SAXSdb — 3jbc

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein VP1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 300	nanobody VHH PVSP29F × 60 PALMITIC ACID × 60	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	nanobody VHH PVSP29F × 1 PALMITIC ACID × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 25	nanobody VHH PVSP29F × 5 PALMITIC ACID × 5	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 30	nanobody VHH PVSP29F × 6 PALMITIC ACID × 6	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	nanobody VHH PVSP29F × 1 PALMITIC ACID × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLG_POL1M
Isoform	—
PDB实体	1, 2, 3, 4
链与序列区间	作者链 1； PDB构建体 1–302； UniProt 580–881 作者链 2； PDB构建体 1–272； UniProt 70–341 作者链 3； PDB构建体 1–237； UniProt 342–578 作者链 4； PDB构建体 2–69； UniProt 2–69

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3jbc
沉积日期 deposition_date	2015-08-26
结构标题 title	Complex of Poliovirus with VHH PVSP29F
关键词 keywords	VHH, nanobody, poliovirus, VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex; VIRUS/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3jbc__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3jbc__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3jbc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	135.40 Å
总 Rg	135.50 Å
原子数	458520
残基数	58920
排除体积	8133500 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3jbc__assembly_1__model_1`	300-MERIC （300）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3jbc__assembly_2__model_1`	pentameric （5）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`3jbc__assembly_3__model_1`	25-meric （25）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`3jbc__assembly_4__model_1`	30-meric （30）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`3jbc__assembly_5__model_1`	pentameric （5）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Capsid protein VP1
分子量 formula_weight	33488.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1
原子数 atom_count	7642

GLGQMLESMIDNTVRETVGAATSRDALPNTEASGPTHSKEIPALTAVETGATNPLVPSDTVQTRHVVQHRSRSESSIESFFARGACVTIMTVDNPASTTNKDKLFAVWKITYKDTVQLRRKLEFFTYSRFDMELTFVVTANFTETNNGHALNQVYQIMYVPPGAPVPEKWDDYTWQTSSNPSIFYTYGTAPARISVPYVGISNAYSHFYDGFSKVPLKDQSAALGDSLYGAASLNDFGILAVRVVNDHNPTKVTSKIRVYLKPKHIRVWCPRPPRAVAYYGPGVDYKDGTLTPLSTKDLTTY

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Capsid protein VP2
分子量 formula_weight	30075.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2

SPNIEACGYSDRVLQLTLGNSTITTQEAANSVVAYGRWPEYLRDSEANPVDQPTEPDVAACRFYTLDTVSWTKESRGWWWKLPDALRDMGLFGQNMYYHYLGRSGYTVHVQCNASKFHQGALGVFAVPEMCLAGDSNTTTMHTSYQNANPGEKGGTFTGTFTPDNNQTSPARRFCPVDYLLGNGTLLGNAFVFPHQIINLRTNNCATLVLPYVNSLSIDSMVKHNNWGIAILPLAPLNFASESSPEIPITLTIAPMCCEFNGLRNITLPRLQ

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Capsid protein VP3
分子量 formula_weight	26419.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3

GLPVMNTPGSNQYLTADNFQSPCALPEFDVTPPIDIPGEVKNMMELAEIDTMIPFDLSATKKNTMEMYRVRLSDKPHTDDPILCLSLSPASDPRLSHTMLGEILNYYTHWAGSLKFTFLFCGSMMATGKLLVSYAPPGADPPKKRKEAMLGTHVIWDIGLQSSCTMVVPWISNTTYRQTIDDSFTEGGYISVFYQTRIVVPLSTPREMDILGFVSACNDFSVRLLRDTTHIEQKALA

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Capsid protein VP4
分子量 formula_weight	7603.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	4

XGAQVSSQKVGAHENSNRAYGGSTINYTTINYYRDSASNAASKQDFSQDPSKFTEPIKDVLIKTAPMLN

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	nanobody VHH PVSP29F
分子量 formula_weight	14388.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	7

QVQLQESGGGSVQTGGSLRLSCAASEYTQSSACMGWFRQAPGKEREGVAGISRFFGTAYYADSVKGRFTISQDKAKNTVYLQMNSLKPEDTAIYYCAAGQGCLTTIQALGGAYGYNAWGQGTQVTVSSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Camelus dromedarius
通用名 common_name	Arabian camel
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9838
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	PALMITIC ACID
分子量 formula_weight	256.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	5.600 Å
最低分辨率 resolution_low	97.840 Å
R 因子 r_factor	0.4329
R_work r_work	0.4329
R_free r_free	—

分辨率 resolution	6.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	9764

Complex of Poliovirus with VHH PVSP29F

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein VP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3jbc__assembly_1__model_1

3jbc__assembly_1__model_1 | I(q)

3jbc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Complex of Poliovirus with VHH PVSP29F

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein VP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3jbc__assembly_1__model_1

3jbc__assembly_1__model_1 | I(q)

3jbc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)