3fb5

KcsA potassium channel in the partially open state with 14.5 A opening at T112

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 110.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Voltage-gated potassium channel

Streptomyces lividans

UniProt P0A334

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 21–124 片段:UNP residues 21-124 突变:H25Q,L90C,R117Q,E120Q,R121Q,R122Q,H124Q antibody Fab fragment heavy chain × 4 antibody Fab fragment light chain × 4 K POTASSIUM ION × 24 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;298 K;20-25% PEG400, 50mM magnesium acetate, 50mM sodium acetate pH 5.0-6.0, pH 5-6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 2.80 Å R-free 0.252
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 21–124 片段:UNP residues 21-124 突变:H25Q,L90C,R117Q,E120Q,R121Q,R122Q,H124Q antibody Fab fragment heavy chain × 1 antibody Fab fragment light chain × 1 K POTASSIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;298 K;20-25% PEG400, 50mM magnesium acetate, 50mM sodium acetate pH 5.0-6.0, pH 5-6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 2.80 Å R-free 0.252

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 86 个其他 PDB 条目、95 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KCSA_STRLI
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–104; UniProt 21–124

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3fb5

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3fb5
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3fb5
沉积日期 deposition_date2008-11-18
结构标题 titleKcsA potassium channel in the partially open state with 14.5 A opening at T112
关键词 keywords;kcsa, open, inactivation, potassium channel, Cell membrane, Ion transport, Ionic channel, Membrane, Transmembrane, Transport, Voltage-gated channel, membrane protein-metal transport COMPLEX ;; membrane protein/metal transport
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.23
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.74
零角强度 I(0) i050153600.00
分子量 molecular_weight56246.0 kDa
排除体积 excluded_volume70582 ų
包络体积 envelope_volume88315 ų
水化壳体积 shell_volume27620 ų
包络直径 envelope_diameter116.1
壳层 Rg shell_rg33.39
包络 Rg envelope_rg29.35
形状 Rg shape_rg28.67
总 Rg total_rg29.41
总原子数 total_atoms3955
残基数 n_residues521
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax110.5
Rg (实空间) rg_real28.64
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.57
I(0) (实空间) i0_real5.0150e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.2830e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.51
I(0) (倒空间) i0_reciprocal50150000.0000
解质量估计 total_estimate0.7654
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary29.6
偏度 Skewness skewness0.732
峰度 Kurtosis kurtosis0.471
角度范围 angular_range— – 0.2800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha8399000.0000
实空间数据点数 n_real_points57
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.492; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.503; Smooth: 0.976

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 11 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd3fb5a1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd3fb5a2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd3fb5a3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd3fb5b1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd3fb5b2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd3fb5c_
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.14 — Gated ion channels
超家族 Superfamily superfamilyf.14.1 — Voltage-gated ion channels
家族 Family familyf.14.1.1 — Voltage-gated potassium channels

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id3fb5A01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id3fb5A02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id3fb5B01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id3fb5B02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id3fb5C00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)