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3k2m

Crystal Structure of Monobody HA4/Abl1 SH2 Domain Complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 87.0 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ABL1

Homo sapiens

UniProt P00519

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 121–232 片段：SH2 Domain (UNP residues 121-232) Monobody HA4 × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；30% PEG 4000, 0.2M sodium acetate trihydrate, 0.1M Tris hydrochloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 1.75 Å R-free 0.221
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 121–232 片段：SH2 Domain (UNP residues 121-232) Monobody HA4 × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；30% PEG 4000, 0.2M sodium acetate trihydrate, 0.1M Tris hydrochloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 1.75 Å R-free 0.221

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3K2M Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1AB2 THREE-DIMENSIONAL SOLUTION STRUCTURE OF THE SRC HOMOLOGY 2 DOMAIN OF C-ABL 提交 1993-07-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 120–220（101 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1AWO THE SOLUTION NMR STRUCTURE OF ABL SH3 AND ITS RELATIONSHIP TO SH2 IN THE SH(32) CONSTRUCT, 20 STRUCTURES 提交 1997-10-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 65–119（55 aa） 片段：SRC-HOMOLOGY 3 (SH3) DOMAIN
突变：N64S, N120S 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.5；298 K
分辨率未提供
1BBZ CRYSTAL STRUCTURE OF THE ABL-SH3 DOMAIN COMPLEXED WITH A DESIGNED HIGH-AFFINITY PEPTIDE LIGAND: IMPLICATIONS FOR SH3-LIGAND INTERACTIONS 提交 1998-04-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 64–121（58 aa） 片段：SH3 DOMAIN
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 3.1；CRYSTALS WITH DIMENSIONS 0.25X0.25X0.25 MM3 WERE OBTAINED AT ROOM TEMPERATURE BY VAPOUR DIFFUSION AGAINST A RESERVOIR CONTAINING 0.1 M CITRIC ACID PH 3.1, 2 M AMMONIUM SULPHATE, 0.2 M SODIUM CHLORIDE, AND 1MM DTT/EDTA. THE HANGING DROP CONTAINED 1:1 RATIO OF RESERVOIR AND PROTEIN-PEPTIDE SOLUTIONS., vapor diffusion
分辨率 1.65 Å R-free 0.266
1BBZ CRYSTAL STRUCTURE OF THE ABL-SH3 DOMAIN COMPLEXED WITH A DESIGNED HIGH-AFFINITY PEPTIDE LIGAND: IMPLICATIONS FOR SH3-LIGAND INTERACTIONS 提交 1998-04-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 64–121（58 aa） 片段：SH3 DOMAIN
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 3.1；CRYSTALS WITH DIMENSIONS 0.25X0.25X0.25 MM3 WERE OBTAINED AT ROOM TEMPERATURE BY VAPOUR DIFFUSION AGAINST A RESERVOIR CONTAINING 0.1 M CITRIC ACID PH 3.1, 2 M AMMONIUM SULPHATE, 0.2 M SODIUM CHLORIDE, AND 1MM DTT/EDTA. THE HANGING DROP CONTAINED 1:1 RATIO OF RESERVOIR AND PROTEIN-PEPTIDE SOLUTIONS., vapor diffusion
分辨率 1.65 Å R-free 0.266
1BBZ CRYSTAL STRUCTURE OF THE ABL-SH3 DOMAIN COMPLEXED WITH A DESIGNED HIGH-AFFINITY PEPTIDE LIGAND: IMPLICATIONS FOR SH3-LIGAND INTERACTIONS 提交 1998-04-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 64–121（58 aa） 片段：SH3 DOMAIN
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 3.1；CRYSTALS WITH DIMENSIONS 0.25X0.25X0.25 MM3 WERE OBTAINED AT ROOM TEMPERATURE BY VAPOUR DIFFUSION AGAINST A RESERVOIR CONTAINING 0.1 M CITRIC ACID PH 3.1, 2 M AMMONIUM SULPHATE, 0.2 M SODIUM CHLORIDE, AND 1MM DTT/EDTA. THE HANGING DROP CONTAINED 1:1 RATIO OF RESERVOIR AND PROTEIN-PEPTIDE SOLUTIONS., vapor diffusion
分辨率 1.65 Å R-free 0.266
1BBZ CRYSTAL STRUCTURE OF THE ABL-SH3 DOMAIN COMPLEXED WITH A DESIGNED HIGH-AFFINITY PEPTIDE LIGAND: IMPLICATIONS FOR SH3-LIGAND INTERACTIONS 提交 1998-04-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 64–121（58 aa） 片段：SH3 DOMAIN
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 3.1；CRYSTALS WITH DIMENSIONS 0.25X0.25X0.25 MM3 WERE OBTAINED AT ROOM TEMPERATURE BY VAPOUR DIFFUSION AGAINST A RESERVOIR CONTAINING 0.1 M CITRIC ACID PH 3.1, 2 M AMMONIUM SULPHATE, 0.2 M SODIUM CHLORIDE, AND 1MM DTT/EDTA. THE HANGING DROP CONTAINED 1:1 RATIO OF RESERVOIR AND PROTEIN-PEPTIDE SOLUTIONS., vapor diffusion
分辨率 1.65 Å R-free 0.266
1JU5 Ternary complex of an Crk SH2 domain, Crk-derived phophopeptide, and Abl SH3 domain by NMR spectroscopy 提交 2001-08-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 62–122（61 aa） 片段：Abl SH3 domain
突变：L122K 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM sodium phosphate；压力 ambient
NMR样品组成 0.6-1.5mM Crk SH2 domain U-15N, 13C; 50mM sodium phosphate pH6.8, 0.02% sodium azide | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
1OPL Structural basis for the auto-inhibition of c-Abl tyrosine kinase 提交 2003-03-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–531（531 aa） 片段：N-terminal 531 residues (MYR-SH3-SH2-Kinase domain)
突变：D382N, K29R, E29D MYR MYRISTIC ACID × 1 P16 6-(2,6-DICHLOROPHENYL)-2-{[3-(HYDROXYMETHYL)PHENYL]AMINO}-8-METHYLPYRIDO[2,3-D]PYRIMIDIN-7(8H)-ONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.8 M ammonium tartrate , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.42 Å R-free 0.315
1OPL Structural basis for the auto-inhibition of c-Abl tyrosine kinase 提交 2003-03-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–531（531 aa） 片段：N-terminal 531 residues (MYR-SH3-SH2-Kinase domain)
突变：D382N, K29R, E29D P16 6-(2,6-DICHLOROPHENYL)-2-{[3-(HYDROXYMETHYL)PHENYL]AMINO}-8-METHYLPYRIDO[2,3-D]PYRIMIDIN-7(8H)-ONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.8 M ammonium tartrate , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.42 Å R-free 0.315
1OPL Structural basis for the auto-inhibition of c-Abl tyrosine kinase 提交 2003-03-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–531（531 aa） 片段：N-terminal 531 residues (MYR-SH3-SH2-Kinase domain)
突变：D382N, K29R, E29D MYR MYRISTIC ACID × 2 P16 6-(2,6-DICHLOROPHENYL)-2-{[3-(HYDROXYMETHYL)PHENYL]AMINO}-8-METHYLPYRIDO[2,3-D]PYRIMIDIN-7(8H)-ONE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.8 M ammonium tartrate , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.42 Å R-free 0.315
1ZZP Solution structure of the F-actin binding domain of Bcr-Abl/c-Abl 提交 2005-06-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1007–1130（124 aa） 片段：F-actin binding domain (residues 1007-1130)
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.3；295 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM sodium phosphate, 150mM NaCl, 0.02% (w/v) NaN3；压力 ambient
NMR测量条件 pH 6.3；295 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM sodium phosphate, 150mM NaCl, 0.02% (w/v) NaN3；压力 ambient
NMR样品组成 1mM U-15N,13C Bcr-Abl/c-Abl FABD, 20mM phosphate buffer, 100mM NaCl, 0.02% NaN3, 5mM DTT, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1mM U-15N,13C Bcr-Abl/c-Abl FABD, 20mM phosphate buffer, 100mM NaCl, 0.02% NaN3, 5mM DTT, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
2ABL SH3-SH2 DOMAIN FRAGMENT OF HUMAN BCR-ABL TYROSINE KINASE 提交 1996-11-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 57–218（162 aa） 片段：SH3-SH2 DOMAIN FRAGMENT
突变：INS(M76) 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5
分辨率 2.50 Å R-free 0.270
2E2B Crystal structure of the c-Abl kinase domain in complex with INNO-406 提交 2006-11-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 229–515（287 aa） 片段：kinase domain
未记录 406 N-[3-(4,5'-BIPYRIMIDIN-2-YLAMINO)-4-METHYLPHENYL]-4-{[(3S)-3-(DIMETHYLAMINO)PYRROLIDIN-1-YL]METHYL}-3-(TRIFLUOROMETHYL) BENZAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1M MES, 25% PEG 4000, 0.3M magnesium chloride, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.20 Å R-free 0.270
2E2B Crystal structure of the c-Abl kinase domain in complex with INNO-406 提交 2006-11-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 229–515（287 aa） 片段：kinase domain
未记录 406 N-[3-(4,5'-BIPYRIMIDIN-2-YLAMINO)-4-METHYLPHENYL]-4-{[(3S)-3-(DIMETHYLAMINO)PYRROLIDIN-1-YL]METHYL}-3-(TRIFLUOROMETHYL) BENZAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1M MES, 25% PEG 4000, 0.3M magnesium chloride, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.20 Å R-free 0.270
2G1T A Src-like Inactive Conformation in the Abl Tyrosine Kinase Domain 提交 2006-02-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 229–512（284 aa） 片段：Kinase Domain
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 112 THIOPHOSPHORIC ACID O-((ADENOSYL-PHOSPHO)PHOSPHO)-S-ACETAMIDYL-DIESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；0.2M Sodium Acetate, 100mM Sodium Cacodylate pH 6.5, 25% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.80 Å R-free 0.244
2G1T A Src-like Inactive Conformation in the Abl Tyrosine Kinase Domain 提交 2006-02-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 229–512（284 aa） 片段：Kinase Domain
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 112 THIOPHOSPHORIC ACID O-((ADENOSYL-PHOSPHO)PHOSPHO)-S-ACETAMIDYL-DIESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；0.2M Sodium Acetate, 100mM Sodium Cacodylate pH 6.5, 25% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.80 Å R-free 0.244
2G1T A Src-like Inactive Conformation in the Abl Tyrosine Kinase Domain 提交 2006-02-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 229–512（284 aa） 片段：Kinase Domain
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 112 THIOPHOSPHORIC ACID O-((ADENOSYL-PHOSPHO)PHOSPHO)-S-ACETAMIDYL-DIESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；0.2M Sodium Acetate, 100mM Sodium Cacodylate pH 6.5, 25% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.80 Å R-free 0.244
2G1T A Src-like Inactive Conformation in the Abl Tyrosine Kinase Domain 提交 2006-02-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 229–512（284 aa） 片段：Kinase Domain
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 112 THIOPHOSPHORIC ACID O-((ADENOSYL-PHOSPHO)PHOSPHO)-S-ACETAMIDYL-DIESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；0.2M Sodium Acetate, 100mM Sodium Cacodylate pH 6.5, 25% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.80 Å R-free 0.244
2G2F A Src-like Inactive Conformation in the Abl Tyrosine Kinase Domain 提交 2006-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 229–512（284 aa） 片段：Abl Kinase Domain
突变：H396P 112 THIOPHOSPHORIC ACID O-((ADENOSYL-PHOSPHO)PHOSPHO)-S-ACETAMIDYL-DIESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；0.1M Bis-Tris pH 5.5, 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.70 Å R-free 0.286
2G2F A Src-like Inactive Conformation in the Abl Tyrosine Kinase Domain 提交 2006-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 229–512（284 aa） 片段：Abl Kinase Domain
突变：H396P AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；0.1M Bis-Tris pH 5.5, 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.70 Å R-free 0.286
2G2H A Src-like Inactive Conformation in the Abl Tyrosine Kinase Domain 提交 2006-02-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 229–512（284 aa） 片段：Abl Tyrosine Kinase Domain
突变：H396P P16 6-(2,6-DICHLOROPHENYL)-2-{[3-(HYDROXYMETHYL)PHENYL]AMINO}-8-METHYLPYRIDO[2,3-D]PYRIMIDIN-7(8H)-ONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.5；291 K；0.1M citric acid pH 3.5, 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.00 Å R-free 0.213
2G2H A Src-like Inactive Conformation in the Abl Tyrosine Kinase Domain 提交 2006-02-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 229–512（284 aa） 片段：Abl Tyrosine Kinase Domain
突变：H396P P16 6-(2,6-DICHLOROPHENYL)-2-{[3-(HYDROXYMETHYL)PHENYL]AMINO}-8-METHYLPYRIDO[2,3-D]PYRIMIDIN-7(8H)-ONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.5；291 K；0.1M citric acid pH 3.5, 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.00 Å R-free 0.213
2G2I A Src-like Inactive Conformation in the Abl Tyrosine Kinase Domain 提交 2006-02-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 229–512（284 aa） 片段：Abl Tyrosine Kinase Domain
突变：H396P ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；2M sodium malonate , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.12 Å R-free 0.308
2G2I A Src-like Inactive Conformation in the Abl Tyrosine Kinase Domain 提交 2006-02-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 229–512（284 aa） 片段：Abl Tyrosine Kinase Domain
突变：H396P ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；2M sodium malonate , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.12 Å R-free 0.308
2G2I A Src-like Inactive Conformation in the Abl Tyrosine Kinase Domain 提交 2006-02-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 229–512（284 aa） 片段：Abl Tyrosine Kinase Domain
链 B 229–512（284 aa） 片段：Abl Tyrosine Kinase Domain
突变：H396P 突变：H396P ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；2M sodium malonate , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.12 Å R-free 0.308
2G2I A Src-like Inactive Conformation in the Abl Tyrosine Kinase Domain 提交 2006-02-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 229–512（284 aa） 片段：Abl Tyrosine Kinase Domain
链 B 229–512（284 aa） 片段：Abl Tyrosine Kinase Domain
突变：H396P 突变：H396P ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；2M sodium malonate , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.12 Å R-free 0.308
2GQG X-ray Crystal Structure of Dasatinib (BMS-354825) Bound to Activated ABL Kinase Domain 提交 2006-04-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 229–500（272 aa） 片段：kinase domain, residues 229-500
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 1N1 N-(2-CHLORO-6-METHYLPHENYL)-2-({6-[4-(2-HYDROXYETHYL)PIPERAZIN-1-YL]-2-METHYLPYRIMIDIN-4-YL}AMINO)-1,3-THIAZOLE-5-CARBOXAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；22% w/v PEG3350, 0.2 M MgSO4, 0.1 M MES buffer, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
分辨率 2.40 Å R-free 0.273
2GQG X-ray Crystal Structure of Dasatinib (BMS-354825) Bound to Activated ABL Kinase Domain 提交 2006-04-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 229–500（272 aa） 片段：kinase domain, residues 229-500
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 1N1 N-(2-CHLORO-6-METHYLPHENYL)-2-({6-[4-(2-HYDROXYETHYL)PIPERAZIN-1-YL]-2-METHYLPYRIMIDIN-4-YL}AMINO)-1,3-THIAZOLE-5-CARBOXAMIDE × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；22% w/v PEG3350, 0.2 M MgSO4, 0.1 M MES buffer, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
分辨率 2.40 Å R-free 0.273
2HIW Crystal Structure of Inactive Conformation Abl Kinase Catalytic Domain Complexed with Type II Inhibitor 提交 2006-06-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 230–512（283 aa） 片段：kinase catalytic domain
未记录 7MP 7-AMINO-1-METHYL-3-(2-METHYL-5-{[3-(TRIFLUOROMETHYL)BENZOYL]AMINO}PHENYL)-2-OXO-2,3-DIHYDROPYRIMIDO[4,5-D]PYRIMIDIN-1-IUM × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；298 K；18-20% PEG4000, 100mM MES pH5.5, 200mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 5.50
分辨率 2.20 Å R-free 0.309
2HIW Crystal Structure of Inactive Conformation Abl Kinase Catalytic Domain Complexed with Type II Inhibitor 提交 2006-06-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 230–512（283 aa） 片段：kinase catalytic domain
未记录 7MP 7-AMINO-1-METHYL-3-(2-METHYL-5-{[3-(TRIFLUOROMETHYL)BENZOYL]AMINO}PHENYL)-2-OXO-2,3-DIHYDROPYRIMIDO[4,5-D]PYRIMIDIN-1-IUM × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；298 K；18-20% PEG4000, 100mM MES pH5.5, 200mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 5.50
分辨率 2.20 Å R-free 0.309
2HYY Human Abl kinase domain in complex with imatinib (STI571, Glivec) 提交 2006-08-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 228–500（273 aa）
未记录 STI 4-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YLMETHYL)-N-[4-METHYL-3-(4-PYRIDIN-3-YL-PYRIMIDIN-2-YLAMINO)-PHENYL]-BENZAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；16 % PEG 8000, 1M MES pH 6.75, 0.2 M MgAcetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.40 Å R-free 0.267
2HYY Human Abl kinase domain in complex with imatinib (STI571, Glivec) 提交 2006-08-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 228–500（273 aa）
未记录 STI 4-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YLMETHYL)-N-[4-METHYL-3-(4-PYRIDIN-3-YL-PYRIMIDIN-2-YLAMINO)-PHENYL]-BENZAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；16 % PEG 8000, 1M MES pH 6.75, 0.2 M MgAcetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.40 Å R-free 0.267
2HYY Human Abl kinase domain in complex with imatinib (STI571, Glivec) 提交 2006-08-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 228–500（273 aa）
未记录 STI 4-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YLMETHYL)-N-[4-METHYL-3-(4-PYRIDIN-3-YL-PYRIMIDIN-2-YLAMINO)-PHENYL]-BENZAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；16 % PEG 8000, 1M MES pH 6.75, 0.2 M MgAcetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.40 Å R-free 0.267
2HYY Human Abl kinase domain in complex with imatinib (STI571, Glivec) 提交 2006-08-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 228–500（273 aa）
未记录 STI 4-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YLMETHYL)-N-[4-METHYL-3-(4-PYRIDIN-3-YL-PYRIMIDIN-2-YLAMINO)-PHENYL]-BENZAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；16 % PEG 8000, 1M MES pH 6.75, 0.2 M MgAcetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.40 Å R-free 0.267
2HZ0 Abl kinase domain in complex with NVP-AEG082 提交 2006-08-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 228–497（270 aa）
未记录 GIN 2-{[(6-OXO-1,6-DIHYDROPYRIDIN-3-YL)METHYL]AMINO}-N-[4-PROPYL-3-(TRIFLUOROMETHYL)PHENYL]BENZAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；28 % PEG 4000, 0.1 M Tris.HCl pH 8.0, 0.2 M NaAcetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.10 Å R-free 0.256
2HZ0 Abl kinase domain in complex with NVP-AEG082 提交 2006-08-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 228–497（270 aa）
未记录 GIN 2-{[(6-OXO-1,6-DIHYDROPYRIDIN-3-YL)METHYL]AMINO}-N-[4-PROPYL-3-(TRIFLUOROMETHYL)PHENYL]BENZAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；28 % PEG 4000, 0.1 M Tris.HCl pH 8.0, 0.2 M NaAcetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.10 Å R-free 0.256
2HZ4 Abl kinase domain unligated and in complex with tetrahydrostaurosporine 提交 2006-08-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 228–500（273 aa）
未记录 4ST 1,2,3,4-TETRAHYDROGEN-STAUROSPORINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；12 % PEG 8000, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M MgAcetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.285
2HZ4 Abl kinase domain unligated and in complex with tetrahydrostaurosporine 提交 2006-08-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 228–500（273 aa）
未记录 4ST 1,2,3,4-TETRAHYDROGEN-STAUROSPORINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；12 % PEG 8000, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M MgAcetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.285
2HZ4 Abl kinase domain unligated and in complex with tetrahydrostaurosporine 提交 2006-08-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 228–500（273 aa）
未记录 4ST 1,2,3,4-TETRAHYDROGEN-STAUROSPORINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；12 % PEG 8000, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M MgAcetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.285
2HZI Abl kinase domain in complex with PD180970 提交 2006-08-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 229–500（272 aa）
未记录 JIN 6-(2,6-DICHLOROPHENYL)-2-[(4-FLUORO-3-METHYLPHENYL)AMINO]-8-METHYLPYRIDO[2,3-D]PYRIMIDIN-7(8H)-ONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.9 M NaAcetate, 0.1 M NaCacodylate pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.70 Å R-free 0.204
2HZI Abl kinase domain in complex with PD180970 提交 2006-08-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 229–500（272 aa）
未记录 JIN 6-(2,6-DICHLOROPHENYL)-2-[(4-FLUORO-3-METHYLPHENYL)AMINO]-8-METHYLPYRIDO[2,3-D]PYRIMIDIN-7(8H)-ONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.9 M NaAcetate, 0.1 M NaCacodylate pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.70 Å R-free 0.204
2O88 Crystal structure of the N114A mutant of ABL-SH3 domain complexed with a designed high-affinity peptide ligand: implications for SH3-ligand interactions 提交 2006-12-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 64–121（58 aa） 片段：SH3 domain, residues 64-121
突变：N114A SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 Capillary counter diffusion；pH 7；293 K；Ammoniun sulphate, pH 7, Capillary counter diffusion, temperature 293K
分辨率 1.75 Å R-free 0.213
2O88 Crystal structure of the N114A mutant of ABL-SH3 domain complexed with a designed high-affinity peptide ligand: implications for SH3-ligand interactions 提交 2006-12-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 64–121（58 aa） 片段：SH3 domain, residues 64-121
突变：N114A SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 Capillary counter diffusion；pH 7；293 K；Ammoniun sulphate, pH 7, Capillary counter diffusion, temperature 293K
分辨率 1.75 Å R-free 0.213
2V7A Crystal structure of the T315I Abl mutant in complex with the inhibitor PHA-739358 提交 2007-07-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 229–512（284 aa） 片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 229-512
突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 627 N-[(3E)-5-[(2R)-2-METHOXY-2-PHENYLACETYL]PYRROLO[3,4-C]PYRAZOL-3(5H)-YLIDENE]-4-(4-METHYLPIPERAZIN-1-YL)BENZAMIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 20% PEG 4000 ,1M HEPES PH 7.0, 0.1 M MGCL2,
分辨率 2.50 Å R-free 0.246
2V7A Crystal structure of the T315I Abl mutant in complex with the inhibitor PHA-739358 提交 2007-07-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 229–512（284 aa） 片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 229-512
突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 627 N-[(3E)-5-[(2R)-2-METHOXY-2-PHENYLACETYL]PYRROLO[3,4-C]PYRAZOL-3(5H)-YLIDENE]-4-(4-METHYLPIPERAZIN-1-YL)BENZAMIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 20% PEG 4000 ,1M HEPES PH 7.0, 0.1 M MGCL2,
分辨率 2.50 Å R-free 0.246
3CS9 Human ABL kinase in complex with nilotinib 提交 2008-04-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 229–500（272 aa） 片段：KINASE DOMAIN (UNP residues 229-500)
未记录 NIL Nilotinib × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；10.5 % PEG 5000 MME, 0.1 M MES pH 5.5, 0.05 ammonium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.21 Å R-free 0.242
3CS9 Human ABL kinase in complex with nilotinib 提交 2008-04-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 229–500（272 aa） 片段：KINASE DOMAIN (UNP residues 229-500)
未记录 NIL Nilotinib × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；10.5 % PEG 5000 MME, 0.1 M MES pH 5.5, 0.05 ammonium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.21 Å R-free 0.242
3CS9 Human ABL kinase in complex with nilotinib 提交 2008-04-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 229–500（272 aa） 片段：KINASE DOMAIN (UNP residues 229-500)
未记录 NIL Nilotinib × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；10.5 % PEG 5000 MME, 0.1 M MES pH 5.5, 0.05 ammonium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.21 Å R-free 0.242
3CS9 Human ABL kinase in complex with nilotinib 提交 2008-04-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 229–500（272 aa） 片段：KINASE DOMAIN (UNP residues 229-500)
未记录 NIL Nilotinib × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；10.5 % PEG 5000 MME, 0.1 M MES pH 5.5, 0.05 ammonium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.21 Å R-free 0.242
3EG0 Crystal structure of the N114T mutant of ABL-SH3 domain 提交 2008-09-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 60–121（62 aa） 片段：SH3 DOMAIN, RESIDUES 60-121
突变：N114T GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；288 K；2M ammonium sulphate, 5% PEG300, 10% glycerol, and 0.1 M of buffer solution, pH 7, vapor diffusion, hanging drop, temperature 288K
分辨率 2.30 Å R-free 0.283
3EG1 Crystal structure of the N114Q mutant of ABL-SH3 domain complexed with a designed high-affinity peptide ligand: implications for SH3-ligand interactions 提交 2008-09-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 60–121（62 aa） 片段：SH3 DOMAIN, RESIDUES 60-121
链 B 60–121（62 aa） 片段：SH3 DOMAIN, RESIDUES 60-121
突变：N114Q 突变：N114Q SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.5；288 K；2M ammonium sulphate, 0.4 M NaCl, 0.1 M sodium citrate, 10% glycerol, pH 3.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 288K
分辨率 1.85 Å R-free 0.248
3EG1 Crystal structure of the N114Q mutant of ABL-SH3 domain complexed with a designed high-affinity peptide ligand: implications for SH3-ligand interactions 提交 2008-09-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 60–121（62 aa） 片段：SH3 DOMAIN, RESIDUES 60-121
突变：N114Q SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.5；288 K；2M ammonium sulphate, 0.4 M NaCl, 0.1 M sodium citrate, 10% glycerol, pH 3.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 288K
分辨率 1.85 Å R-free 0.248
3EG1 Crystal structure of the N114Q mutant of ABL-SH3 domain complexed with a designed high-affinity peptide ligand: implications for SH3-ligand interactions 提交 2008-09-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 60–121（62 aa） 片段：SH3 DOMAIN, RESIDUES 60-121
突变：N114Q SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.5；288 K；2M ammonium sulphate, 0.4 M NaCl, 0.1 M sodium citrate, 10% glycerol, pH 3.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 288K
分辨率 1.85 Å R-free 0.248
3EG2 Crystal structure of the N114Q mutant of ABL-SH3 domain 提交 2008-09-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 60–121（62 aa） 片段：SH3 DOMAIN, RESIDUES 60-121
突变：N114Q GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3；288 K；2M ammonium sulphate, 5% PEG300, 10% glycerol, and 0.1 M of buffer solution, vapor diffusion, hanging drop, temperature 288K
分辨率 1.80 Å R-free 0.268
3EG3 Crystal structure of the N114A mutant of ABL-SH3 domain 提交 2008-09-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 60–121（62 aa） 片段：SH3 DOMAIN, RESIDUES 60-121
突变：N114A GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3；288 K；2M ammonium sulphate, 5% PEG300, 10% glycerol, and 0.1 M of buffer solution, vapor diffusion, hanging drop, temperature 288K
分辨率 1.40 Å R-free 0.240
3EGU Crystal structure of the N114A mutant of ABL-SH3 domain 提交 2008-09-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 60–121（62 aa） 片段：SH3 DOMAIN, RESIDUES 60-121
突变：N114A SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；288 K；2M ammonium sulphate, 5% PEG300, 10% glycerol, and 0.1 M of buffer solution, pH 7, vapor diffusion, hanging drop, temperature 288K
分辨率 2.25 Å R-free 0.267
3PYY Discovery and Characterization of a Cell-Permeable, Small-molecule c-Abl Kinase Activator that Binds to the Myristoyl Binding Site 提交 2010-12-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 229–512（284 aa） 片段：UNP residues 266-549
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 STI 4-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YLMETHYL)-N-[4-METHYL-3-(4-PYRIDIN-3-YL-PYRIMIDIN-2-YLAMINO)-PHENYL]-BENZAMIDE × 1 3YY (5R)-5-[3-(4-fluorophenyl)-1-phenyl-1H-pyrazol-4-yl]imidazolidine-2,4-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；20 mgs/ml protein in 20 mM Tris-HCl, pH 8.0, 100 mM NaCl, 3 mM DTT and 5% (v/v) glycerol. Reservoir with 0.4 M ammonium phosphate. Cryo w/ 15%-30% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.85 Å R-free 0.204
3PYY Discovery and Characterization of a Cell-Permeable, Small-molecule c-Abl Kinase Activator that Binds to the Myristoyl Binding Site 提交 2010-12-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 229–512（284 aa） 片段：UNP residues 266-549
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 STI 4-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YLMETHYL)-N-[4-METHYL-3-(4-PYRIDIN-3-YL-PYRIMIDIN-2-YLAMINO)-PHENYL]-BENZAMIDE × 1 3YY (5R)-5-[3-(4-fluorophenyl)-1-phenyl-1H-pyrazol-4-yl]imidazolidine-2,4-dione × 1 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；20 mgs/ml protein in 20 mM Tris-HCl, pH 8.0, 100 mM NaCl, 3 mM DTT and 5% (v/v) glycerol. Reservoir with 0.4 M ammonium phosphate. Cryo w/ 15%-30% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.85 Å R-free 0.204
3QRI The crystal structure of human abl1 kinase domain in complex with DCC-2036 提交 2011-02-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 229–499（271 aa） 片段：Kinase domain, UNP residues 229-499
未记录 NA SODIUM ION × 2 919 4-[4-({[3-tert-butyl-1-(quinolin-6-yl)-1H-pyrazol-5-yl]carbamoyl}amino)-3-fluorophenoxy]-N-methylpyridine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；290 K；32% PEG 3000, 100MM TRIS PH 8.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 290K
分辨率 2.10 Å R-free 0.272
3QRI The crystal structure of human abl1 kinase domain in complex with DCC-2036 提交 2011-02-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 229–499（271 aa） 片段：Kinase domain, UNP residues 229-499
未记录 919 4-[4-({[3-tert-butyl-1-(quinolin-6-yl)-1H-pyrazol-5-yl]carbamoyl}amino)-3-fluorophenoxy]-N-methylpyridine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；290 K；32% PEG 3000, 100MM TRIS PH 8.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 290K
分辨率 2.10 Å R-free 0.272
3QRI The crystal structure of human abl1 kinase domain in complex with DCC-2036 提交 2011-02-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 229–499（271 aa） 片段：Kinase domain, UNP residues 229-499
链 B 229–499（271 aa） 片段：Kinase domain, UNP residues 229-499
未记录 NA SODIUM ION × 2 919 4-[4-({[3-tert-butyl-1-(quinolin-6-yl)-1H-pyrazol-5-yl]carbamoyl}amino)-3-fluorophenoxy]-N-methylpyridine-2-carboxamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；290 K；32% PEG 3000, 100MM TRIS PH 8.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 290K
分辨率 2.10 Å R-free 0.272
3QRJ The crystal structure of human abl1 kinase domain T315I mutant in complex with DCC-2036 提交 2011-02-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 229–499（271 aa） 片段：Kinase domain, UNP residues 229-499
突变：T315I 919 4-[4-({[3-tert-butyl-1-(quinolin-6-yl)-1H-pyrazol-5-yl]carbamoyl}amino)-3-fluorophenoxy]-N-methylpyridine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.1；290 K；29% PEG 3350, 100MM BISTRIS PH 7.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 290K
分辨率 1.82 Å R-free 0.286
3QRJ The crystal structure of human abl1 kinase domain T315I mutant in complex with DCC-2036 提交 2011-02-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 229–499（271 aa） 片段：Kinase domain, UNP residues 229-499
突变：T315I 919 4-[4-({[3-tert-butyl-1-(quinolin-6-yl)-1H-pyrazol-5-yl]carbamoyl}amino)-3-fluorophenoxy]-N-methylpyridine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.1；290 K；29% PEG 3350, 100MM BISTRIS PH 7.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 290K
分辨率 1.82 Å R-free 0.286
3QRJ The crystal structure of human abl1 kinase domain T315I mutant in complex with DCC-2036 提交 2011-02-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 229–499（271 aa） 片段：Kinase domain, UNP residues 229-499
链 B 229–499（271 aa） 片段：Kinase domain, UNP residues 229-499
突变：T315I 突变：T315I 919 4-[4-({[3-tert-butyl-1-(quinolin-6-yl)-1H-pyrazol-5-yl]carbamoyl}amino)-3-fluorophenoxy]-N-methylpyridine-2-carboxamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.1；290 K；29% PEG 3350, 100MM BISTRIS PH 7.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 290K
分辨率 1.82 Å R-free 0.286
3QRK The crystal structure of human abl1 kinase domain in complex with DP-987 提交 2011-02-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 229–499（271 aa） 片段：Kinase domain, UNP residues 229-499
未记录 9DP (3S)-6-(3-tert-butyl-5-{[(2,3-dichlorophenyl)carbamoyl]amino}-1H-pyrazol-1-yl)-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline-3-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；290 K；32% PEG 3000, 100MM TRIS PH 8.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 290K
分辨率 2.30 Å R-free 0.281
3T04 Crystal structure of monobody 7c12/abl1 sh2 domain complex 提交 2011-07-19 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 112–232（121 aa） 片段：SH2 DOMAIN (UNP RESIDUES 112-232)
未记录 GOL GLYCEROL × 4 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；0.2M MG(NO3)2, 100MM LICL, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 292K, pH 6.0
分辨率 2.10 Å R-free 0.251
3T04 Crystal structure of monobody 7c12/abl1 sh2 domain complex 提交 2011-07-19 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 112–232（121 aa） 片段：SH2 DOMAIN (UNP RESIDUES 112-232)
未记录 GOL GLYCEROL × 4 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；0.2M MG(NO3)2, 100MM LICL, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 292K, pH 6.0
分辨率 2.10 Å R-free 0.251
3T04 Crystal structure of monobody 7c12/abl1 sh2 domain complex 提交 2011-07-19 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 112–232（121 aa） 片段：SH2 DOMAIN (UNP RESIDUES 112-232)
未记录 GOL GLYCEROL × 4 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；0.2M MG(NO3)2, 100MM LICL, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 292K, pH 6.0
分辨率 2.10 Å R-free 0.251
3UE4 Structural and spectroscopic analysis of the kinase inhibitor bosutinib binding to the Abl tyrosine kinase domain 提交 2011-10-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 229–512（284 aa）
未记录 DB8 4-[(2,4-dichloro-5-methoxyphenyl)amino]-6-methoxy-7-[3-(4-methylpiperazin-1-yl)propoxy]quinoline-3-carbonitrile × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；0.1M Ammonium Acetate 0.1M BisTris pH 5.5 11% PEG 10K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.42 Å R-free 0.249
3UE4 Structural and spectroscopic analysis of the kinase inhibitor bosutinib binding to the Abl tyrosine kinase domain 提交 2011-10-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 229–512（284 aa）
未记录 DB8 4-[(2,4-dichloro-5-methoxyphenyl)amino]-6-methoxy-7-[3-(4-methylpiperazin-1-yl)propoxy]quinoline-3-carbonitrile × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；0.1M Ammonium Acetate 0.1M BisTris pH 5.5 11% PEG 10K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.42 Å R-free 0.249
3UYO Crystal structure of monobody SH13/ABL1 SH2 domain complex 提交 2011-12-06 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 112–232（121 aa） 片段：SH2 domain, UNP residues 112-232
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；292 K；0.2M MGCL2, 0.1M BIS-TRIS PH 5.5, 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 292K
分辨率 1.83 Å R-free 0.237
4J9B Crystal structure of the Abl-SH3 domain H59Q-N96T mutant 提交 2013-02-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 60–121（62 aa） 片段：SH3 domain (unp residues 60-121)
突变：H59Q, N96T PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；1.6 M AMS, 5% PEG 200,10% Glycerol, 40 mM LiSO4, 0.1 M AcONa , pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.70 Å R-free 0.213
4J9C Crystal structure of the Abl-SH3 domain H59Q-N96T mutant complexed with the designed high-affinity peptide ligand P17 提交 2013-02-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 60–121（62 aa） 片段：SH3 domain (unp residues 60-121)
突变：H59Q, N96T PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；1.5 M AMS, 5% PEG 200, 20 mM LiCl, 0.1 M AcONa , pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.05 Å R-free 0.162
4J9D Crystal structure of the N114A mutant of the Abl-SH3 domain complexed with the high affinity peptide P0 提交 2013-02-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 60–121（62 aa） 片段：SH3 domain (unp residues 60-121)
突变：N114A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；2M Ammonium sulphate, 5% PEG200, 0.05M MgCl2, 0.1M Mes , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.50 Å R-free 0.183
4J9D Crystal structure of the N114A mutant of the Abl-SH3 domain complexed with the high affinity peptide P0 提交 2013-02-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 60–121（62 aa） 片段：SH3 domain (unp residues 60-121)
突变：N114A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；2M Ammonium sulphate, 5% PEG200, 0.05M MgCl2, 0.1M Mes , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.50 Å R-free 0.183
4J9D Crystal structure of the N114A mutant of the Abl-SH3 domain complexed with the high affinity peptide P0 提交 2013-02-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 60–121（62 aa） 片段：SH3 domain (unp residues 60-121)
突变：N114A SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；2M Ammonium sulphate, 5% PEG200, 0.05M MgCl2, 0.1M Mes , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.50 Å R-free 0.183
4J9E Crystal structure of the N114A mutant of the Abl-SH3 domain complexed with the high affinity peptide P17 提交 2013-02-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 60–121（62 aa） 片段：SH3 domain (unp residues 60-121)
突变：N114A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；2M Ammonium sulphate, 5% PEG300 , 0.05M LiCl, 0.1M Hepes , pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.40 Å R-free 0.192
4J9E Crystal structure of the N114A mutant of the Abl-SH3 domain complexed with the high affinity peptide P17 提交 2013-02-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 60–121（62 aa） 片段：SH3 domain (unp residues 60-121)
突变：N114A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；2M Ammonium sulphate, 5% PEG300 , 0.05M LiCl, 0.1M Hepes , pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.40 Å R-free 0.192
4J9E Crystal structure of the N114A mutant of the Abl-SH3 domain complexed with the high affinity peptide P17 提交 2013-02-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 60–121（62 aa） 片段：SH3 domain (unp residues 60-121)
突变：N114A SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；2M Ammonium sulphate, 5% PEG300 , 0.05M LiCl, 0.1M Hepes , pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.40 Å R-free 0.192
4J9F Crystal structure of the Abl-SH3 domain complexed with the high affinity peptide P0 提交 2013-02-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 60–121（62 aa） 片段：SH3 domain (unp residues 60-121)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；298 K；2M Ammonium sulphate, 5% PEG300, 0.05M Litium Formate, 10 % glycerol, 0.1M MOPS , pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 1.09 Å R-free 0.169
4J9F Crystal structure of the Abl-SH3 domain complexed with the high affinity peptide P0 提交 2013-02-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 60–121（62 aa） 片段：SH3 domain (unp residues 60-121)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；298 K；2M Ammonium sulphate, 5% PEG300, 0.05M Litium Formate, 10 % glycerol, 0.1M MOPS , pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 1.09 Å R-free 0.169
4J9F Crystal structure of the Abl-SH3 domain complexed with the high affinity peptide P0 提交 2013-02-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 60–121（62 aa） 片段：SH3 domain (unp residues 60-121)
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；298 K；2M Ammonium sulphate, 5% PEG300, 0.05M Litium Formate, 10 % glycerol, 0.1M MOPS , pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 1.09 Å R-free 0.169
4J9G Crystal structure of the ABL-SH3 domain complexed with the designed high-affinity peptide ligand P7 at pH7 提交 2013-02-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 60–121（62 aa） 片段：SH3 domain (unp residues 60-121)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；2M ammonium sulphate, 50 mM Litium Formiate, 10% glicerol, and 0.1 M MOPS , pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.80 Å R-free 0.244
4J9G Crystal structure of the ABL-SH3 domain complexed with the designed high-affinity peptide ligand P7 at pH7 提交 2013-02-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 60–121（62 aa） 片段：SH3 domain (unp residues 60-121)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；2M ammonium sulphate, 50 mM Litium Formiate, 10% glicerol, and 0.1 M MOPS , pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.80 Å R-free 0.244
4J9G Crystal structure of the ABL-SH3 domain complexed with the designed high-affinity peptide ligand P7 at pH7 提交 2013-02-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 60–121（62 aa） 片段：SH3 domain (unp residues 60-121)
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；2M ammonium sulphate, 50 mM Litium Formiate, 10% glicerol, and 0.1 M MOPS , pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.80 Å R-free 0.244
4J9H Crystal structure of the ABL-SH3 domain complexed with the designed high-affinity peptide ligand P7 at pH 8 提交 2013-02-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 60–121（62 aa） 片段：SH3 domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；288 K；2M ammonium sulphate, 10% glicerol and 0.1 M Tris-HCl , pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
分辨率 1.70 Å R-free 0.209
4J9H Crystal structure of the ABL-SH3 domain complexed with the designed high-affinity peptide ligand P7 at pH 8 提交 2013-02-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 60–121（62 aa） 片段：SH3 domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；288 K；2M ammonium sulphate, 10% glicerol and 0.1 M Tris-HCl , pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
分辨率 1.70 Å R-free 0.209
4J9H Crystal structure of the ABL-SH3 domain complexed with the designed high-affinity peptide ligand P7 at pH 8 提交 2013-02-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 60–121（62 aa） 片段：SH3 domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；288 K；2M ammonium sulphate, 10% glicerol and 0.1 M Tris-HCl , pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
分辨率 1.70 Å R-free 0.209
4J9H Crystal structure of the ABL-SH3 domain complexed with the designed high-affinity peptide ligand P7 at pH 8 提交 2013-02-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 60–121（62 aa） 片段：SH3 domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；288 K；2M ammonium sulphate, 10% glicerol and 0.1 M Tris-HCl , pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
分辨率 1.70 Å R-free 0.209
4J9H Crystal structure of the ABL-SH3 domain complexed with the designed high-affinity peptide ligand P7 at pH 8 提交 2013-02-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 60–121（62 aa） 片段：SH3 domain
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；288 K；2M ammonium sulphate, 10% glicerol and 0.1 M Tris-HCl , pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
分辨率 1.70 Å R-free 0.209
4J9H Crystal structure of the ABL-SH3 domain complexed with the designed high-affinity peptide ligand P7 at pH 8 提交 2013-02-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 60–121（62 aa） 片段：SH3 domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；288 K；2M ammonium sulphate, 10% glicerol and 0.1 M Tris-HCl , pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
分辨率 1.70 Å R-free 0.209
4J9I Crystal structure of the ABL-SH3 domain complexed with the designed high-affinity peptide ligand P17 提交 2013-02-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 60–121（62 aa） 片段：SH3 domain (unp residues 60-121)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；298 K；2.8 M ammonium sulphate, 5% PEG300, 0.1 M LiCl, 0.1 M Hepes, capillary, pH 7, LIQUID DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.20 Å R-free 0.233
4J9I Crystal structure of the ABL-SH3 domain complexed with the designed high-affinity peptide ligand P17 提交 2013-02-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 60–121（62 aa） 片段：SH3 domain (unp residues 60-121)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；298 K；2.8 M ammonium sulphate, 5% PEG300, 0.1 M LiCl, 0.1 M Hepes, capillary, pH 7, LIQUID DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.20 Å R-free 0.233
4J9I Crystal structure of the ABL-SH3 domain complexed with the designed high-affinity peptide ligand P17 提交 2013-02-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 60–121（62 aa） 片段：SH3 domain (unp residues 60-121)
未记录 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；298 K；2.8 M ammonium sulphate, 5% PEG300, 0.1 M LiCl, 0.1 M Hepes, capillary, pH 7, LIQUID DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.20 Å R-free 0.233
4JJB Crystal structure of the Abl-SH3 domain at pH3 提交 2013-03-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 60–121（62 aa） 片段：SH3 domain, UNP residues 60-121
未记录 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 capillary counterdiffusion；pH 3；298 K；3M ammonium sulphate, 5% PEG 200, 0.05M glycine, capillary counterdiffusion, temperature 298K
分辨率 1.65 Å R-free 0.225
4JJC Crystal structure of the Abl-SH3 domain at pH5 提交 2013-03-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 60–121（62 aa） 片段：SH3 domain, UNP residues 60-121
未记录 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 capillary counterdiffusion；pH 5；298 K；1.5M ammonium sulphate, 5% PEG 300, 0.1M acetate, capillary counterdiffusion, temperature 298K
分辨率 1.60 Å R-free 0.218
4JJD Crystal structure of the N114A Abl-SH3 domain mutant at pH4 提交 2013-03-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 60–121（62 aa） 片段：SH3 domain, UNP residues 60-121
突变：N114A PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；1.5M ammonium sulphate, 5% PEG 300, 10% Glycerol, 0.1M sodium acetate, pH 4, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K
分辨率 1.60 Å R-free 0.218
4TWP The crystal structure of human abl1 T315I gatekeeper mutant kinase domain in complex with axitinib 提交 2014-07-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 233–503（271 aa） 片段：UNP residues 252-522
突变：T315I AXI AXITINIB × 1 NI NICKEL (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；286.15 K；0.1 M HEPES (pH 7.00) 15.0 %w/v PEG 3350 0.01 M Magnesium chloride hexahydrate 0.0050 M Nickel(II) chloride hexahydrate 5.0 %v/v Glycerol
分辨率 2.40 Å R-free 0.241
4TWP The crystal structure of human abl1 T315I gatekeeper mutant kinase domain in complex with axitinib 提交 2014-07-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 233–503（271 aa） 片段：UNP residues 252-522
突变：T315I AXI AXITINIB × 1 NI NICKEL (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；286.15 K；0.1 M HEPES (pH 7.00) 15.0 %w/v PEG 3350 0.01 M Magnesium chloride hexahydrate 0.0050 M Nickel(II) chloride hexahydrate 5.0 %v/v Glycerol
分辨率 2.40 Å R-free 0.241
4WA9 The crystal structure of human abl1 wild type kinase domain in complex with axitinib 提交 2014-08-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 246–512（267 aa） 片段：UNP residues 246-512
未记录 AXI AXITINIB × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；294.15 K；0.1 M Ammonium Chloride 20.0 %w/v PEG 3350 5.0 %v/v Ethylene glycol
分辨率 2.20 Å R-free 0.212
4WA9 The crystal structure of human abl1 wild type kinase domain in complex with axitinib 提交 2014-08-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 246–512（267 aa） 片段：UNP residues 246-512
未记录 AXI AXITINIB × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；294.15 K；0.1 M Ammonium Chloride 20.0 %w/v PEG 3350 5.0 %v/v Ethylene glycol
分辨率 2.20 Å R-free 0.212
4XEY Crystal structure of an SH2-kinase domain construct of c-Abl tyrosine kinase 提交 2014-12-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 119–515（397 aa） 片段：UNP residues 119-515
未记录 1N1 N-(2-CHLORO-6-METHYLPHENYL)-2-({6-[4-(2-HYDROXYETHYL)PIPERAZIN-1-YL]-2-METHYLPYRIMIDIN-4-YL}AMINO)-1,3-THIAZOLE-5-CARBOXAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；0.1M sodium citrate, 8% PEG 8000
分辨率 2.89 Å R-free 0.259
4XEY Crystal structure of an SH2-kinase domain construct of c-Abl tyrosine kinase 提交 2014-12-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 119–515（397 aa） 片段：UNP residues 119-515
未记录 1N1 N-(2-CHLORO-6-METHYLPHENYL)-2-({6-[4-(2-HYDROXYETHYL)PIPERAZIN-1-YL]-2-METHYLPYRIMIDIN-4-YL}AMINO)-1,3-THIAZOLE-5-CARBOXAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；0.1M sodium citrate, 8% PEG 8000
分辨率 2.89 Å R-free 0.259
4YC8 C-Helix-Out Binding of Dasatinib Analog to c-Abl Kinase 提交 2015-02-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 248–531（284 aa） 片段：UNP residues 248-531
未记录 4B7 2-({6-[4-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]-2-methylpyrimidin-4-yl}amino)-N-(4-phenoxyphenyl)-1,3-thiazole-5-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M MES pH 6.5, 22% PEG 3350, 100 mM NaOAc
分辨率 2.90 Å R-free 0.240
4YC8 C-Helix-Out Binding of Dasatinib Analog to c-Abl Kinase 提交 2015-02-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 248–531（284 aa） 片段：UNP residues 248-531
未记录 4B7 2-({6-[4-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]-2-methylpyrimidin-4-yl}amino)-N-(4-phenoxyphenyl)-1,3-thiazole-5-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M MES pH 6.5, 22% PEG 3350, 100 mM NaOAc
分辨率 2.90 Å R-free 0.240
4ZOG VX-680/MK-0457 binds to human ABL1 also in inactive DFG conformations. 提交 2015-05-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 229–511（283 aa） 片段：UNP residues 229-511
未记录 VX6 CYCLOPROPANECARBOXYLIC ACID {4-[4-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YL)-6-(5-METHYL-2H-PYRAZOL-3-YLAMINO)-PYRIMIDIN-2-YLSULFANYL]-PHENYL}-AMIDE × 1 MXE 2-METHOXYETHANOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；277 K；PEG MME2000 (31% w/v), MES (100 mM, pH 6.5) and sodium acetate (260mM).
分辨率 2.30 Å R-free 0.233
4ZOG VX-680/MK-0457 binds to human ABL1 also in inactive DFG conformations. 提交 2015-05-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 229–511（283 aa） 片段：UNP residues 229-511
未记录 VX6 CYCLOPROPANECARBOXYLIC ACID {4-[4-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YL)-6-(5-METHYL-2H-PYRAZOL-3-YLAMINO)-PYRIMIDIN-2-YLSULFANYL]-PHENYL}-AMIDE × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；277 K；PEG MME2000 (31% w/v), MES (100 mM, pH 6.5) and sodium acetate (260mM).
分辨率 2.30 Å R-free 0.233
5DC0 CRYSTAL STRUCTURE OF MONOBODY GG3/ABL1 SH2 DOMAIN COMPLEX 提交 2015-08-22 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 131–251（121 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；0.1M sodium tartrate pH=8 and 25% w/v polyethylene glycol 3350
分辨率 2.23 Å R-free 0.244
5DC4 CRYSTAL STRUCTURE OF MONOBODY AS25/ABL1 SH2 DOMAIN COMPLEX, CRYSTAL A 提交 2015-08-23 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 131–251（121 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.83；291 K；0.1M Imidazole pH 7.83 and 3.5M NaCl
分辨率 1.48 Å R-free 0.190
5DC9 CRYSTAL STRUCTURE OF MONOBODY AS25/ABL1 SH2 DOMAIN COMPLEX, CRYSTAL B 提交 2015-08-23 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 131–251（121 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 5 IMD IMIDAZOLE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；292 K；0.1M Imidazole pH 8.5 and 3.4M NaCl
分辨率 1.56 Å R-free 0.171
5HU9 Crystal structure of ABL1 in complex with CHMFL-074 提交 2016-01-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 229–500（272 aa） 片段：UNP residues 229-500
未记录 66K 4-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]-N-(4-methyl-3-{[1-(pyridin-3-ylcarbonyl)piperidin-4-yl]oxy}phenyl)-3-(trifluoromethyl)benzamide × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M Potassium thiocyanate, 28% PEG2000
分辨率 1.53 Å R-free 0.196
5MO4 ABL1 kinase (T334I_D382N) in complex with asciminib and nilotinib 提交 2016-12-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 27–515（489 aa）
突变：T334I D382N NIL Nilotinib × 1 AY7 asciminib × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；Reservoir: 18 % (W/V) PEG 3350, 0.2 M POTASSIUM FORMATE, 0.1 M TRIS PH 7.5 Protein: 35.7 MG/ML 20 MM TRIS PH 8, 200 MM NACL, 2 MM TCEP Protocol: 0.6 UL protein solution plus 0.6 UL reservoir solution
分辨率 2.17 Å R-free 0.217
5NP2 Abl1 SH3 pTyr89/134 提交 2017-04-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 64–120（57 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.8 M sodium citrate, 0.1 M sodium cacodylate
分辨率 1.60 Å R-free 0.222
5NP2 Abl1 SH3 pTyr89/134 提交 2017-04-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 64–120（57 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.8 M sodium citrate, 0.1 M sodium cacodylate
分辨率 1.60 Å R-free 0.222
5OAZ Crystal structure of the Abl-SH3 domain at pH 7.5 提交 2017-06-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 79–140（62 aa） 片段：SH3 DOMAIN
未记录 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；1.65 M Ammonium sulphate, 0.1 M Hepes and 6% PEG 300
分辨率 1.03 Å R-free 0.163
5OAZ Crystal structure of the Abl-SH3 domain at pH 7.5 提交 2017-06-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 79–140（62 aa） 片段：SH3 DOMAIN
未记录 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；1.65 M Ammonium sulphate, 0.1 M Hepes and 6% PEG 300
分辨率 1.03 Å R-free 0.163
6AMV Abl 1b Regulatory Module 'inhibiting state' 提交 2017-08-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–255（255 aa） 片段：residues 1-255
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.2；压力 1
NMR样品组成 0.3 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Abl1b, 20 mM potassium phosphate, 5 mM beta-mercaptoethanol, 100 mM potassium chloride, 0.05 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
6AMW Abl1b Regulatory Module 'Activating' conformation 提交 2017-08-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–255（255 aa） 片段：residues 1-255
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120；压力 1
NMR样品组成 0.3 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Abl1b, 20 mM potassium phosphate, 100 mM potassium chloride, 5 mM beta-mercaptoethanol, 0.05 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
6BL8 Predicting the Conformational Variability of Abl Tyrosine Kinase Using Molecular Dynamics Simulations and Markov State Models 提交 2017-11-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 233–504（272 aa） 片段：UNP residues 233-504
未记录 PVB PURVALANOL B × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；295 K；100 mM sodium citrate, pH 5.6, 1850 mM ammonium sulfate, 140 mM potassium sodium tartrate
分辨率 2.50 Å R-free 0.204
6BL8 Predicting the Conformational Variability of Abl Tyrosine Kinase Using Molecular Dynamics Simulations and Markov State Models 提交 2017-11-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 233–504（272 aa） 片段：UNP residues 233-504
未记录 PVB PURVALANOL B × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；295 K；100 mM sodium citrate, pH 5.6, 1850 mM ammonium sulfate, 140 mM potassium sodium tartrate
分辨率 2.50 Å R-free 0.204
6NPE C-abl Kinase domain with the activator(cmpd6), 2-cyano-N-(4-(3,4-dichlorophenyl)thiazol-2-yl)acetamide 提交 2019-01-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 229–512（284 aa）
链 B 229–512（284 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 STI 4-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YLMETHYL)-N-[4-METHYL-3-(4-PYRIDIN-3-YL-PYRIMIDIN-2-YLAMINO)-PHENYL]-BENZAMIDE × 2 KWD 2-cyano-~{N}-[4-(3,4-dichlorophenyl)-1,3-thiazol-2-yl]ethanamide × 2 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；20 mM Tris-HCl [pH 8.0] 100 mM NaCl 3 mM DTT, and 5% (v/v) glycerol. 1-3 % PEG300, 2M AmSO4 Cryo: 20% glycerol
分辨率 2.15 Å R-free 0.212
6NPU C-abl Kinase domain with the activator(cmpd29), N-(1-(3,4-dichlorophenyl)-4,5-dihydro-1H-pyrazol-3-yl)acetamide 提交 2019-01-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 229–512（284 aa）
链 B 229–512（284 aa）
未记录 STI 4-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YLMETHYL)-N-[4-METHYL-3-(4-PYRIDIN-3-YL-PYRIMIDIN-2-YLAMINO)-PHENYL]-BENZAMIDE × 2 KWV ~{N}-[2-(3,4-dichlorophenyl)-3,4-dihydropyrazol-5-yl]ethanamide × 2 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；1 - 3 % PEG 400 2M AmSO4 0.1 HEPES pH 7.5 cryo: 20% Glycerol
分辨率 2.33 Å R-free 0.234
6NPV C-abl Kinase domain with the activator(cmpd51), N-(1-(3,4-dichlorophenyl)-4-(2-hydroxyethyl)-4,5-dihydro-1H-pyrazol-3-yl)isonicotinamide 提交 2019-01-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 229–512（284 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 STI 4-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YLMETHYL)-N-[4-METHYL-3-(4-PYRIDIN-3-YL-PYRIMIDIN-2-YLAMINO)-PHENYL]-BENZAMIDE × 1 KWP ~{N}-[(4~{S})-2-(3,4-dichlorophenyl)-4-(2-hydroxyethyl)-3,4-dihydropyrazol-5-yl]pyridine-4-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；1 - 3 % PEG 400 0.1 HEPES pH 7.5 2M AmSO4
分辨率 1.86 Å R-free 0.207
6NPV C-abl Kinase domain with the activator(cmpd51), N-(1-(3,4-dichlorophenyl)-4-(2-hydroxyethyl)-4,5-dihydro-1H-pyrazol-3-yl)isonicotinamide 提交 2019-01-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 229–512（284 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 STI 4-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YLMETHYL)-N-[4-METHYL-3-(4-PYRIDIN-3-YL-PYRIMIDIN-2-YLAMINO)-PHENYL]-BENZAMIDE × 1 KWP ~{N}-[(4~{S})-2-(3,4-dichlorophenyl)-4-(2-hydroxyethyl)-3,4-dihydropyrazol-5-yl]pyridine-4-carboxamide × 1 GOL GLYCEROL × 2 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；1 - 3 % PEG 400 0.1 HEPES pH 7.5 2M AmSO4
分辨率 1.86 Å R-free 0.207
6XR6 Abl 1b isoform active state 提交 2020-07-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 229–515（287 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.1；283 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1
NMR样品组成 250 uM [U-15N] Abl 1b isoform (Active), 25 mM sodium phosphate, 75 mM sodium chloride, 2.5 mM b-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 250 uM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-100% 2H] Abl 1b isoform (Active), 25 mM sodium phosphate, 75 mM sodium chloride, 2.5 mM b-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
6XR7 Abl isoform 1b inactive1 state 提交 2020-07-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 229–515（287 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；283 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1
NMR样品组成 250 uM U-15N U-2H U-1H13C ILVMAT CH3 and Phe HE12-CE12 Abl M309L/H415P Variant, 5 mM beta-mercaptoethanol, 25 mM sodium phosphate, 75 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 250 uM U-15N U-2H U-1H13C ILVMAT CH3 and Phe HE12-CE12 Abl M309L/H415P, 5 mM beta-mercaptoethanol, 25 mM sodium phosphate, 75 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
6XRG Abl 1b isoform inactive2 state 提交 2020-07-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 229–515（287 aa）
突变：G269E, M309L, T408Y 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.7；283 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1
NMR样品组成 250 uM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-100% 2H] Abl 1b G269E/M309L/T408Y variant, 25 mM sodium phosphate, 75 mM sodium chloride, 2.5 mM beta-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 250 uM N-ILVMAT-FY Abl 1b G269E/M309L/T408Y variant, 25 mM sodium phosphate, 75 mM sodium chloride, 2.5 mM beta-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
7CC2 Strategic design of catalytic lysine-targeting reversible covalent BCR-ABL Inhibitors 提交 2020-06-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 229–510（282 aa）
未记录 FVC [4-[5-[5-(dimethylcarbamoyl)pyridin-3-yl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl]-2-methyl-phenyl]boronic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；7 % w/v Polyethylene glycol 8000, 100 mM MES pH 6.5, 20 % v/v Ethylene glycol
分辨率 2.72 Å R-free 0.242
7CC2 Strategic design of catalytic lysine-targeting reversible covalent BCR-ABL Inhibitors 提交 2020-06-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 229–510（282 aa）
未记录 FVC [4-[5-[5-(dimethylcarbamoyl)pyridin-3-yl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl]-2-methyl-phenyl]boronic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；7 % w/v Polyethylene glycol 8000, 100 mM MES pH 6.5, 20 % v/v Ethylene glycol
分辨率 2.72 Å R-free 0.242
7DT2 Strategic design of catalytic lysine-targeting reversible covalent BCR-ABL Inhibitors 提交 2021-01-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 229–510（282 aa）
未记录 HJ9 [4-[5-[5-(dimethylcarbamoyl)pyridin-3-yl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl]-2-methanoyl-5-methoxy-phenyl]boronic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；1% Tryptone, 0.05M Hepes sodium pH 7, 20% w/v Polyethylene glycol 3350
分辨率 2.30 Å R-free 0.237
7DT2 Strategic design of catalytic lysine-targeting reversible covalent BCR-ABL Inhibitors 提交 2021-01-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 229–510（282 aa）
未记录 HJ9 [4-[5-[5-(dimethylcarbamoyl)pyridin-3-yl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl]-2-methanoyl-5-methoxy-phenyl]boronic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；1% Tryptone, 0.05M Hepes sodium pH 7, 20% w/v Polyethylene glycol 3350
分辨率 2.30 Å R-free 0.237
7N9G Crystal structure of the Abl 1b Kinase domain in complex with Dasatinib and Imatinib 提交 2021-06-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 229–499（271 aa）
未记录 STI 4-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YLMETHYL)-N-[4-METHYL-3-(4-PYRIDIN-3-YL-PYRIMIDIN-2-YLAMINO)-PHENYL]-BENZAMIDE × 1 1N1 N-(2-CHLORO-6-METHYLPHENYL)-2-({6-[4-(2-HYDROXYETHYL)PIPERAZIN-1-YL]-2-METHYLPYRIMIDIN-4-YL}AMINO)-1,3-THIAZOLE-5-CARBOXAMIDE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；Ammonium dihydrogen phosphate
分辨率 2.20 Å R-free 0.251
7N9G Crystal structure of the Abl 1b Kinase domain in complex with Dasatinib and Imatinib 提交 2021-06-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 229–499（271 aa）
未记录 STI 4-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YLMETHYL)-N-[4-METHYL-3-(4-PYRIDIN-3-YL-PYRIMIDIN-2-YLAMINO)-PHENYL]-BENZAMIDE × 1 1N1 N-(2-CHLORO-6-METHYLPHENYL)-2-({6-[4-(2-HYDROXYETHYL)PIPERAZIN-1-YL]-2-METHYLPYRIMIDIN-4-YL}AMINO)-1,3-THIAZOLE-5-CARBOXAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；Ammonium dihydrogen phosphate
分辨率 2.20 Å R-free 0.251
7N9G Crystal structure of the Abl 1b Kinase domain in complex with Dasatinib and Imatinib 提交 2021-06-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 229–499（271 aa）
未记录 STI 4-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YLMETHYL)-N-[4-METHYL-3-(4-PYRIDIN-3-YL-PYRIMIDIN-2-YLAMINO)-PHENYL]-BENZAMIDE × 1 1N1 N-(2-CHLORO-6-METHYLPHENYL)-2-({6-[4-(2-HYDROXYETHYL)PIPERAZIN-1-YL]-2-METHYLPYRIMIDIN-4-YL}AMINO)-1,3-THIAZOLE-5-CARBOXAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；Ammonium dihydrogen phosphate
分辨率 2.20 Å R-free 0.251
7PVQ Crystal structure of the Abl SH3 domain V73E-A74S-S75R-G76T-D77E-G92N-Y93N-N94T-H95E mutant in the space group P21221 提交 2021-10-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 63–120（58 aa）
突变：V73E, A74S, S75R, G76T, D77E, G92N, Y93N, N94T, H95E 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；1.8M ammonium sulfate, 0.1M MES
分辨率 1.55 Å R-free 0.274
7PVQ Crystal structure of the Abl SH3 domain V73E-A74S-S75R-G76T-D77E-G92N-Y93N-N94T-H95E mutant in the space group P21221 提交 2021-10-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 63–120（58 aa）
突变：V73E, A74S, S75R, G76T, D77E, G92N, Y93N, N94T, H95E 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；1.8M ammonium sulfate, 0.1M MES
分辨率 1.55 Å R-free 0.274
7PVR Crystal structure of the Abl SH3 domain V73E-A74S-S75R-G76T-D77E-G92N-Y93N-N94T-H95E mutant in the space group P41 提交 2021-10-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 63–120（58 aa）
突变：V73E, A74S, S75R, G76T, D77E, G92N, Y93N, N94T, H95E 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；1.8M ammonium sulfate, 0.1M MES
分辨率 1.65 Å R-free 0.209
7PVS Crystal structure of the Abl SH3 domain V73E-A74S-S75R-G76T-D77E-G92N-Y93N-N94T-H95E mutant in presence of PEG 200 提交 2021-10-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 63–120（58 aa）
突变：V73E, A74S, S75R, G76T, D77E, G92N, Y93N, N94T, H95E PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 NA SODIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；283 K；2.6 M ammonium sulfate, 5% PEG200, 10% Glicerol, 40mM LiCl, 0.1M MES
分辨率 1.05 Å R-free 0.184
7PVS Crystal structure of the Abl SH3 domain V73E-A74S-S75R-G76T-D77E-G92N-Y93N-N94T-H95E mutant in presence of PEG 200 提交 2021-10-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 63–120（58 aa）
突变：V73E, A74S, S75R, G76T, D77E, G92N, Y93N, N94T, H95E PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；283 K；2.6 M ammonium sulfate, 5% PEG200, 10% Glicerol, 40mM LiCl, 0.1M MES
分辨率 1.05 Å R-free 0.184
7W7X The crystal structure of human abl1 kinase domain in complex with ABL1-A11 提交 2021-12-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 229–500（272 aa）
链 B 229–500（272 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 8DW 5-[5-(dimethylcarbamoyl)pyridin-3-yl]-3-(5-fluorosulfonyloxy-2-methoxy-phenyl)-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridine × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.0 M (NH4)2SO4 and 0.1 M HEPES (pH 7.0).
分辨率 2.00 Å R-free 0.195
7W7Y The crystal structure of human abl1 kinase domain in complex with ABL2-A5 提交 2021-12-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 229–504（276 aa）
链 B 229–504（276 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 8IW 5-[3-(5-methanoyl-2-methoxy-4-oxidanyl-phenyl)-1~{H}-pyrrolo[2,3-b]pyridin-5-yl]-~{N},~{N}-dimethyl-pyridine-3-carboxamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.5 M (NH4)2 SO4, 0.1M HEPES (pH 7.0) and 4%(v/v) 1,3-Propanediol.
分辨率 2.20 Å R-free 0.201
8H7F The crystal structure of human abl1 kinase domain in complex with abl1-B-EBA 提交 2022-10-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 229–500（272 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） QEW 1-[6-(6-methoxyisoquinolin-7-yl)-1,3-benzothiazol-2-yl]-3-(2-oxidanylideneethyl)urea × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.5M (NH4)2 SO4, 0.1M HEPES (PH 7.0) and 4% v/v 1,3-Propanediol.
分辨率 2.45 Å R-free 0.234
8H7F The crystal structure of human abl1 kinase domain in complex with abl1-B-EBA 提交 2022-10-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 229–500（272 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） QEW 1-[6-(6-methoxyisoquinolin-7-yl)-1,3-benzothiazol-2-yl]-3-(2-oxidanylideneethyl)urea × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.5M (NH4)2 SO4, 0.1M HEPES (PH 7.0) and 4% v/v 1,3-Propanediol.
分辨率 2.45 Å R-free 0.234
8H7H The crystal structure of human abl1 kinase domain in complex with abl1-A-EBA 提交 2022-10-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 229–500（272 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） QH9 5-[3-(6-methoxyisoquinolin-7-yl)-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-5-yl]-N-methyl-N-prop-2-ynyl-pyridine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.5 M (NH4)2SO4, 0.1 M HEPES (pH 7.0) and 4% v/v 1,3-propanediol
分辨率 2.28 Å R-free 0.221
8H7H The crystal structure of human abl1 kinase domain in complex with abl1-A-EBA 提交 2022-10-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 229–500（272 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） QH9 5-[3-(6-methoxyisoquinolin-7-yl)-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-5-yl]-N-methyl-N-prop-2-ynyl-pyridine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.5 M (NH4)2SO4, 0.1 M HEPES (pH 7.0) and 4% v/v 1,3-propanediol
分辨率 2.28 Å R-free 0.221
8I7S The crystal structure of human abl1 kinase domain in complex with ABL1-B1 提交 2023-02-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 229–500（272 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 6CI 5-[3-(2-methoxy-5-oxidanyl-phenyl)-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-5-yl]-N,N-dimethyl-pyridine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.5M (NH4)2SO4, 0.1M HEPES (PH 7.0), 4% v/v 1,3-Propanediol
分辨率 1.95 Å R-free 0.216
8I7S The crystal structure of human abl1 kinase domain in complex with ABL1-B1 提交 2023-02-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 229–500（272 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 6CI 5-[3-(2-methoxy-5-oxidanyl-phenyl)-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-5-yl]-N,N-dimethyl-pyridine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.5M (NH4)2SO4, 0.1M HEPES (PH 7.0), 4% v/v 1,3-Propanediol
分辨率 1.95 Å R-free 0.216
8I7T The crystal structure of human abl1 kinase domain in complex with ABL1-B4 提交 2023-02-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 229–500（272 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 6I5 [3-[5-[5-(dimethylcarbamoyl)pyridin-3-yl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl]-4-methoxy-phenyl] ethanesulfonate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.5M (NH4)2SO4, 0.1M HEPES, PH 7.0, 4% v/v 1,3-Propanediol
分辨率 2.80 Å R-free 0.272
8I7T The crystal structure of human abl1 kinase domain in complex with ABL1-B4 提交 2023-02-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 229–500（272 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 6I5 [3-[5-[5-(dimethylcarbamoyl)pyridin-3-yl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl]-4-methoxy-phenyl] ethanesulfonate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.5M (NH4)2SO4, 0.1M HEPES, PH 7.0, 4% v/v 1,3-Propanediol
分辨率 2.80 Å R-free 0.272
8I7Z The crystal structure of human abl1 kinase domain in complex with ABL1-B5 提交 2023-02-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 229–500（272 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 6CI 5-[3-(2-methoxy-5-oxidanyl-phenyl)-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-5-yl]-N,N-dimethyl-pyridine-3-carboxamide × 1 BAL BETA-ALANINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.5M (NH4)2 SO4, 0.1M HEPES (PH 7.0) and 4% v/v 1,3-Propanediol
分辨率 2.25 Å R-free 0.213
8I7Z The crystal structure of human abl1 kinase domain in complex with ABL1-B5 提交 2023-02-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 229–500（272 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 6CI 5-[3-(2-methoxy-5-oxidanyl-phenyl)-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-5-yl]-N,N-dimethyl-pyridine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.5M (NH4)2 SO4, 0.1M HEPES (PH 7.0) and 4% v/v 1,3-Propanediol
分辨率 2.25 Å R-free 0.213
8SSN Abl kinase in complex with SKI and asciminib 提交 2023-05-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 64–510（447 aa）
未记录 AY7 asciminib × 1 SKI 6,7-dimethoxy-N-(4-phenoxyphenyl)quinazolin-4-amine × 1 CL CHLORIDE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291.15 K；Crystals of AblFL in complex with SKI and asciminib were obtained by combining 0.3 ul of 600 uM AblFL + 700 uM SKI + 700 uM asciminib (~32 mg/ml) in 5 percent DMSO with 0.4 ul reservoir of 0.1 M Tris-HCl pH 8 + 1.75 M Ammonium sulfate + 2 percent (v/v) polypropylene glycol 400 (PPG 400). The final stock of complex was concentrated from 1 uM AblFL with ~1.2 uM SKI/asciminib after incubation at 4 degree C for 6 h. Screening around this condition yielded crystals in a transparent diamond-shaped or plate-shaped crystals. Crystals were grown at 18 degree C by sitting drop for a few days. The crystals were transferred to a drop of fresh reservoir containing 20 percent Xylitol with matching concentration of inhibitors in 5 percent DMSO for few seconds for cryo-protection
分辨率 2.86 Å R-free 0.348
8SSN Abl kinase in complex with SKI and asciminib 提交 2023-05-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 64–510（447 aa）
未记录 AY7 asciminib × 1 SKI 6,7-dimethoxy-N-(4-phenoxyphenyl)quinazolin-4-amine × 1 SO4 SULFATE ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291.15 K；Crystals of AblFL in complex with SKI and asciminib were obtained by combining 0.3 ul of 600 uM AblFL + 700 uM SKI + 700 uM asciminib (~32 mg/ml) in 5 percent DMSO with 0.4 ul reservoir of 0.1 M Tris-HCl pH 8 + 1.75 M Ammonium sulfate + 2 percent (v/v) polypropylene glycol 400 (PPG 400). The final stock of complex was concentrated from 1 uM AblFL with ~1.2 uM SKI/asciminib after incubation at 4 degree C for 6 h. Screening around this condition yielded crystals in a transparent diamond-shaped or plate-shaped crystals. Crystals were grown at 18 degree C by sitting drop for a few days. The crystals were transferred to a drop of fresh reservoir containing 20 percent Xylitol with matching concentration of inhibitors in 5 percent DMSO for few seconds for cryo-protection
分辨率 2.86 Å R-free 0.348
9KS5 The crystal structure of ABL1 in complex with K-CNBA-1 提交 2024-11-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 229–500（272 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298.15 K；0.1 M Sodium citrate, 2% Tacinate (pH 5.0) and 16% w/v PEG 3350
分辨率 2.20 Å R-free 0.212
9KS5 The crystal structure of ABL1 in complex with K-CNBA-1 提交 2024-11-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 229–500（272 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298.15 K；0.1 M Sodium citrate, 2% Tacinate (pH 5.0) and 16% w/v PEG 3350
分辨率 2.20 Å R-free 0.212

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查看构建体与数据证据
UniProt名称 ABL1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–112； UniProt 121–232 作者链 B； PDB构建体 1–112； UniProt 121–232

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3k2m

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3k2m
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3k2m
沉积日期 deposition_date2009-09-30
结构标题 titleCrystal Structure of Monobody HA4/Abl1 SH2 Domain Complex
关键词 keywords;Engineered Binding Protein, Antibody Mimic, Protein-Protein complex, SH2 domain, ATP-binding, Phosphoprotein, Tyrosine-protein kinase, SIGNALING PROTEIN, SIGNALING PROTEIN-PROTEIN BINDING COMPLEX ;; SIGNALING PROTEIN/PROTEIN BINDING
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.81 Å
零角强度 I(0) i033840300.00
分子量 molecular_weight43901.0 kDa
排除体积 excluded_volume54481 ų
包络体积 envelope_volume66526 ų
水化壳体积 shell_volume24427 ų
包络直径 envelope_diameter91.2 Å
壳层 Rg shell_rg29.85 Å
包络 Rg envelope_rg23.71 Å
形状 Rg shape_rg23.80 Å
总 Rg total_rg24.56 Å
总原子数 total_atoms3099
残基数 n_residues399
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax87.0 Å
Rg (实空间) rg_real24.55 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.83 Å
I(0) (实空间) i0_real3.3840e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.0770e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.53 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal33840000.0000
解质量估计 total_estimate0.8428
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.6 Å
偏度 Skewness skewness0.492
峰度 Kurtosis kurtosis-0.067
角度范围 angular_range— – 0.3250 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7976000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.704; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.850; Smooth: 0.991
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd3k2ma_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.93 — SH2-like
超家族 Superfamily superfamilyd.93.1 — SH2 domain
家族 Family familyd.93.1.1 — SH2 domain
结构域编号 domain_idd3k2mb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.93 — SH2-like
超家族 Superfamily superfamilyd.93.1 — SH2 domain
家族 Family familyd.93.1.1 — SH2 domain
结构域编号 domain_idd3k2mc_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.2 — Fibronectin type III
家族 Family familyb.1.2.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3k2md_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.2 — Fibronectin type III
家族 Family familyb.1.2.0 — automated matches

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id3k2mA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology505 — SHC Adaptor Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — SH2 domain
结构域编号 domain_id3k2mB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology505 — SHC Adaptor Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — SH2 domain
结构域编号 domain_id3k2mC00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id3k2mD00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)