SAXSdb — 3lj5

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Portal protein

Enterobacteria phage P22

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–725 链 B； UniProt 1–725 链 C； UniProt 1–725 链 D； UniProt 1–725 链 E； UniProt 1–725 链 F； UniProt 1–725 链 G； UniProt 1–725 链 H； UniProt 1–725 链 I； UniProt 1–725 链 J； UniProt 1–725 链 K； UniProt 1–725 链 L； UniProt 1–725	片段：UNP residues 1-725	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；30% tert-Butanol, 70mM sodium chloride, 2.5% PEG 400, 0.1M sodium acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 7.50 Å R-free 0.263

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3LJ5	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4V4K Bacteriophage P22 Portal Protein bound to middle Tail Factor GP4. This file contain the second biological assembly 提交 2010-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 M 1–602（602 aa）片段：UNP RESIDUES 1-602 链 N 1–602（602 aa）片段：UNP RESIDUES 1-602 链 O 1–602（602 aa）片段：UNP RESIDUES 1-602 链 P 1–602（602 aa）片段：UNP RESIDUES 1-602 链 Q 1–602（602 aa）片段：UNP RESIDUES 1-602 链 R 1–602（602 aa）片段：UNP RESIDUES 1-602 链 S 1–602（602 aa）片段：UNP RESIDUES 1-602 链 T 1–602（602 aa）片段：UNP RESIDUES 1-602 链 U 1–602（602 aa）片段：UNP RESIDUES 1-602 链 V 1–602（602 aa）片段：UNP RESIDUES 1-602 链 W 1–602（602 aa）片段：UNP RESIDUES 1-602 链 X 1–602（602 aa）片段：UNP RESIDUES 1-602	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；20% PEG 8000, 0.1M (NH4)2HPO4, 0.1M MES, PH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K	分辨率 3.25 Å R-free 0.236
4V4K Bacteriophage P22 Portal Protein bound to middle Tail Factor GP4. This file contain the second biological assembly 提交 2010-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–602（602 aa）片段：UNP RESIDUES 1-602 链 B 1–602（602 aa）片段：UNP RESIDUES 1-602 链 C 1–602（602 aa）片段：UNP RESIDUES 1-602 链 D 1–602（602 aa）片段：UNP RESIDUES 1-602 链 E 1–602（602 aa）片段：UNP RESIDUES 1-602 链 F 1–602（602 aa）片段：UNP RESIDUES 1-602 链 G 1–602（602 aa）片段：UNP RESIDUES 1-602 链 H 1–602（602 aa）片段：UNP RESIDUES 1-602 链 I 1–602（602 aa）片段：UNP RESIDUES 1-602 链 J 1–602（602 aa）片段：UNP RESIDUES 1-602 链 K 1–602（602 aa）片段：UNP RESIDUES 1-602 链 L 1–602（602 aa）片段：UNP RESIDUES 1-602	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；20% PEG 8000, 0.1M (NH4)2HPO4, 0.1M MES, PH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K	分辨率 3.25 Å R-free 0.236
5GAI Probabilistic Structural Models of Mature P22 Bacteriophage Portal, Hub, and Tailspike proteins 提交 2015-12-01	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：27-meric	链 A 5–725（721 aa）链 B 5–725（721 aa）链 C 5–725（721 aa）链 D 5–725（721 aa）链 E 5–725（721 aa）链 F 5–725（721 aa）链 G 5–725（721 aa）链 H 5–725（721 aa）链 I 5–725（721 aa）链 J 5–725（721 aa）链 W 5–725（721 aa）链 X 5–725（721 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot for 2 seconds before plunging.	分辨率 10.50 Å
5JJ1 Structure of the Immature Procapsid Conformation of P22 Portal Protein 提交 2016-04-22	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–602（602 aa）片段：UNP residues 1-602 链 B 1–602（602 aa）片段：UNP residues 1-602 链 C 1–602（602 aa）片段：UNP residues 1-602 链 D 1–602（602 aa）片段：UNP residues 1-602 链 E 1–602（602 aa）片段：UNP residues 1-602 链 F 1–602（602 aa）片段：UNP residues 1-602 链 G 1–602（602 aa）片段：UNP residues 1-602 链 H 1–602（602 aa）片段：UNP residues 1-602 链 I 1–602（602 aa）片段：UNP residues 1-602 链 J 1–602（602 aa）片段：UNP residues 1-602 链 K 1–602（602 aa）片段：UNP residues 1-602 链 L 1–602（602 aa）片段：UNP residues 1-602	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；5% PEG 8,000, 10 mM Cesium Chloride	分辨率 3.30 Å R-free 0.315
5JJ3 Refined Structure of the Mature Virion Conformation of P22 Portal Protein 提交 2016-04-22	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–725（725 aa）链 B 1–725（725 aa）链 C 1–725（725 aa）链 D 1–725（725 aa）链 E 1–725（725 aa）链 F 1–725（725 aa）链 G 1–725（725 aa）链 H 1–725（725 aa）链 I 1–725（725 aa）链 J 1–725（725 aa）链 K 1–725（725 aa）链 L 1–725（725 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；30% tert-butanol, 70 mM sodium chloride, 2.5% PEG400 in 0.1 M sodium acetate	分辨率 7.00 Å R-free 0.260
8EAO Cryo-EM structure of the in-situ gp1-gp4 complex from bacteriophage P22 提交 2022-08-29	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 B 6–626（621 aa）链 D 6–626（621 aa）链 F 6–626（621 aa）链 H 6–626（621 aa）链 J 6–626（621 aa）链 L 6–626（621 aa）链 N 6–626（621 aa）链 P 6–626（621 aa）链 R 6–626（621 aa）链 T 6–626（621 aa）链 V 6–626（621 aa）链 X 6–626（621 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8TVU In situ cryo-EM structure of bacteriophage P22 portal protein: head-to-tail protein complex at 3.0A resolution 提交 2023-08-18	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–725（725 aa）链 B 1–725（725 aa）链 D 1–725（725 aa）链 F 1–725（725 aa）链 H 1–725（725 aa）链 J 1–725（725 aa）链 L 1–725（725 aa）链 N 1–725（725 aa）链 P 1–725（725 aa）链 R 1–725（725 aa）链 T 1–725（725 aa）链 W 1–725（725 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8U10 In situ cryo-EM structure of bacteriophage P22 gp1:gp4:gp5:gp10:gp9 N-term complex in conformation 1 at 3.2A resolution 提交 2023-08-30	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：58-meric	链 a 1–725（725 aa）链 b 1–725（725 aa）链 c 1–725（725 aa）链 d 1–725（725 aa）链 e 1–725（725 aa）链 f 1–725（725 aa）链 g 1–725（725 aa）链 h 1–725（725 aa）链 i 1–725（725 aa）链 j 1–725（725 aa）链 k 1–725（725 aa）链 l 1–725（725 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8U11 In situ cryo-EM structure of bacteriophage P22 gp1:gp5:gp4: gp10: gp9 N-term complex in conformation 2 at 3.1A resolution 提交 2023-08-30	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：58-meric	链 a 1–725（725 aa）链 b 1–725（725 aa）链 c 1–725（725 aa）链 d 1–725（725 aa）链 e 1–725（725 aa）链 f 1–725（725 aa）链 g 1–725（725 aa）链 h 1–725（725 aa）链 i 1–725（725 aa）链 j 1–725（725 aa）链 k 1–725（725 aa）链 l 1–725（725 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9KYW The scaffold C-loop of phage P22 提交 2024-12-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–725（725 aa）链 L 1–725（725 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.70 Å
9PDP In situ cryoEM structure of bacteriophage P22 portal barrel 提交 2025-06-30	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric	链 A 602–710（109 aa）链 B 602–710（109 aa）链 C 602–710（109 aa）链 D 602–710（109 aa）链 E 602–710（109 aa）链 F 602–710（109 aa）链 G 602–710（109 aa）链 H 602–710（109 aa）链 I 602–710（109 aa）链 J 602–710（109 aa）链 K 602–710（109 aa）链 L 602–710（109 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.83 Å
9PGG Cryo-EM structure of bacteriophage P22 gp1-gp5-gp4 complex at 2.76 angstrom 提交 2025-07-07	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：39-meric	链 Bb 1–725（725 aa）链 Bd 1–725（725 aa）链 Bf 1–725（725 aa）链 Bh 1–725（725 aa）链 Bj 1–725（725 aa）链 Bl 1–725（725 aa）链 Bn 1–725（725 aa）链 Bp 1–725（725 aa）链 Br 1–725（725 aa）链 Bt 1–725（725 aa）链 Bv 1–725（725 aa）链 Bx 1–725（725 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.76 Å

共 11 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PORTL_BPP22
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–725； UniProt 1–725 作者链 B； PDB构建体 1–725； UniProt 1–725 作者链 C； PDB构建体 1–725； UniProt 1–725 作者链 D； PDB构建体 1–725； UniProt 1–725 作者链 E； PDB构建体 1–725； UniProt 1–725 作者链 F； PDB构建体 1–725； UniProt 1–725 作者链 G； PDB构建体 1–725； UniProt 1–725 作者链 H； PDB构建体 1–725； UniProt 1–725 作者链 I； PDB构建体 1–725； UniProt 1–725 作者链 J； PDB构建体 1–725； UniProt 1–725 作者链 K； PDB构建体 1–725； UniProt 1–725 作者链 L； PDB构建体 1–725； UniProt 1–725

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3lj5
沉积日期 deposition_date	2010-01-25
结构标题 title	Full Length Bacteriophage P22 Portal Protein
关键词 keywords	;portal protein, DNA ejection, molecular motor, DNA packaging, Podoviridae, virus assembly, tail tube, trunk domain, Late protein, Viral Protein ;; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	76.12 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	75.02 Å
零角强度 I(0) i0	11522400000.00
分子量 molecular_weight	871440.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1072300 Å³
包络体积 envelope_volume	1853500 Å³
水化壳体积 shell_volume	210120 Å³
包络直径 envelope_diameter	304.1 Å
壳层 Rg shell_rg	77.04 Å
包络 Rg envelope_rg	78.46 Å
形状 Rg shape_rg	75.30 Å
总 Rg total_rg	74.10 Å
总原子数 total_atoms	61512
残基数 n_residues	8304
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	233.8 Å
Rg (实空间) rg_real	72.87 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.10 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1220e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2840e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	73.90 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	11460000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8677
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	100.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.654
峰度 Kurtosis kurtosis	0.488
角度范围 angular_range	— – 0.1050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.3536
最高正则化参数 α highest_alpha	4594000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	22
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.001; Oscil: 0.670; Stabil: 0.994; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.958; Smooth: 0.778

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

▶

8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	408.949 Å
晶胞边长 b length_b	408.949 Å
晶胞边长 c length_c	260.009 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	96

空间群 space_group	I 4
空间群编号 int_tables_number	79
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	7.497 Å
最低分辨率 resolution_low	59.484 Å
R 因子 r_factor	0.1930
R_work r_work	0.1874
R_free r_free	0.2633

描述 description	Portal protein
分子量 formula_weight	82829.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	61512

Full Length Bacteriophage P22 Portal Protein

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Portal protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Enterobacteria phage P22
通用名 common_name	Bacteriophage P22
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10754
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

fit	/app/data/saxs_computation/lj/3lj5/3lj5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lj/3lj5/3lj5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lj/3lj5/3lj5.dat