-free 0.281

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3F3P Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3EWE Crystal Structure of the Nup85/Seh1 Complex 提交 2008-10-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–349（349 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；289 K；18% PEG 3350, 0.1M Bis Tris propane, 0.2M Sodium Citrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 3.50 Å R-free 0.369
3EWE Crystal Structure of the Nup85/Seh1 Complex 提交 2008-10-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–349（349 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；289 K；18% PEG 3350, 0.1M Bis Tris propane, 0.2M Sodium Citrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 3.50 Å R-free 0.369
3EWE Crystal Structure of the Nup85/Seh1 Complex 提交 2008-10-14 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–349（349 aa）
链 C 1–349（349 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；289 K；18% PEG 3350, 0.1M Bis Tris propane, 0.2M Sodium Citrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 3.50 Å R-free 0.369
3F3F Crystal structure of the nucleoporin pair Nup85-Seh1, space group P21 提交 2008-10-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–349（349 aa）
链 B 1–349（349 aa）
链 E 1–349（349 aa）
链 F 1–349（349 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；298 K；PEG 10000, MES buffer, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.90 Å R-free 0.265
3F3G Crystal structure of the nucleoporin pair Nup85-Seh1, space group P212121 提交 2008-10-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–349（349 aa）
链 B 1–349（349 aa）
链 E 1–349（349 aa）
链 F 1–349（349 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；Sodium citrate, Sodium chloride, Tris-HCl buffer, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.75 Å R-free 0.272
4XMM Structure of the yeast coat nucleoporin complex, space group C2 提交 2015-01-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 C 1–349（349 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；PEG 20000, ethanol, MES
分辨率 7.38 Å R-free 0.353
6X08 Nup85-Seh1 from S. cerevisiae bound by VHH-SAN2 提交 2020-05-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–349（349 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；1M ammonium sulfate, di-sodium succinate pH 5.5, and the addition of 4% 1-propanol
分辨率 4.19 Å R-free 0.346
7N84 Double nuclear outer ring from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 136 PDB 声明：136-meric
链 e 1–349（349 aa）
链 p 1–349（349 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 11.60 Å
7N84 Double nuclear outer ring from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：heptadecameric
链 e 1–349（349 aa）
链 p 1–349（349 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 11.60 Å
7N84 Double nuclear outer ring from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：heptadecameric
链 e 1–349（349 aa）
链 p 1–349（349 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 11.60 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 448 PDB 声明：448-meric
链 e 1–349（349 aa）
链 l 1–349（349 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)
分辨率 37.00 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric
链 e 1–349（349 aa）
链 l 1–349（349 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)
分辨率 37.00 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric
链 e 1–349（349 aa）
链 l 1–349（349 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)
分辨率 37.00 Å
8ADL Cryo-EM structure of the SEA complex 提交 2022-07-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：22-meric
链 D 1–349（349 aa）
链 E 1–349（349 aa）
链 F 1–349（349 aa）
链 L 1–349（349 aa）
链 M 1–349（349 aa）
链 N 1–349（349 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 28 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.95 Å
9H5K Cryo-EM structure of the SEAC-EGOC supercomplex 提交 2024-10-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric
链 D 1–349（349 aa）
链 E 1–349（349 aa）
链 F 1–349（349 aa）
链 L 1–349（349 aa）
链 M 1–349（349 aa）
链 N 1–349（349 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 28 MG MAGNESIUM ION × 2 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å

共 9 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SEH1_YEAST
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 3–351； UniProt 1–349 作者链 B； PDB构建体 3–351； UniProt 1–349 作者链 E； PDB构建体 3–351； UniProt 1–349 作者链 F； PDB构建体 3–351； UniProt 1–349 作者链 I； PDB构建体 3–351； UniProt 1–349 作者链 J； PDB构建体 3–351； UniProt 1–349

Nucleoporin NUP85

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P46673

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 1–570 链 D； UniProt 1–570 片段：UNP residues 1-570 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） Nucleoporin SEH1 × 2 （P53011） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG 3350, Tacsimate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 3.20 Å R-free 0.281
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 G； UniProt 1–570 链 H； UniProt 1–570 片段：UNP residues 1-570 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） Nucleoporin SEH1 × 2 （P53011） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG 3350, Tacsimate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 3.20 Å R-free 0.281
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 K； UniProt 1–570 链 L； UniProt 1–570 片段：UNP residues 1-570 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） Nucleoporin SEH1 × 2 （P53011） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG 3350, Tacsimate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 3.20 Å R-free 0.281

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3F3P Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3EWE Crystal Structure of the Nup85/Seh1 Complex 提交 2008-10-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–564（564 aa） 片段：UNP residues 1-564
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；289 K；18% PEG 3350, 0.1M Bis Tris propane, 0.2M Sodium Citrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 3.50 Å R-free 0.369
3EWE Crystal Structure of the Nup85/Seh1 Complex 提交 2008-10-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–564（564 aa） 片段：UNP residues 1-564
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；289 K；18% PEG 3350, 0.1M Bis Tris propane, 0.2M Sodium Citrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 3.50 Å R-free 0.369
3EWE Crystal Structure of the Nup85/Seh1 Complex 提交 2008-10-14 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–564（564 aa） 片段：UNP residues 1-564
链 D 1–564（564 aa） 片段：UNP residues 1-564
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；289 K；18% PEG 3350, 0.1M Bis Tris propane, 0.2M Sodium Citrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 3.50 Å R-free 0.369
3F3F Crystal structure of the nucleoporin pair Nup85-Seh1, space group P21 提交 2008-10-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 C 1–570（570 aa） 片段：UNP residues 1-570
链 D 1–570（570 aa） 片段：UNP residues 1-570
链 G 1–570（570 aa） 片段：UNP residues 1-570
链 H 1–570（570 aa） 片段：UNP residues 1-570
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；298 K；PEG 10000, MES buffer, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.90 Å R-free 0.265
3F3G Crystal structure of the nucleoporin pair Nup85-Seh1, space group P212121 提交 2008-10-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 C 1–570（570 aa） 片段：UNP residues 1-570
链 D 1–570（570 aa） 片段：UNP residues 1-570
链 G 1–570（570 aa） 片段：UNP residues 1-570
链 H 1–570（570 aa） 片段：UNP residues 1-570
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；Sodium citrate, Sodium chloride, Tris-HCl buffer, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.75 Å R-free 0.272
4XMM Structure of the yeast coat nucleoporin complex, space group C2 提交 2015-01-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 D 44–744（701 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；PEG 20000, ethanol, MES
分辨率 7.38 Å R-free 0.353
4XMN Structure of the yeast coat nucleoporin complex, space group P212121 提交 2015-01-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 D 73–743（671 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；PEG 20000, ethanol, MES
分辨率 7.60 Å R-free 0.347
6X08 Nup85-Seh1 from S. cerevisiae bound by VHH-SAN2 提交 2020-05-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–564（564 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；1M ammonium sulfate, di-sodium succinate pH 5.5, and the addition of 4% 1-propanol
分辨率 4.19 Å R-free 0.346
7N84 Double nuclear outer ring from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 136 PDB 声明：136-meric
链 b 1–744（744 aa）
链 m 1–744（744 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 11.60 Å
7N84 Double nuclear outer ring from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：heptadecameric
链 b 1–744（744 aa）
链 m 1–744（744 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 11.60 Å
7N84 Double nuclear outer ring from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：heptadecameric
链 b 1–744（744 aa）
链 m 1–744（744 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 11.60 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 448 PDB 声明：448-meric
链 b 1–744（744 aa）
链 i 1–744（744 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)
分辨率 37.00 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric
链 b 1–744（744 aa）
链 i 1–744（744 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)
分辨率 37.00 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric
链 b 1–744（744 aa）
链 i 1–744（744 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)
分辨率 37.00 Å
8TIE Double nuclear outer ring of Nup84-complexes from the yeast NPC 提交 2023-07-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric
链 b 1–744（744 aa）
链 m 1–744（744 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20mM HEPES,50mM Potassium acetate,20mM NaCl,2mM MgCl2,1mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.10 Å

共 9 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NUP85_YEAST
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–570； UniProt 1–570 作者链 D； PDB构建体 1–570； UniProt 1–570 作者链 G； PDB构建体 1–570； UniProt 1–570 作者链 H； PDB构建体 1–570； UniProt 1–570 作者链 K； PDB构建体 1–570； UniProt 1–570 作者链 L； PDB构建体 1–570； UniProt 1–570

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3f3p

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3f3p
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3f3p
沉积日期 deposition_date2008-10-31
结构标题 titleCrystal structure of the nucleoporin pair Nup85-Seh1, space group P21212
关键词 keywords;Structural Protein, Protein Complex, Nucleoporin, Nucleoporin Complex, Nuclear Pore Complex, Macromolecular Assembly, Membrane Coat, Nucleocytoplasmic Transport, beta-propeller, solenoid domain, mRNA transport, Nucleus, Protein transport, Translocation, WD repeat ;; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier— Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron115.10 Å
零角强度 I(0) i04064970000.00
分子量 molecular_weight541390.0 kDa
排除体积 excluded_volume675250 ų
包络体积 envelope_volume1085200 ų
水化壳体积 shell_volume97213 ų
包络直径 envelope_diameter401.1 Å
壳层 Rg shell_rg66.42 Å
包络 Rg envelope_rg113.30 Å
形状 Rg shape_rg115.10 Å
总 Rg total_rg114.50 Å
总原子数 total_atoms37800
残基数 n_residues4631
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax306.7 Å
Rg (实空间) rg_real103.70 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.30 Å
I(0) (实空间) i0_real3.9010e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.3420e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal91.68 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3822000000.0000
解质量估计 total_estimate0.7758
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary47.2 Å
偏度 Skewness skewness0.413
峰度 Kurtosis kurtosis-0.907
角度范围 angular_range— – 0.0650 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.3711
最高正则化参数 α highest_alpha40800000.0000
实空间数据点数 n_real_points14
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.006; Oscil: 0.478; Stabil: 0.943; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.742; Smooth: 0.079
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 11 domains

CATH v4.4 (11 domains)

结构域编号 domain_id3f3pA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase
结构域编号 domain_id3f3pB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase
结构域编号 domain_id3f3pC01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology25 — N-terminal domain of TfIIb
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily500 —
结构域编号 domain_id3f3pD01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology25 — N-terminal domain of TfIIb
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily500 —
结构域编号 domain_id3f3pE01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase
结构域编号 domain_id3f3pF01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase
结构域编号 domain_id3f3pG01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology25 — N-terminal domain of TfIIb
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily500 —
结构域编号 domain_id3f3pH01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology25 — N-terminal domain of TfIIb
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily500 —
结构域编号 domain_id3f3pI01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase
结构域编号 domain_id3f3pJ01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase
结构域编号 domain_id3f3pL01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology25 — N-terminal domain of TfIIb
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily500 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)