SAXSdb — 8qyz

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8qyz
沉积日期 deposition_date	2023-10-26
最后修订 last_revision	2024-11-06
结构标题 title	Crystal structure of hiNES2 in complex with Xpo1 and RanGTP
关键词 keywords	NES, Exportin, RanGTP, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	66.61 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	66.52 Å
零角强度 I(0) i0	3960300000.00
分子量 molecular_weight	554200.0 kDa
排除体积 excluded_volume	702030 Å³
包络体积 envelope_volume	1037200 Å³
水化壳体积 shell_volume	127210 Å³
包络直径 envelope_diameter	211.4 Å
壳层 Rg shell_rg	71.00 Å
包络 Rg envelope_rg	63.92 Å
形状 Rg shape_rg	66.51 Å
总 Rg total_rg	66.61 Å
总原子数 total_atoms	39020
残基数 n_residues	4810
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	224.5 Å
Rg (实空间) rg_real	66.68 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.24 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.9600e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.0790e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	66.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3958000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8653
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	65.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.252
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.730
角度范围 angular_range	— – 0.1200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0003
最高正则化参数 α highest_alpha	330300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	25
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.871; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.631

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	GTP-binding nuclear protein GSP1/CNR1
分子量 formula_weight	20672.9 kDa
突变 mutation	1-182, Q71L
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,E,G
原子数 atom_count	39266

MSAPAANGEVPTFKLVLVGDGGTGKTTFVKRHLTGEFEKKYIATIGVEVHPLSFYTNFGEIKFDVWDTAGLEKFGGLRDGYYINAQCAIIMFDVTSRITYKNVPNWHRDLVRVCENIPIVLCGNKVDVKERKVKAKTITFHRKKNLQYYDISAKSNYNFEKPFLWLARKLAGNPQLEFVASP

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Exportin-1
分子量 formula_weight	120327.1 kDa
突变 mutation	del(377-413)
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,F,H

GMEGILDFSNDLDIALLDQVVSTFYQGSGVQQKQAQEILTKFQDNPDAWQKADQILQFSTNPQSKFIALSILDKLITRKWKLLPNDHRIGIRNFVVGMIISMCQDDEVFKTQKNLINKSDLTLVQILKQEWPQNWPEFIPELIGSSSSSVNVCENNMIVLKLLSEEVFDFSAEQMTQAKALHLKNSMSKEFEQIFKLCFQVLEQGSSSSLIVATLESLLRYLHWIPYRYIYETNILELLSTKFMTSPDTRAITLKCLTEVSNLKIPQDNDLIKRQTVLFFQNTLQQIATSVMPVTADLKATYANANGNDQSFLQDLAMFLTTYLARNRALLESDESLRELLLNAHQYLIQLSKIEERELFKTTLDYWHNLVADLFYEPLKKHIYEEICSQLRLVIIENMVRPEEVLVVENDEGEIVREFVKESDTIQLYKSEREVLVYLTHLNVIDTEEIMISKLARQIDGSEWSWHNINTLSWAIGSISGTMSEDTEKRFVVTVIKDLLDLTVKKRGKDNKAVVASDIMYVVGQYPRFLKAHWNFLRTVILKLFEFMHETHEGVQDMACDTFIKIVQKCKYHFVIQQPRESEPFIQTIIRDIQKTTADLQPQQVHTFYKACGIIISEERSVAERNRLLSDLMQLPNMAWDTIVEQSTANPTLLLDSETVKIIANIIKTNVAVCTSMGADFYPQLGHIYYNMLQLYRAVSSMISAQVAAEGLIATKTPKVRGLRTIKKEILKLVETYISKARNLDDVVKVLVEPLLNAVLEDYMNNVPDARDAEVLNCMTTVVEKVGHMIPQGVILILQSVFECTLDMINKDFTEYPEHRVEFYKLLKVINEKSFAAFLELPPAAFKLFVDAICWAFKHNNRDVEVNGLQIALDLVKNIERMGNVPFANEFHKNYFFIFVSETFFVLTDSDHKSGFSKQALLLMKLISLVYDNKISVPLYQEAEVPQGTSNQVYLSQYLANMLSNAFPHLTSEQIASFLSALTKQYKDLVVFKGTLRDFLVQIKEVGGDPTDYLFAEDKENALMEQNRLEREKAAKIGGLLKPSELDD

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	hiNES2
分子量 formula_weight	1750.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J,K,L

GEVDDLCELMAQLSIN

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 6 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	209

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	97.355 Å
晶胞边长 b length_b	105.572 Å
晶胞边长 c length_c	170.400 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	82.08 °
晶胞夹角 β angle_beta	86.67 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	76.67 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	82.792 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2177
R_free r_free	0.2469

fit	/app/data/saxs_computation/qy/8qyz/8qyz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qy/8qyz/8qyz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qy/8qyz/8qyz.dat

Crystal structure of hiNES2 in complex with Xpo1 and RanGTP

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)