SAXSdb — 3ice

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcription termination factor rho

Escherichia coli K-12

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 同源多聚体蛋白 × 6 RNA 1 PDB 声明：heptameric（7）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–419 链 B； UniProt 1–419 链 C； UniProt 1–419 链 D； UniProt 1–419 链 E； UniProt 1–419 链 F； UniProt 1–419	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	5'-R(PUPUPUPUPUPUPUPUPUPUPUPU)-3' × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 6 SPD SPERMIDINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.9；291 K；2.5% MPD, 50mM HEPES, 5mM Tris-HCL, 160mM sodium chloride, 1.25mM magnesium chloride, 5mM spermidine-HCL, 0.5mM TCEP, 1.25mM ADP-BeF3,, pH 7.9, MICROBATCH, temperature 291K	分辨率 2.80 Å R-free 0.295

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3ICE	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1PV4 X-ray crystal structure of the Rho transcription termination factor in complex with single stranded DNA 提交 2003-06-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：undecameric	链 A 1–419（419 aa）片段：bacterial transcription termination 链 B 1–419（419 aa）片段：bacterial transcription termination 链 C 1–419（419 aa）片段：bacterial transcription termination 链 D 1–419（419 aa）片段：bacterial transcription termination 链 E 1–419（419 aa）片段：bacterial transcription termination 链 F 1–419（419 aa）片段：bacterial transcription termination	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；0.05M Nacacodylate (pH 6.5), 0.05M NaCl, 2.5% PEG 8K, 20% glycerol, 0.3mM n-Nonyl-beta-D-thiomaltoside, 1mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 18K	分辨率 3.00 Å R-free 0.296
1PVO X-ray crystal structure of Rho transcription termination factor in complex with ssRNA substrate and ANPPNP 提交 2003-06-27	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：undecameric	链 A 1–419（419 aa）链 B 1–419（419 aa）链 C 1–419（419 aa）链 D 1–419（419 aa）链 E 1–419（419 aa）链 F 1–419（419 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；0.05 M Cacodylate (pH 6.5), 0.05 M NaCl, 2.5% PEG 8K, 20% glycerol, 0.3 mM n-Nonyl-beta-D-thiomaltoside, 1mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 18K	分辨率 3.00 Å R-free 0.304
2HT1 The closed ring structure of the Rho transcription termination factor in complex with nucleic acid in the motor domains 提交 2006-07-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：pentadecameric	链 A 1–411（411 aa）链 B 1–411（411 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 Microbatch under paraffine oil；pH 6.5；291 K；50 mM Na cacodylate, 10 mM MgOAc, 1.8 M LiSO4, 2% benzamidine, 10 mM spermine-HCl, pH 6.5, Microbatch under paraffine oil, temperature 291K	分辨率 3.51 Å R-free 0.328
6WA8 Crystal structure of the E. coli transcription termination factor Rho 提交 2020-03-24	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–419（419 aa）链 B 1–419（419 aa）链 C 1–419（419 aa）链 D 1–419（419 aa）链 E 1–419（419 aa）链 F 1–419（419 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；293 K；100 mM NaCl, 100 mM Tris pH 8.3, 28% PEG2000MME, 20 mM ATP, pH 7.5	分辨率 3.30 Å R-free 0.296
6XAS CryoEM Structure of E. coli Rho-dependent Transcription Pre-termination Complex 提交 2020-06-04	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric	链 A 1–419（419 aa）链 B 1–419（419 aa）链 C 1–419（419 aa）链 D 1–419（419 aa）链 E 1–419（419 aa）链 F 1–419（419 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6XAV CryoEM Structure of E. coli Rho-dependent Transcription Pre-termination Complex bound with NusG 提交 2020-06-04	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：hexadecameric	链 A 1–419（419 aa）链 B 1–419（419 aa）链 C 1–419（419 aa）链 D 1–419（419 aa）链 E 1–419（419 aa）链 F 1–419（419 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.70 Å
6Z9P Transcription termination intermediate complex 1 提交 2020-06-04	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：hexadecameric	链 a 1–419（419 aa）链 b 1–419（419 aa）链 c 1–419（419 aa）链 d 1–419（419 aa）链 e 1–419（419 aa）链 f 1–419（419 aa）	未记录	BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
6Z9R Transcription termination intermediate complex 3 提交 2020-06-04	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：hexadecameric	链 a 1–419（419 aa）链 b 1–419（419 aa）链 c 1–419（419 aa）链 d 1–419（419 aa）链 e 1–419（419 aa）链 f 1–419（419 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 5 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
6Z9T Transcription termination intermediate complex 5 提交 2020-06-04	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric	链 a 1–419（419 aa）链 b 1–419（419 aa）链 c 1–419（419 aa）链 d 1–419（419 aa）链 e 1–419（419 aa）链 f 1–419（419 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 5 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
8PEX Rho P167L-ATPgS-Psu complex II 提交 2023-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：22-meric	链 A 1–419（419 aa）链 B 1–419（419 aa）链 C 1–419（419 aa）链 D 1–419（419 aa）链 E 1–419（419 aa）链 F 1–419（419 aa）链 I 1–419（419 aa）链 J 1–419（419 aa）链 K 1–419（419 aa）链 L 1–419（419 aa）链 M 1–419（419 aa）链 N 1–419（419 aa）	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 12 MG MAGNESIUM ION × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.10 Å
8PEY Rho P167L-ATPgS-Psu complex II locked 提交 2023-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：23-meric	链 A 1–419（419 aa）链 B 1–419（419 aa）链 C 1–419（419 aa）链 D 1–419（419 aa）链 E 1–419（419 aa）链 F 1–419（419 aa）链 G 1–419（419 aa）链 I 1–419（419 aa）链 J 1–419（419 aa）链 K 1–419（419 aa）链 L 1–419（419 aa）链 M 1–419（419 aa）链 N 1–419（419 aa）	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 12 MG MAGNESIUM ION × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.00 Å
8PTG Structure of the transcription termination factor Rho bound to RNA at the PBS and SBS 提交 2023-07-14	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric	链 A 1–419（419 aa）链 B 1–419（419 aa）链 C 1–419（419 aa）链 D 1–419（419 aa）链 E 1–419（419 aa）链 F 1–419（419 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 2.90 Å
8PTM Structure of the transcription termination factor Rho in complex with Rof and ADP 提交 2023-07-14	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：11-meric	链 A 1–419（419 aa）链 B 1–419（419 aa）链 C 1–419（419 aa）链 D 1–419（419 aa）链 E 1–419（419 aa）链 F 1–419（419 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 2.90 Å
8PTN Structure of the transcription termination factor Rho in complex with Rof 提交 2023-07-14	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 A 1–419（419 aa）链 B 1–419（419 aa）链 C 1–419（419 aa）链 D 1–419（419 aa）链 E 1–419（419 aa）链 F 1–419（419 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.30 Å
8PTO Structure of Rho pentamer in complex with Rof and ADP 提交 2023-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–419（419 aa）链 B 1–419（419 aa）链 C 1–419（419 aa）链 D 1–419（419 aa）链 E 1–419（419 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 2.70 Å
8PTP Structure of Rho pentamer in complex with Rof 提交 2023-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–419（419 aa）链 B 1–419（419 aa）链 C 1–419（419 aa）链 D 1–419（419 aa）链 E 1–419（419 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.00 Å
8Q3P Bacterial transcription termination factor Rho G150D mutant bound to ADP; C-terminal 8xHis-tag 提交 2023-08-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：18-meric	链 a 1–419（419 aa）链 b 1–419（419 aa）链 c 1–419（419 aa）链 d 1–419（419 aa）链 e 1–419（419 aa）链 f 1–419（419 aa）链 g 1–419（419 aa）链 h 1–419（419 aa）链 i 1–419（419 aa）链 j 1–419（419 aa）链 k 1–419（419 aa）链 l 1–419（419 aa）链 m 1–419（419 aa）链 n 1–419（419 aa）链 o 1–419（419 aa）链 p 1–419（419 aa）链 q 1–419（419 aa）链 r 1–419（419 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 18 MG MAGNESIUM ION × 18	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8Q3Q Bacterial transcription termination factor Rho G152D mutant bound to ADP; C-terminal 8xHis-tag 提交 2023-08-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：18-meric	链 a 1–419（419 aa）链 b 1–419（419 aa）链 c 1–419（419 aa）链 d 1–419（419 aa）链 e 1–419（419 aa）链 f 1–419（419 aa）链 g 1–419（419 aa）链 h 1–419（419 aa）链 i 1–419（419 aa）链 j 1–419（419 aa）链 k 1–419（419 aa）链 l 1–419（419 aa）链 m 1–419（419 aa）链 n 1–419（419 aa）链 o 1–419（419 aa）链 p 1–419（419 aa）链 q 1–419（419 aa）链 r 1–419（419 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 18 MG MAGNESIUM ION × 18	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8W8D Structural mechanism of inhibition of the Rho transcription termination factor by Rof 提交 2023-09-01	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric	链 A 1–419（419 aa）链 B 1–419（419 aa）链 C 1–419（419 aa）链 D 1–419（419 aa）链 E 1–419（419 aa）链 F 1–419（419 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
9GCS Rho-ATP-Psu complex II 提交 2024-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：22-meric	链 B 1–419（419 aa）链 C 1–419（419 aa）链 D 1–419（419 aa）链 E 1–419（419 aa）链 F 1–419（419 aa）链 G 1–419（419 aa）链 J 1–419（419 aa）链 K 1–419（419 aa）链 L 1–419（419 aa）链 M 1–419（419 aa）链 N 1–419（419 aa）链 O 1–419（419 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 12 MG MAGNESIUM ION × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
9GCT Rho-ATP-Psu complex II expanded 提交 2024-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 A 1–419（419 aa）链 B 1–419（419 aa）链 C 1–419（419 aa）链 D 1–419（419 aa）链 E 1–419（419 aa）链 F 1–419（419 aa）链 G 1–419（419 aa）链 H 1–419（419 aa）链 J 1–419（419 aa）链 K 1–419（419 aa）链 L 1–419（419 aa）链 M 1–419（419 aa）链 N 1–419（419 aa）链 O 1–419（419 aa）链 P 1–419（419 aa）链 Y 1–419（419 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 15 MG MAGNESIUM ION × 15	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
9GCU Rho-P167L-ATP gamma S 提交 2024-08-02	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–419（419 aa）链 B 1–419（419 aa）链 C 1–419（419 aa）链 D 1–419（419 aa）链 E 1–419（419 aa）链 F 1–419（419 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å

共 22 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RHO_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–422； UniProt 1–419 作者链 B； PDB构建体 4–422； UniProt 1–419 作者链 C； PDB构建体 4–422； UniProt 1–419 作者链 D； PDB构建体 4–422； UniProt 1–419 作者链 E； PDB构建体 4–422； UniProt 1–419 作者链 F； PDB构建体 4–422； UniProt 1–419

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3ice
沉积日期 deposition_date	2009-07-17
结构标题 title	Rho transcription termination factor bound to RNA and ADP-BeF3
关键词 keywords	;transcription, ATPase, hexamer, helicase, RNA, RecA, OB fold, motor, ATP-binding, Hydrolase, Nucleotide-binding, RNA-binding, Transcription regulation, Transcription termination, TRANSCRIPTION REGULATOR-RNA COMPLEX ;; TRANSCRIPTION REGULATOR/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	44.34 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.92 Å
零角强度 I(0) i0	1226190000.00
分子量 molecular_weight	281470.0 kDa
排除体积 excluded_volume	347760 Å³
包络体积 envelope_volume	477570 Å³
水化壳体积 shell_volume	85360 Å³
包络直径 envelope_diameter	143.5 Å
壳层 Rg shell_rg	53.07 Å
包络 Rg envelope_rg	43.73 Å
形状 Rg shape_rg	43.93 Å
总 Rg total_rg	44.22 Å
总原子数 total_atoms	19453
残基数 n_residues	2355
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	140.9 Å
Rg (实空间) rg_real	44.13 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.93 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2260e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3060e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	44.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1226000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9005
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	54.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.149
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.560
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	107000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.921; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.952

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Transcription termination factor rho
分子量 formula_weight	48193.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	19558

MGHMNLTELKNTPVSELITLGENMGLENLARMRKQDIIFAILKQHAKSGEDIFGDGVLEILQDGFGFLRSADSSYLAGPDDIYVSPSQIRRFNLRTGDTISGKIRPPKEGERYFALLKVNEVNFDKPENARNKILFENLTPLHANSRLRMERGNGSTEDLTARVLDLASPIGRGQRGLIVAPPKAGKTMLLQNIAQSIAYNHPDCVLMVLLIDERPEEVTEMQRLVKGEVVASTFDEPASRHVQVAEMVIEKAKRLVEHKKDVIILLDSITRLARAYNTVVPASGKVLTGGVDANALHRPKRFFGAARNVEEGGSLTIIATALIDTGSKMDEVIYEEFKGTGNMELHLSRKIAEKRVFPAIDYNRSGTRKEELLTTQEELQKMWILRKIIHPMGEIDAMEFLINKLAMTKTNDDFFEMMKRS

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5'-R(PUPUPUPUPUPUPUPUPUPUPUPU)-3'
分子量 formula_weight	3629.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	G

UUUUUUUUUUUU

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
分子量 formula_weight	66.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	SPERMIDINE
分子量 formula_weight	145.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	84

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	3iceA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	3iceA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3iceB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	3iceB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3iceC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	3iceC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3iceD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	3iceD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3iceE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	3iceE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3iceF01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	3iceF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	69.230 Å
晶胞边长 b length_b	127.030 Å
晶胞边长 c length_c	127.170 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	60.48 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.26 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	89.77 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	41.880 Å
R 因子 r_factor	0.2710
R_work r_work	0.2700
R_free r_free	0.2950

fit	/app/data/saxs_computation/ic/3ice/3ice.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ic/3ice/3ice.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ic/3ice/3ice.dat

Rho transcription termination factor bound to RNA and ADP-BeF3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcription termination factor rho

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)