3fks

Yeast F1 ATPase in the absence of bound nucleotides

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP synthase subunit alpha, mitochondrial

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	ATP synthase subunit beta, mitochondrial × 3 （P00830） ATP synthase subunit gamma, mitochondrial × 1 （P38077） ATP synthase subunit delta, mitochondrial × 1 （Q12165） ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial × 1 （P21306） PHOSPHATE ION × 5	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	ATP synthase subunit beta, mitochondrial × 3 （P00830） ATP synthase subunit gamma, mitochondrial × 1 （P38077） ATP synthase subunit delta, mitochondrial × 1 （Q12165） ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial × 1 （P21306） PHOSPHATE ION × 6	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	ATP synthase subunit beta, mitochondrial × 3 （P00830） ATP synthase subunit gamma, mitochondrial × 1 （P38077） ATP synthase subunit delta, mitochondrial × 1 （Q12165） ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial × 1 （P21306） PHOSPHATE ION × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ATPA_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–510； UniProt 36–545 作者链 B； PDB构建体 1–510； UniProt 36–545 作者链 C； PDB构建体 1–510； UniProt 36–545 作者链 J； PDB构建体 1–510； UniProt 36–545 作者链 K； PDB构建体 1–510； UniProt 36–545 作者链 L； PDB构建体 1–510； UniProt 36–545 作者链 S； PDB构建体 1–510； UniProt 36–545 作者链 T； PDB构建体 1–510； UniProt 36–545 作者链 U； PDB构建体 1–510； UniProt 36–545

ATP synthase subunit beta, mitochondrial

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P00830

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	ATP synthase subunit alpha, mitochondrial × 3 （P07251） ATP synthase subunit gamma, mitochondrial × 1 （P38077） ATP synthase subunit delta, mitochondrial × 1 （Q12165） ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial × 1 （P21306） PHOSPHATE ION × 5	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	ATP synthase subunit alpha, mitochondrial × 3 （P07251） ATP synthase subunit gamma, mitochondrial × 1 （P38077） ATP synthase subunit delta, mitochondrial × 1 （Q12165） ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial × 1 （P21306） PHOSPHATE ION × 6	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	ATP synthase subunit alpha, mitochondrial × 3 （P07251） ATP synthase subunit gamma, mitochondrial × 1 （P38077） ATP synthase subunit delta, mitochondrial × 1 （Q12165） ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial × 1 （P21306） PHOSPHATE ION × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ATPB_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 7–484； UniProt 34–511 作者链 E； PDB构建体 7–484； UniProt 34–511 作者链 F； PDB构建体 7–484； UniProt 34–511 作者链 M； PDB构建体 7–484； UniProt 34–511 作者链 N； PDB构建体 7–484； UniProt 34–511 作者链 O； PDB构建体 7–484； UniProt 34–511 作者链 V； PDB构建体 7–484； UniProt 34–511 作者链 W； PDB构建体 7–484； UniProt 34–511 作者链 X； PDB构建体 7–484； UniProt 34–511

ATP synthase subunit gamma, mitochondrial

物种未注明

UniProt P38077

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	ATP synthase subunit alpha, mitochondrial × 3 （P07251） ATP synthase subunit beta, mitochondrial × 3 （P00830） ATP synthase subunit delta, mitochondrial × 1 （Q12165） ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial × 1 （P21306） PHOSPHATE ION × 5	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	ATP synthase subunit alpha, mitochondrial × 3 （P07251） ATP synthase subunit beta, mitochondrial × 3 （P00830） ATP synthase subunit delta, mitochondrial × 1 （Q12165） ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial × 1 （P21306） PHOSPHATE ION × 6	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	ATP synthase subunit alpha, mitochondrial × 3 （P07251） ATP synthase subunit beta, mitochondrial × 3 （P00830） ATP synthase subunit delta, mitochondrial × 1 （Q12165） ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial × 1 （P21306） PHOSPHATE ION × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	ATPG_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–278； UniProt 34–311 作者链 P； PDB构建体 1–278； UniProt 34–311 作者链 Y； PDB构建体 1–278； UniProt 34–311

ATP synthase subunit delta, mitochondrial

物种未注明

UniProt Q12165

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	ATP synthase subunit alpha, mitochondrial × 3 （P07251） ATP synthase subunit beta, mitochondrial × 3 （P00830） ATP synthase subunit gamma, mitochondrial × 1 （P38077） ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial × 1 （P21306） PHOSPHATE ION × 5	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	ATP synthase subunit alpha, mitochondrial × 3 （P07251） ATP synthase subunit beta, mitochondrial × 3 （P00830） ATP synthase subunit gamma, mitochondrial × 1 （P38077） ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial × 1 （P21306） PHOSPHATE ION × 6	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	ATP synthase subunit alpha, mitochondrial × 3 （P07251） ATP synthase subunit beta, mitochondrial × 3 （P00830） ATP synthase subunit gamma, mitochondrial × 1 （P38077） ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial × 1 （P21306） PHOSPHATE ION × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	ATPD_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–138； UniProt 23–160 作者链 Q； PDB构建体 1–138； UniProt 23–160 作者链 Z； PDB构建体 1–138； UniProt 23–160

ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial

物种未注明

UniProt P21306

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	ATP synthase subunit alpha, mitochondrial × 3 （P07251） ATP synthase subunit beta, mitochondrial × 3 （P00830） ATP synthase subunit gamma, mitochondrial × 1 （P38077） ATP synthase subunit delta, mitochondrial × 1 （Q12165） PHOSPHATE ION × 5	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	ATP synthase subunit alpha, mitochondrial × 3 （P07251） ATP synthase subunit beta, mitochondrial × 3 （P00830） ATP synthase subunit gamma, mitochondrial × 1 （P38077） ATP synthase subunit delta, mitochondrial × 1 （Q12165） PHOSPHATE ION × 6	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	ATP synthase subunit alpha, mitochondrial × 3 （P07251） ATP synthase subunit beta, mitochondrial × 3 （P00830） ATP synthase subunit gamma, mitochondrial × 1 （P38077） ATP synthase subunit delta, mitochondrial × 1 （Q12165） PHOSPHATE ION × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ATP5E_YEAST
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 1； PDB构建体 1–61； UniProt 2–62 作者链 I； PDB构建体 1–61； UniProt 2–62 作者链 R； PDB构建体 1–61； UniProt 2–62

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3fks
沉积日期 deposition_date	2008-12-17
结构标题 title	Yeast F1 ATPase in the absence of bound nucleotides
关键词 keywords	;ATP synthase, ATP phosphatase, F1F0 ATPase, ATP synthesis, ATP-binding, CF(1), Hydrogen ion transport, Ion transport, Membrane, Mitochondrion, Mitochondrion inner membrane, Nucleotide-binding, Phosphoprotein, Transport, Hydrolase ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3fks__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3fks__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3fks__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	44.79 Å
Rg（电子密度）	43.96 Å
总 Rg	44.34 Å
原子数	24885
残基数	3282
排除体积	445210 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3fks__assembly_1__model_1`	nonameric （9）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3fks__assembly_2__model_1`	nonameric （9）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3fks__assembly_3__model_1`	nonameric （9）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ATP synthase subunit alpha, mitochondrial
分子量 formula_weight	55007.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.3.14
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	9

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,J,K,L,S,T,U
原子数 atom_count	71793

ASTKAQPTEVSSILEERIKGVSDEANLNETGRVLAVGDGIARVFGLNNIQAEELVEFSSGVKGMALNLEPGQVGIVLFGSDRLVKEGELVKRTGNIVDVPVGPGLLGRVVDALGNPIDGKGPIDAAGRSRAQVKAPGILPRRSVHEPVQTGLKAVDALVPIGRGQRELIIGDRQTGKTAVALDTILNQKRWNNGSDESKKLYCVYVAVGQKRSTVAQLVQTLEQHDAMKYSIIVAATASEAAPLQYLAPFTAASIGEWFRDNGKHALIVYDDLSKQAVAYRQLSLLLRRPPGREAYPGDVFYLHSRLLERAAKLSEKEGSGSLTALPVIETQGGDVSAYIPTNVISITDGQIFLEAELFYKGIRPAINVGLSVSRVGSAAQVKALKQVAGSLKLFLAQYREVAAFAQFGSDLDASTKQTLVRGERLTQLLKQNQYSPLATEEQVPLIYAGVNGHLDGIELSRIGEFESSFLSYLKSNHNELLTEIREKGELSKELLASLKSATESFVATF

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ATP synthase subunit beta, mitochondrial
分子量 formula_weight	52010.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.3.14
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	9

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F,M,N,O,V,W,X

ASHHHHHHAAQSTPITGKVTAVIGAIVDVHFEQSELPAILNALEIKTPQGKLVLEVAQHLGENTVRTIAMDGTEGLVRGEKVLDTGGPISVPVGRETLGRIINVIGEPIDERGPIKSKLRKPIHADPPSFAEQSTSAEILETGIKVVDLLAPYARGGKIGLFGGAGVGKTVFIQELINNIAKAHGGFSVFTGVGERTREGNDLYREMKETGVINLEGESKVALVFGQMNEPPGARARVALTGLTIAEYFRDEEGQDVLLFIDNIFRFTQAGSEVSALLGRIPSAVGYQPTLATDMGLLQERITTTKKGSVTSVQAVYVPADDLTDPAPATTFAHLDATTVLSRGISELGIYPAVDPLDSKSRLLDAAVVGQEHYDVASKVQETLQTYKSLQDIIAILGMDELSEQDKLTVERARKIQRFLSQPFAVAEVFTGIPGKLVRLKDTVASFKAVLEGKYDNIPEHAFYMVGGIEDVVAKAEKLAAEAN

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	ATP synthase subunit gamma, mitochondrial
分子量 formula_weight	30657.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.3.14
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,P,Y

ATLKEVEMRLKSIKNIEKITKTMKIVASTRLSKAEKAKISAKKMDEAEQLFYKNAETKNLDVEATETGAPKELIVAITSDKGLCGSIHSQLAKAVRRHLNDQPNADIVTIGDKIKMQLLRTHPNNIKLSINGIGKDAPTFQESALIADKLLSVMKAGTYPKISIFYNDPVSSLSFEPSEKPIFNAKTIEQSPSFGKFEIDTDANVPRDLFEYTLANQMLTAMAQGYAAEISARRNAMDNASKNAGDMINRYSILYNRTRQAVITNELVDIITGASSLG

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	ATP synthase subunit delta, mitochondrial
分子量 formula_weight	14565.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.3.14
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,Q,Z

AEAAAASSGLKLQFALPHETLYSGSEVTQVNLPAKSGRIGVLANHVPTVEQLLPGVVEVMEGSNSKKFFISGGFATVQPDSQLCVTAIEAFPLESFSQENIKNLLAEAKKNVSSSDAREAAEAAIQVEVLENLQSVLK

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial
分子量 formula_weight	6618.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.3.14
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,R,1

SAWRKAGISYAAYLNVAAQAIRSSLKTELQTASVLNRSQTDAFYTQYKNGTAASEPTPITK

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	15

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 62 domains

CATH v4.4 (62 domains)

结构域编号 domain_id	3fksA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	3fksA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3fksA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	150 — Lysin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — ATP synthase alpha/beta chain, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	3fksB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	3fksB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3fksB03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	150 — Lysin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — ATP synthase alpha/beta chain, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	3fksC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	3fksC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3fksC03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	150 — Lysin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — ATP synthase alpha/beta chain, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	3fksD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	3fksD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3fksD03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1140 — Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3

结构域编号 domain_id	3fksE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	3fksE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3fksE03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1140 — Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3

结构域编号 domain_id	3fksF01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	3fksF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3fksF03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1140 — Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3

结构域编号 domain_id	3fksG01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — ATP synthase, gamma subunit, helix hairpin domain

结构域编号 domain_id	3fksG02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1380 — Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ATP synthase, F1 complex, gamma subunit

结构域编号 domain_id	3fksH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	15 — ATP Synthase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F0F1 ATP synthase delta/epsilon subunit, N-terminal

结构域编号 domain_id	3fksI00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1620 — Atp Synthase Epsilon Chain; Chain: I;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — ATP synthase, F1 complex, epsilon subunit superfamily, mitochondrial

结构域编号 domain_id	3fksJ01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	3fksJ02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3fksJ03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	150 — Lysin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — ATP synthase alpha/beta chain, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	3fksK01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	3fksK02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3fksK03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	150 — Lysin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — ATP synthase alpha/beta chain, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	3fksL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	3fksL02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3fksL03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	150 — Lysin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — ATP synthase alpha/beta chain, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	3fksM01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	3fksM02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3fksM03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1140 — Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3

结构域编号 domain_id	3fksN01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	3fksN02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3fksN03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1140 — Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3

结构域编号 domain_id	3fksO01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	3fksO02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3fksO03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1140 — Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3

结构域编号 domain_id	3fksP01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — ATP synthase, gamma subunit, helix hairpin domain

结构域编号 domain_id	3fksP02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1380 — Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ATP synthase, F1 complex, gamma subunit

结构域编号 domain_id	3fksS01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	3fksS02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3fksS03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	150 — Lysin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — ATP synthase alpha/beta chain, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	3fksT01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	3fksT02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3fksT03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	150 — Lysin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — ATP synthase alpha/beta chain, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	3fksU01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	3fksU02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3fksU03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	150 — Lysin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — ATP synthase alpha/beta chain, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	3fksV01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	3fksV02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3fksV03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1140 — Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3

结构域编号 domain_id	3fksW01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	3fksW02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3fksW03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1140 — Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3

结构域编号 domain_id	3fksX01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	3fksX02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3fksX03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1140 — Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3

结构域编号 domain_id	3fksY01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — ATP synthase, gamma subunit, helix hairpin domain

结构域编号 domain_id	3fksY02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1380 — Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ATP synthase, F1 complex, gamma subunit

▶

晶胞边长 a length_a	111.934 Å
晶胞边长 b length_b	290.487 Å
晶胞边长 c length_c	188.700 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	101.75 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.587 Å
最低分辨率 resolution_low	33.203 Å
R 因子 r_factor	0.2435
R_work r_work	0.2422
R_free r_free	0.3062

Yeast F1 ATPase in the absence of bound nucleotides

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP synthase subunit alpha, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ATP synthase subunit beta, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ATP synthase subunit gamma, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ATP synthase subunit delta, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3fks__assembly_1__model_1

3fks__assembly_1__model_1 | I(q)

3fks__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 62 domains

CATH v4.4 (62 domains)

7. 引用文献 (1)