8ovw

Cryo-EM structure of CBF1-CCAN bound topologically to centromeric DNA

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 191.2 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ovw
沉积日期 deposition_date	2023-04-26
结构标题 title	Cryo-EM structure of CBF1-CCAN bound topologically to centromeric DNA
关键词 keywords	kinetochore, point centromere, CENP-A nucleosome, topological entrapment, centromeric DNA, CELL CYCLE; CELL CYCLE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	56.21 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	56.40 Å
零角强度 I(0) i0	2362420000.00
分子量 molecular_weight	405370.0 kDa
排除体积 excluded_volume	507010 Å³
包络体积 envelope_volume	771380 Å³
水化壳体积 shell_volume	113410 Å³
包络直径 envelope_diameter	186.3 Å
壳层 Rg shell_rg	59.14 Å
包络 Rg envelope_rg	55.26 Å
形状 Rg shape_rg	56.43 Å
总 Rg total_rg	56.38 Å
总原子数 total_atoms	28461
残基数 n_residues	3438
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	191.2 Å
Rg (实空间) rg_real	58.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.88 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3560e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.9830e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	56.26 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2363000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6900
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	68.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.410
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.203
角度范围 angular_range	— – 0.1400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.2470
最高正则化参数 α highest_alpha	207900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	29
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.897; Stabil: 0.889; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.637

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (16)

Entity 1 polymer

描述 description	Centromere-binding protein 1
分子量 formula_weight	39444.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	28461

MNSLANNNKLSTEDEEIHSARKRGYNEEQNYSEARKKQRDQGLLSQESNDGNIDSALLSEGATLKGTQSQYESGLTSNKDEKGSDDEDASVAEAAVAATVNYTDLIQGQEDSSDAHTSNQTNANGEHKDSLNGERAITPSNEGVKPNTSLEGMTSSPMESTQQSKNDMLIPLAEHDRGPEHQQDDEDNDDADIDLKKDISMQPGRRGRKPTTLATTDEWKKQRKDSHKEVERRRRENINTAINVLSDLLPVRESSKAAILACAAEYIQKLKETDEANIEKWTLQKLLSEQNASQLASANEKLQEELGNAYKEIEYMKRVLRKEGIEYEDMHTHKKQENERKSTRSDNPHEA

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 2 polymer

描述 description	C0N3 DNA
分子量 formula_weight	47194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

TTCAATGAAATATATATTTCTTACTATTTCTTTTTTAACTTTCGGAAATCAAATACACTAATATTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCATGTGACTTAT

Entity 3 polymer

描述 description	Inner kinetochore subunit MCM16
分子量 formula_weight	21166.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MTNSSEKQWERIQQLEKEHVEVYRELLITLDRLYLIRKHNHAVILSHTQQRLLEIRHQLQINLEKTALLIRLLEKPDNTNVLFTKLQNLLEESNSLDYELLQSLGAQSSLHKQLIESRAERDELMSKLIELSSKFPKPTIPPDDSDTAGKQVEVEKENETIQELMIALQIHSGYTNISYTI

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 4 polymer

描述 description	Inner kinetochore subunit CTF3
分子量 formula_weight	84345.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MSLILDDIILSLTNANERTPPQALKTTLSLLYEKSKQYGLSSPQLQALVRLLCETSIIDTVTKVYIVENCFLPDGYLTKELLLEIINHLGTPTVFSRYRIQTPPVLQSALCKWLVHVYFLFPVHSEREHNISSSIWLHLWQFSFLQKWITPLVIWQATTPVDVKPWKLSIIKRCAMHPGYRDAPGSATLILQRFQCLVGASSQITESIITINCNRKTLKSHRNLKLDAHFLSILKRILSRAHPANFPADTVQNTIDMYLSEIHQLGADSIYPLRLQSLPEYVPSDSTVSLWDVTSLEQLAQNWPQLHIPNDVDYMMKPSLNSNVLLPRKVMSRDSLKHLYSSIILIKNSRDESSSPYEWCIWQLKRCFAHQIETPQEVIPIIISVSSMDNKLSSRIIQTFCNLKYLKLDELTLKKVCGGILPLWKPELISGTREFFVKFMASIFMWSTRDGHDNNCTFSETCFYVLQMITNWVLDDKLIALGLTLLHDMQSLLTLDKIFNNATSNRFSTMAFISSLDILTQLSKQTKSDYAIQYLIVGPDIMNKVFSSDDPLLLSAACRYLVATKNKLMQYPSTNKFVRMQNQYIMDLTNYLYRNKVLSSKSLFGVSPDFFKQILENLYIPTADFKNAKFFTITGIPALSYICIIILRRLETAENTKIKFTSGIINEETFNNFFRVHHDEIGQHGWIKGVNNIHDLRVKILMHLSNTANPYRDIAAFLFTYLKSLSKYSVQNS

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 5 polymer

描述 description	Inner kinetochore subunit MCM22
分子量 formula_weight	27602.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MDVEKDVLDVYIKNLENQIGNKRYFLKQAQGAIDEITKRSLDTEGKPVNSEVFTELLRKPMFFSERADPIGFSLTSNFLSLRAQSSSEWLSLMNDQSVDQKAMLLLQNNINSDLKELLRKLQHQMTIMDSKKQDHAHIRTRKARNKELWDSLADFLKGYLVPNLDDNDESIDSLTNEVMLLMKRLIEHDLNLTLNDFSSKTIPIYRLLLRANIITVIEGSTNPGTKYIKLIDFNETSLT

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 6 polymer

描述 description	Inner kinetochore subunit IML3
分子量 formula_weight	28093.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MPYTWKFLGISKQLSLENGIAKLNQLLNLEVDLDIQTIRVPSDPDGGTAADEYIRYEMRLDISNLDEGTYSKFIFLGNSKMEVPMFLCYCGTDNRNEVVLQWLKAEYGVIMWPIKFEQKTMIKLADASIVHVTKENIEQITWFSSKLYFEPETQDKNLRQFSIEIPRESCEGLALGYGNTMHPYNDAIVPYIYNETGMAVERLPLTSVILAGHTKIMRESIVTSTRSLRNRVLAVVLQSIQFTSE

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 7 polymer

描述 description	Inner kinetochore subunit CHL4
分子量 formula_weight	52743.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

MSNELRLEDNYVPTSDTLVVFKQLMKLPVTVLYDLTLSWFAKFGGSFDGDIYLLTETLDLLIEKGVRRNVIVNRILYVYWPDGLNVFQLAEIDCHLMISKPEKFKWLPSKALRGDGKPYVVKLQPAKFIENLQTDLAKIYHCHVYMFKHPSLPVLITRIQLFDSNNLFLSTPNIGSINKESLYNKLDKFQGKPLISRRPYYVAFPLNSPIIFHSVDKDIYARLVLQSISRTISERETIIFKPVQKIPVKSIHNIMTLLGPSRFAESMGPWECYASANFERSPLHDYKKHQGLTGKKVMVREFDDSFLNDDENFYGKEEPEIRRLRLEKNMIKFKGSANGVMDQKYNDLKEFNEHVHNIRNGKKNEDSGEPVYISRYSSLVPIEKVGFTLKNEINSRIITIKLKFNGNDIFGGLHELCDKNLINIDKVPGWLAGENGSFSGTIMNGDFQREQVAKGGLL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 8 polymer

描述 description	Inner kinetochore subunit MCM21
分子量 formula_weight	43028.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O

MSRIDDLQQDIESLLSEINSLEESREKLKAKIKDKRKNEESANPIVQEFEDLFDQFPQLNNFLFNEHPELEETDDKDISRAQADIPATPIPYEPKKRAKLENEEILPEQEWVLKTQPMVQHQMFDPGVADLLDTDILTSPSKRKRKLKIDDISTSDRSELEDYIVLENVYRMFGITFFPLVDPIDLKIKDASGEIFVDREMLGIRLEVFSERTSQFEKPHYVLLKKRIKSNSWFLFKHTIPSFIDVQGIFDDTNGGLVISHDDAYLFAKRVFLQLVEVQKRRQIFKDLEAKKIIHDLDLDLESSMVSFFVKDIKVELFVKQNEIVSCSILDDIHDFSQNNKSKWEIALLGSLDDLELKLNHSFATIFK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 9 polymer

描述 description	Inner kinetochore subunit CTF19
分子量 formula_weight	42841.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

MDFTSDTTNSHDTSNSHLSLEDAVGTHHAGEADVNIDGDEKQQLSLLDDDQVRALKLQEEKDALLTRRNTLLQEIQTYQNILMKENNSKTKNGDILQNDITQDFLNLISISSSNPNSAISDRKRVERINGLTNLQKELVTKYDTLPLLNMNLRLSYLRDHTYPHLQVSVQSRDRVHNDGIEVLVVNYKFCRNTMNPFEIQFKMFYKFEDSTLLKWEILRISTNVRLKAKQLLATRNFQKCLLSLYEFDKIKSKKTGIFQNLINLLKRKTRCYLMNNSDSLIVERVIREGRLTTIKLQINFIITMPGERGKPRNCFLPMSKISIALWKGGERFNQIDLDEICYGLIKEYGVKTGLKEICNVCLFPDMYAR

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 10 polymer

描述 description	Inner kinetochore subunit OKP1
分子量 formula_weight	47427.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q

MAADRDNFLQNIENDSINNGQAMDLSPNRSSSESDSSILMNVNDIKTLRLDVAPEAKSTQSKKSLFYENSDDAEEGEIEERTNKEEGQYHHKGSKQLRFEVGKESTGKLQSHLSDGSATSGEGNVRPWEFRKVIQAEYRERLPRNYELKHWKKPSKIMIGSILRLLETNTVSALDSVFEKYEKEMNQMTHGDNNEVKRIYSKKERLLEIILTKIKKKLRQAKFPSRISERDLDIEYIYSKRQFIQNRYSQELQNNERLEAILSREQNLLEETRKLCMNLKTNNKKRLTEKLIQKDLHPVLNKAMEYTYGLESTNGFMHPDGPVTFRNDSHELNLMLNDPIKSTADVRLDKEEVLSLLPSLKEYTKKSKELKETMGQMISDSHEEEIKEVFVPHHESHQDKTEEDIH

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 11 polymer

描述 description	Inner kinetochore subunit CNN1
分子量 formula_weight	41359.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T

MSTPRKAAGNNENTEVSEIRTPFRERALEEQRLKDEVLIRNTPGYRKLLSASTKSHDILNKDPNEVRSFLQDLSQVLARKSQGNDTTTNKTQARNLIDELAYEESQPEENELLRSRSEKLTDNNIGNETQPDYTSLSQTVFAKLQERDKGLKSRKIDPIIIQDVPTTGHEDELTVHSPDKANSISMEVLRTSPSIGMDQVDEPPVRDPVPISITQQEEPLSEDLPSDDKEETEEAENEDYSFENTSDENLDDIGNDPIRLNVPAVRRSSIKPLQIMDLKHLTRQFLNENRIILPKQTWSTIQEESLNIMDFLKQKIGTLQKQELVDSFIDMGIINNVDDMFELAHELLPLELQSRIESYLF

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 12 polymer

描述 description	Inner kinetochore subunit AME1
分子量 formula_weight	37506.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U

MDRDTKLAFRLRGSHSRRTDDIDDDVIVFKTPNAVYREENSPIQSPVQPILSSPKLANSFEFPITTNNVNAQDRHEHGYQPLDAEDYPMIDSENKSLISESPQNVRNDEDLTTRYNFDDIPIRQLSSSITSVTTIDVLSSLFINLFENDLIPQALKDFNKSDDDQFRKLLYKLDLRLFQTISDQMTRDLKDILDINVSNNELCYQLKQVLARKEDLNQQIISVRNEIQELKAGKDWHDLQNEQAKLNDKVKLNKRLNDLTSTLLGKYEGDRKIMSQDSEDDSIRDDSNILDIAHFVDLMDPYNGLLKKINKINENLSNELQPSL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 13 polymer

描述 description	Inner kinetochore subunit WIP1
分子量 formula_weight	10255.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	W

MDTEALANYLLRQLSLDAEENKLEDLLQRQNEDQESSQEYNKKLLLACGFQAILRKILLDARTRATAEGLREVYPYHIEAATQAFLDSQ

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 14 polymer

描述 description	Inner kinetochore subunit NKP1
分子量 formula_weight	27006.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y

MTDTYNSISNFIENELTALLSSDDYLMDDLAGELPNEVCRLLKAQVIEKRKDAMSRGKQDLLSKEIYDNESELRASQSQQIMELVGDIPKYSLGSELRNRVEGEPQSTSIERLIEDVLKLPQMEVADEEEVEVENDLKVLSEYSNLRKDLILKCQALQIGESKLSDILSQTNSINSLTTSIKEASEDDDISEYFATYNGKLVVALEEMKLLLEEAVKTFGNSPEKREKIKKILSELKK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 15 polymer

描述 description	Inner kinetochore subunit NKP2
分子量 formula_weight	17877.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Z

MNSEQLLHNYVSDSLLTTLISFQEFKQQLQSYTSDEQQLQHWYELLQARDARVTSELEARIKQFFITLRSRLLRFLESEQLSHSLSLETLIDALYKINDLLQQRLQILDDAIQEKTSELAEFENMVRSPSAGDNAIPGLLQIIQSYINLLEEN

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 16 polymer

描述 description	C0N3 DNA
分子量 formula_weight	47239.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

ATAAGTCACATGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAATATTAGTGTATTTGATTTCCGAAAGTTAAAAAAGAAATAGTAAGAAATATATATTTCATTGAA

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7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	43467

fit	/app/data/saxs_computation/ov/8ovw/8ovw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ov/8ovw/8ovw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ov/8ovw/8ovw.dat

Cryo-EM structure of CBF1-CCAN bound topologically to centromeric DNA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (16)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 12 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 13 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 14 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 15 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 16 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)