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3h56

Met150Leu/Phe312Cys variant of nitrite reductase from Alcaligenes faecalis

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 76.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Copper-containing nitrite reductase

Alcaligenes faecalis

UniProt P38501

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 40–375 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CU COPPER (II) ION × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；298 K；pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K 分辨率 1.50 Å R-free 0.204

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3H56 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1AQ8 STRUCTURE OF ALCALIGENES FAECALIS NITRITE REDUCTASE REDUCED WITH ASCORBATE 提交 1997-08-07 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 34–376（343 aa）
链 B 34–376（343 aa）
链 C 34–376（343 aa）
未记录 CU COPPER (II) ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.5；10% PEG4000, 0.1 SODIUM ACETATE PH 4.5
分辨率 2.00 Å
1AS6 STRUCTURE OF NITRITE BOUND TO OXIDIZED ALCALIGENES FAECALIS NITRITE REDUCTASE AT CRYO TEMPERATURE 提交 1997-08-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 34–376（343 aa）
链 B 34–376（343 aa）
链 C 34–376（343 aa）
未记录 CU COPPER (II) ION × 6 NO2 NITRITE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.5；10% PEG4000, 0.1 SODIUM ACETATE PH 4.5
分辨率 1.80 Å
1AS7 STRUCTURE OF ALCALIGENES FAECALIS NITRITE REDUCTASE AT CRYO TEMPERATURE 提交 1997-08-13 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 34–376（343 aa）
链 B 34–376（343 aa）
链 C 34–376（343 aa）
未记录 CU COPPER (II) ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.5；10% PEG4000, 0.1 SODIUM ACETATE PH 4.5
分辨率 2.00 Å
1AS8 STRUCTURE OF NITRITE BOUND TO REDUCED ALCALIGENES FAECALIS NITRITE REDUCTASE AT CRYO TEMPERATURE 提交 1997-08-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 34–376（343 aa）
链 B 34–376（343 aa）
链 C 34–376（343 aa）
未记录 CU COPPER (II) ION × 6 NO2 NITRITE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.5；10% PEG4000, 0.1 SODIUM ACETATE PH 4.5
分辨率 1.85 Å
1ET5 CRYSTAL STRUCTURE OF NITRITE REDUCTASE ASP98ASN MUTANT FROM ALCALIGENES FAECALIS S-6 提交 2000-04-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 40–376（337 aa） 片段：40 - 376
突变：D98N CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；298 K；sodium cacodylate, zinc acetate, PEG 4000, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 1.90 Å R-free 0.214
1ET7 CRYSTAL STRUCTURE OF NITRITE REDUCTASE HIS255ASP MUTANT FROM ALCALIGENES FAECALIS S-6 提交 2000-04-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 40–376（337 aa） 片段：40 - 376
突变：H255D CU COPPER (II) ION × 6 CD CADMIUM ION × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；298 K；PEG 6000 sodium cacodylate, cadmium acetate, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 1.70 Å R-free 0.210
1ET8 CRYSTAL STRUCTURE OF NITRITE REDUCTASE HIS255ASN MUTANT FROM ALCALIGENES FAECALIS 提交 2000-04-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 40–376（337 aa） 片段：40 - 376
突变：H255N CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；298 K；PEG 8000, sodium cacodylate, zinc acetate, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 1.80 Å R-free 0.212
1J9Q Crystal structure of nitrite soaked oxidized D98N AFNIR 提交 2001-05-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 40–376（337 aa） 片段：Residues 40-376
链 B 40–376（337 aa） 片段：Residues 40-376
链 C 40–376（337 aa） 片段：Residues 40-376
突变：D98N 突变：D98N 突变：D98N CU COPPER (II) ION × 6 NO2 NITRITE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；PEG 6000, sodium acetate, sodium nitrite, copper chloride, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.65 Å R-free 0.210
1J9R Crystal structure of nitrite soaked reduced D98N AFNIR 提交 2001-05-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 40–376（337 aa） 片段：RESIDUES 40-376
链 B 40–376（337 aa） 片段：RESIDUES 40-376
链 C 40–376（337 aa） 片段：RESIDUES 40-376
突变：D98N 突变：D98N 突变：D98N CU COPPER (II) ION × 9 NO2 NITRITE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；PEG 6000, sodium acetate, sodium nitrite, copper chloride, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.225
1J9S Crystal structure of nitrite soaked oxidized H255N AFNIR 提交 2001-05-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 40–376（337 aa） 片段：RESIDUES 40-376
链 B 40–376（337 aa） 片段：RESIDUES 40-376
链 C 40–376（337 aa） 片段：RESIDUES 40-376
突变：H255N 突变：H255N 突变：H255N CU COPPER (II) ION × 6 NO2 NITRITE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；PEG 6000, sodium acetate, copper chloride, sodium nitrite, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.90 Å R-free 0.204
1J9T Crystal structure of nitrite soaked reduced H255N AFNIR 提交 2001-05-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 40–376（337 aa） 片段：RESIDUES 40-376
链 B 40–376（337 aa） 片段：RESIDUES 40-376
链 C 40–376（337 aa） 片段：RESIDUES 40-376
突变：H255N 突变：H255N 突变：H255N CU COPPER (II) ION × 9 NO2 NITRITE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；PEG 6000, sodium acetate, sodium nitrite, copper chloride, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.95 Å R-free 0.218
1L9O CRYSTAL STRUCTURE OF NITRITE SOAKED I257A VARIANT OF THE COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE FROM ALCALIGENES FAECALIS 提交 2002-03-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 40–376（337 aa） 片段：RESIDUES 40-376
链 B 40–376（337 aa） 片段：RESIDUES 40-376
链 C 40–376（337 aa） 片段：RESIDUES 40-376
突变：I257A 突变：I257A 突变：I257A CU COPPER (II) ION × 6 NO2 NITRITE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；298 K；sodium acetate peg 4000, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.70 Å R-free 0.192
1L9P CRYSTAL STRUCTURE OF NITRITE SOAKED I257G VARIANT OF THE COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE FROM ALCALIGENES FAECALIES S-6 提交 2002-03-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 40–376（337 aa） 片段：RESIDUES 40-376
链 B 40–376（337 aa） 片段：RESIDUES 40-376
链 C 40–376（337 aa） 片段：RESIDUES 40-376
突变：I257G 突变：I257G 突变：I257G CU COPPER (II) ION × 6 NO2 NITRITE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；298 K；acetate peg 4000, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.75 Å R-free 0.194
1L9Q CRYSTAL STRUCTURE OF THE I257L VARIANT OF THE COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE FROM ALCALIGENES FAECALIS S-6 提交 2002-03-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 40–376（337 aa） 片段：RESIDUES 40-376
链 B 40–376（337 aa） 片段：RESIDUES 40-376
链 C 40–376（337 aa） 片段：RESIDUES 40-376
突变：I257L 突变：I257L 突变：I257L CU COPPER (II) ION × 6 NO2 NITRITE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；298 K；acetate peg 4000, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.70 Å R-free 0.188
1L9R CRYSTAL STRUCTURE OF THE I257M VARIANT OF THE COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE FROM ALCALIGENES FAECALIS S-6 提交 2002-03-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 40–376（337 aa） 片段：RESIDUES 40-376
链 B 40–376（337 aa） 片段：RESIDUES 40-376
链 C 40–376（337 aa） 片段：RESIDUES 40-376
突变：I257M 突变：I257M 突变：I257M CU COPPER (II) ION × 6 NO2 NITRITE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；298 K；acetate peg 4000, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.78 Å R-free 0.197
1L9S CRYSTAL STRUCTURE OF THE I257T VARIANT OF THE COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE FROM ALCALIGENES FAECALIS S-6 提交 2002-03-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 40–376（337 aa） 片段：RESIDUES 40-376
链 B 40–376（337 aa） 片段：RESIDUES 40-376
链 C 40–376（337 aa） 片段：RESIDUES 40-376
突变：I257T 突变：I257T 突变：I257T CU COPPER (II) ION × 6 NO2 NITRITE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；298 K；acetate peg 4000, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.78 Å R-free 0.197
1L9T CRYSTAL STRUCTURE OF THE I257V VARIANT OF THE COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE FROM ALCALIGENES FAECALIS S-6 提交 2002-03-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 40–376（337 aa） 片段：RESIDUES 40-376
链 B 40–376（337 aa） 片段：RESIDUES 40-376
链 C 40–376（337 aa） 片段：RESIDUES 40-376
突变：I257V 突变：I257V 突变：I257V CU COPPER (II) ION × 6 NO2 NITRITE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；298 K；acetate peg 4000, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.75 Å R-free 0.208
1NPJ Crystal structure of H145A mutant of nitrite reductase from Alcaligenes faecalis 提交 2003-01-18 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 34–376（343 aa）
链 B 34–376（343 aa）
链 C 34–376（343 aa）
突变：H145A 突变：H145A 突变：H145A CU COPPER (II) ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；300 K；PEG 8000, sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K
分辨率 1.90 Å R-free 0.225
1NPN Crystal structure of a copper reconstituted H145A mutant of nitrite reductase from Alcaligenes faecalis 提交 2003-01-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 34–376（343 aa）
链 B 34–376（343 aa）
链 C 34–376（343 aa）
突变：H145A 突变：H145A 突变：H145A CU COPPER (II) ION × 6 CL CHLORIDE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；300 K；PEG 8000, sodium acetate , pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K
分辨率 1.80 Å R-free 0.195
1NTD STRUCTURE OF ALCALIGENES FAECALIS NITRITE REDUCTASE MUTANT M150E THAT CONTAINS ZINC 提交 1995-07-03 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 34–376（343 aa）
突变：M150E CU COPPER (II) ION × 6 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.30 Å R-free 0.232
1SJM Nitrite bound copper containing nitrite reductase 提交 2004-03-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 40–376（337 aa）
链 B 40–376（337 aa）
链 C 40–376（337 aa）
未记录 CU COPPER (II) ION × 6 NO2 NITRITE ION × 3 ACT ACETATE ION × 5 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；PEG 4000, sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 321K
分辨率 1.40 Å R-free 0.138
1SNR Nitric oxide bound to Cu nitrite reductase 提交 2004-03-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 40–376（337 aa）
链 B 40–376（337 aa）
链 C 40–376（337 aa）
未记录 CU1 COPPER (I) ION × 3 CU COPPER (II) ION × 3 ACT ACETATE ION × 8 NO NITRIC OXIDE × 3 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；291 K；PEG4000, sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K, pH 4.0
分辨率 1.31 Å R-free 0.141
1ZDQ Crystal Structure of Met150Gly AfNiR with Methylsulfanyl Methane Bound 提交 2005-04-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 40–375（336 aa）
链 B 40–375（336 aa）
链 C 40–375（336 aa）
突变：M150G 突变：M150G 突变：M150G CU COPPER (II) ION × 6 MSM (METHYLSULFANYL)METHANE × 3 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.80 Å R-free 0.199
1ZDS Crystal Structure of Met150Gly AfNiR with Acetamide Bound 提交 2005-04-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 40–375（336 aa）
链 B 40–375（336 aa）
链 C 40–375（336 aa）
突变：M150G 突变：M150G 突变：M150G CU COPPER (II) ION × 6 ACM ACETAMIDE × 6 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.55 Å R-free 0.214
2AFN STRUCTURE OF ALCALIGENES FAECALIS NITRITE REDUCTASE AND A COPPER SITE MUTANT, M150E, THAT CONTAINS ZINC 提交 1995-07-03 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 34–376（343 aa）
链 B 34–376（343 aa）
链 C 34–376（343 aa）
未记录 CU COPPER (II) ION × 6 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.00 Å R-free 0.223
2B08 Reduced acetamide-bound M150G Nitrite Reductase from Alcaligenes faecalis 提交 2005-09-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 37–376（340 aa）
链 B 37–376（340 aa）
链 C 37–376（340 aa）
突变：M150G 突变：M150G 突变：M150G CU1 COPPER (I) ION × 9 ACM ACETAMIDE × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.90 Å R-free 0.220
2E86 Azide bound to copper containing nitrite reductase from A. faecalis S-6 提交 2007-01-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 40–376（337 aa） 片段：residues 4-340
链 B 40–376（337 aa） 片段：residues 4-340
链 C 40–376（337 aa） 片段：residues 4-340
未记录 CU1 COPPER (I) ION × 3 CU COPPER (II) ION × 3 ACT ACETATE ION × 10 AZI AZIDE ION × 3 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；6-8 % PEG 4000, 0.1M sodium acetate buffer pH 4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.50 Å R-free 0.179
2FJS Crystal Structure of Anaerobically Reduced Wild Type Nitrite Reductase from A. faecalis 提交 2006-01-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 40–376（337 aa）
链 B 40–376（337 aa）
链 C 40–376（337 aa）
未记录 CU1 COPPER (I) ION × 3 CU COPPER (II) ION × 3 ACT ACETATE ION × 10 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；8-10% PEG 4000, 0.1 M NaOAC, pH 4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.85 Å R-free 0.180
2P80 Solution structure of the complex between nitrite reductase and pseudoazurin from A. faecalis 提交 2007-03-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 40–376（337 aa）
链 B 40–376（337 aa）
链 C 40–376（337 aa）
未记录 CU COPPER (II) ION × 7 GD GADOLINIUM ATOM × 9 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM phosphate；压力 1
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM phosphate；压力 1
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM phosphate；压力 1
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM phosphate；压力 1
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM phosphate；压力 1
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM phosphate；压力 1
NMR样品组成 250 mM 15N, 2H pseudoazurin in complex with nitrite reductase -bound GdCLaNP at position 221/223 (0.38 eq), in 50 mM phosphate buffer, H2O, 6% (v/v) D2O | H2O, 6% (v/v) D2O
NMR样品组成 250 mM 15N, 2H pseudoazurin in complex with nitrite reductase -bound YCLaNP at position 221/223 (0.38 eq), in 50 mM phosphate buffer, H2O, 6% (v/v) D2O | H2O, 6% (v/v) D2O
NMR样品组成 250 mM 15N, 2H pseudoazurin in complex with nitrite reductase -bound GdCLaNP at position 234/236 (0.32 eq), in 50 mM phosphate buffer, H2O, 6% (v/v) D2O | H2O, 6% (v/v) D2O
NMR样品组成 250 mM 15N, 2H pseudoazurin in complex with nitrite reductase -bound YCLaNP at position 234/236 (0.32 eq), in 50 mM phosphate buffer, H2O, 6% (v/v) D2O | H2O, 6% (v/v) D2O
NMR样品组成 250 mM 15N, 2H pseudoazurin in complex with nitrite reductase -bound GdCLaNP at position 333/336 (0.53 eq), in 50 mM phosphate buffer, H2O, 6% (v/v) D2O | H2O, 6% (v/v) D2O
NMR样品组成 250 mM 15N, 2H pseudoazurin in complex with nitrite reductase -bound YCLaNP at position 333/336 (0.53 eq), in 50 mM phosphate buffer, H2O, 6% (v/v) D2O | H2O, 6% (v/v) D2O
分辨率未提供
2PP7 Crystal structure of anaerobically manipulated wild type oxidized AfNiR (acetate bound) 提交 2007-04-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 40–376（337 aa）
链 B 40–376（337 aa）
链 C 40–376（337 aa）
未记录 CU1 COPPER (I) ION × 3 CU COPPER (II) ION × 3 ACT ACETATE ION × 13 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；6-11% PEG 4000, 100mM sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.65 Å R-free 0.180
2PP8 Formate bound to oxidized wild type AfNiR 提交 2007-04-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 40–376（337 aa）
链 B 40–376（337 aa）
链 C 40–376（337 aa）
未记录 CU1 COPPER (I) ION × 3 CU COPPER (II) ION × 3 ACT ACETATE ION × 8 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 FMT FORMIC ACID × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；6-11% PEG 4000, 100mM sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.50 Å R-free 0.201
2PP9 Nitrate bound wild type oxidized AfNiR 提交 2007-04-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 40–376（337 aa）
链 B 40–376（337 aa）
链 C 40–376（337 aa）
未记录 CU1 COPPER (I) ION × 3 CU COPPER (II) ION × 3 NO3 NITRATE ION × 3 ACT ACETATE ION × 8 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；6-11% PEG 4000, 100mM sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.80 Å R-free 0.195
2PPA Anaerobically manipulated wild type oxidized AfNiR bound to nitrous oxide 提交 2007-04-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 40–376（337 aa）
链 B 40–376（337 aa）
链 C 40–376（337 aa）
未记录 CU1 COPPER (I) ION × 3 CU COPPER (II) ION × 3 ACT ACETATE ION × 10 N2O NITROUS OXIDE × 2 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；6-11% PEG 4000, 100mM sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.69 Å R-free 0.224
2PPC Oxidized wild type AfNiR exposed to NO (nitrite bound) 提交 2007-04-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 40–376（337 aa）
链 B 40–376（337 aa）
链 C 40–376（337 aa）
未记录 CU1 COPPER (I) ION × 3 CU COPPER (II) ION × 3 NO2 NITRITE ION × 3 ACT ACETATE ION × 10 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；6-11% PEG 4000, 100mM sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.58 Å R-free 0.182
2PPD Oxidized H145A mutant of AfNiR bound to nitric oxide 提交 2007-04-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 34–376（343 aa）
链 B 34–376（343 aa）
链 C 34–376（343 aa）
突变：H145A 突变：H145A 突变：H145A CU1 COPPER (I) ION × 3 CU COPPER (II) ION × 3 NO NITRIC OXIDE × 2 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；298 K；6-11% polyethylene glycol 6000, 0.1 M ammonium sulfate and 0.01 M sodium acetate buffer, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.80 Å R-free 0.212
2PPE Reduced H145A mutant of AfNiR exposed to NO 提交 2007-04-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 34–376（343 aa）
链 B 34–376（343 aa）
链 C 34–376（343 aa）
突变：H145A 突变：H145A 突变：H145A CU1 COPPER (I) ION × 3 CU COPPER (II) ION × 3 ACT ACETATE ION × 2 NO NITRIC OXIDE × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；298 K；6-11% polyethylene glycol 6000, 0.1 M ammonium sulfate and 0.01 M sodium acetate buffer, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.75 Å R-free 0.196
2PPF Reduced mutant D98N of AfNiR exposed to nitric oxide 提交 2007-04-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 40–376（337 aa）
链 B 40–376（337 aa）
链 C 40–376（337 aa）
突变：D98N 突变：D98N 突变：D98N CU1 COPPER (I) ION × 5 CU COPPER (II) ION × 3 ACT ACETATE ION × 8 NO NITRIC OXIDE × 4 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；7-12% polyethylene glycol 4000, 75 mM acetamide and 10 mM sodium acetate buffer, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.65 Å R-free 0.170
3H4F Met62Leu variant of nitrite reductase from Alcaligenes faeclis 提交 2009-04-19 构建体不同 突变/修饰不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 40–375（336 aa）
链 B 40–375（336 aa）
链 C 40–375（336 aa）
突变：Met62Leu 突变：Met62Leu 突变：Met62Leu CU COPPER (II) ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；298 K；pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.10 Å R-free 0.227
3H4H Met94Thr/Phe312Cys variant of nitrite reductase from Alcaligenes faecalis 提交 2009-04-20 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 41–375（335 aa）
链 B 41–375（335 aa）
链 C 41–375（335 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CU COPPER (II) ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；298 K；pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.60 Å R-free 0.226
4YSC Completely oxidized structure of copper nitrite reductase from Alcaligenes faecalis 提交 2015-03-17 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 40–376（337 aa） 片段：UNP residues 40-376
链 B 40–376（337 aa） 片段：UNP residues 40-376
链 C 40–376（337 aa） 片段：UNP residues 40-376
未记录 CU COPPER (II) ION × 6 CL CHLORIDE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；293 K；100 mM sodium acetate pH 4.0, 10% PEG 4000
分辨率 2.03 Å R-free 0.203
4YSE High resolution synchrotron structure of copper nitrite reductase from Alcaligenes faecalis 提交 2015-03-17 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 40–376（337 aa） 片段：UNP residues 40-376
链 B 40–376（337 aa） 片段：UNP residues 40-376
链 C 40–376（337 aa） 片段：UNP residues 40-376
未记录 CU COPPER (II) ION × 6 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 6 ACY ACETIC ACID × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；293 K；100mM sodium acetate, pH 4, 8% PEG4000
分辨率 1.20 Å R-free 0.168
5D4H High-resolution nitrite complex of a copper nitrite reductase determined by synchrotron radiation crystallography 提交 2015-08-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 40–376（337 aa） 片段：UNP residue 40-376
链 B 40–376（337 aa） 片段：UNP residue 40-376
链 C 40–376（337 aa） 片段：UNP residue 40-376
未记录 CU COPPER (II) ION × 6 NO2 NITRITE ION × 3 GOL GLYCEROL × 22 ACY ACETIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.1；293 K；100mM sodium acetate (pH 4.1) and 7% PEG 4000
分辨率 1.30 Å R-free 0.165
5D4I Intact nitrite complex of a copper nitrite reductase determined by serial femtosecond crystallography 提交 2015-08-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 40–376（337 aa） 片段：UNP residues 40-376
链 B 40–376（337 aa） 片段：UNP residues 40-376
链 C 40–376（337 aa） 片段：UNP residues 40-376
未记录 CU COPPER (II) ION × 6 NO2 NITRITE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 4；293 K；100mM sodium acetate (pH 4.0) and 12% PEG 4000
分辨率 1.60 Å R-free 0.196
5D4J Chloride-bound form of a copper nitrite reductase from Alcaligenes faecals 提交 2015-08-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 40–376（337 aa） 片段：UNP residues 40-376
链 B 40–376（337 aa） 片段：UNP residues 40-376
链 C 40–376（337 aa） 片段：UNP residues 40-376
未记录 CU COPPER (II) ION × 6 CL CHLORIDE ION × 3 GOL GLYCEROL × 10 ACY ACETIC ACID × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.1；293 K；1:1 mixture of the purified protein solution (40 mg/ml) and a reservoir solution composed of 100 mM sodium acetate (pH 4.1) and 7% PEG 4000
分辨率 2.00 Å R-free 0.232
5F7A Nitrite complex structure of copper nitrite reductase from Alcaligenes faecalis determined at 293 K 提交 2015-12-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 40–376（337 aa）
链 B 40–376（337 aa）
链 C 40–376（337 aa）
未记录 CU COPPER (II) ION × 6 NO2 NITRITE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.1；293 K；100 mM sodium acetate, 7% PEG 4000
分辨率 1.54 Å R-free 0.180
5F7B Resting state structure of CuNiR form Alcaligenes faecalis determined at 293 K 提交 2015-12-07 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 40–376（337 aa）
链 B 40–376（337 aa）
链 C 40–376（337 aa）
未记录 CU COPPER (II) ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.1；293 K；100 mM sodium acetate, 7% PEG 4000
分辨率 1.56 Å R-free 0.177

共 46 个其他 PDB 条目、46 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NIR_ALCFA
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–336； UniProt 40–375

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3h56

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3h56
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3h56
沉积日期 deposition_date2009-04-21
结构标题 titleMet150Leu/Phe312Cys variant of nitrite reductase from Alcaligenes faecalis
关键词 keywords;nitrite reductase, high-throughput screening, oxidase, copper, FAD, Flavoprotein, Metal-binding, Nitrate assimilation, Oxidoreductase, Periplasm, Pyrrolidone carboxylic acid ;; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.66 Å
零角强度 I(0) i022587600.00
分子量 molecular_weight36347.0 kDa
排除体积 excluded_volume45471 ų
包络体积 envelope_volume53591 ų
水化壳体积 shell_volume21754 ų
包络直径 envelope_diameter83.2 Å
壳层 Rg shell_rg27.45 Å
包络 Rg envelope_rg21.46 Å
形状 Rg shape_rg20.64 Å
总 Rg total_rg21.63 Å
总原子数 total_atoms2559
残基数 n_residues335
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax76.5 Å
Rg (实空间) rg_real21.70 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.69 Å
I(0) (实空间) i0_real2.2590e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.9860e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.70 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal22590000.0000
解质量估计 total_estimate0.7729
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary24.0 Å
偏度 Skewness skewness0.394
峰度 Kurtosis kurtosis-0.149
角度范围 angular_range— – 0.3650 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5288000.0000
实空间数据点数 n_real_points68
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.706; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.931; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd3h56a1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3h56a2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3h56A01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Cupredoxins - blue copper proteins
结构域编号 domain_id3h56A02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Cupredoxins - blue copper proteins
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)