3j4q

Pseudo-atomic model of the AKAP18-PKA complex in a bent conformation derived from electron microscopy

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 276.8 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit

Mus musculus

UniProt Q8K1M3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–402 链 C; UniProt 1–402 未记录 A-kinase anchor protein 18 × 1 cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha × 2 (P05132) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:25 mM HEPES, pH 7.4, 200 mM NaCl, 0.5 mM EDTA, 1 mM DTT;pH 7.4;25 mM HEPES, pH 7.4, 200 mM NaCl, 0.5 mM EDTA, 1 mM DTT 分辨率 35.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q8K1M3_MOUSE
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–402; UniProt 1–402 作者链 C; PDB构建体 1–402; UniProt 1–402

cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

Mus musculus

UniProt P05132

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–351 链 E; UniProt 1–351 未记录 A-kinase anchor protein 18 × 1 cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit × 2 (Q8K1M3) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:25 mM HEPES, pH 7.4, 200 mM NaCl, 0.5 mM EDTA, 1 mM DTT;pH 7.4;25 mM HEPES, pH 7.4, 200 mM NaCl, 0.5 mM EDTA, 1 mM DTT 分辨率 35.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 84 个其他 PDB 条目、99 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KAPCA_MOUSE
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–351; UniProt 1–351 作者链 E; PDB构建体 1–351; UniProt 1–351

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3j4q

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3j4q
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3j4q
沉积日期 deposition_date2013-09-25
结构标题 titlePseudo-atomic model of the AKAP18-PKA complex in a bent conformation derived from electron microscopy
关键词 keywords;A-kinase anchoring protein, cAMP-Dependent Kinase, RII, PKA regulatory subunit II, phosphorylation, anchoring, intrinsic disorder, TRANSFERASE ;; TRANSFERASE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier
回转半径 Rg (电子) rg_electron120.20
零角强度 I(0) i0449957000.00
分子量 molecular_weight182800.0 kDa
排除体积 excluded_volume229160 ų
包络体积 envelope_volume650050 ų
水化壳体积 shell_volume48269 ų
包络直径 envelope_diameter310.8
壳层 Rg shell_rg116.30
包络 Rg envelope_rg101.90
形状 Rg shape_rg120.20
总 Rg total_rg120.30
总原子数 total_atoms12903
残基数 n_residues1644
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax276.8
Rg (实空间) rg_real115.60
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.22
I(0) (实空间) i0_real4.3480e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.7970e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal104.80
I(0) (倒空间) i0_reciprocal424400000.0000
解质量估计 total_estimate0.5803
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary21.3
偏度 Skewness skewness-0.224
峰度 Kurtosis kurtosis-1.528
角度范围 angular_range— – 0.0650 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.2439
最高正则化参数 α highest_alpha16310000.0000
实空间数据点数 n_real_points14
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.004; Stabil: 0.850; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.000; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)