8qyz

Crystal structure of hiNES2 in complex with Xpo1 and RanGTP

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 224.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GTP-binding nuclear protein GSP1/CNR1

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt P32835

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–182 突变:1-182, Q71L Exportin-1 × 1 (P30822) hiNES2 × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.4;293 K;Tris, PEG 20K, magnesium acetate 分辨率 3.00 Å R-free 0.247
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–182 突变:1-182, Q71L Exportin-1 × 1 (P30822) hiNES2 × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.4;293 K;Tris, PEG 20K, magnesium acetate 分辨率 3.00 Å R-free 0.247
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–182 突变:1-182, Q71L Exportin-1 × 1 (P30822) hiNES2 × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.4;293 K;Tris, PEG 20K, magnesium acetate 分辨率 3.00 Å R-free 0.247
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–182 突变:1-182, Q71L Exportin-1 × 1 (P30822) hiNES2 × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.4;293 K;Tris, PEG 20K, magnesium acetate 分辨率 3.00 Å R-free 0.247

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 11 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GSP1_YEAST
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–182; UniProt 1–182 作者链 B; PDB构建体 1–182; UniProt 1–182 作者链 E; PDB构建体 1–182; UniProt 1–182 作者链 G; PDB构建体 1–182; UniProt 1–182

Exportin-1

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt P30822

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–1084 突变:del(377-413) GTP-binding nuclear protein GSP1/CNR1 × 1 (P32835) hiNES2 × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.4;293 K;Tris, PEG 20K, magnesium acetate 分辨率 3.00 Å R-free 0.247
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–1084 突变:del(377-413) GTP-binding nuclear protein GSP1/CNR1 × 1 (P32835) hiNES2 × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.4;293 K;Tris, PEG 20K, magnesium acetate 分辨率 3.00 Å R-free 0.247
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 1–1084 突变:del(377-413) GTP-binding nuclear protein GSP1/CNR1 × 1 (P32835) hiNES2 × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.4;293 K;Tris, PEG 20K, magnesium acetate 分辨率 3.00 Å R-free 0.247
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 1–1084 突变:del(377-413) GTP-binding nuclear protein GSP1/CNR1 × 1 (P32835) hiNES2 × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.4;293 K;Tris, PEG 20K, magnesium acetate 分辨率 3.00 Å R-free 0.247

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 69 个其他 PDB 条目、70 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 XPO1_YEAST
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 2–1048; UniProt 1–1084 作者链 D; PDB构建体 2–1048; UniProt 1–1084 作者链 F; PDB构建体 2–1048; UniProt 1–1084 作者链 H; PDB构建体 2–1048; UniProt 1–1084

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8qyz

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8qyz
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8qyz
沉积日期 deposition_date2023-10-26
最后修订 last_revision2024-11-06
结构标题 titleCrystal structure of hiNES2 in complex with Xpo1 and RanGTP
关键词 keywordsNES, Exportin, RanGTP, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier66.61
回转半径 Rg (电子) rg_electron66.52
零角强度 I(0) i03960300000.00
分子量 molecular_weight554200.0 kDa
排除体积 excluded_volume702030 ų
包络体积 envelope_volume1037200 ų
水化壳体积 shell_volume127210 ų
包络直径 envelope_diameter211.4
壳层 Rg shell_rg71.00
包络 Rg envelope_rg63.92
形状 Rg shape_rg66.51
总 Rg total_rg66.61
总原子数 total_atoms39020
残基数 n_residues4810
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax224.5
Rg (实空间) rg_real66.68
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.24
I(0) (实空间) i0_real3.9600e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.0790e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal66.47
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3958000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8653
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary65.5
偏度 Skewness skewness0.252
峰度 Kurtosis kurtosis-0.730
角度范围 angular_range— – 0.1200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0003
最高正则化参数 α highest_alpha330300000.0000
实空间数据点数 n_real_points25
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.871; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.631

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)