3k75

X-ray crystal structure of reduced XRCC1 bound to DNA pol beta catalytic domain

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 115.5 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA repair protein XRCC1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–183	片段：N-terminal domain (UNP residues 1 to 183)	DNA polymerase beta × 1 （P06766）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；20-25% PEG 3350, 0.2-0.3M Tri-potassium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.95 Å R-free 0.295
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–183	片段：N-terminal domain (UNP residues 1 to 183)	DNA polymerase beta × 1 （P06766）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；20-25% PEG 3350, 0.2-0.3M Tri-potassium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.95 Å R-free 0.295

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3K75	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CDZ BRCT DOMAIN FROM DNA-REPAIR PROTEIN XRCC1 提交 1999-03-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 538–633（96 aa）片段：C-TERMINAL BRCT DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 3.20 Å R-free 0.266
1XNA NMR SOLUTION STRUCTURE OF THE SINGLE-STRAND BREAK REPAIR PROTEIN XRCC1-N-TERMINAL DOMAIN 提交 1999-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–183（183 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-183. RESIDUES 152-183 ARE DISORDERED AND NOT SHOWN.	突变：D179E	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.4；压力 1 NMR样品组成 H2O AND D2O	分辨率未提供
1XNT NMR SOLUTION STRUCTURE OF THE SINGLE-STRAND BREAK REPAIR PROTEIN XRCC1-N-TERMINAL DOMAIN 提交 1999-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–183（183 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-183. RESIDUES 152-183 ARE DISORDERED AND NOT SHOWN.	突变：D179E	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.4；压力 1 NMR样品组成 H2O AND D2O	分辨率未提供
2D8M Solution structure of the first BRCT domain of DNA-repair protein XRCC1 提交 2005-12-06	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 305–420（116 aa）片段：BRCT domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；293 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 0.89mM BRCT domain U-15N,13C; 20mM TrisHCl, 100mM NaCl, 1mM DTT, 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2W3O Crystal structure of the human PNKP FHA domain in complex with an XRCC1-derived phosphopeptide 提交 2008-11-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 515–522（8 aa）片段：RESIDUES 515-522	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS-HCL PH 8.5, 0.25 M CACL2, 28% W/V PEG 4000, 0.2 M NDSB-221	分辨率 1.85 Å R-free 0.236
2W3O Crystal structure of the human PNKP FHA domain in complex with an XRCC1-derived phosphopeptide 提交 2008-11-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 515–522（8 aa）片段：RESIDUES 515-522	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS-HCL PH 8.5, 0.25 M CACL2, 28% W/V PEG 4000, 0.2 M NDSB-221	分辨率 1.85 Å R-free 0.236
3K77 X-ray crystal structure of XRCC1 提交 2009-10-12	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–155（155 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；25-30% PEG 3350, 0.2-0.3M MgCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.237
3K77 X-ray crystal structure of XRCC1 提交 2009-10-12	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–155（155 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；25-30% PEG 3350, 0.2-0.3M MgCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.237
3K77 X-ray crystal structure of XRCC1 提交 2009-10-12	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–155（155 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；25-30% PEG 3350, 0.2-0.3M MgCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.237
3K77 X-ray crystal structure of XRCC1 提交 2009-10-12	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–155（155 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；25-30% PEG 3350, 0.2-0.3M MgCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.237
3K77 X-ray crystal structure of XRCC1 提交 2009-10-12	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 1–155（155 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；25-30% PEG 3350, 0.2-0.3M MgCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.237
3K77 X-ray crystal structure of XRCC1 提交 2009-10-12	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 1–155（155 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；25-30% PEG 3350, 0.2-0.3M MgCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.237
3K77 X-ray crystal structure of XRCC1 提交 2009-10-12	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 G 1–155（155 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；25-30% PEG 3350, 0.2-0.3M MgCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.237
3K77 X-ray crystal structure of XRCC1 提交 2009-10-12	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 H 1–155（155 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；25-30% PEG 3350, 0.2-0.3M MgCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.237
3LQC X-ray crystal structure of oxidized XRCC1 bound to DNA pol beta Palm thumb domain 提交 2010-02-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–183（183 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 CO3 CARBONATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；20-25% PEG 3350, 0.2-0.3M TRI-POTASSIUM CITRATE, PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.35 Å R-free 0.250
5E6Q Importin alpha binding to XRCC1 NLS peptide 提交 2015-10-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 241–276（36 aa）片段：UNP residues 241-276	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；1.5M Ammonium sulfate, 0.1M bis-tris propane	分辨率 2.31 Å R-free 0.208
5W7X Crystal Structure of FHA domain of human APLF in complex with XRCC1 bisphospho peptide 提交 2017-06-21	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 514–522（9 aa）片段：UNP residues 514-522	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.6mM XRCC1 bisphosphopeptide 0.6mM APLF 0.5M lithium chloride 0.1M Tris 28% PEG 6000	分辨率 2.00 Å R-free 0.229
5W7X Crystal Structure of FHA domain of human APLF in complex with XRCC1 bisphospho peptide 提交 2017-06-21	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 514–522（9 aa）片段：UNP residues 514-522	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.6mM XRCC1 bisphosphopeptide 0.6mM APLF 0.5M lithium chloride 0.1M Tris 28% PEG 6000	分辨率 2.00 Å R-free 0.229
5W7X Crystal Structure of FHA domain of human APLF in complex with XRCC1 bisphospho peptide 提交 2017-06-21	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 514–522（9 aa）片段：UNP residues 514-522	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.6mM XRCC1 bisphosphopeptide 0.6mM APLF 0.5M lithium chloride 0.1M Tris 28% PEG 6000	分辨率 2.00 Å R-free 0.229
5W7X Crystal Structure of FHA domain of human APLF in complex with XRCC1 bisphospho peptide 提交 2017-06-21	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 514–522（9 aa）片段：UNP residues 514-522	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.6mM XRCC1 bisphosphopeptide 0.6mM APLF 0.5M lithium chloride 0.1M Tris 28% PEG 6000	分辨率 2.00 Å R-free 0.229
5W7Y Crystal Structure of FHA domain of human APLF in complex with XRCC1 monophosphorylated mutated peptide 提交 2017-06-21	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 514–521（8 aa）片段：UNP residues 514-521	突变：S518E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.6mM APLF 0.6mM XRCC1 peptide 0.1M Tris 30% PEG 1000	分辨率 2.10 Å R-free 0.237
5W7Y Crystal Structure of FHA domain of human APLF in complex with XRCC1 monophosphorylated mutated peptide 提交 2017-06-21	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 514–521（8 aa）片段：UNP residues 514-521	突变：S518E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.6mM APLF 0.6mM XRCC1 peptide 0.1M Tris 30% PEG 1000	分辨率 2.10 Å R-free 0.237

共 10 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	XRCC1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–183； UniProt 1–183 作者链 C； PDB构建体 1–183； UniProt 1–183

DNA polymerase beta

Rattus norvegicus

UniProt P06766

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 91–335	片段：UNP residues 91 to 335	DNA repair protein XRCC1 × 1 （P18887）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；20-25% PEG 3350, 0.2-0.3M Tri-potassium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.95 Å R-free 0.295
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 91–335	片段：UNP residues 91 to 335	DNA repair protein XRCC1 × 1 （P18887）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；20-25% PEG 3350, 0.2-0.3M Tri-potassium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.95 Å R-free 0.295

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 3K75	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BNO NMR SOLUTION STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF DNA POLYMERASE BETA, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1996-04-25	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–86（86 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1 - 87	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.7；300 K	分辨率未提供
1BNP NMR SOLUTION STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF DNA POLYMERASE BETA, 55 STRUCTURES 提交 1996-04-25	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–86（86 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1 - 87	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.7；300 K	分辨率未提供
1BPB CRYSTAL STRUCTURE OF RAT DNA POLYMERASE BETA: EVIDENCE FOR A COMMON POLYMERASE MECHANISM 提交 1994-04-12	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 87–334（248 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1BPD CRYSTAL STRUCTURE OF RAT DNA POLYMERASE BETA: EVIDENCE FOR A COMMON POLYMERASE MECHANISM 提交 1994-04-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–334（334 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.60 Å
1BPE CRYSTAL STRUCTURE OF RAT DNA POLYMERASE BETA; EVIDENCE FOR A COMMON POLYMERASE MECHANISM 提交 1994-04-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–334（334 aa）	未记录	DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.90 Å
1DK2 REFINED SOLUTION STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF DNA POLYMERASE BETA 提交 1999-12-06	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–86（86 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-87	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.7；300 K；离子强度（mmCIF原始值）400 mM NACL；压力 AMBIENT NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NACL；压力 AMBIENT NMR样品组成 2.8 MM RAT DNA POLYMERASE BETA N-TERMINAL DOMAIN (2-87) U-15N,13C; 5MM TRIS- D11; 400MM NACL NMR样品组成 2 MM RAT DNA POLYMERASE BETA N-TERMINAL DOMAIN (2-87) U-15N; 5MM TRIS-D11; 100MM NACL NMR样品组成 4 MM RAT DNA POLYMERASE BETA N-TERMINAL DOMAIN (2-87) U-15N; 5MM TRIS-D11; 400MM NACL NMR样品组成 2.8 MM RAT DNA POLYMERASE BETA N-TERMINAL DOMAIN (2-87) U-15N,13C; 5MM TRIS- D11; 400MM NACL NMR样品组成 1.4 MM RAT DNA POLYMERASE BETA N-TERMINAL DOMAIN (2-87); 5MM TRIS-D11; 400MM NACL	分辨率未提供
1DK3 REFINED SOLUTION STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF DNA POLYMERASE BETA 提交 1999-12-06	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–87（87 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-87	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.7；300 K；离子强度（mmCIF原始值）400；压力 AMBIENT NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 AMBIENT NMR样品组成 2.8 MM RAT DNA POLYMERASE BETA N-TERMINAL DOMAIN (2-87) U-15N,13C; 5MM TRIS- D11; 400MM NACL NMR样品组成 2 MM RAT DNA POLYMERASE BETA N-TERMINAL DOMAIN (2-87) U-15N; 5MM TRIS-D11; 100MM NACL NMR样品组成 4 MM RAT DNA POLYMERASE BETA N-TERMINAL DOMAIN (2-87) U-15N; 5MM TRIS-D11; 400MM NACL NMR样品组成 2.8 MM RAT DNA POLYMERASE BETA N-TERMINAL DOMAIN (2-87) U-15N,13C; 5MM TRIS- D11; 400MM NACL NMR样品组成 1.4 MM RAT DNA POLYMERASE BETA N-TERMINAL DOMAIN (2-87); 5MM TRIS-D11; 400MM NACL	分辨率未提供
1HUO CRYSTAL STRUCTURE OF DNA POLYMERASE BETA COMPLEXED WITH DNA AND CR-TMPPCP 提交 2001-01-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–335（335 aa）	未记录	CR CHROMIUM ION × 1 TTE PHOSPHOMETHYL PHOSPHONIC ACID DEOXYTHYMIDYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；8% PEG 3350, 70mM lithium sulfate, 100mM MES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.288
1HUO CRYSTAL STRUCTURE OF DNA POLYMERASE BETA COMPLEXED WITH DNA AND CR-TMPPCP 提交 2001-01-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 1–335（335 aa）	未记录	CR CHROMIUM ION × 1 TTE PHOSPHOMETHYL PHOSPHONIC ACID DEOXYTHYMIDYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；8% PEG 3350, 70mM lithium sulfate, 100mM MES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.288
1HUZ CRYSTAL STRUCTURE OF DNA POLYMERASE COMPLEXED WITH DNA AND CR-PCP 提交 2001-01-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–335（335 aa）	未记录	CR CHROMIUM ION × 1 MDN METHYLENEDIPHOSPHONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；8% PEG3350, 70mM lithium sulfate, 100mM MES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.286
1HUZ CRYSTAL STRUCTURE OF DNA POLYMERASE COMPLEXED WITH DNA AND CR-PCP 提交 2001-01-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 1–335（335 aa）	未记录	CR CHROMIUM ION × 1 MDN METHYLENEDIPHOSPHONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；8% PEG3350, 70mM lithium sulfate, 100mM MES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.286
1JN3 FIDELITY PROPERTIES AND STRUCTURE OF M282L MUTATOR MUTANT OF DNA POLYMERASE: SUBTLE STRUCTURAL CHANGES INFLUENCE THE MECHANISM OF NUCLEOTIDE DISCRIMINATION 提交 2001-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 84–334（251 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 85 - 335	突变：M282L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；16% PEG 3350, 5mM ammonium sulfate, 150mM sodium acetate, 50mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K	分辨率 2.35 Å R-free 0.256
1NOM DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7), 31-KD DOMAIN; SOAKED IN THE PRESENCE OF MNCL2 (5 MILLIMOLAR) 提交 1996-04-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 87–334（248 aa）片段：C-TERMINAL 31-KD DOMAIN (RESIDUES 88 - 335)	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；THIS ENTRY DESCRIBES THE STRUCTURE THAT RESULTED WHEN A CRYSTAL OF THE C-TERMINAL 31-KD DOMAIN OF RAT DNA POL BETA (SEE ENTRY 1BPB AND REFERENCE 9) HAD BEEN SOAKED IN THE FOLLOWING SOLUTION FOR 1 MONTH: PEG 1500, 15% HEPES, 75 MILLIMOLAR, PH 7.5 NACL, 50 MILLIMOLAR DTT, 0.1 MILLIMOLAR MNCL2, 5 MILLIMOLAR SEE REFERENCE 3 FOR DETAILS CONCERNING EXPERIMENTAL PROCEDURES, RESULTS, AND DISCUSSION FOR THIS STRUCTURE., pH 6.5	分辨率 3.00 Å
1RPL 2.3 ANGSTROMS CRYSTAL STRUCTURE OF THE CATALYTIC DOMAIN OF DNA POLYMERASE BETA 提交 1994-10-25	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 84–334（251 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1ZQU DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7), 31-KD DOMAIN; SOAKED IN THE PRESENCE OF ARTIFICIAL MOTHER LIQUOR 提交 1996-04-19	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 87–334（248 aa）片段：C-TERMINAL 31-KD DOMAIN (RESIDUES 88 - 335)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；THIS ENTRY DESCRIBES THE STRUCTURE THAT RESULTED WHEN A CRYSTAL OF THE C-TERMINAL 31-KD DOMAIN OF RAT DNA POL BETA (SEE ENTRY 1BPB AND REFERENCE 9) HAD BEEN SOAKED IN THE FOLLOWING SOLUTION FOR 24 HOURS: PEG 3350, 16% IMIDAZOLE, 100 MILLIMOLAR, PH 6.5 SEE REFERENCE 3 FOR DETAILS CONCERNING EXPERIMENTAL PROCEDURES, RESULTS, AND DISCUSSION FOR THIS STRUCTURE.	分辨率 2.60 Å
1ZQV DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7), 31-KD DOMAIN; SOAKED IN THE PRESENCE OF CACL2 (150 MILLIMOLAR) 提交 1996-04-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 87–334（248 aa）片段：C-TERMINAL 31-KD DOMAIN (RESIDUES 88 - 335)	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；THIS ENTRY DESCRIBES THE STRUCTURE THAT RESULTED WHEN A CRYSTAL OF THE C-TERMINAL 31-KD DOMAIN OF RAT DNA POL BETA (SEE ENTRY 1BPB AND REFERENCE 9) HAD BEEN SOAKED IN THE FOLLOWING SOLUTION FOR 24 HOURS: PEG 3350, 16% IMIDAZOLE, 100 MILLIMOLAR, PH 6.5 CACL2, 150 MILLIMOLAR SEE REFERENCE 3 FOR DETAILS CONCERNING EXPERIMENTAL PROCEDURES, RESULTS, AND DISCUSSION FOR THIS STRUCTURE.	分辨率 2.70 Å
1ZQW DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7), 31-KD DOMAIN; SOAKED IN THE PRESENCE OF CSCL (150 MILLIMOLAR) 提交 1996-04-19	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 87–334（248 aa）片段：C-TERMINAL 31-KD DOMAIN (RESIDUES 88 - 335)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；THIS ENTRY DESCRIBES THE STRUCTURE THAT RESULTED WHEN A CRYSTAL OF THE C-TERMINAL 31-KD DOMAIN OF RAT DNA POL BETA (SEE ENTRY 1BPB AND REFERENCE 9) HAD BEEN SOAKED IN THE FOLLOWING SOLUTION FOR 24 HOURS: PEG 3350, 16% IMIDAZOLE, 100 MILLIMOLAR, PH 6.5 CSCL, 150 MILLIMOLAR SEE REFERENCE 3 FOR DETAILS CONCERNING EXPERIMENTAL PROCEDURES, RESULTS, AND DISCUSSION FOR THIS STRUCTURE.	分辨率 2.30 Å
1ZQX DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7), 31-KD DOMAIN; SOAKED IN THE PRESENCE OF KCL (150 MILLIMOLAR) 提交 1996-04-19	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 87–334（248 aa）片段：C-TERMINAL 31-KD DOMAIN (RESIDUES 88 - 335)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；THIS ENTRY DESCRIBES THE STRUCTURE THAT RESULTED WHEN A CRYSTAL OF THE C-TERMINAL 31-KD DOMAIN OF RAT DNA POL BETA (SEE ENTRY 1BPB AND REFERENCE 9) HAD BEEN SOAKED IN THE FOLLOWING SOLUTION FOR 24 HOURS: PEG 3350, 16% TRIS-HCL, 100 MILLIMOLAR, PH 7.5 KCL, 150 MILLIMOLAR SEE REFERENCE 3 FOR DETAILS CONCERNING EXPERIMENTAL PROCEDURES, RESULTS, AND DISCUSSION FOR THIS STRUCTURE.	分辨率 2.50 Å
1ZQY DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7), 31-KD DOMAIN; SOAKED IN THE PRESENCE OF MGCL2 (50 MILLIMOLAR) 提交 1996-04-19	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 87–334（248 aa）片段：C-TERMINAL 31-KD DOMAIN (RESIDUES 88 - 335)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；THIS ENTRY DESCRIBES THE STRUCTURE THAT RESULTED WHEN A CRYSTAL OF THE C-TERMINAL 31-KD DOMAIN OF RAT DNA POL BETA (SEE ENTRY 1BPB AND REFERENCE 9) HAD BEEN SOAKED IN THE FOLLOWING SOLUTION FOR 24 HOURS: PEG 3350, 16% TRIS-HCL, 100 MILLIMOLAR, PH 7.5 MGCL2, 50 MILLIMOLAR SEE REFERENCE 3 FOR DETAILS CONCERNING EXPERIMENTAL PROCEDURES, RESULTS, AND DISCUSSION FOR THIS STRUCTURE.	分辨率 2.30 Å
1ZQZ DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7), 31-KD DOMAIN; SOAKED IN THE PRESENCE OF MNCL2 (50 MILLIMOLAR) 提交 1996-04-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 87–334（248 aa）片段：C-TERMINAL 31-KD DOMAIN (RESIDUES 88 - 335)	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；THIS ENTRY DESCRIBES THE STRUCTURE THAT RESULTED WHEN A CRYSTAL OF THE C-TERMINAL 31-KD DOMAIN OF RAT DNA POL BETA (SEE ENTRY 1BPB AND REFERENCE 9) HAD BEEN SOAKED IN THE FOLLOWING SOLUTION FOR 24 HOURS: PEG 3350, 16% TRIS-HCL, 100 MILLIMOLAR, PH 7.5 MNCL2, 50 MILLIMOLAR SEE REFERENCE 3 FOR DETAILS CONCERNING EXPERIMENTAL PROCEDURES, RESULTS, AND DISCUSSION FOR THIS STRUCTURE.	分辨率 2.70 Å
2BPC CRYSTAL STRUCTURE OF RAT DNA POLYMERASE BETA: EVIDENCE FOR A COMMON POLYMERASE MECHANISM 提交 1994-07-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 87–334（248 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å
2BPF STRUCTURES OF TERNARY COMPLEXES OF RAT DNA POLYMERASE BETA, A DNA TEMPLATE-PRIMER, AND DDCTP 提交 1994-05-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–334（334 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 DCT 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 2.90 Å
2BPG STRUCTURES OF TERNARY COMPLEXES OF RAT DNA POLYMERASE BETA, A DNA TEMPLATE-PRIMER, AND DDCTP 提交 1994-05-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–334（334 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DCT 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 3.60 Å
2BPG STRUCTURES OF TERNARY COMPLEXES OF RAT DNA POLYMERASE BETA, A DNA TEMPLATE-PRIMER, AND DDCTP 提交 1994-05-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 1–334（334 aa）	未记录	DCT 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 3.60 Å
2VAN Nucleotidyl Transfer Mechanism of Mismatched dNTP Incorporation by DNA Polymerase b by Structural and Kinetic Analyses 提交 2007-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 90–334（245 aa）片段：31K DOMAIN, RESIDUES 90-334	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å R-free 0.249
3LQC X-ray crystal structure of oxidized XRCC1 bound to DNA pol beta Palm thumb domain 提交 2010-02-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 142–335（194 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 CO3 CARBONATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；20-25% PEG 3350, 0.2-0.3M TRI-POTASSIUM CITRATE, PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.35 Å R-free 0.250
3UXN Crystal Structure of Rat DNA Polymerase Beta, Wild Type Apoenzyme 提交 2011-12-05	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–335（335 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；296 K；PEG 3350, MES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K	分辨率 2.50 Å R-free 0.317
3UXN Crystal Structure of Rat DNA Polymerase Beta, Wild Type Apoenzyme 提交 2011-12-05	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–335（335 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；296 K；PEG 3350, MES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K	分辨率 2.50 Å R-free 0.317
3UXO Crystal Structure of Rat DNA Polymerase Beta Mutator I260Q Apoenzyme 提交 2011-12-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–335（335 aa）	突变：I260Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；296 K；PEG 3350, MES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K	分辨率 2.10 Å R-free 0.318
3UXO Crystal Structure of Rat DNA Polymerase Beta Mutator I260Q Apoenzyme 提交 2011-12-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–335（335 aa）	突变：I260Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；296 K；PEG 3350, MES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K	分辨率 2.10 Å R-free 0.318
3UXP Co-crystal Structure of Rat DNA polymerase beta Mutator I260Q: Enzyme-DNA-ddTTP 提交 2011-12-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–335（335 aa）	突变：I260Q	D3T 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；296 K；Peg3350, NaCl, Glycerol, Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K	分辨率 2.72 Å R-free 0.292
3UXP Co-crystal Structure of Rat DNA polymerase beta Mutator I260Q: Enzyme-DNA-ddTTP 提交 2011-12-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 1–335（335 aa）	突变：I260Q	D3T 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；296 K；Peg3350, NaCl, Glycerol, Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K	分辨率 2.72 Å R-free 0.292
3V72 Crystal Structure of Rat DNA polymerase beta Mutator E295K: Enzyme-dsDNA 提交 2011-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–335（335 aa）	突变：E295K	NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；296 K；PEG 3350, NaCl, Glycerol, Cacodylate, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 296K	分辨率 2.49 Å R-free 0.291
3V7J Co-crystal structure of Wild Type Rat polymerase beta: Enzyme-DNA binary complex 提交 2011-12-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 4–335（332 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 8 CL CHLORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；296 K；PEG 3350, NaCl, Glycerol, Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K	分辨率 2.25 Å R-free 0.243
3V7K Co-crystal structure of K72E variant of rat polymerase beta: Enzyme-DNA binary complex 提交 2011-12-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 4–335（332 aa）	突变：K72E	NA SODIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；296 K；PEG 3350, NaCl, Glycerol, Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K	分辨率 2.27 Å R-free 0.277
3V7L Apo Structure of Rat DNA polymerase beta K72E variant 提交 2011-12-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 4–335（332 aa）	突变：K72E	NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；296 K；PEG 3350, NaCl, Glycerol, Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K	分辨率 2.66 Å R-free 0.335

共 30 个其他 PDB 条目、36 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPOLB_RAT
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 2–246； UniProt 91–335 作者链 E； PDB构建体 2–246； UniProt 91–335

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3k75
沉积日期 deposition_date	2009-10-12
结构标题 title	X-ray crystal structure of reduced XRCC1 bound to DNA pol beta catalytic domain
关键词 keywords	;allosteric disulfide, XRCC1, pol beta, DNA damage, DNA repair, Nucleus, Phosphoprotein, DNA replication, DNA synthesis, DNA-binding, DNA-directed DNA polymerase, Lyase, Magnesium, Metal-binding, Methylation, Nucleotidyltransferase, Transferase, DNA-BINDING PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN ;; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.63 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.81 Å
零角强度 I(0) i0	129152000.00
分子量 molecular_weight	89263.0 kDa
排除体积 excluded_volume	110880 Å³
包络体积 envelope_volume	163390 Å³
水化壳体积 shell_volume	37095 Å³
包络直径 envelope_diameter	117.3 Å
壳层 Rg shell_rg	43.32 Å
包络 Rg envelope_rg	35.82 Å
形状 Rg shape_rg	37.80 Å
总 Rg total_rg	38.20 Å
总原子数 total_atoms	6282
残基数 n_residues	791
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	115.5 Å
Rg (实空间) rg_real	38.54 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.84 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2920e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1940e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.60 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	129200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8800
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	62.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.020
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.940
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11160000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.907; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.952; Smooth: 0.762

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA repair protein XRCC1
分子量 formula_weight	21060.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C
原子数 atom_count	6363

MPEIRLRHVVSCSSQDSTHCAENLLKADTYRKWRAAKAGEKTISVVLQLEKEEQIHSVDIGNDGSAFVEVLVGSSAGGAGEQDYEVLLVTSSFMSPSESRSGSNPNRVRMFGPDKLVRAAAEKRWDRVKIVCSQPYSKDSPFGLSFVRFHSPPDKDEAEAPSQKVTVTKLGQFRVKEEDESANHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA polymerase beta
分子量 formula_weight	29336.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7, 4.2.99.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E

MDDTSSSINFLTRVTGIGPSAARKLVDEGIKTLEDLRKNEDKLNHHQRIGLKYFEDFEKRIPREEMLQMQDIVLNEVKKLDPEYIATVCGSFRRGAESSGDMDVLLTHPNFTSESSKQPKLLHRVVEQLQKVRFITDTLSKGETKFMGVCQLPSENDENEYPHRRIDIRLIPKDQYYCGVLYFTGSDIFNKNMRAHALEKGFTINEYTIRPLGVTGVAGEPLPVDSEQDIFDYIQWRYREPKDRSEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

结构域编号 domain_id	d3k75b_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family family	b.18.1.8 — N-terminal domain of xrcc1

结构域编号 domain_id	d3k75c_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family family	b.18.1.8 — N-terminal domain of xrcc1

结构域编号 domain_id	d3k75d1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.12 — PsbU/PolX domain-like
家族 Family family	a.60.12.1 — DNA polymerase beta-like, second domain

结构域编号 domain_id	d3k75d2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.218 — Nucleotidyltransferase
超家族 Superfamily superfamily	d.218.1 — Nucleotidyltransferase
家族 Family family	d.218.1.2 — DNA polymerase beta-like

结构域编号 domain_id	d3k75d3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3k75e1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.12 — PsbU/PolX domain-like
家族 Family family	a.60.12.1 — DNA polymerase beta-like, second domain

结构域编号 domain_id	d3k75e2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.218 — Nucleotidyltransferase
超家族 Superfamily superfamily	d.218.1 — Nucleotidyltransferase
家族 Family family	d.218.1.2 — DNA polymerase beta-like

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	3k75B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — Galactose-binding domain-like

结构域编号 domain_id	3k75C00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — Galactose-binding domain-like

结构域编号 domain_id	3k75D01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain

结构域编号 domain_id	3k75D02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	460 — Beta Polymerase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Beta Polymerase, domain 2

结构域编号 domain_id	3k75D03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	210 — Beta Polymerase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA polymerase, thumb domain

结构域编号 domain_id	3k75E01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain

结构域编号 domain_id	3k75E02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	460 — Beta Polymerase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Beta Polymerase, domain 2

结构域编号 domain_id	3k75E03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	210 — Beta Polymerase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA polymerase, thumb domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	140.770 Å
晶胞边长 b length_b	44.050 Å
晶胞边长 c length_c	152.770 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	107.21 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.950 Å
最低分辨率 resolution_low	24.470 Å
R 因子 r_factor	0.2450
R_work r_work	0.2420
R_free r_free	0.2950

fit	/app/data/saxs_computation/k7/3k75/3k75.fit
pddf	/app/data/pr_computation/k7/3k75/3k75.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/k7/3k75/3k75.dat

X-ray crystal structure of reduced XRCC1 bound to DNA pol beta catalytic domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA repair protein XRCC1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA polymerase beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)