SAXSdb — 1mf8

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1mf8
沉积日期 deposition_date	2002-08-09
结构标题 title	Crystal Structure of human calcineurin complexed with cyclosporin A and human cyclophilin
关键词 keywords	;HYDROLASE-ISOMERASE-IMMUNOSUPPRESSANT COMPLEX, CALCINEURIN-CYCLOPHILIN-CYCLOSPORIN COMPLEX, CYCLOSPORIN A, IMMUNOSUPPRESSANT, HYDROLASE, ISOMERASE ;; HYDROLASE/ISOMERASE/IMMUNOSUPPRESSANT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.77 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.07 Å
零角强度 I(0) i0	96214400.00
分子量 molecular_weight	78607.0 kDa
排除体积 excluded_volume	98762 Å³
包络体积 envelope_volume	118680 Å³
水化壳体积 shell_volume	34523 Å³
包络直径 envelope_diameter	110.9 Å
壳层 Rg shell_rg	35.56 Å
包络 Rg envelope_rg	29.39 Å
形状 Rg shape_rg	29.05 Å
总 Rg total_rg	29.75 Å
总原子数 total_atoms	5522
残基数 n_residues	682
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	105.8 Å
Rg (实空间) rg_real	29.84 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.94 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.6210e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5860e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.81 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	96210000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8569
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.437
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.191
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	35840000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.750; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.920; Smooth: 0.965

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	CALMODULIN-DEPENDENT CALCINEURIN A SUBUNIT, ALPHA ISOFORM
分子量 formula_weight	42770.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.3.16
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5522

AVPFPPSHRLTAKEVFDNDGKPRVDILKAHLMKEGRLEESVALRIITEGASILRQEKNLLDIDAPVTVCGDIHGQFFDLMKLFEVGGSPANTRYLFLGDYVDRGYFSIECVLYLWALKILYPKTLFLLRGNHECRHLTEYFTFKQECKIKYSERVYDACMDAFDCLPLAALMNQQFLCVHGGLSPEINTLDDIRKLDRFKEPPAYGPMCDILWSDPLEDFGNEKTQEHFTHNTVRGCSYFYSYPAVCEFLQHNNLLSILRAHEAQDAGYRMYRKSQTTGFPSLITIFSAPNYLDVYNNKAAVLKYENNVMNIRQFNCSPHPYWLPNFMDVFTWSLPFVGEKVTEMLVNVLNICSDDELGSEEDGFDGATAAAR

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

Entity 2 polymer

描述 description	CALCINEURIN B SUBUNIT ISOFORM 1
分子量 formula_weight	19322.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.3.16
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MGNEASYPLEMCSHFDADEIKRLGKRFKKLDLDNSGSLSVEEFMSLPELQQNPLVQRVIDIFDTDGNGEVDFKEFIEGVSQFSVKGDKEQKLRFAFRIYDMDKDGYISNGELFQVLKMMVGNNLKDTQLQQIVDKTIINADKDGDGRISFEEFCAVVGGLDIHKKMVVDV

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

Entity 3 polymer

描述 description	PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE A
分子量 formula_weight	18036.5 kDa
EC 编号 ec_number	5.2.1.8
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MVNPTVFFDIAVDGEPLGRVSFELFADKVPKTAENFRALSTGEKGFGYKGSCFHRIIPGFMCQGGDFTRHNGTGGKSIYGEKFEDENFILKHTGPGILSMANAGPNTNGSQFFICTAKTEWLDGKHVVFGKVKEGMNIVEAMERFGSRNGKTSKKITIADCGQLE

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

Entity 4 polymer

描述 description	CYCLOSPORIN A
分子量 formula_weight	1220.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

ALLVTAGLVLA

Entity 5 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1mf8a_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.159 — Metallo-dependent phosphatases
超家族 Superfamily superfamily	d.159.1 — Metallo-dependent phosphatases
家族 Family family	d.159.1.3 — Protein serine/threonine phosphatase

结构域编号 domain_id	d1mf8b_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamily	a.39.1 — EF-hand
家族 Family family	a.39.1.5 — Calmodulin-like

结构域编号 domain_id	d1mf8c_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.62 — Cyclophilin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.62.1 — Cyclophilin-like
家族 Family family	b.62.1.1 — Cyclophilin (peptidylprolyl isomerase)

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1mf8A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Metallo-dependent phosphatases

结构域编号 domain_id	1mf8B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

结构域编号 domain_id	1mf8C00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	100 — Cyclophilin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cyclophilin-like

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	64.949 Å
晶胞边长 b length_b	108.334 Å
晶胞边长 c length_c	112.841 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	15.000 Å
R 因子 r_factor	0.2500
R_work r_work	0.2500
R_free r_free	0.3000

fit	/app/data/saxs_computation/mf/1mf8/1mf8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mf/1mf8/1mf8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mf/1mf8/1mf8.dat

Crystal Structure of human calcineurin complexed with cyclosporin A and human cyclophilin

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)