3i80

Protein Tyrosine Phosphatase 1B - Transition state analog for the second catalytic step

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 66.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 1

Homo sapiens

UniProt P18031

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–321 片段:Residues 1-321 VO4 VANADATE ION × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;277 K;Drop: 2 uL of protein solution, 0.5 uL sucrose 30% (w/v) and 3 uL of precipitant solution (0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M magnesium acetate and 18-20% polyethylene glycol 8000). Well: 500 uL of precipitant solution. The protein solution was prepared as follows: 9 uL of 50 mM of Na3VO4 and 1 uL of 50 mM of DADEYL peptide (at pH 8.5-9.0) were mixed and allowed to react for 1-1.5 hour; then, 50 uL of native PTP1B (12 mg/mL in 10 mM Tris pH 7.5, 25 mM NaCl, 0.2 mM EDTA and 3 mM DTT) was added and the solution used immediately for crystallization. VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K 分辨率 2.25 Å R-free 0.235

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 440 个其他 PDB 条目、469 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PTN1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–321; UniProt 1–321

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3i80

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3i80
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3i80
沉积日期 deposition_date2009-07-09
结构标题 titleProtein Tyrosine Phosphatase 1B - Transition state analog for the second catalytic step
关键词 keywords;Hydrolase, P-loop, WPD-loop, Protein Phosphatase, Vanadate, Acetylation, Endoplasmic reticulum, Membrane, Oxidation, Phosphoprotein, Polymorphism ;; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.10
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.97
零角强度 I(0) i021809700.00
分子量 molecular_weight35145.0 kDa
排除体积 excluded_volume43808 ų
包络体积 envelope_volume49704 ų
水化壳体积 shell_volume21415 ų
包络直径 envelope_diameter67.6
壳层 Rg shell_rg25.93
包络 Rg envelope_rg19.38
形状 Rg shape_rg18.96
总 Rg total_rg19.92
总原子数 total_atoms2465
残基数 n_residues298
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax66.8
Rg (实空间) rg_real20.00
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.33
I(0) (实空间) i0_real2.1810e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.6060e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.02
I(0) (倒空间) i0_reciprocal21810000.0000
解质量估计 total_estimate0.8781
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.8
偏度 Skewness skewness0.227
峰度 Kurtosis kurtosis-0.317
角度范围 angular_range— – 0.3950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha4959000.0000
实空间数据点数 n_real_points71
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.805; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.999

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd3i80a_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.45 — (Phosphotyrosine protein) phosphatases II
超家族 Superfamily superfamilyc.45.1 — (Phosphotyrosine protein) phosphatases II
家族 Family familyc.45.1.2 — Higher-molecular-weight phosphotyrosine protein phosphatases

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id3i80A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology190 — Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Protein tyrosine phosphatase superfamily

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)