3fwc

Sac3:Sus1:Cdc31 complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 229.5 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cell division control protein 31

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P06704

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–161 未记录 Nuclear mRNA export protein SAC3 × 1 (P46674) Protein SUS1 × 2 (Q6WNK7) SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;291 K;unbuffered 16% PEG4K, 20% glycerol, 0.2 M Am sulph. See publication for complete details, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K 分辨率 2.70 Å R-free 0.265
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–161 未记录 Nuclear mRNA export protein SAC3 × 1 (P46674) Protein SUS1 × 2 (Q6WNK7) SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;291 K;unbuffered 16% PEG4K, 20% glycerol, 0.2 M Am sulph. See publication for complete details, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K 分辨率 2.70 Å R-free 0.265
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 1–161 未记录 Nuclear mRNA export protein SAC3 × 1 (P46674) Protein SUS1 × 2 (Q6WNK7) SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;291 K;unbuffered 16% PEG4K, 20% glycerol, 0.2 M Am sulph. See publication for complete details, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K 分辨率 2.70 Å R-free 0.265
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 M; UniProt 1–161 未记录 Nuclear mRNA export protein SAC3 × 1 (P46674) Protein SUS1 × 2 (Q6WNK7) SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;291 K;unbuffered 16% PEG4K, 20% glycerol, 0.2 M Am sulph. See publication for complete details, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K 分辨率 2.70 Å R-free 0.265

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CDC31_YEAST
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–161; UniProt 1–161 作者链 E; PDB构建体 1–161; UniProt 1–161 作者链 I; PDB构建体 1–161; UniProt 1–161 作者链 M; PDB构建体 1–161; UniProt 1–161

Nuclear mRNA export protein SAC3

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P46674

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 723–805 片段:residues 723-805 Cell division control protein 31 × 1 (P06704) Protein SUS1 × 2 (Q6WNK7) SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;291 K;unbuffered 16% PEG4K, 20% glycerol, 0.2 M Am sulph. See publication for complete details, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K 分辨率 2.70 Å R-free 0.265
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 723–805 片段:residues 723-805 Cell division control protein 31 × 1 (P06704) Protein SUS1 × 2 (Q6WNK7) SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;291 K;unbuffered 16% PEG4K, 20% glycerol, 0.2 M Am sulph. See publication for complete details, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K 分辨率 2.70 Å R-free 0.265
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 J; UniProt 723–805 片段:residues 723-805 Cell division control protein 31 × 1 (P06704) Protein SUS1 × 2 (Q6WNK7) SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;291 K;unbuffered 16% PEG4K, 20% glycerol, 0.2 M Am sulph. See publication for complete details, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K 分辨率 2.70 Å R-free 0.265
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 N; UniProt 723–805 片段:residues 723-805 Cell division control protein 31 × 1 (P06704) Protein SUS1 × 2 (Q6WNK7) SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;291 K;unbuffered 16% PEG4K, 20% glycerol, 0.2 M Am sulph. See publication for complete details, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K 分辨率 2.70 Å R-free 0.265

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 8 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SAC3_YEAST
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 3–85; UniProt 723–805 作者链 F; PDB构建体 3–85; UniProt 723–805 作者链 J; PDB构建体 3–85; UniProt 723–805 作者链 N; PDB构建体 3–85; UniProt 723–805

Protein SUS1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q6WNK7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–96 链 D; UniProt 1–96 未记录 Cell division control protein 31 × 1 (P06704) Nuclear mRNA export protein SAC3 × 1 (P46674) SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;291 K;unbuffered 16% PEG4K, 20% glycerol, 0.2 M Am sulph. See publication for complete details, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K 分辨率 2.70 Å R-free 0.265
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–96 链 H; UniProt 1–96 未记录 Cell division control protein 31 × 1 (P06704) Nuclear mRNA export protein SAC3 × 1 (P46674) SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;291 K;unbuffered 16% PEG4K, 20% glycerol, 0.2 M Am sulph. See publication for complete details, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K 分辨率 2.70 Å R-free 0.265
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 K; UniProt 1–96 链 L; UniProt 1–96 未记录 Cell division control protein 31 × 1 (P06704) Nuclear mRNA export protein SAC3 × 1 (P46674) SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;291 K;unbuffered 16% PEG4K, 20% glycerol, 0.2 M Am sulph. See publication for complete details, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K 分辨率 2.70 Å R-free 0.265
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 O; UniProt 1–96 链 P; UniProt 1–96 未记录 Cell division control protein 31 × 1 (P06704) Nuclear mRNA export protein SAC3 × 1 (P46674) SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;291 K;unbuffered 16% PEG4K, 20% glycerol, 0.2 M Am sulph. See publication for complete details, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K 分辨率 2.70 Å R-free 0.265

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 15 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SUS1_YEAST
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–96; UniProt 1–96 作者链 D; PDB构建体 1–96; UniProt 1–96 作者链 G; PDB构建体 1–96; UniProt 1–96 作者链 H; PDB构建体 1–96; UniProt 1–96 作者链 K; PDB构建体 1–96; UniProt 1–96 作者链 L; PDB构建体 1–96; UniProt 1–96 作者链 O; PDB构建体 1–96; UniProt 1–96 作者链 P; PDB构建体 1–96; UniProt 1–96

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3fwc

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3fwc
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3fwc
沉积日期 deposition_date2009-01-17
结构标题 titleSac3:Sus1:Cdc31 complex
关键词 keywords;gene gating, complex, Calcium, Cell cycle, Cell division, Mitosis, mRNA transport, Nuclear pore complex, Nucleus, Phosphoprotein, Protein transport, Translocation, Transport, Acetylation, Transcription, Transcription regulation ;; cell cycle, transcription
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier55.55
回转半径 Rg (电子) rg_electron56.62
零角强度 I(0) i0530030000.00
分子量 molecular_weight190470.0 kDa
排除体积 excluded_volume238700 ų
包络体积 envelope_volume411210 ų
水化壳体积 shell_volume67150 ų
包络直径 envelope_diameter246.1
壳层 Rg shell_rg51.89
包络 Rg envelope_rg56.32
形状 Rg shape_rg56.59
总 Rg total_rg56.53
总原子数 total_atoms13388
残基数 n_residues1626
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax229.5
Rg (实空间) rg_real56.35
Rg 误差 (实空间) rg_real_error3.43
I(0) (实空间) i0_real5.3000e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2220e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal54.92
I(0) (倒空间) i0_reciprocal528900000.0000
解质量估计 total_estimate0.7307
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary57.4
偏度 Skewness skewness0.856
峰度 Kurtosis kurtosis0.800
角度范围 angular_range— – 0.1400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha36760000.0000
实空间数据点数 n_real_points29
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.262; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.761; Smooth: 0.949

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_idd3fwca_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamilya.39.1 — EF-hand
家族 Family familya.39.1.5 — Calmodulin-like
结构域编号 domain_idd3fwcc_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.301 — Sus1-like
超家族 Superfamily superfamilya.301.1 — Sus1-like
家族 Family familya.301.1.1 — Sus1-like
结构域编号 domain_idd3fwcd_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.301 — Sus1-like
超家族 Superfamily superfamilya.301.1 — Sus1-like
家族 Family familya.301.1.1 — Sus1-like
结构域编号 domain_idd3fwce_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamilya.39.1 — EF-hand
家族 Family familya.39.1.5 — Calmodulin-like
结构域编号 domain_idd3fwcg_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.301 — Sus1-like
超家族 Superfamily superfamilya.301.1 — Sus1-like
家族 Family familya.301.1.1 — Sus1-like
结构域编号 domain_idd3fwch_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.301 — Sus1-like
超家族 Superfamily superfamilya.301.1 — Sus1-like
家族 Family familya.301.1.1 — Sus1-like
结构域编号 domain_idd3fwci_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamilya.39.1 — EF-hand
家族 Family familya.39.1.5 — Calmodulin-like
结构域编号 domain_idd3fwck_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.301 — Sus1-like
超家族 Superfamily superfamilya.301.1 — Sus1-like
家族 Family familya.301.1.1 — Sus1-like
结构域编号 domain_idd3fwcl_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.301 — Sus1-like
超家族 Superfamily superfamilya.301.1 — Sus1-like
家族 Family familya.301.1.1 — Sus1-like
结构域编号 domain_idd3fwcm_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamilya.39.1 — EF-hand
家族 Family familya.39.1.5 — Calmodulin-like
结构域编号 domain_idd3fwco_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.301 — Sus1-like
超家族 Superfamily superfamilya.301.1 — Sus1-like
家族 Family familya.301.1.1 — Sus1-like
结构域编号 domain_idd3fwcp_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.301 — Sus1-like
超家族 Superfamily superfamilya.301.1 — Sus1-like
家族 Family familya.301.1.1 — Sus1-like

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id3fwcA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand
结构域编号 domain_id3fwcB00
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2880
结构域编号 domain_id3fwcC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 — ENY2/SUS1
结构域编号 domain_id3fwcD00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 — ENY2/SUS1
结构域编号 domain_id3fwcE01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand
结构域编号 domain_id3fwcF00
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2880
结构域编号 domain_id3fwcG00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 — ENY2/SUS1
结构域编号 domain_id3fwcH00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 — ENY2/SUS1
结构域编号 domain_id3fwcI01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand
结构域编号 domain_id3fwcJ00
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2880
结构域编号 domain_id3fwcK00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 — ENY2/SUS1
结构域编号 domain_id3fwcL00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 — ENY2/SUS1
结构域编号 domain_id3fwcM01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand
结构域编号 domain_id3fwcN00
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2880
结构域编号 domain_id3fwcO00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 — ENY2/SUS1
结构域编号 domain_id3fwcP00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 — ENY2/SUS1

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)