3mm0

Crystal structure of chimeric avidin

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Avidin, Avidin-related protein 4/5

Gallus gallus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	同源多聚体	蛋白 4	water × 4	与蛋白数一致
2	信息不足	同源多聚体	蛋白 4	water × 4	与蛋白数一致
3	信息不足	同源多聚体	蛋白 4	water × 4	与蛋白数一致
4	信息不足	同源多聚体	蛋白 4	water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AVID_CHICK
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–40； UniProt 25–61 作者链 A； PDB构建体 62–129； UniProt 85–152 作者链 B； PDB构建体 4–40； UniProt 25–61 作者链 B； PDB构建体 62–129； UniProt 85–152 作者链 C； PDB构建体 4–40； UniProt 25–61 作者链 C； PDB构建体 62–129； UniProt 85–152 作者链 D； PDB构建体 4–40； UniProt 25–61 作者链 D； PDB构建体 62–129； UniProt 85–152 作者链 E； PDB构建体 4–40； UniProt 25–61 作者链 E； PDB构建体 62–129； UniProt 85–152 作者链 F； PDB构建体 4–40； UniProt 25–61 作者链 F； PDB构建体 62–129； UniProt 85–152 作者链 G； PDB构建体 4–40； UniProt 25–61 作者链 G； PDB构建体 62–129； UniProt 85–152 作者链 H； PDB构建体 4–40； UniProt 25–61 作者链 H； PDB构建体 62–129； UniProt 85–152 作者链 I； PDB构建体 4–40； UniProt 25–61 作者链 I； PDB构建体 62–129； UniProt 85–152 作者链 K； PDB构建体 4–40； UniProt 25–61 作者链 K； PDB构建体 62–129； UniProt 85–152 作者链 M； PDB构建体 4–40； UniProt 25–61 作者链 M； PDB构建体 62–129； UniProt 85–152 作者链 N； PDB构建体 4–40； UniProt 25–61 作者链 N； PDB构建体 62–129； UniProt 85–152

Avidin, Avidin-related protein 4/5

Gallus gallus

UniProt P56734

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	同源多聚体	蛋白 4	water × 4	与蛋白数一致
2	信息不足	同源多聚体	蛋白 4	water × 4	与蛋白数一致
3	信息不足	同源多聚体	蛋白 4	water × 4	与蛋白数一致
4	信息不足	同源多聚体	蛋白 4	water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AVR4_CHICK
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 41–61； UniProt 62–82 作者链 B； PDB构建体 41–61； UniProt 62–82 作者链 C； PDB构建体 41–61； UniProt 62–82 作者链 D； PDB构建体 41–61； UniProt 62–82 作者链 E； PDB构建体 41–61； UniProt 62–82 作者链 F； PDB构建体 41–61； UniProt 62–82 作者链 G； PDB构建体 41–61； UniProt 62–82 作者链 H； PDB构建体 41–61； UniProt 62–82 作者链 I； PDB构建体 41–61； UniProt 62–82 作者链 K； PDB构建体 41–61； UniProt 62–82 作者链 M； PDB构建体 41–61； UniProt 62–82 作者链 N； PDB构建体 41–61； UniProt 62–82

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3mm0
沉积日期 deposition_date	2010-04-19
结构标题 title	Crystal structure of chimeric avidin
关键词 keywords	avidin, AVR4, high affinity systems, hyper-thermostability, BIOTIN BINDING PROTEIN; BIOTIN BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3mm0__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3mm0__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3mm0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.45 Å
Rg（电子密度）	21.35 Å
总 Rg	22.38 Å
原子数	3632
残基数	467
排除体积	64556 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3mm0__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3mm0__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3mm0__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3mm0__assembly_4__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d3mm0a_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.61 — Streptavidin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.61.1 — Avidin/streptavidin
家族 Family family	b.61.1.1 — Avidin/streptavidin

结构域编号 domain_id	d3mm0b_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.61 — Streptavidin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.61.1 — Avidin/streptavidin
家族 Family family	b.61.1.1 — Avidin/streptavidin

结构域编号 domain_id	d3mm0c_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.61 — Streptavidin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.61.1 — Avidin/streptavidin
家族 Family family	b.61.1.1 — Avidin/streptavidin

结构域编号 domain_id	d3mm0d_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.61 — Streptavidin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.61.1 — Avidin/streptavidin
家族 Family family	b.61.1.1 — Avidin/streptavidin

结构域编号 domain_id	d3mm0e_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.61 — Streptavidin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.61.1 — Avidin/streptavidin
家族 Family family	b.61.1.1 — Avidin/streptavidin

结构域编号 domain_id	d3mm0f_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.61 — Streptavidin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.61.1 — Avidin/streptavidin
家族 Family family	b.61.1.1 — Avidin/streptavidin

结构域编号 domain_id	d3mm0g_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.61 — Streptavidin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.61.1 — Avidin/streptavidin
家族 Family family	b.61.1.1 — Avidin/streptavidin

结构域编号 domain_id	d3mm0h_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.61 — Streptavidin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.61.1 — Avidin/streptavidin
家族 Family family	b.61.1.1 — Avidin/streptavidin

结构域编号 domain_id	d3mm0i_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.61 — Streptavidin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.61.1 — Avidin/streptavidin
家族 Family family	b.61.1.1 — Avidin/streptavidin

结构域编号 domain_id	d3mm0k_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.61 — Streptavidin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.61.1 — Avidin/streptavidin
家族 Family family	b.61.1.1 — Avidin/streptavidin

结构域编号 domain_id	d3mm0m_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.61 — Streptavidin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.61.1 — Avidin/streptavidin
家族 Family family	b.61.1.1 — Avidin/streptavidin

结构域编号 domain_id	d3mm0n_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.61 — Streptavidin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.61.1 — Avidin/streptavidin
家族 Family family	b.61.1.1 — Avidin/streptavidin

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	3mm0A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Avidin-like

结构域编号 domain_id	3mm0B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Avidin-like

结构域编号 domain_id	3mm0C00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Avidin-like

结构域编号 domain_id	3mm0D00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Avidin-like

结构域编号 domain_id	3mm0E00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Avidin-like

结构域编号 domain_id	3mm0F00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Avidin-like

结构域编号 domain_id	3mm0G00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Avidin-like

结构域编号 domain_id	3mm0H00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Avidin-like

结构域编号 domain_id	3mm0I00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Avidin-like

结构域编号 domain_id	3mm0K00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Avidin-like

结构域编号 domain_id	3mm0M00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Avidin-like

结构域编号 domain_id	3mm0N00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Avidin-like

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晶胞边长 a length_a	158.657 Å
晶胞边长 b length_b	124.791 Å
晶胞边长 c length_c	88.895 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	114.45 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2259
R_work r_work	0.2218
R_free r_free	0.3093

描述 description	Avidin, Avidin-related protein 4/5
分子量 formula_weight	14400.3 kDa
突变 mutation	I141Y
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,K,M,N
原子数 atom_count	11014

Crystal structure of chimeric avidin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Avidin, Avidin-related protein 4/5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Avidin, Avidin-related protein 4/5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3mm0__assembly_1__model_1

3mm0__assembly_1__model_1 | I(q)

3mm0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

来源生物 organism	Gallus gallus
通用名 common_name	bantam,chickens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	91

Crystal structure of chimeric avidin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Avidin, Avidin-related protein 4/5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Avidin, Avidin-related protein 4/5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3mm0__assembly_1__model_1

3mm0__assembly_1__model_1 | I(q)

3mm0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)