SAXSdb — 3kbh

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Angiotensin-converting enzyme 2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Spike glycoprotein × 2 （Q6Q1S2） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Spike glycoprotein × 2 （Q6Q1S2） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ACE2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–597； UniProt 19–615 作者链 B； PDB构建体 1–597； UniProt 19–615 作者链 C； PDB构建体 1–597； UniProt 19–615 作者链 D； PDB构建体 1–597； UniProt 19–615

Spike glycoprotein

Human coronavirus NL63

UniProt Q6Q1S2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Angiotensin-converting enzyme 2 × 2 （Q9BYF1） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Angiotensin-converting enzyme 2 × 2 （Q9BYF1） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPIKE_CVHNL
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–136； UniProt 481–616 作者链 F； PDB构建体 1–136； UniProt 481–616 作者链 G； PDB构建体 1–136； UniProt 481–616 作者链 H； PDB构建体 1–136； UniProt 481–616

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3kbh
沉积日期 deposition_date	2009-10-20
结构标题 title	Crystal structure of NL63 respiratory coronavirus receptor-binding domain complexed with its human receptor
关键词 keywords	;beta sandwich, Envelope protein, Fusion protein, Glycoprotein, Host-virus interaction, Membrane, Transmembrane, Virion, Virulence, Carboxypeptidase, Cell membrane, Chloride, Metal-binding, Metalloprotease, Protease, Secreted, HYDROLASE ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3kbh__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3kbh__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3kbh__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	49.03 Å
Rg（电子密度）	49.88 Å
总 Rg	49.93 Å
原子数	11512
残基数	1406
排除体积	203700 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3kbh__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3kbh__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Angiotensin-converting enzyme 2
分子量 formula_weight	69153.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.17.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	23024

STIEEQAKTFLDKFNHEAEDLFYQSSLASWNYNTNITEENVQNMNNAGDKWSAFLKEQSTLAQMYPLQEIQNLTVKLQLQALQQNGSSVLSEDKSKRLNTILNTMSTIYSTGKVCNPDNPQECLLLEPGLNEIMANSLDYNERLWAWESWRSEVGKQLRPLYEEYVVLKNEMARANHYEDYGDYWRGDYEVNGVDGYDYSRGQLIEDVEHTFEEIKPLYEHLHAYVRAKLMNAYPSYISPIGCLPAHLLGDMWGRFWTNLYSLTVPFGQKPNIDVTDAMVDQAWDAQRIFKEAEKFFVSVGLPNMTQGFWENSMLTDPGNVQKAVCHPTAWDLGKGDFRILMCTKVTMDDFLTAHHEMGHIQYDMAYAAQPFLLRNGANEGFHEAVGEIMSLSAATPKHLKSIGLLSPDFQEDNETEINFLLKQALTIVGTLPFTYMLEKWRWMVFKGEIPKDQWMKKWWEMKREIVGVVEPVPHDETYCDPASLFHVSNDYSFIRYYTRTLYQFQFQEALCQAAKHEGPLHKCDISNSTEAGQKLFNMLRLGKSEPWTLALENVVGAKNMNVRPLLNYFEPLFTWLKDQNKNSFVGWSTDWSPYAD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Spike glycoprotein
分子量 formula_weight	15026.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H

QHTDINFTATASFGGSCYVCKPHQVNISLNGNTSVCVRTSHFSIRYIYNRVKSGSPGDSSWHIYLKSGTCPFSFSKLNNFQKFKTICFSTVEVPGSCNFPLEATWHYTSYTIVGALYVTWSEGNSITGVPYPVSGI

来源 Source

来源生物 organism	Human coronavirus NL63
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	277944
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	16

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3kbhE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3130 — Coronavirus S1 glycoprotein, central receptor binding domain (RBD)

结构域编号 domain_id	3kbhF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3130 — Coronavirus S1 glycoprotein, central receptor binding domain (RBD)

结构域编号 domain_id	3kbhG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3130 — Coronavirus S1 glycoprotein, central receptor binding domain (RBD)

结构域编号 domain_id	3kbhH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3130 — Coronavirus S1 glycoprotein, central receptor binding domain (RBD)

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晶胞边长 a length_a	77.764 Å
晶胞边长 b length_b	77.764 Å
晶胞边长 c length_c	631.095 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 43
空间群编号 int_tables_number	78
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.310 Å
最低分辨率 resolution_low	49.010 Å
R 因子 r_factor	0.2698
R_work r_work	0.2682
R_free r_free	0.2997

Crystal structure of NL63 respiratory coronavirus receptor-binding domain complexed with its human receptor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Angiotensin-converting enzyme 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Spike glycoprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3kbh__assembly_2__model_1

3kbh__assembly_2__model_1 | I(q)

3kbh__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of NL63 respiratory coronavirus receptor-binding domain complexed with its human receptor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Angiotensin-converting enzyme 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Spike glycoprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3kbh__assembly_2__model_1

3kbh__assembly_2__model_1 | I(q)

3kbh__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)