3icq

Karyopherin nuclear state

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 179.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Exportin-T

Schizosaccharomyces pombe

UniProt O94258

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 2 RNA 1 PDB 声明:trimeric(3) 与全部聚合物数一致 链 T; UniProt 1–978 未记录 GTP-binding nuclear protein GSP1/CNR1 × 1 (P32835) RNA (62-MER) × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;298 K;100mM Bis-Tris, pH5.5, 20% PEG3350, 180mM sodium acetate at 18 degrees, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 3.20 Å R-free 0.294
2 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 2 RNA 1 PDB 声明:trimeric(3) 与全部聚合物数一致 链 U; UniProt 1–978 未记录 GTP-binding nuclear protein GSP1/CNR1 × 1 (P32835) RNA (62-MER) × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;298 K;100mM Bis-Tris, pH5.5, 20% PEG3350, 180mM sodium acetate at 18 degrees, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 3.20 Å R-free 0.294

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 XPOT_SCHPO
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 T; PDB构建体 3–980; UniProt 1–978 作者链 U; PDB构建体 3–980; UniProt 1–978

GTP-binding nuclear protein GSP1/CNR1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P32835

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 2 RNA 1 PDB 声明:trimeric(3) 与全部聚合物数一致 链 B; UniProt 9–179 片段:Ran, UNP residues 9-179 突变:Q71L Exportin-T × 1 (O94258) RNA (62-MER) × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;298 K;100mM Bis-Tris, pH5.5, 20% PEG3350, 180mM sodium acetate at 18 degrees, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 3.20 Å R-free 0.294
2 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 2 RNA 1 PDB 声明:trimeric(3) 与全部聚合物数一致 链 C; UniProt 9–179 片段:Ran, UNP residues 9-179 突变:Q71L Exportin-T × 1 (O94258) RNA (62-MER) × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;298 K;100mM Bis-Tris, pH5.5, 20% PEG3350, 180mM sodium acetate at 18 degrees, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 3.20 Å R-free 0.294

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 11 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GSP1_YEAST
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–171; UniProt 9–179 作者链 C; PDB构建体 1–171; UniProt 9–179

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3icq

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3icq
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3icq
沉积日期 deposition_date2009-07-18
结构标题 titleKaryopherin nuclear state
关键词 keywordskaryopherin, exportin, HEAT repeat, tRNA, GTPase, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier52.93
回转半径 Rg (电子) rg_electron52.32
零角强度 I(0) i01273350000.00
分子量 molecular_weight273490.0 kDa
排除体积 excluded_volume331070 ų
包络体积 envelope_volume506210 ų
水化壳体积 shell_volume80101 ų
包络直径 envelope_diameter173.7
壳层 Rg shell_rg57.11
包络 Rg envelope_rg50.33
形状 Rg shape_rg52.29
总 Rg total_rg52.52
总原子数 total_atoms19121
残基数 n_residues2346
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax179.1
Rg (实空间) rg_real52.99
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.92
I(0) (实空间) i0_real1.2730e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.7420e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal52.85
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1273000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8679
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary47.8
偏度 Skewness skewness0.261
峰度 Kurtosis kurtosis-0.757
角度范围 angular_range— – 0.1500 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha185900000.0000
实空间数据点数 n_real_points31
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.806; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.870

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3icqB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id3icqC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)