3ll8

Crystal Structure of Calcineurin in Complex with AKAP79 Peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

AKAP79 peptide

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Serine/threonine-protein phosphatase 2B catalytic subunit alpha isoform × 1 （Q08209） Calcineurin subunit B type 1 × 1 （P63098） PHOSPHATE ION × 1 ZINC ION × 1 FE (III) ION × 1 CALCIUM ION × 4 water × 3	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Serine/threonine-protein phosphatase 2B catalytic subunit alpha isoform × 2 （Q08209） Calcineurin subunit B type 1 × 2 （P63098） PHOSPHATE ION × 2 ZINC ION × 2 FE (III) ION × 2 CALCIUM ION × 8 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AKAP5_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–11； UniProt 336–346

Serine/threonine-protein phosphatase 2B catalytic subunit alpha isoform

Homo sapiens

UniProt Q08209

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	AKAP79 peptide × 1 （P24588） Calcineurin subunit B type 1 × 1 （P63098） PHOSPHATE ION × 1 ZINC ION × 1 FE (III) ION × 1 CALCIUM ION × 4 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Calcineurin subunit B type 1 × 1 （P63098） PHOSPHATE ION × 1 ZINC ION × 1 FE (III) ION × 1 CALCIUM ION × 4 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	AKAP79 peptide × 1 （P24588） Calcineurin subunit B type 1 × 2 （P63098） PHOSPHATE ION × 2 ZINC ION × 2 FE (III) ION × 2 CALCIUM ION × 8 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PP2BA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–357； UniProt 14–370 作者链 C； PDB构建体 1–357； UniProt 14–370

Calcineurin subunit B type 1

Homo sapiens

UniProt P63098

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	AKAP79 peptide × 1 （P24588） Serine/threonine-protein phosphatase 2B catalytic subunit alpha isoform × 1 （Q08209） PHOSPHATE ION × 1 ZINC ION × 1 FE (III) ION × 1 CALCIUM ION × 4 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Serine/threonine-protein phosphatase 2B catalytic subunit alpha isoform × 1 （Q08209） PHOSPHATE ION × 1 ZINC ION × 1 FE (III) ION × 1 CALCIUM ION × 4 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	AKAP79 peptide × 1 （P24588） Serine/threonine-protein phosphatase 2B catalytic subunit alpha isoform × 2 （Q08209） PHOSPHATE ION × 2 ZINC ION × 2 FE (III) ION × 2 CALCIUM ION × 8 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CANB1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–155； UniProt 16–170 作者链 D； PDB构建体 1–155； UniProt 16–170

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3ll8
沉积日期 deposition_date	2010-01-28
结构标题 title	Crystal Structure of Calcineurin in Complex with AKAP79 Peptide
关键词 keywords	;protein-peptide docking, protein targeting, calcineurin, AKAP79, beta-augmentation, Calmodulin-binding, Membrane, Hydrolase, Iron, Metal-binding, Nucleus, Phosphoprotein, Protein phosphatase, Lipoprotein, Myristate, Hydrolase-calcium binding protein complex ;; Hydrolase/calcium binding protein
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3ll8__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3ll8__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3ll8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.75 Å
Rg（电子密度）	29.41 Å
总 Rg	29.94 Å
原子数	4235
残基数	523
排除体积	75725 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3ll8__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3ll8__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3ll8__assembly_3__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	AKAP79 peptide
分子量 formula_weight	1214.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E
原子数 atom_count	8968

EPIAIIITDTE

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Serine/threonine-protein phosphatase 2B catalytic subunit alpha isoform
分子量 formula_weight	41259.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.3.16
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C

TDRVVKAVPFPPSHRLTAKEVFDNDGKPRVDILKAHLMKEGRLEESVALRIITEGASILRQEKNLLDIDAPVTVCGDIHGQFFDLMKLFEVGGSPANTRYLFLGDYVDRGYFSIECVLYLWALKILYPKTLFLLRGNHECRHLTEYFTFKQECKIKYSERVYDACMDAFDCLPLAALMNQQFLCVHGGLSPEINTLDDIRKLDRFKEPPAYGPMCDILWSDPLEDFGNEKTQEHFTHNTVRGCSYFYSYPAVCEFLQHNNLLSILRAHEAQDAGYRMYRKSQTTGFPSLITIFSAPNYLDVYNNKAAVLKYENNVMNIRQFNCSPHPYWLPNFMDVFTWSLPFVGEKVTEMLVNVLN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Calcineurin subunit B type 1
分子量 formula_weight	17624.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

DADEIKRLGKRFKKLDLDNSGSLSVEEFMSLPELQQNPLVQRVIDIFDTDGNGEVDFKEFIEGVSQFSVKGDKEQKLRFAFRIYDMDKDGYISNGELFQVLKMMVGNNLKDTQLQQIVDKTIINADKDGDGRISFEEFCAVVGGLDIHKKMVVDV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	583

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3ll8A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Metallo-dependent phosphatases

结构域编号 domain_id	3ll8B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

结构域编号 domain_id	3ll8C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Metallo-dependent phosphatases

结构域编号 domain_id	3ll8D00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

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晶胞边长 a length_a	86.275 Å
晶胞边长 b length_b	89.699 Å
晶胞边长 c length_c	158.914 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	43.150 Å
R 因子 r_factor	0.1780
R_work r_work	0.1780
R_free r_free	0.2280

Crystal Structure of Calcineurin in Complex with AKAP79 Peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

AKAP79 peptide

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Serine/threonine-protein phosphatase 2B catalytic subunit alpha isoform

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Calcineurin subunit B type 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3ll8__assembly_1__model_1

3ll8__assembly_1__model_1 | I(q)

3ll8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (3)

Crystal Structure of Calcineurin in Complex with AKAP79 Peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

AKAP79 peptide

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Serine/threonine-protein phosphatase 2B catalytic subunit alpha isoform

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Calcineurin subunit B type 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3ll8__assembly_1__model_1

3ll8__assembly_1__model_1 | I(q)

3ll8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (3)