SAXSdb — 3mks

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Suppressor of kinetochore protein 1

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–194 链 C； UniProt 2–194	片段：UNP Residues 2-194 with 37-64 deleted	Cell division control protein 4 × 2 （P07834） SO4 SULFATE ION × 11 C1C 1,1'-binaphthalene-2,2'-dicarboxylic acid × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；1.5 M Ammonium sulfate, 100mM Tris pH 8.5, 15% glycerol, 1mM SCF-I2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.266
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–194	片段：UNP Residues 2-194 with 37-64 deleted	Cell division control protein 4 × 1 （P07834） SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；1.5 M Ammonium sulfate, 100mM Tris pH 8.5, 15% glycerol, 1mM SCF-I2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.266
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 2–194	片段：UNP Residues 2-194 with 37-64 deleted	Cell division control protein 4 × 1 （P07834） SO4 SULFATE ION × 6 C1C 1,1'-binaphthalene-2,2'-dicarboxylic acid × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；1.5 M Ammonium sulfate, 100mM Tris pH 8.5, 15% glycerol, 1mM SCF-I2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.266

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3MKS	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1NEX Crystal Structure of ScSkp1-ScCdc4-CPD peptide complex 提交 2002-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–193（193 aa）片段：residues 36-63 deleted	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；Ammonium Sulphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.273
1NEX Crystal Structure of ScSkp1-ScCdc4-CPD peptide complex 提交 2002-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–193（193 aa）片段：residues 36-63 deleted	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；Ammonium Sulphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.273
3V7D Crystal Structure of ScSkp1-ScCdc4-pSic1 peptide complex 提交 2011-12-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–194（194 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；1.5 M Ammonium Sulphate, 0.1 M Hepes, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.31 Å R-free 0.221
3V7D Crystal Structure of ScSkp1-ScCdc4-pSic1 peptide complex 提交 2011-12-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–194（194 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；1.5 M Ammonium Sulphate, 0.1 M Hepes, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.31 Å R-free 0.221
5AN3 Structure of an Sgt1-Skp1 Complex 提交 2015-09-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–35（35 aa）片段：BTBPOZ DOMAIN, UNP RESIDUES 1-35,65-158 链 D 65–158（94 aa）片段：BTBPOZ DOMAIN, UNP RESIDUES 1-35,65-158	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.325 M MGCL2, 22.5% PEG-6000, 0.1 M TRIS-HCL PH 8	分辨率 2.82 Å R-free 0.241
6F07 CBF3 Core Complex 提交 2017-11-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–194（194 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
6FE8 Cryo-EM structure of the core Centromere Binding Factor 3 complex 提交 2017-12-30	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 2–194（193 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
6GSA Core Centromere Binding Factor 3 (CBF3) with monomeric Ndc10 提交 2018-06-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：tetrameric	链 C 2–194（193 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
6GYP Cryo-EM structure of the CBF3-core-Ndc10-DBD complex of the budding yeast kinetochore 提交 2018-07-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 1–194（194 aa）	未记录	MET METHIONINE × 1 PHE PHENYLALANINE × 1 ASN ASPARAGINE × 1 ARG ARGININE × 1 THR THREONINE × 2 GLN GLUTAMINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
6GYS Cryo-EM structure of the CBF3-CEN3 complex of the budding yeast kinetochore 提交 2018-07-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 D 1–194（194 aa）链 K 1–194（194 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å
6GYU Cryo-EM structure of the CBF3-msk complex of the budding yeast kinetochore 提交 2018-07-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 1–194（194 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
7K79 CBF3 提交 2020-09-22	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 N 1–194（194 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
7PMN S. cerevisiae replisome-SCF(Dia2) complex bound to double-stranded DNA (conformation II) 提交 2021-09-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric	链 K 1–194（194 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Manual plunger	分辨率 3.20 Å
8OW1 Cryo-EM structure of the yeast Inner kinetochore bound to a CENP-A nucleosome. 提交 2023-04-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：42-meric	链 SK 1–194（194 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
9COP Yeast RAVE bound to V-ATPase V1 complex 提交 2024-07-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric	链 z 1–194（194 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å

共 13 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SKP1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–169； UniProt 2–194 作者链 C； PDB构建体 5–169； UniProt 2–194

Cell division control protein 4

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P07834

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 263–744 链 D； UniProt 263–744	片段：UNP Residues 263-744 with 602-605 and 609-624 deleted	Suppressor of kinetochore protein 1 × 2 （P52286） SO4 SULFATE ION × 11 C1C 1,1'-binaphthalene-2,2'-dicarboxylic acid × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；1.5 M Ammonium sulfate, 100mM Tris pH 8.5, 15% glycerol, 1mM SCF-I2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.266
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 263–744	片段：UNP Residues 263-744 with 602-605 and 609-624 deleted	Suppressor of kinetochore protein 1 × 1 （P52286） SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；1.5 M Ammonium sulfate, 100mM Tris pH 8.5, 15% glycerol, 1mM SCF-I2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.266
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 263–744	片段：UNP Residues 263-744 with 602-605 and 609-624 deleted	Suppressor of kinetochore protein 1 × 1 （P52286） SO4 SULFATE ION × 6 C1C 1,1'-binaphthalene-2,2'-dicarboxylic acid × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；1.5 M Ammonium sulfate, 100mM Tris pH 8.5, 15% glycerol, 1mM SCF-I2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.266

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3MKS	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1NEX Crystal Structure of ScSkp1-ScCdc4-CPD peptide complex 提交 2002-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 263–744（482 aa）片段：residues 601-604 and 609-624 deleted	突变：C608L 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；Ammonium Sulphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.273
1NEX Crystal Structure of ScSkp1-ScCdc4-CPD peptide complex 提交 2002-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 263–744（482 aa）片段：residues 601-604 and 609-624 deleted	突变：C608L 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；Ammonium Sulphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.273
2P63 Suprafacial orientation of the SCFCdc4 dimer accommodates multiple geometries for substrate ubiquitination 提交 2007-03-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 222–273（52 aa）片段：D Domain 链 B 222–273（52 aa）片段：D Domain 链 C 222–273（52 aa）片段：D Domain 链 D 222–273（52 aa）片段：D Domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；300 K；50%MPD, 100 mM (NH4)H2PO4 ph 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 2.67 Å R-free 0.279
2P63 Suprafacial orientation of the SCFCdc4 dimer accommodates multiple geometries for substrate ubiquitination 提交 2007-03-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 222–273（52 aa）片段：D Domain 链 D 222–273（52 aa）片段：D Domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；300 K；50%MPD, 100 mM (NH4)H2PO4 ph 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 2.67 Å R-free 0.279
2P63 Suprafacial orientation of the SCFCdc4 dimer accommodates multiple geometries for substrate ubiquitination 提交 2007-03-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 222–273（52 aa）片段：D Domain 链 B 222–273（52 aa）片段：D Domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；300 K；50%MPD, 100 mM (NH4)H2PO4 ph 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 2.67 Å R-free 0.279
3V7D Crystal Structure of ScSkp1-ScCdc4-pSic1 peptide complex 提交 2011-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 263–744（482 aa）片段：UNP residues 263-744	突变：C608L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；1.5 M Ammonium Sulphate, 0.1 M Hepes, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.31 Å R-free 0.221
3V7D Crystal Structure of ScSkp1-ScCdc4-pSic1 peptide complex 提交 2011-12-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 263–744（482 aa）片段：UNP residues 263-744	突变：C608L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；1.5 M Ammonium Sulphate, 0.1 M Hepes, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.31 Å R-free 0.221

共 3 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CDC4_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–464； UniProt 263–744 作者链 D； PDB构建体 3–464； UniProt 263–744

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3mks
沉积日期 deposition_date	2010-04-15
结构标题 title	Crystal Structure of yeast Cdc4/Skp1 in complex with an allosteric inhibitor SCF-I2
关键词 keywords	ubiquitin ligase, protein binding, small molecule complex, LIGASE/CELL CYCLE, LIGASE-CELL CYCLE complex; LIGASE/CELL CYCLE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	44.09 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.78 Å
零角强度 I(0) i0	261451000.00
分子量 molecular_weight	133680.0 kDa
排除体积 excluded_volume	167900 Å³
包络体积 envelope_volume	243190 Å³
水化壳体积 shell_volume	48156 Å³
包络直径 envelope_diameter	138.2 Å
壳层 Rg shell_rg	46.95 Å
包络 Rg envelope_rg	42.20 Å
形状 Rg shape_rg	43.77 Å
总 Rg total_rg	43.99 Å
总原子数 total_atoms	9416
残基数 n_residues	1155
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	140.9 Å
Rg (实空间) rg_real	44.21 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.10 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6150e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.4050e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	44.09 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	261400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8582
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	39.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.259
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.748
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	19140000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.947; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.901; Smooth: 0.412

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Suppressor of kinetochore protein 1
分子量 formula_weight	19504.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	9456

GAHMVTSNVVLVSGEGERFTVDKKIAERSLLLKNYLNDMGDDDDEDDDEIVMPVPNVRSSVLQKVIEWAEHHRDSNFPDEDDDDSRKSAPVDSWDREFLKVDQEMLYEIILAANYLNIKPLLDAGCKVVAEMIRGRSPEEIRRTFNIVNDFTPEEEAAIRRENEWAEDR

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast,lager beer yeast,yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cell division control protein 4
分子量 formula_weight	52862.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

GAGTLIKDNLKRDLITSLPFEISLKIFNYLQFEDIINSLGVSQNWNKIIRKSTSLWKKLLISENFVSPKGFNSLNLKLSQKYPKLSQQDRLRLSFLENIFILKNWYNPKFVPQRTTLRGHMTSVITCLQFEDNYVITGADDKMIRVYDSINKKFLLQLSGHDGGVWALKYAHGGILVSGSTDRTVRVWDIKKGCCTHVFEGHNSTVRCLDIVEYKNIKYIVTGSRDNTLHVWKLPKESSVPDHGEEHDYPLVFHTPEENPYFVGVLRGHMASVRTVSGHGNIVVSGSYDNTLIVWDVAQMKCLYILSGHTDRIYSTIYDHERKRCISASMDTTIRIWDLENGELMYTLQGHTALVGLLRLSDKFLVSAAADGSIRGWDANDYSRKFSYHHTNLSAITTFYVSDNILVSGSENQFNIYNLRSGKLVHANILKDADQIWSVNFKGKTLVAAVEKDGQSFLEILDFS

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast,lager beer yeast,yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	;1,1'-binaphthalene-2,2'-dicarboxylic acid ;
分子量 formula_weight	342.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	40

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d3mksa1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.42 — POZ domain
超家族 Superfamily superfamily	d.42.1 — POZ domain
家族 Family family	d.42.1.1 — BTB/POZ domain

结构域编号 domain_id	d3mksa2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.157 — Skp1 dimerisation domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.157.1 — Skp1 dimerisation domain-like
家族 Family family	a.157.1.1 — Skp1 dimerisation domain-like

结构域编号 domain_id	d3mksb1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.158 — F-box domain
超家族 Superfamily superfamily	a.158.1 — F-box domain
家族 Family family	a.158.1.1 — F-box domain

结构域编号 domain_id	d3mksb2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.69 — 7-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.69.4 — WD40 repeat-like
家族 Family family	b.69.4.1 — WD40-repeat

结构域编号 domain_id	d3mksc1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.42 — POZ domain
超家族 Superfamily superfamily	d.42.1 — POZ domain
家族 Family family	d.42.1.1 — BTB/POZ domain

结构域编号 domain_id	d3mksc2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.157 — Skp1 dimerisation domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.157.1 — Skp1 dimerisation domain-like
家族 Family family	a.157.1.1 — Skp1 dimerisation domain-like

结构域编号 domain_id	d3mksd1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.158 — F-box domain
超家族 Superfamily superfamily	a.158.1 — F-box domain
家族 Family family	a.158.1.1 — F-box domain

结构域编号 domain_id	d3mksd2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.69 — 7-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.69.4 — WD40 repeat-like
家族 Family family	b.69.4.1 — WD40-repeat

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	3mksA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A

结构域编号 domain_id	3mksB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1280 — Monooxygenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	3mksB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	3mksC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A

结构域编号 domain_id	3mksD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1280 — Monooxygenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	3mksD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	108.281 Å
晶胞边长 b length_b	108.281 Å
晶胞边长 c length_c	165.594 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32
空间群编号 int_tables_number	145
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	93.660 Å
R 因子 r_factor	0.2133
R_work r_work	0.2106
R_free r_free	0.2665

fit	/app/data/saxs_computation/mk/3mks/3mks.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mk/3mks/3mks.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mk/3mks/3mks.dat

Crystal Structure of yeast Cdc4/Skp1 in complex with an allosteric inhibitor SCF-I2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Suppressor of kinetochore protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Cell division control protein 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)