8ow1

Cryo-EM structure of the yeast Inner kinetochore bound to a CENP-A nucleosome.

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 220.4 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ow1
沉积日期 deposition_date	2023-04-26
结构标题 title	Cryo-EM structure of the yeast Inner kinetochore bound to a CENP-A nucleosome.
关键词 keywords	kinetochore, point centromere, CENP-A nucleosome, topological entrapment, centromeric DNA, CELL CYCLE; CELL CYCLE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	85.69 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	85.80 Å
零角强度 I(0) i0	18461100000.00
分子量 molecular_weight	1122900.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1391500 Å³
包络体积 envelope_volume	2528400 Å³
水化壳体积 shell_volume	244550 Å³
包络直径 envelope_diameter	291.3 Å
壳层 Rg shell_rg	86.22 Å
包络 Rg envelope_rg	81.80 Å
形状 Rg shape_rg	85.83 Å
总 Rg total_rg	85.69 Å
总原子数 total_atoms	78671
残基数 n_residues	9238
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	220.4 Å
Rg (实空间) rg_real	82.92 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.43 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7640e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.1080e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	86.58 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	18510000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9040
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	110.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.062
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.608
角度范围 angular_range	— – 0.0900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.1490
最高正则化参数 α highest_alpha	825700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	19
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.997; Stabil: 0.966; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.868; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (23)

Entity 1 polymer

描述 description	Centromere-binding protein 1
分子量 formula_weight	39444.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	78671

MNSLANNNKLSTEDEEIHSARKRGYNEEQNYSEARKKQRDQGLLSQESNDGNIDSALLSEGATLKGTQSQYESGLTSNKDEKGSDDEDASVAEAAVAATVNYTDLIQGQEDSSDAHTSNQTNANGEHKDSLNGERAITPSNEGVKPNTSLEGMTSSPMESTQQSKNDMLIPLAEHDRGPEHQQDDEDNDDADIDLKKDISMQPGRRGRKPTTLATTDEWKKQRKDSHKEVERRRRENINTAINVLSDLLPVRESSKAAILACAAEYIQKLKETDEANIEKWTLQKLLSEQNASQLASANEKLQEELGNAYKEIEYMKRVLRKEGIEYEDMHTHKKQENERKSTRSDNPHEA

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 2 polymer

描述 description	Inner kinetochore subunit CTF3
分子量 formula_weight	84345.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,II

MSLILDDIILSLTNANERTPPQALKTTLSLLYEKSKQYGLSSPQLQALVRLLCETSIIDTVTKVYIVENCFLPDGYLTKELLLEIINHLGTPTVFSRYRIQTPPVLQSALCKWLVHVYFLFPVHSEREHNISSSIWLHLWQFSFLQKWITPLVIWQATTPVDVKPWKLSIIKRCAMHPGYRDAPGSATLILQRFQCLVGASSQITESIITINCNRKTLKSHRNLKLDAHFLSILKRILSRAHPANFPADTVQNTIDMYLSEIHQLGADSIYPLRLQSLPEYVPSDSTVSLWDVTSLEQLAQNWPQLHIPNDVDYMMKPSLNSNVLLPRKVMSRDSLKHLYSSIILIKNSRDESSSPYEWCIWQLKRCFAHQIETPQEVIPIIISVSSMDNKLSSRIIQTFCNLKYLKLDELTLKKVCGGILPLWKPELISGTREFFVKFMASIFMWSTRDGHDNNCTFSETCFYVLQMITNWVLDDKLIALGLTLLHDMQSLLTLDKIFNNATSNRFSTMAFISSLDILTQLSKQTKSDYAIQYLIVGPDIMNKVFSSDDPLLLSAACRYLVATKNKLMQYPSTNKFVRMQNQYIMDLTNYLYRNKVLSSKSLFGVSPDFFKQILENLYIPTADFKNAKFFTITGIPALSYICIIILRRLETAENTKIKFTSGIINEETFNNFFRVHHDEIGQHGWIKGVNNIHDLRVKILMHLSNTANPYRDIAAFLFTYLKSLSKYSVQNS

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 3 polymer

描述 description	Inner kinetochore subunit MCM22
分子量 formula_weight	27602.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,KK

MDVEKDVLDVYIKNLENQIGNKRYFLKQAQGAIDEITKRSLDTEGKPVNSEVFTELLRKPMFFSERADPIGFSLTSNFLSLRAQSSSEWLSLMNDQSVDQKAMLLLQNNINSDLKELLRKLQHQMTIMDSKKQDHAHIRTRKARNKELWDSLADFLKGYLVPNLDDNDESIDSLTNEVMLLMKRLIEHDLNLTLNDFSSKTIPIYRLLLRANIITVIEGSTNPGTKYIKLIDFNETSLT

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 4 polymer

描述 description	Inner kinetochore subunit MCM16
分子量 formula_weight	21166.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,HH

MTNSSEKQWERIQQLEKEHVEVYRELLITLDRLYLIRKHNHAVILSHTQQRLLEIRHQLQINLEKTALLIRLLEKPDNTNVLFTKLQNLLEESNSLDYELLQSLGAQSSLHKQLIESRAERDELMSKLIELSSKFPKPTIPPDDSDTAGKQVEVEKENETIQELMIALQIHSGYTNISYTI

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 5 polymer

描述 description	Inner kinetochore subunit IML3
分子量 formula_weight	28093.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	LL,L

MPYTWKFLGISKQLSLENGIAKLNQLLNLEVDLDIQTIRVPSDPDGGTAADEYIRYEMRLDISNLDEGTYSKFIFLGNSKMEVPMFLCYCGTDNRNEVVLQWLKAEYGVIMWPIKFEQKTMIKLADASIVHVTKENIEQITWFSSKLYFEPETQDKNLRQFSIEIPRESCEGLALGYGNTMHPYNDAIVPYIYNETGMAVERLPLTSVILAGHTKIMRESIVTSTRSLRNRVLAVVLQSIQFTSE

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 6 polymer

描述 description	Inner kinetochore subunit CHL4
分子量 formula_weight	52743.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	NN,N

MSNELRLEDNYVPTSDTLVVFKQLMKLPVTVLYDLTLSWFAKFGGSFDGDIYLLTETLDLLIEKGVRRNVIVNRILYVYWPDGLNVFQLAEIDCHLMISKPEKFKWLPSKALRGDGKPYVVKLQPAKFIENLQTDLAKIYHCHVYMFKHPSLPVLITRIQLFDSNNLFLSTPNIGSINKESLYNKLDKFQGKPLISRRPYYVAFPLNSPIIFHSVDKDIYARLVLQSISRTISERETIIFKPVQKIPVKSIHNIMTLLGPSRFAESMGPWECYASANFERSPLHDYKKHQGLTGKKVMVREFDDSFLNDDENFYGKEEPEIRRLRLEKNMIKFKGSANGVMDQKYNDLKEFNEHVHNIRNGKKNEDSGEPVYISRYSSLVPIEKVGFTLKNEINSRIITIKLKFNGNDIFGGLHELCDKNLINIDKVPGWLAGENGSFSGTIMNGDFQREQVAKGGLL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 7 polymer

描述 description	Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit C
分子量 formula_weight	56416.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	CT

MPSFNPVRFLELPIDIRKEVYFHLDGNFCGAHPYPIDILYKSNDVELPGKPSYKRSKRSKKLLRYMYPVFATYLNIFEYSPQLIEKWLEYAFWLRYDCLVLDCFKVNHLYDGTLIDALEWTYLDNELRLAYFNKASMLEVWYTFKEYKKWVIDSVAFDELDLLNVSNIQFNIDNLTPQLVDKCLSILEQKDLFATIGEVQFGQDEEVGEEKDVDVSGANSDENSSPSSTIKNKKRSASKRSHSDNGNVGATHNQLTSISVIRTIRSMESMKSLRKITVRGEKLYELLINFHGFRDNPGKTISYIVKRRINEIRLSRMNQISRTGLADFTRWDNLQKLVLSRVAYIDLNSIVFPKNFKSLTMKRVSKIKWWNIEENILKELKVDKRTFKSLYIKEDDSKFTKFFNLRHTRIKELDKSEINQITYLRCQAIVWLSFRTLNHIKLQNVSEVFNNIIVPRALFDSKRVEIYRCEKISQVLVI

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 8 polymer

描述 description	Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B
分子量 formula_weight	71439.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	ce,CE

MFNRTTQLKSKHPCSVCTRRKVKCDRMIPCGNCRKRGQDSECMKSTKLITASSSKEYLPDLLLFWQNYEYWITNIGLYKTKQRDLTRTPANLDTDTEECMFWMNYLQKDQSFQLMNFAMENLGALYFGSIGDISELYLRVEQYWDRRADKNHSVDGKYWDALIWSVFTMCIYYMPVEKLAEIFSVYPLHEYLGSNKRLNWEDGMQLVMCQNFARCSLFQLKQCDFMAHPDIRLVQAYLILATTTFPYDEPLLANSLLTQCIHTFKNFHVDDFRPLLNDDPVESIAKVTLGRIFYRLCGCDYLQSGPRKPIALHTEVSSLLQHAAYLQDLPNVDVYREENSTEVLYWKIISLDRDLDQYLNKSSKPPLKTLDAIRRELDIFQYKVDSLEEDFRSNNSRFQKFIALFQISTVSWKLFKMYLIYYDTADSLLKVIHYSKVIISLIVNNFHAKSEFFNRHPMVMQTITRVVSFISFYQIFVESAAVKQLLVDLTELTANLPTIFGSKLDKLVYLTERLSKLKLLWDKVQLLDSGDSFYHPVFKILQNDIKIIELKNDEMFSLIKGLGSLVPLNKLRQESLLEEEDENNTEPSDFRTIVEEFQSEYNISDILS

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 9 polymer

描述 description	Suppressor of kinetochore protein 1
分子量 formula_weight	22357.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	SK

MVTSNVVLVSGEGERFTVDKKIAERSLLLKNYLNDMHDSNLQNNSDSESDSDSETNHKSKDNNNGDDDDEDDDEIVMPVPNVRSSVLQKVIEWAEHHRDSNFPDEDDDDSRKSAPVDSWDREFLKVDQEMLYEIILAANYLNIKPLLDAGCKVVAEMIRGRSPEEIRRTFNIVNDFTPEEEAAIRRENEWAEDR

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 10 polymer

描述 description	Inner kinetochore subunit CTF19
分子量 formula_weight	42841.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,PP

MDFTSDTTNSHDTSNSHLSLEDAVGTHHAGEADVNIDGDEKQQLSLLDDDQVRALKLQEEKDALLTRRNTLLQEIQTYQNILMKENNSKTKNGDILQNDITQDFLNLISISSSNPNSAISDRKRVERINGLTNLQKELVTKYDTLPLLNMNLRLSYLRDHTYPHLQVSVQSRDRVHNDGIEVLVVNYKFCRNTMNPFEIQFKMFYKFEDSTLLKWEILRISTNVRLKAKQLLATRNFQKCLLSLYEFDKIKSKKTGIFQNLINLLKRKTRCYLMNNSDSLIVERVIREGRLTTIKLQINFIITMPGERGKPRNCFLPMSKISIALWKGGERFNQIDLDEICYGLIKEYGVKTGLKEICNVCLFPDMYAR

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 11 polymer

描述 description	Inner kinetochore subunit OKP1
分子量 formula_weight	47427.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q,QQ

MAADRDNFLQNIENDSINNGQAMDLSPNRSSSESDSSILMNVNDIKTLRLDVAPEAKSTQSKKSLFYENSDDAEEGEIEERTNKEEGQYHHKGSKQLRFEVGKESTGKLQSHLSDGSATSGEGNVRPWEFRKVIQAEYRERLPRNYELKHWKKPSKIMIGSILRLLETNTVSALDSVFEKYEKEMNQMTHGDNNEVKRIYSKKERLLEIILTKIKKKLRQAKFPSRISERDLDIEYIYSKRQFIQNRYSQELQNNERLEAILSREQNLLEETRKLCMNLKTNNKKRLTEKLIQKDLHPVLNKAMEYTYGLESTNGFMHPDGPVTFRNDSHELNLMLNDPIKSTADVRLDKEEVLSLLPSLKEYTKKSKELKETMGQMISDSHEEEIKEVFVPHHESHQDKTEEDIH

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 12 polymer

描述 description	Inner kinetochore subunit MCM21
分子量 formula_weight	43028.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	OO,O

MSRIDDLQQDIESLLSEINSLEESREKLKAKIKDKRKNEESANPIVQEFEDLFDQFPQLNNFLFNEHPELEETDDKDISRAQADIPATPIPYEPKKRAKLENEEILPEQEWVLKTQPMVQHQMFDPGVADLLDTDILTSPSKRKRKLKIDDISTSDRSELEDYIVLENVYRMFGITFFPLVDPIDLKIKDASGEIFVDREMLGIRLEVFSERTSQFEKPHYVLLKKRIKSNSWFLFKHTIPSFIDVQGIFDDTNGGLVISHDDAYLFAKRVFLQLVEVQKRRQIFKDLEAKKIIHDLDLDLESSMVSFFVKDIKVELFVKQNEIVSCSILDDIHDFSQNNKSKWEIALLGSLDDLELKLNHSFATIFK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 13 polymer

描述 description	Inner kinetochore subunit CNN1
分子量 formula_weight	41359.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T,TT

MSTPRKAAGNNENTEVSEIRTPFRERALEEQRLKDEVLIRNTPGYRKLLSASTKSHDILNKDPNEVRSFLQDLSQVLARKSQGNDTTTNKTQARNLIDELAYEESQPEENELLRSRSEKLTDNNIGNETQPDYTSLSQTVFAKLQERDKGLKSRKIDPIIIQDVPTTGHEDELTVHSPDKANSISMEVLRTSPSIGMDQVDEPPVRDPVPISITQQEEPLSEDLPSDDKEETEEAENEDYSFENTSDENLDDIGNDPIRLNVPAVRRSSIKPLQIMDLKHLTRQFLNENRIILPKQTWSTIQEESLNIMDFLKQKIGTLQKQELVDSFIDMGIINNVDDMFELAHELLPLELQSRIESYLF

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 14 polymer

描述 description	Inner kinetochore subunit AME1
分子量 formula_weight	37506.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U,UU

MDRDTKLAFRLRGSHSRRTDDIDDDVIVFKTPNAVYREENSPIQSPVQPILSSPKLANSFEFPITTNNVNAQDRHEHGYQPLDAEDYPMIDSENKSLISESPQNVRNDEDLTTRYNFDDIPIRQLSSSITSVTTIDVLSSLFINLFENDLIPQALKDFNKSDDDQFRKLLYKLDLRLFQTISDQMTRDLKDILDINVSNNELCYQLKQVLARKEDLNQQIISVRNEIQELKAGKDWHDLQNEQAKLNDKVKLNKRLNDLTSTLLGKYEGDRKIMSQDSEDDSIRDDSNILDIAHFVDLMDPYNGLLKKINKINENLSNELQPSL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 15 polymer

描述 description	Inner kinetochore subunit WIP1
分子量 formula_weight	10255.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	W,WW

MDTEALANYLLRQLSLDAEENKLEDLLQRQNEDQESSQEYNKKLLLACGFQAILRKILLDARTRATAEGLREVYPYHIEAATQAFLDSQ

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 16 polymer

描述 description	Inner kinetochore subunit NKP1
分子量 formula_weight	27006.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y,YY

MTDTYNSISNFIENELTALLSSDDYLMDDLAGELPNEVCRLLKAQVIEKRKDAMSRGKQDLLSKEIYDNESELRASQSQQIMELVGDIPKYSLGSELRNRVEGEPQSTSIERLIEDVLKLPQMEVADEEEVEVENDLKVLSEYSNLRKDLILKCQALQIGESKLSDILSQTNSINSLTTSIKEASEDDDISEYFATYNGKLVVALEEMKLLLEEAVKTFGNSPEKREKIKKILSELKK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 17 polymer

描述 description	Inner kinetochore subunit NKP2
分子量 formula_weight	17877.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Z,ZZ

MNSEQLLHNYVSDSLLTTLISFQEFKQQLQSYTSDEQQLQHWYELLQARDARVTSELEARIKQFFITLRSRLLRFLESEQLSHSLSLETLIDALYKINDLLQQRLQILDDAIQEKTSELAEFENMVRSPSAGDNAIPGLLQIIQSYINLLEEN

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 18 polymer

描述 description	C0N3
分子量 formula_weight	47239.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

ATAAGTCACATGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAATATTAGTGTATTTGATTTCCGAAAGTTAAAAAAGAAATAGTAAGAAATATATATTTCATTGAA

Entity 19 polymer

描述 description	C0N3
分子量 formula_weight	47194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

TTCAATGAAATATATATTTCTTACTATTTCTTTTTTAACTTTCGGAAATCAAATACACTAATATTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCATGTGACTTAT

Entity 20 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	11395.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	b,f

MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKILRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEEVRAVLKSFLESVIRDSVTYTEHAKRKTVTSLDVVYALKRQGRTLYGFGG

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 21 polymer

描述 description	Histone H2B.1
分子量 formula_weight	14280.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	d,h

MSAKAEKKPASKAPAEKKPAAKKTSTSTDGKKRSKARKETYSSYIYKVLKQTHPDTGISQKSMSILNSFVNDIFERIATEASKLAAYNKKSTISAREIQTAVRLILPGELAKHAVSEGTRAVTKYSSSTQA

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 22 polymer

描述 description	Histone H3-like centromeric protein CSE4
分子量 formula_weight	26885.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	e,a

MSSKQQWVSSAIQSDSSGRSLSNVNRLAGDQQSINDRALSLLQRTRATKNLFPRREERRRYESSKSDLDIETDYEDQAGNLEIETENEEEAEMETEVPAPVRTHSYALDRYVRQKRREKQRKQSLKRVEKKYTPSELALYEIRKYQRSTDLLISKIPFARLVKEVTDEFTTKDQDLRWQSMAIMALQEASEAYLVGLLEHTNLLALHAKRITIMKKDMQLARRIRGQFI

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 23 polymer

描述 description	Histone H2A.1
分子量 formula_weight	14013.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	g,c

MSGGKGGKAGSAAKASQSRSAKAGLTFPVGRVHRLLRRGNYAQRIGSGAPVYLTAVLEYLAAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRNDDELNKLLGNVTIAQGGVLPNIHQNLLPKKSAKATKASQEL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.70 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	108672

fit	/app/data/saxs_computation/ow/8ow1/8ow1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ow/8ow1/8ow1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ow/8ow1/8ow1.dat

Cryo-EM structure of the yeast Inner kinetochore bound to a CENP-A nucleosome.

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (23)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

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Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

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Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

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Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

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Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

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Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

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Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

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Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

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Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

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Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

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Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

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Entity 12 polymer

聚合体 Polymer

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Entity 13 polymer

聚合体 Polymer

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Entity 14 polymer

聚合体 Polymer

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Entity 15 polymer

聚合体 Polymer

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Entity 16 polymer

聚合体 Polymer

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Entity 17 polymer

聚合体 Polymer

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Entity 18 polymer

聚合体 Polymer

Entity 19 polymer

聚合体 Polymer

Entity 20 polymer

聚合体 Polymer

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Entity 21 polymer

聚合体 Polymer

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Entity 22 polymer

聚合体 Polymer

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Entity 23 polymer

聚合体 Polymer

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7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)