SAXSdb — 3irr

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Double-stranded RNA-specific adenosine deaminase

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 4 DNA 2 PDB 声明：hexameric（6）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 140–202 链 B； UniProt 140–202 链 C； UniProt 140–202 链 D； UniProt 140–202	片段：Zalpha domain	;DNA (5'-D(GTPCPGPCPGPCPGPTPCPGPCPGPCPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(ACPCPGPCPGPCPGPAPCPGPCPGPCPG)-3') ; × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；16% PEG 2000 MME, 0.1 M HEPES, 0.2 M ammonium acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.65 Å R-free 0.283

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3IRR	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1QBJ CRYSTAL STRUCTURE OF THE ZALPHA Z-DNA COMPLEX 提交 1999-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 133–209（77 aa）片段：N-TERMINAL HELIX-TURN-HELIX DOMAIN ZALPHA 链 B 133–209（77 aa）片段：N-TERMINAL HELIX-TURN-HELIX DOMAIN ZALPHA	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；HANGING DROP VAPOR DIFFUSION OVER 1.6 M (NH4)2SO4, 10 % GLYCEROL AT 24 DEGREES CELSIUS, pH 5.6	分辨率 2.10 Å R-free 0.265
1QBJ CRYSTAL STRUCTURE OF THE ZALPHA Z-DNA COMPLEX 提交 1999-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 C 133–209（77 aa）片段：N-TERMINAL HELIX-TURN-HELIX DOMAIN ZALPHA	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；HANGING DROP VAPOR DIFFUSION OVER 1.6 M (NH4)2SO4, 10 % GLYCEROL AT 24 DEGREES CELSIUS, pH 5.6	分辨率 2.10 Å R-free 0.265
1QGP NMR STRUCTURE OF THE Z-ALPHA DOMAIN OF ADAR1, 15 STRUCTURES 提交 1999-05-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 125–201（77 aa）片段：Z-ALPHA DOMAIN	突变：C125S	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.137 M NACL；压力 1 NMR样品组成 NA-PHOSPHATE	分辨率未提供
1XMK The Crystal structure of the Zb domain from the RNA editing enzyme ADAR1 提交 2004-10-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 294–366（73 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 2 NI NICKEL (II) ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9；312 K；PEG1000, Cadmium Chloride, Nickel Chloride, Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 312K, pH 9.00	分辨率 0.97 Å R-free 0.183
2ACJ Crystal structure of the B/Z junction containing DNA bound to Z-DNA binding proteins 提交 2005-07-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 140–202（63 aa）片段：Zalpha domain, ADAR1 链 B 140–202（63 aa）片段：Zalpha domain, ADAR1 链 C 140–202（63 aa）片段：Zalpha domain, ADAR1 链 D 140–202（63 aa）片段：Zalpha domain, ADAR1	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；295 K；22-23% MPD, 55-60mM sodium acetate, 15-16mM calsium chloride, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.60 Å R-free 0.285
2GXB Crystal Structure of The Za Domain bound to Z-RNA 提交 2006-05-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 140–202（63 aa）片段：Za Domain 链 B 140–202（63 aa）片段：Za Domain	未记录	NA SODIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.6；292 K；40% PEG600, 100mM Sodium Acetate, pH 3.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.25 Å R-free 0.244
2L54 Solution structure of the Zalpha domain mutant of ADAR1 (N43A,Y47A) 提交 2010-10-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 136–198（63 aa）片段：DRADA 1 domain, UNP residues 136-198	突变：N43A, Y47A	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；298 K；压力 ambient NMR样品组成 50 mM sodium phosphate-1, 50 mM sodium chloride-2, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
2MDR Solution structure of the third double-stranded RNA-binding domain (dsRBD3) of human adenosine-deaminase ADAR1 提交 2013-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 708–801（94 aa）片段：UNP residues 708-801	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；313 K；离子强度（mmCIF原始值）120；压力 ambient NMR样品组成 0.7-0.9 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] dsRBD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM potassium chloride, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.7-0.9 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] dsRBD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM potassium chloride, 1 mM DTT, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 0.7-0.9 mM [U-99% 15N] dsRBD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM potassium chloride, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.7-0.9 mM dsRBD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM potassium chloride, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
3F21 Crystal structure of Zalpha in complex with d(CACGTG) 提交 2008-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 133–209（77 aa）片段：N-terminal zalpha Domain, UNP residues 133-209 链 B 133–209（77 aa）片段：N-terminal zalpha Domain, UNP residues 133-209	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；2.2M (NH4)2SO4, 10% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.20 Å R-free 0.279
3F21 Crystal structure of Zalpha in complex with d(CACGTG) 提交 2008-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 C 133–209（77 aa）片段：N-terminal zalpha Domain, UNP residues 133-209	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；2.2M (NH4)2SO4, 10% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.20 Å R-free 0.279
3F22 Crystal structure of Zalpha in complex with d(CGTACG) 提交 2008-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 133–209（77 aa）片段：N-terminal zalpha Domain, UNP residues 133-209 链 B 133–209（77 aa）片段：N-terminal zalpha Domain, UNP residues 133-209	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；2.2M (NH4)2SO4, 10% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.50 Å R-free 0.269
3F22 Crystal structure of Zalpha in complex with d(CGTACG) 提交 2008-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 C 133–209（77 aa）片段：N-terminal zalpha Domain, UNP residues 133-209	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；2.2M (NH4)2SO4, 10% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.50 Å R-free 0.269
3F23 Crystal structure of Zalpha in complex with d(CGGCCG) 提交 2008-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 133–209（77 aa）片段：N-terminal zalpha Domain, UNP residues 133-209 链 B 133–209（77 aa）片段：N-terminal zalpha Domain, UNP residues 133-209	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；2.2M (NH4)2SO4, 10% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.70 Å R-free 0.264
3F23 Crystal structure of Zalpha in complex with d(CGGCCG) 提交 2008-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 C 133–209（77 aa）片段：N-terminal zalpha Domain, UNP residues 133-209	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；2.2M (NH4)2SO4, 10% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.70 Å R-free 0.264
3IRQ Crystal structure of a Z-Z junction 提交 2009-08-24	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 140–202（63 aa）片段：Zalpha domain 链 B 140–202（63 aa）片段：Zalpha domain 链 C 140–202（63 aa）片段：Zalpha domain 链 D 140–202（63 aa）片段：Zalpha domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；17% PEG 2000, 0.1 M Tris-HCl, 0.2 M ammonium acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.271
5ZU1 Crystal Structure of BZ junction in diverse sequence 提交 2018-05-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 140–198（59 aa）链 B 140–198（59 aa）链 C 140–198（59 aa）链 D 140–198（59 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 4.5；296 K；25% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 100mM NaOAC, pH 4.5	分辨率 3.01 Å R-free 0.280
5ZUO Crystal Structure of BZ junction in diverse sequence 提交 2018-05-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 140–202（63 aa）链 B 140–202（63 aa）链 C 140–202（63 aa）链 D 140–202（63 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.5；296 K；20% dioxane, with microseeding of small crystals	分辨率 2.90 Å R-free 0.301
5ZUP Crystal Structure of BZ junction in diverse sequence 提交 2018-05-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 140–202（63 aa）链 B 140–202（63 aa）链 C 140–202（63 aa）链 D 140–202（63 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.5；296 K；25% ethylene glycol, with microseeding of small crystal	分辨率 2.90 Å R-free 0.282
7C0I Crystal structure of chimeric mutant of E3L in complex with Z-DNA 提交 2020-05-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 169–184（16 aa）链 A 192–193（2 aa）链 A 195–195（1 aa）链 B 169–184（16 aa）链 B 192–193（2 aa）链 B 195–195（1 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；295 K；Sodium citrate pH 4.0, Ammonium sulfate, ethylene glycol	分辨率 2.40 Å R-free 0.227
7C0I Crystal structure of chimeric mutant of E3L in complex with Z-DNA 提交 2020-05-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 C 169–184（16 aa）链 C 192–193（2 aa）链 C 195–195（1 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；295 K；Sodium citrate pH 4.0, Ammonium sulfate, ethylene glycol	分辨率 2.40 Å R-free 0.227
7C0J Crystal structure of chimeric mutant of GH5 in complex with Z-DNA 提交 2020-05-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 169–178（10 aa）链 A 192–192（1 aa）链 A 195–195（1 aa）链 B 169–178（10 aa）链 B 192–192（1 aa）链 B 195–195（1 aa）	突变：K41G,S42E,R43G,K53A,R95A 突变：K41G,S42E,R43G,K53A,R95A 突变：K41G,S42E,R43G,K53A,R95A 突变：K41G,S42E,R43G,K53A,R95A 突变：K41G,S42E,R43G,K53A,R95A 突变：K41G,S42E,R43G,K53A,R95A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；MES pH 6.0, PEG 4000, ethylene glycol	分辨率 2.75 Å R-free 0.248
7ZJ1 Crystal structure of ADAR1-dsRBD3 dimer 提交 2022-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 716–797（82 aa）链 B 716–797（82 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；293 K；100 mM sodium citrate pH 4.0, 20% (w/v) PEG 6000, and 1.0 M LiCl	分辨率 1.65 Å R-free 0.225
7ZLQ Crystal structure of ADAR1-dsRBD3 dimer in complex with dsRNA 提交 2022-04-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 716–797（82 aa）链 B 716–797（82 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；50 mM sodium cacodylate, 5% (w/v) PEG 4000, 30 mM CaCl2, 230 mM KCl	分辨率 2.80 Å R-free 0.266
8GBC Homo sapiens Zalpha mutant - N173S 提交 2023-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 140–202（63 aa）	突变：N173S	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.4；277 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1 NMR样品组成 2 mM [U-13C; U-15N] protein, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
8GBD Homo sapiens Zalpha mutant - P193A 提交 2023-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 140–202（63 aa）	突变：P193A	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.4；277 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1 NMR样品组成 2 mM [U-13C; U-15N] protein, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
9B83 Cryo-EM structure of human ADAR1 in complex with dsRNA derived from human GLI1 gene 提交 2024-03-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 A 127–1226（1100 aa）链 B 127–1226（1100 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.01 Å
9B84 Cryo-EM structure of human ADAR1 in complex with dsRNA derived from HT2C gene 提交 2024-03-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 A 127–1226（1100 aa）链 B 127–1226（1100 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9B89 Cryo-EM structure of human ADAR1 in complex with dsRNA derived from HT2C gene in the pre-editing state 提交 2024-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 A 127–1226（1100 aa）链 B 127–1226（1100 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.87 Å

共 23 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DSRAD_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–67； UniProt 140–202 作者链 B； PDB构建体 5–67； UniProt 140–202 作者链 C； PDB构建体 5–67； UniProt 140–202 作者链 D； PDB构建体 5–67； UniProt 140–202

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3irr
沉积日期 deposition_date	2009-08-24
结构标题 title	Crystal Structure of a Z-Z junction (with HEPES intercalating)
关键词 keywords	;Z-DNA, ADAR1, RNA EDITING, INNATE IMMUNITY, DNA JUNCTION, Z DOMAIN, INTERCALATION, Alternative promoter usage, Alternative splicing, Cytoplasm, Disease mutation, DNA-binding, Hydrolase, Isopeptide bond, Metal-binding, mRNA processing, Nucleus, Phosphoprotein, Polymorphism, RNA-binding, RNA-mediated gene silencing, Ubl conjugation, Zinc, HYDROLASE-DNA COMPLEX ;; HYDROLASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.35 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.50 Å
零角强度 I(0) i0	27508100.00
分子量 molecular_weight	35883.0 kDa
排除体积 excluded_volume	43188 Å³
包络体积 envelope_volume	57717 Å³
水化壳体积 shell_volume	21157 Å³
包络直径 envelope_diameter	76.4 Å
壳层 Rg shell_rg	29.46 Å
包络 Rg envelope_rg	23.34 Å
形状 Rg shape_rg	23.54 Å
总 Rg total_rg	24.10 Å
总原子数 total_atoms	2491
残基数 n_residues	279
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	76.5 Å
Rg (实空间) rg_real	23.33 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.61 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.7510e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.5430e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.33 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	27510000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6890
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.247
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.500
角度范围 angular_range	— – 0.3400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5211000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.890; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.115; Positv: 1.000; Valcen: 0.973; Smooth: 0.965

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Double-stranded RNA-specific adenosine deaminase
分子量 formula_weight	7372.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.4.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	2530

GSHMEQRILKFLEELGEGKATTAHDLSGKLGTPKKEINRVLYSLAKKGKLQKEAGTPPLWKIAVSTQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(GTPCPGPCPGPCPGPTPCPGPCPGPCP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	4603.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F

GTCGCGCGTCGCGCG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(ACPCPGPCPGPCPGPAPCPGPCPGPCP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	4581.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	G

ACCGCGCGACGCGCG

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	32

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d3irra1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.19 — Z-DNA binding domain

结构域编号 domain_id	d3irra2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3irrb1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.19 — Z-DNA binding domain

结构域编号 domain_id	d3irrb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3irrc1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.19 — Z-DNA binding domain

结构域编号 domain_id	d3irrc2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3irrd1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.19 — Z-DNA binding domain

结构域编号 domain_id	d3irrd2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3irrA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	3irrB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	3irrC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	3irrD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	30.667 Å
晶胞边长 b length_b	102.205 Å
晶胞边长 c length_c	105.883 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.650 Å
最低分辨率 resolution_low	46.023 Å
R 因子 r_factor	0.2294
R_work r_work	0.2294
R_free r_free	0.2831

fit	/app/data/saxs_computation/ir/3irr/3irr.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ir/3irr/3irr.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ir/3irr/3irr.dat

Crystal Structure of a Z-Z junction (with HEPES intercalating)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Double-stranded RNA-specific adenosine deaminase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)