SAXSdb — 3kfo

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nucleoporin NUP133

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 881–1157	片段：C-terminal domain, residues 881-1157 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；20% PEG 3350, 200mM Potassium Thiocyanate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K	分辨率 1.90 Å R-free 0.245

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3KFO	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6X02 Nup84-Nup133 (aa521-1157) from S. cerevisiae bound by VHH-SAN8 提交 2020-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 521–1157（637 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；6% PEG 8,000, 30% ethylene glycol, 0.1M imidazole titrated with MES pH 6.5, 15mM sodium nitrate, 15mM sodium phosphate dibasic, 15mM ammonium sulfate	分辨率 6.38 Å R-free 0.324
6X03 Nup84-Nup133 (aa521-1157) from S. cerevisiae bound by VHH-SAN8 and VHH-SAN9 提交 2020-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 521–1157（637 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；6% PEG 8,000, 30% ethylene glycol, 0.1M imidazole titrated with MES pH 6.5, 15mM sodium nitrate, 15mM sodium phosphate dibasic, 15mM ammonium sulfate	分辨率 7.30 Å R-free 0.353
6X04 Nup133 (aa55-481) from S. cerevisiae bound by VHH-SAN5 提交 2020-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 55–481（427 aa）链 C 55–481（427 aa）链 E 55–481（427 aa）链 G 55–481（427 aa）链 I 55–481（427 aa）链 K 55–481（427 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；15% PEG MME 2,000, 0.1M potassium chloride, 0.1M Tris/HCl pH 8	分辨率 2.68 Å R-free 0.261
6X05 Nup133 (aa55-481) from S. cerevisiae bound by VHH-SAN4 提交 2020-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 55–481（427 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；24% PEG 3,350, 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 5.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.219
7N84 Double nuclear outer ring from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 136 PDB 声明：136-meric	链 g 1–1157（1157 aa）链 r 1–1157（1157 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 11.60 Å
7N84 Double nuclear outer ring from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：heptadecameric	链 g 1–1157（1157 aa）链 r 1–1157（1157 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 11.60 Å
7N84 Double nuclear outer ring from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：heptadecameric	链 g 1–1157（1157 aa）链 r 1–1157（1157 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 11.60 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 448 PDB 声明：448-meric	链 g 1–1157（1157 aa）链 n 1–1157（1157 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)	分辨率 37.00 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric	链 g 1–1157（1157 aa）链 n 1–1157（1157 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)	分辨率 37.00 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric	链 g 1–1157（1157 aa）链 n 1–1157（1157 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)	分辨率 37.00 Å

共 6 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NU133_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–280； UniProt 881–1157

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3kfo
沉积日期 deposition_date	2009-10-27
结构标题 title	Crystal structure of the C-terminal domain from the nuclear pore complex component NUP133 from Saccharomyces cerevisiae
关键词 keywords	;Nuclear pore complex, NUP133, yeast, proteolysis, STRUCTURAL GENOMICS, PSI2, PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE, NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM, NYSGXRC, Membrane, mRNA transport, Nucleus, Phosphoprotein, Protein transport, Translocation, Transport, New York SGX Research Center for Structural Genomics ;; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.00 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.56 Å
零角强度 I(0) i0	10051200.00
分子量 molecular_weight	23790.0 kDa
排除体积 excluded_volume	29906 Å³
包络体积 envelope_volume	33692 Å³
水化壳体积 shell_volume	16933 Å³
包络直径 envelope_diameter	55.9 Å
壳层 Rg shell_rg	22.76 Å
包络 Rg envelope_rg	16.77 Å
形状 Rg shape_rg	16.57 Å
总 Rg total_rg	17.54 Å
总原子数 total_atoms	1675
残基数 n_residues	212
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	55.3 Å
Rg (实空间) rg_real	17.85 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.28 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0050e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1660e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.87 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	10050000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6529
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.101
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.424
角度范围 angular_range	— – 0.4400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2421000.0000
实空间数据点数 n_real_points	75
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.896; Stabil: 0.998; Sysdev: 0.275; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Nucleoporin NUP133
分子量 formula_weight	33243.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1804

MSLKYGHVAWIQQILDGSYADAMNTLKNITVDDSKKGESLSECELHLNVAKLSSLLVEKDNLDINTLRKIQYNLDTIDAEKNISNKLKKGEVQICKRFKNGSIREVFNILVEELKSTTVVNLSDLVELYSMLDDEESLFIPLRLLSVDGNLLNFEVKKFLNALVWRRIVLLNASNEGDKLLQHIVKRVFDEELPKNNDFPLPSVDLLCDKSLLTPEYISETYGRFPIDQNAIREEIYEEISQVETLNSDNSLEIKLHSTIGSVAKEKNYTINYETNTVEYEGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast,lager beer yeast,yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	100

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	47.433 Å
晶胞边长 b length_b	52.678 Å
晶胞边长 c length_c	76.674 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	23.000 Å
R 因子 r_factor	0.1930
R_work r_work	0.1910
R_free r_free	0.2450

fit	/app/data/saxs_computation/kf/3kfo/3kfo.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kf/3kfo/3kfo.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kf/3kfo/3kfo.dat

Crystal structure of the C-terminal domain from the nuclear pore complex component NUP133 from Saccharomyces cerevisiae

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nucleoporin NUP133

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction