SAXSdb — 3kmz

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Retinoic acid receptor alpha

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 176–421 链 B； UniProt 176–421	片段：ligand binding domain	Nuclear receptor corepressor 1 × 2 （O75376） EQO 4-{(E)-2-[5,5-dimethyl-8-(phenylethynyl)-5,6-dihydronaphthalen-2-yl]ethenyl}benzoic acid × 2 GOL GLYCEROL × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；18% PEG 3350 (w/v), 0.15M NH4Cl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.230
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 176–421	片段：ligand binding domain	Nuclear receptor corepressor 1 × 2 （O75376） EQO 4-{(E)-2-[5,5-dimethyl-8-(phenylethynyl)-5,6-dihydronaphthalen-2-yl]ethenyl}benzoic acid × 2 GOL GLYCEROL × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；18% PEG 3350 (w/v), 0.15M NH4Cl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.230
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 176–421	片段：ligand binding domain	Nuclear receptor corepressor 1 × 2 （O75376） EQO 4-{(E)-2-[5,5-dimethyl-8-(phenylethynyl)-5,6-dihydronaphthalen-2-yl]ethenyl}benzoic acid × 2 GOL GLYCEROL × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；18% PEG 3350 (w/v), 0.15M NH4Cl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.230

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3KMZ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1DKF CRYSTAL STRUCTURE OF A HETERODIMERIC COMPLEX OF RAR AND RXR LIGAND-BINDING DOMAINS 提交 1999-12-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 182–416（235 aa）片段：LIGAND-BINDING DOMAIN	未记录	OLA OLEIC ACID × 1 BMS 4-[(4,4-DIMETHYL-1,2,3,4-TETRAHYDRO-[1,2']BINAPTHALENYL-7-CARBONYL)-AMINO]-BENZOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.25；PEG 10000, pH 7.25	分辨率 2.50 Å R-free 0.262
1DSZ STRUCTURE OF THE RXR/RAR DNA-BINDING DOMAIN HETERODIMER IN COMPLEX WITH THE RETINOIC ACID RESPONSE ELEMENT DR1 提交 2000-01-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 82–167（86 aa）片段：RESIDUES 82-167	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；281 K；18-23% PEG 3350, 25 mM Tris buffer, 5 mM MgCl2, 0.4 M NH4CL, RXR and RAR proteins each at 0.45 mM, DNA duplex at 0.45 mM, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K	分辨率 1.70 Å R-free 0.267
3A9E Crystal structure of a mixed agonist-bound RAR-alpha and antagonist-bound RXR-alpha heterodimer ligand binding domains 提交 2009-10-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 153–421（269 aa）片段：Ligand Binding Domain	未记录	754 (2E,4E,6Z)-3-methyl-7-(5,5,8,8-tetramethyl-3-propoxy-5,6,7,8-tetrahydronaphthalen-2-yl)octa-2,4,6-trienoic acid × 1 REA RETINOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；290 K；200mM potassium thiocyanate, 20% PEG 3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K	分辨率 2.75 Å R-free 0.264
3A9E Crystal structure of a mixed agonist-bound RAR-alpha and antagonist-bound RXR-alpha heterodimer ligand binding domains 提交 2009-10-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 153–421（269 aa）片段：Ligand Binding Domain	未记录	754 (2E,4E,6Z)-3-methyl-7-(5,5,8,8-tetramethyl-3-propoxy-5,6,7,8-tetrahydronaphthalen-2-yl)octa-2,4,6-trienoic acid × 2 REA RETINOIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；290 K；200mM potassium thiocyanate, 20% PEG 3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K	分辨率 2.75 Å R-free 0.264
3KMR Crystal structure of RARalpha ligand binding domain in complex with an agonist ligand (Am580) and a coactivator fragment 提交 2009-11-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 176–421（246 aa）片段：ligand binding domain (UNP RESIDUE 176-421)	未记录	EQN 4-{[(5,5,8,8-tetramethyl-5,6,7,8-tetrahydronaphthalen-2-yl)carbonyl]amino}benzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；15% (w/v) PEG 6000, 5% (w/v) glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.237
4DQM Revealing a marine natural product as a novel agonist for retinoic acid receptors with a unique binding mode and antitumor activity 提交 2012-02-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 182–415（234 aa）片段：ligand binding domain, UNP RESIDUES 182-415	未记录	LUF (5S)-4-[(3E,7E)-4,8-dimethyl-10-(2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl)deca-3,7-dien-1-yl]-5-hydroxyfuran-2(5H)-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2% v/v Tacsimate pH7.0, 5% 2-propanol, 0.1M imadazole , 8% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.75 Å R-free 0.259
4DQM Revealing a marine natural product as a novel agonist for retinoic acid receptors with a unique binding mode and antitumor activity 提交 2012-02-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 182–415（234 aa）片段：ligand binding domain, UNP RESIDUES 182-415	未记录	LUF (5S)-4-[(3E,7E)-4,8-dimethyl-10-(2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl)deca-3,7-dien-1-yl]-5-hydroxyfuran-2(5H)-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2% v/v Tacsimate pH7.0, 5% 2-propanol, 0.1M imadazole , 8% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.75 Å R-free 0.259
5K13 Crystal structure of the RAR alpha ligand-binding domain in complex with an antagonist 提交 2016-05-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 176–421（246 aa）片段：UNP residues 176-421	未记录	6Q7 4-{5-(3-tert-butylphenyl)-1-[4-(methylsulfonyl)phenyl]-1H-pyrazol-3-yl}benzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；298 K；10-20% PEG 3350, 0.2M di-ammonium citrate	分辨率 1.85 Å R-free 0.222
6XWG Crystal Structure of the Human RXR/RAR DNA-Binding Domain Heterodimer Bound to the Human RARb2 DR5 Response Element 提交 2020-01-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 D 82–167（86 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M Li2SO4, 0.1 M bis-tris pH 6.5	分辨率 2.40 Å R-free 0.207
7AOS crystal structure of the RARalpha/RXRalpha ligand binding domain heterodimer in complex with a fragment of SRC1 coactivator 提交 2020-10-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 176–421（246 aa）	未记录	LG2 6-[1-(3,5,5,8,8-PENTAMETHYL-5,6,7,8-TETRAHYDRONAPHTHALEN-2-YL)CYCLOPROPYL]PYRIDINE-3-CARBOXYLIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 1 EQN 4-{[(5,5,8,8-tetramethyl-5,6,7,8-tetrahydronaphthalen-2-yl)carbonyl]amino}benzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；24% PEG 3350, 0.2M Na acetate, 0.1M Bis Tris Propane pH 7.0	分辨率 2.55 Å R-free 0.262
7APO Crystal structure of RARalpha ligand binding domain in complex with a fragment of the TIF2 coactivator 提交 2020-10-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 176–421（246 aa）链 B 176–421（246 aa）	未记录	EQN 4-{[(5,5,8,8-tetramethyl-5,6,7,8-tetrahydronaphthalen-2-yl)carbonyl]amino}benzoic acid × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M Lithium Chloride, 0.1M MES pH6.0, 20% PEG6000	分辨率 2.40 Å R-free 0.241
7QAA Crystal structure of RARalpha/RXRalpha ligand binding domain heterodimer in complex with BMS614 and oleic acid 提交 2021-11-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 85–319（235 aa）	未记录	OLA OLEIC ACID × 1 BMS 4-[(4,4-DIMETHYL-1,2,3,4-TETRAHYDRO-[1,2']BINAPTHALENYL-7-CARBONYL)-AMINO]-BENZOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；297 K；23% PEG 10,000 0.1 M Hepes, pH 7.25	分辨率 2.76 Å R-free 0.245
7WQQ Retinoic acid receptor alpha mutant - N299H 提交 2022-01-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 176–421（246 aa）	突变：N299H	5Z6 4-[(E)-3-(3,5-ditert-butylphenyl)-3-oxidanylidene-prop-1-enyl]benzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.05M Bis-Tris Propane pH 5.0, 0.05M Citric acid, 18% PEG 3350	分辨率 1.90 Å R-free 0.206
9GFE hRAR LBD protein in complex with AM580 agonist ligand and a stapled peptide 提交 2024-08-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 181–415（235 aa）	未记录	EQN 4-{[(5,5,8,8-tetramethyl-5,6,7,8-tetrahydronaphthalen-2-yl)carbonyl]amino}benzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；PEG 3350 20%, 0.2M Lithium Acetate, 0.05M NH4 Citrate	分辨率 1.58 Å R-free 0.229
9GFI hRAR alpha LBD-AM580 complex with staple peptide 提交 2024-08-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 180–415（236 aa）	未记录	EQN 4-{[(5,5,8,8-tetramethyl-5,6,7,8-tetrahydronaphthalen-2-yl)carbonyl]amino}benzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；290 K；PEG 3350 20%, 0.2M NaSCN	分辨率 2.10 Å R-free 0.272

共 13 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称	RARA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 21–266； UniProt 176–421 作者链 B； PDB构建体 21–266； UniProt 176–421

Nuclear receptor corepressor 1

物种未注明

UniProt O75376

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 2047–2065 链 D； UniProt 2047–2065	片段：NR1 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Retinoic acid receptor alpha × 2 （P10276） EQO 4-{(E)-2-[5,5-dimethyl-8-(phenylethynyl)-5,6-dihydronaphthalen-2-yl]ethenyl}benzoic acid × 2 GOL GLYCEROL × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；18% PEG 3350 (w/v), 0.15M NH4Cl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.230
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 2047–2065	片段：NR1 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Retinoic acid receptor alpha × 2 （P10276） EQO 4-{(E)-2-[5,5-dimethyl-8-(phenylethynyl)-5,6-dihydronaphthalen-2-yl]ethenyl}benzoic acid × 2 GOL GLYCEROL × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；18% PEG 3350 (w/v), 0.15M NH4Cl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.230
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 2047–2065	片段：NR1 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Retinoic acid receptor alpha × 2 （P10276） EQO 4-{(E)-2-[5,5-dimethyl-8-(phenylethynyl)-5,6-dihydronaphthalen-2-yl]ethenyl}benzoic acid × 2 GOL GLYCEROL × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；18% PEG 3350 (w/v), 0.15M NH4Cl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.230

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3KMZ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2EQR Solution structure of the first SANT domain from human nuclear receptor corepressor 1 提交 2007-03-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 433–486（54 aa）片段：Sant domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；293 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 1.14mM 13C, 15N-labeled protein; 20mM d-Tris-HCl(pH 7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
3H52 Crystal structure of the antagonist form of human glucocorticoid receptor 提交 2009-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 N 2258–2276（19 aa）片段：CORNR box 3, UNP residues 2258-2276	未记录	486 11-(4-DIMETHYLAMINO-PHENYL)-17-HYDROXY-13-METHYL-17-PROP-1-YNYL-1,2,6,7,8,11,12,13,14,15,16,17-DODEC AHYDRO-CYCLOPENTA[A]PHENANTHREN-3-ONE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 2.80 Å R-free 0.283
3H52 Crystal structure of the antagonist form of human glucocorticoid receptor 提交 2009-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 M 2258–2276（19 aa）片段：CORNR box 3, UNP residues 2258-2276	未记录	486 11-(4-DIMETHYLAMINO-PHENYL)-17-HYDROXY-13-METHYL-17-PROP-1-YNYL-1,2,6,7,8,11,12,13,14,15,16,17-DODEC AHYDRO-CYCLOPENTA[A]PHENANTHREN-3-ONE × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 2.80 Å R-free 0.283
3N00 Crystal Structure of a deletion mutant of human Reverba ligand binding domain bound with an NCoR ID1 peptide determined to 2.60A 提交 2010-05-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 2045–2065（21 aa）片段：CORNR box 2 residues 2045-2065	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；295 K；1ul of precipitant composed of 6-9% of PEG 3350, 8% glycerol, 200mM proline, 80mM HEPES was mixed with 1uL of the Rev-erba NCoR complex at 5-6 mG/Lit to obtain diffraction grade crystals, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K	分辨率 2.60 Å R-free 0.266
3N00 Crystal Structure of a deletion mutant of human Reverba ligand binding domain bound with an NCoR ID1 peptide determined to 2.60A 提交 2010-05-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2045–2065（21 aa）片段：CORNR box 2 residues 2045-2065	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；295 K；1ul of precipitant composed of 6-9% of PEG 3350, 8% glycerol, 200mM proline, 80mM HEPES was mixed with 1uL of the Rev-erba NCoR complex at 5-6 mG/Lit to obtain diffraction grade crystals, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K	分辨率 2.60 Å R-free 0.266
4MDD Crystal Structure of the Glucocorticoid Receptor Bound to a Non-steroidal Antagonist Reveals Repositioning and Partial Disordering of Activation Function Helix 12 提交 2013-08-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 2260–2274（15 aa）片段：unp residues 2260-2274 链 D 2260–2274（15 aa）片段：unp residues 2260-2274	未记录	29M N-[2-{[benzyl(methyl)amino]methyl}-3-(4-fluoro-2-methoxyphenyl)-5-(propan-2-yl)-1H-indol-7-yl]methanesulfonamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；294 K；100mM Tris HCl plus 6% 1,6 - Hexanediol + 24% PEG 8K, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K	分辨率 2.40 Å R-free 0.258
4WVD Identification of a novel FXR ligand that regulates metabolism 提交 2014-11-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2259–2275（17 aa）片段：UNP residues 2259-2275	未记录	FMT FORMIC ACID × 4 IVM (2aE,4E,5'S,6S,6'R,7S,8E,11R,13R,15S,17aR,20R,20aR,20bS)-6'-[(2S)-butan-2-yl]-20,20b-dihydroxy-5',6,8,19-tetramethyl-17 -oxo-3',4',5',6,6',10,11,14,15,17,17a,20,20a,20b-tetradecahydro-2H,7H-spiro[11,15-methanofuro[4,3,2-pq][2,6]benzodioxacy clooctadecine-13,2'-pyran]-7-yl 2,6-dideoxy-4-O-(2,6-dideoxy-3-O-methyl-alpha-L-arabino-hexopyranosyl)-3-O-methyl-alpha-L-arabino-hexopyranoside × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293.15 K；50mM HEPES pH7.0, 3.5M sodium formate	分辨率 2.90 Å R-free 0.302
4WVD Identification of a novel FXR ligand that regulates metabolism 提交 2014-11-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 2259–2275（17 aa）片段：UNP residues 2259-2275	未记录	FMT FORMIC ACID × 4 IVM (2aE,4E,5'S,6S,6'R,7S,8E,11R,13R,15S,17aR,20R,20aR,20bS)-6'-[(2S)-butan-2-yl]-20,20b-dihydroxy-5',6,8,19-tetramethyl-17 -oxo-3',4',5',6,6',10,11,14,15,17,17a,20,20a,20b-tetradecahydro-2H,7H-spiro[11,15-methanofuro[4,3,2-pq][2,6]benzodioxacy clooctadecine-13,2'-pyran]-7-yl 2,6-dideoxy-4-O-(2,6-dideoxy-3-O-methyl-alpha-L-arabino-hexopyranosyl)-3-O-methyl-alpha-L-arabino-hexopyranoside × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293.15 K；50mM HEPES pH7.0, 3.5M sodium formate	分辨率 2.90 Å R-free 0.302
6WMQ Crystal Structure of Human REV-ERBbeta Ligand Binding Domain Co-Bound to Heme and NCoR ID1 Peptide 提交 2020-04-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 2044–2066（23 aa）链 F 2044–2066（23 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M Na HEPES, pH 7.5, 2% PEG 400	分辨率 2.55 Å R-free 0.270
6XXS Crystal structure of an NCoR1BBD2-BCL6BTB chimera in complex with the NcoR1 BBD1 corepressor peptide. 提交 2020-01-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 C 1340–1356（17 aa）链 D 1340–1356（17 aa）链 G 1340–1356（17 aa）链 H 1340–1356（17 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；2M Sodium chloride 5%(w/v) PEG 4000 0.1M Tris base/ Hydrochloric acid pH 8.5	分辨率 3.25 Å R-free 0.225
6XYX Crystal structure of the BCL6 BTB domain in complex with the NCoR1 BBD corepressor peptide 提交 2020-01-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1340–1356（17 aa）链 D 1340–1356（17 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.2 M Sodium acetate trihydrate 0.1 M Bis-Tris propane 7.5 20 % w/v PEG 3350	分辨率 1.44 Å R-free 0.198
6XZZ Crystal structure of the BCL6 BTB domain in complex with the NCoR1 BBD2 peptide 提交 2020-02-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1726–1742（17 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 14 CL CHLORIDE ION × 4 TFA trifluoroacetic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；13.4%(v/v) PEG 400, 0.335M K2HPO4 / NaH2PO4 pH 7.5	分辨率 1.39 Å R-free 0.206
6Y17 Crystal structure of an NCoR1BBD2-BCL6BTB chimera in complex with nebulinSH3-NCoR1BBD1 提交 2020-02-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1733–1741（9 aa）链 B 1733–1741（9 aa）链 C 1340–1356（17 aa）链 D 1340–1356（17 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.66 M ammonium sulfate, 3.3% (v/v) glycerol, 0.05 M magnesium sulfate, 0.1 M imidazole/ hydrochloric acid pH 6.5	分辨率 1.56 Å R-free 0.201
6ZBU Crystal structure of an NCoR1BBD2-BCL6BTB chimera in complex with the NcoR1 BBD1 corepressor peptide 提交 2020-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1733–1741（9 aa）链 B 1733–1741（9 aa）链 C 1340–1356（17 aa）链 D 1340–1356（17 aa）链 E 1733–1741（9 aa）链 F 1733–1741（9 aa）链 G 1340–1356（17 aa）链 H 1340–1356（17 aa）链 I 1733–1741（9 aa）链 J 1733–1741（9 aa）链 K 1340–1356（17 aa）链 L 1340–1356（17 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 28 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；1.34M Ammonium sulfate 0.67%(v/v) MPD 0.1M HEPES/ Sodium hydroxide pH 7.5	分辨率 2.46 Å R-free 0.259
8AS9 Crystal structure of the talin-KANK1 complex 提交 2022-08-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 D 1341–1356（16 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 12 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277.15 K；1M Ammonium sulfate, 0.1M CHES 9.5, 0.2M Sodium chloride, 6 % (v/v) Glycerol	分辨率 3.40 Å R-free 0.285
8D8I Crystal structure of Reverb alpha in complex with synthetic agonist 提交 2022-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2045–2064（20 aa）	突变：C2056A	QFX (4S)-6-[([1,1'-biphenyl]-2-yl)oxy]-3-chloro[1,2,4]triazolo[4,3-b]pyridazine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295.15 K；80mM Na Hepes pH7.5, 200mM proline, 8% glycerol and 18% PEG3350	分辨率 2.50 Å R-free 0.239
8DKN PPARg bound to T0070907 and Co-R peptide 提交 2022-07-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2260–2272（13 aa）	未记录	EEY 2-chloro-5-nitro-N-(pyridin-4-yl)benzamide × 1 CXS 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.5；296 K；2+2 uL drops made from a 2:2:1 molar ratio of T007:NCOR peptide:PPARg and well solution containing 1.8-2.2 M (NH3)2SO4, 0.2 M Li2SO4 and 100 mM CAPS pH 9.5. Protein formulated at 20 mg mL-1 in 20 mM Tris, pH 8.0, 100 mM NaCl, and 1mM TCEP	分辨率 1.95 Å R-free 0.297
8DKV PPARg bound to JTP-426467 and Co-R peptide 提交 2022-07-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2259–2272（14 aa）	未记录	SKL 2-chloro-N-[4-(5-methyl-1,3-benzoxazol-2-yl)phenyl]-5-nitrobenzamide × 1 CXS 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；2+2 uL drops made from a 2:2:1 molar ratio of JTP-4:NCOR peptide:PPARg and well solution containing 1.8-2.2 M (NH3)2SO4, 0.2 M Li2SO4 and 100 mM CAPS pH 9.5. Protein formulated at 20 mg mL-1 in 20 mM Tris, pH 8.0, 100 mM NaCl, and 1mM TCEP	分辨率 1.59 Å R-free 0.266
8FHE Crystal structure of PPARgamma ligand-binding domain in complex with N-CoR peptide and GW9662 提交 2022-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 2256–2278（23 aa）	未记录	GW9 2-chloro-5-nitro-N-phenylbenzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.2M Ammonium sulfate, 0.1M MES, pH 6.5, 30% w/v, PEG 8000	分辨率 1.80 Å R-free 0.229
8FHG Crystal structure of PPARgamma ligand-binding domain in complex with N-CoR peptide and ZINC5672437 提交 2022-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 2256–2278（23 aa）	未记录	XZK N-(4-carbamoylphenyl)-2-chloro-5-nitrobenzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.2M Ammonium sulfate, 0.1M MES, pH 6.5, 30% w/v, PEG 8000	分辨率 1.80 Å R-free 0.234
8FKC Crystal structure of PPARgamma ligand-binding domain in complex with N-CoR peptide and inverse agonist SR33544 提交 2022-12-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 2256–2278（23 aa）	未记录	Y5F 2-chloro-N-(5-cyanopyridin-3-yl)-5-nitrobenzamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.2M Ammonium sulfate, 0.1M MES, pH 6.5, 30% w/v, PEG 8000	分辨率 1.42 Å R-free 0.198
8FKD Crystal structure of PPARgamma ligand-binding domain in complex with N-CoR peptide and inverse agonist SR33068 提交 2022-12-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 2256–2278（23 aa）	未记录	Y5O 2-chloro-N-(6-cyanopyridin-3-yl)-5-nitrobenzamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.2M Ammonium sulfate, 0.1M MES, pH 6.5, 30% w/v, PEG 8000	分辨率 2.22 Å R-free 0.251
8FKE Crystal structure of PPARgamma ligand-binding domain in complex with N-CoR peptide and inverse agonist SR32904 提交 2022-12-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 2256–2278（23 aa）	未记录	Y5T 2-chloro-N-(2-methylpyridin-4-yl)-5-nitrobenzamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.2M Ammonium sulfate, 0.1M MES, pH 6.5, 30% w/v, PEG 8000	分辨率 2.02 Å R-free 0.249
8FKF Crystal structure of PPARgamma ligand-binding domain in complex with N-CoR peptide and inverse agonist SR36706 提交 2022-12-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 2256–2278（23 aa）	未记录	Y5X 2-chloro-N-(5-fluoropyridin-3-yl)-5-nitrobenzamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.2M Ammonium sulfate, 0.1M MES, pH 6.5, 30% w/v, PEG 8000	分辨率 1.82 Å R-free 0.216
8FKG Crystal structure of PPARgamma ligand-binding domain in complex with N-CoR peptide and inverse agonist SR33486 提交 2022-12-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 2256–2278（23 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 Y62 2-chloro-N-(5-cyanopyridin-2-yl)-5-nitrobenzamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.2M Ammonium sulfate, 0.1M MES, pH 6.5, 30% w/v, PEG 8000	分辨率 2.12 Å R-free 0.218
9O9N Crystal structure of PPARgamma ligand binding domain (LBD) in complex with NCoR1 corepressor peptide and inverse agonist FX-909 提交 2025-04-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 2256–2278（23 aa）	未记录	A1CAA (3P)-3-(5,7-difluoro-4-oxo-1,4-dihydroquinolin-2-yl)-4-(methanesulfonyl)benzonitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M MES (pH 6.5), 0.2 M Ammonium Sulfate, 30% PEG 8000	分辨率 2.10 Å R-free 0.297
9OLC Crystal structure of PPARg ligand-binding domain in complex with NCoR1 peptide and FTX-6746 提交 2025-05-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 2260–2272（13 aa）	未记录	A1CCT (3P)-4-chloro-3-(5,7-difluoro-4-oxo-1,4-dihydroquinolin-2-yl)benzonitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M MES pH 6.5, 0.1M Ammonium Sulfate, 24% PEG8000	分辨率 2.83 Å R-free 0.298
9OLC Crystal structure of PPARg ligand-binding domain in complex with NCoR1 peptide and FTX-6746 提交 2025-05-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 2260–2272（13 aa）	未记录	A1CCT (3P)-4-chloro-3-(5,7-difluoro-4-oxo-1,4-dihydroquinolin-2-yl)benzonitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M MES pH 6.5, 0.1M Ammonium Sulfate, 24% PEG8000	分辨率 2.83 Å R-free 0.298
9OLC Crystal structure of PPARg ligand-binding domain in complex with NCoR1 peptide and FTX-6746 提交 2025-05-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 2260–2272（13 aa）	未记录	A1CCT (3P)-4-chloro-3-(5,7-difluoro-4-oxo-1,4-dihydroquinolin-2-yl)benzonitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M MES pH 6.5, 0.1M Ammonium Sulfate, 24% PEG8000	分辨率 2.83 Å R-free 0.298
9OLC Crystal structure of PPARg ligand-binding domain in complex with NCoR1 peptide and FTX-6746 提交 2025-05-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 2260–2272（13 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M MES pH 6.5, 0.1M Ammonium Sulfate, 24% PEG8000	分辨率 2.83 Å R-free 0.298

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UniProt名称	NCOR1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–19； UniProt 2047–2065 作者链 D； PDB构建体 1–19； UniProt 2047–2065

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3kmz
沉积日期 deposition_date	2009-11-11
结构标题 title	Crystal structure of RARalpha ligand binding domain in complex with the inverse agonist BMS493 and a corepressor fragment
关键词 keywords	;nuclear receptor transcription factor ligand binding domain, DNA-binding, Metal-binding, Nucleus, Phosphoprotein, Proto-oncogene, Receptor, Transcription, Transcription regulation, Zinc-finger, Chromatin regulator, Repressor ;; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.26 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.18 Å
零角强度 I(0) i0	48311900.00
分子量 molecular_weight	55949.0 kDa
排除体积 excluded_volume	70772 Å³
包络体积 envelope_volume	85962 Å³
水化壳体积 shell_volume	25758 Å³
包络直径 envelope_diameter	109.9 Å
壳层 Rg shell_rg	34.26 Å
包络 Rg envelope_rg	30.58 Å
形状 Rg shape_rg	30.15 Å
总 Rg total_rg	30.69 Å
总原子数 total_atoms	3914
残基数 n_residues	478
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	105.2 Å
Rg (实空间) rg_real	30.62 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.91 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.8310e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.8760e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	48310000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6010
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	26.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.567
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.416
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	14090000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.595; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.193; Positv: 1.000; Valcen: 0.524; Smooth: 0.918

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Retinoic acid receptor alpha
分子量 formula_weight	29967.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A
原子数 atom_count	4262

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHESYTLTPEVGELIEKVRKAHQETFPALCQLGKYTTNNSSEQRVSLDIDLWDKFSELSTKCIIKTVEFAKQLPGFTTLTIADQITLLKAACLDILILRICTRYTPEQDTMTFSDGLTLNRTQMHNAGFGPLTDLVFAFANQLLPLEMDDAETGLLSAICLICGDRQDLEQPDRVDMLQEPLLEALKVYVRKRRPSRPHMFPKMLMKITDLRSISAKGAERVITLKMEIPGSMPPLIQEMLENSEGLD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Nuclear receptor corepressor 1
分子量 formula_weight	2246.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

RLITLADHICQIITQDFAR

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	4-{(E)-2-[5,5-dimethyl-8-(phenylethynyl)-5,6-dihydronaphthalen-2-yl]ethenyl}benzoic acid
分子量 formula_weight	404.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	298

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3kmzA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Retinoid X Receptor

结构域编号 domain_id	3kmzB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Retinoid X Receptor

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	104.831 Å
晶胞边长 b length_b	105.625 Å
晶胞边长 c length_c	53.382 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	89.92 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	43.400 Å
R 因子 r_factor	0.1750
R_work r_work	0.1721
R_free r_free	0.2297

fit	/app/data/saxs_computation/km/3kmz/3kmz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/km/3kmz/3kmz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/km/3kmz/3kmz.dat

Crystal structure of RARalpha ligand binding domain in complex with the inverse agonist BMS493 and a corepressor fragment

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Retinoic acid receptor alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Nuclear receptor corepressor 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)