3hio

Crystal structure of Ricin A-chain in complex with the cyclic tetranucleotide inhibitor, a transition state analogue

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 61.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ricin

Ricinus communis

UniProt P02879

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 36–302 未记录 C2X 9,9'-{(2R,3R,3aR,5S,7aR,9R,10R,10aR,12S,23R,25aR,27R,28R,28aR,30S,32aR,35aR,37S,39aR)-9-(6-amino-9H-purin-9-yl)-34-[(4-amino-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)methyl]-5,12,23,30,37-pentahydroxy-3,10,28-trimethoxy-5,12,23,30,37-pentaoxidotetracosahydro-2H,7H,25H-trifuro[3,2-f:3',2'-l:3'',2''-x]pyrrolo[3,4-r][1,3,5,9,11,15,17,21,23,27,29,2,4,10,16,22,28]undecaoxazapentaphosphacyclopentatriacontine-2,27-diyl}bis(2-amino-3,9-dihydro-6H-purin-6-one) × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4.5;291 K;25% PEG2000, 0.2M Lithium sulfate, 0.1M Sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K 分辨率 2.00 Å R-free 0.254

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 100 个其他 PDB 条目、126 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RICI_RICCO
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–268; UniProt 36–302

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3hio

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3hio
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3hio
沉积日期 deposition_date2009-05-20
结构标题 titleCrystal structure of Ricin A-chain in complex with the cyclic tetranucleotide inhibitor, a transition state analogue
关键词 keywords;RTA, transition state, ribosome inactivating proteins, RIPs, Disulfide bond, Glycoprotein, Hydrolase, Lectin, Nucleotide-binding, Plant defense, Protein synthesis inhibitor, Toxin, Hydrolase-Hydrolase inhibitor COMPLEX ;; Hydrolase/Hydrolase inhibitor
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.12
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.88
零角强度 I(0) i017697200.00
分子量 molecular_weight30593.0 kDa
排除体积 excluded_volume37771 ų
包络体积 envelope_volume42599 ų
水化壳体积 shell_volume19538 ų
包络直径 envelope_diameter62.8
壳层 Rg shell_rg24.50
包络 Rg envelope_rg18.26
形状 Rg shape_rg17.88
总 Rg total_rg18.79
总原子数 total_atoms2153
残基数 n_residues259
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax61.1
Rg (实空间) rg_real19.00
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.25
I(0) (实空间) i0_real1.7700e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.1590e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.02
I(0) (倒空间) i0_reciprocal17700000.0000
解质量估计 total_estimate0.8882
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.6
偏度 Skewness skewness0.172
峰度 Kurtosis kurtosis-0.332
角度范围 angular_range— – 0.4150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3716000.0000
实空间数据点数 n_real_points73
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.854; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.988

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd3hioa_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.165 — Ribosome inactivating proteins (RIP)
超家族 Superfamily superfamilyd.165.1 — Ribosome inactivating proteins (RIP)
家族 Family familyd.165.1.1 — Plant cytotoxins

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3hioA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Ricin (A subunit); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ricin (A subunit), domain 1
结构域编号 domain_id3hioA02
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology470 — Ricin (A Subunit), domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ricin (A Subunit), domain 2

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)