SAXSdb — 3hio

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ricin

Ricinus communis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	;9,9'-{(2R,3R,3aR,5S,7aR,9R,10R,10aR,12S,23R,25aR,27R,28R,28aR,30S,32aR,35aR,37S,39aR)-9-(6-amino-9H-purin-9-yl)-34-[(4-amino-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)methyl]-5,12,23,30,37-pentahydroxy-3,10,28-trimethoxy-5,12,23,30,37-pentaoxidotetracosahydro-2H,7H,25H-trifuro[3,2-f:3',2'-l:3'',2''-x]pyrrolo[3,4-r][1,3,5,9,11,15,17,21,23,27,29,2,4,10,16,22,28]undecaoxazapentaphosphacyclopentatriacontine-2,27-diyl}bis(2-amino-3,9-dihydro-6H-purin-6-one) ; × 1 SULFATE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RICI_RICCO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–268； UniProt 36–302

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3hio
沉积日期 deposition_date	2009-05-20
结构标题 title	Crystal structure of Ricin A-chain in complex with the cyclic tetranucleotide inhibitor, a transition state analogue
关键词 keywords	;RTA, transition state, ribosome inactivating proteins, RIPs, Disulfide bond, Glycoprotein, Hydrolase, Lectin, Nucleotide-binding, Plant defense, Protein synthesis inhibitor, Toxin, Hydrolase-Hydrolase inhibitor COMPLEX ;; Hydrolase/Hydrolase inhibitor
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3hio__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3hio__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3hio__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	19.12 Å
Rg（电子密度）	17.88 Å
总 Rg	18.79 Å
原子数	2153
残基数	259
排除体积	37771 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3hio__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ricin
分子量 formula_weight	30068.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.2.22
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2233

MIFPKQYPIINFTTAGATVQSYTNFIRAVRGRLTTGADVRHEIPVLPNRVGLPINQRFILVELSNHAELSVTLALDVTNAYVVGYRAGNSAYFFHPDNQEDAEAITHLFTDVQNRYTFAFGGNYDRLEQLAGNLRENIELGNGPLEEAISALYYYSTGGTQLPTLARSFIICIQMISEAARFQYIEGEMRTRIRYNRRSAPDPSVITLENSWGRLSTAIQESNQGAFASPIQLQRRNGSKFSVYDVSILIPIIALMVYRCAPPPSSQF

来源 Source

来源生物 organism	Ricinus communis
通用名 common_name	Castor bean
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3988
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;9,9'-{(2R,3R,3aR,5S,7aR,9R,10R,10aR,12S,23R,25aR,27R,28R,28aR,30S,32aR,35aR,37S,39aR)-9-(6-amino-9H-purin-9-yl)-34-[(4-amino-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)methyl]-5,12,23,30,37-pentahydroxy-3,10,28-trimethoxy-5,12,23,30,37-pentaoxidotetracosahydro-2H,7H,25H-trifuro[3,2-f:3',2'-l:3'',2''-x]pyrrolo[3,4-r][1,3,5,9,11,15,17,21,23,27,29,2,4,10,16,22,28]undecaoxazapentaphosphacyclopentatriacontine-2,27-diyl}bis(2-amino-3,9-dihydro-6H-purin-6-one) ;
分子量 formula_weight	1598.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	63

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d3hioa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.165 — Ribosome inactivating proteins (RIP)
超家族 Superfamily superfamily	d.165.1 — Ribosome inactivating proteins (RIP)
家族 Family family	d.165.1.1 — Plant cytotoxins

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3hioA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Ricin (A subunit); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ricin (A subunit), domain 1

结构域编号 domain_id	3hioA02
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	470 — Ricin (A Subunit), domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ricin (A Subunit), domain 2

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晶胞边长 a length_a	68.632 Å
晶胞边长 b length_b	68.632 Å
晶胞边长 c length_c	134.681 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2210
R_work r_work	0.2190
R_free r_free	0.2540

Crystal structure of Ricin A-chain in complex with the cyclic tetranucleotide inhibitor, a transition state analogue

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ricin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3hio__assembly_1__model_1

3hio__assembly_1__model_1 | I(q)

3hio__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of Ricin A-chain in complex with the cyclic tetranucleotide inhibitor, a transition state analogue

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ricin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3hio__assembly_1__model_1

3hio__assembly_1__model_1 | I(q)

3hio__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)